1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 부산 금정구 B 및 그 위 지하 1층 및 지상 3층 건물{공부상 현황 : 지하 1층 99.31㎡ 제1종 근린생활시설(소매점), 지상 1층 107.65㎡ 제2종 근린생활시설(일반음식점), 지상 2층 107.65㎡ 근린생활시설(사무소), 지상 3층 87.44㎡ 주택}(이하 ‘이 사건 부동산’이라 하고, 건물만은 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 관하여, 1984. 5. 2. 매매를 원인으로 하여 원고의 전 배우자인 C 명의로 소유권이전등기가 마쳐졌다가, 2006. 4. 11. 재산분할을 원인으로 원고 명의로 소유권이전등기가 마쳐졌다.

나. 원고는 2010. 7. 30. 이 사건 부동산을 475,000,000원에 양도하고, 2010. 8. 6. 피고에게 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서, 이 사건 부동산의 양도 당시 이 사건 건물의 주택 부분 연면적이 주택 외 부분 연면적을 초과함을 전제로 구 소득세법(2010. 3. 22. 법률 제10175호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22391호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제154조 제3항 본문에 따라 이 사건 부동산 전부를 주택으로 보고, 이 사건 부동산의 양도가 1세대 1주택의 양도라는 취지의 양도소득세 비과세 신고를 하였다.

다. 피고는 2014. 10.경 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 이 사건 부동산 양도 당시 이 사건 건물의 주택 부분 연면적은 지상 3층 87.44㎡에 불과하다고 결론짓고, 이 사건 건물의 주택 부분 연면적이 이 사건 건물의 주택 외 부분 연면적보다 적음을 전제로 구 소득세법 시행령 제154조 제3항 단서에 따라 이 사건 부동산 중 주택 외 부분의 양도는 과세대상에 해당한다고 보아, 2015. 1. 1. 원고에게 2010년 귀속 양도소득세 49,736,860원 신고불성실가산세 3,198...