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사건
2018구합85839 국가연구개발사업 참여제한처분 취소
원고
A
소송대리인 변호사 유경재
피고
1. 교육부장관
소송대리인 법무법인 지후
담당변호사 강미진, 이정훈
2. 과학기술정보통신부장관
소송대리인 정부법무공단
담당변호사 배태근
변론종결
2019. 7. 19.
판결선고
2019. 8. 30.
주문
1. 피고 교육부장관이 2018. 8. 30. 원고에 대하여 한 5년의 국가연구개발사업 참여제한 처분을 취소한다.
2. 원고의 피고 과학기술정보통신부장관에 대한 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 원고와 피고 교육부장관 사이에 생긴 부분은 피고 교육부장관이, 원고와 피고 과학기술정보통신부장관 사이에 생긴 부분은 원고가 각 부담한다.
청구취지
주문 제1항 및 피고 과학기술정보통신부장관이 2018. 9. 6. 원고에 대하여 한 3년의 국가연구개발사업 참여제한 처분을 취소한다.
이유
1. 처분의 경위 등
가. 원고는 B대학교(이하 '이 사건 학교'라 한다) 전기공학과 교수이자 풍력에너지 전력망적응기술 연구센터(Engineering Research Center, ERC)의 센터장이었던 사람으로서, 2017. 2. 17.경 아래에서 보는 바와 같은 학생인건비 관련 비위 사실로 인하여 이 사건 학교에서 징계해임되어 현재는 C대학교에서 연구교수(비정규직)로 근무하고 있는 사람이다(2019. 8. 16.자 원고 제출 참고서면 제24쪽 참조).
나. 원고는 2012. 9.경부터 2015. 12.경까지 연구책임자로서 풍력발전단지의 적응보 호·제어기술 등 별지 1과 같은 총 13개의 연구개발사업을 수행하였다.다. 한국연구재단 등으로부터 지급되는 위와 같은 국가연구개발사업 연구개발비를 보관하는 이 사건 학교 산학협력단으로부터 받게 되는 학생인건비는 각 연구과제에 종사하는 학생연구원들 본인들이 관리하는 학생연구원 각자의 명의 계좌에 직접 계좌이 체하는 방식으로 지급된다. 그런데 원고는 나.항 기재 기간 동안 위와 같이 각 학생연구원 개인에게 입금되어야 하는 학생인건비를, 자신이 학생들에게 알려준 비밀번호로 각 학생들이 개설한 계좌와 연결된 통장을 자신의 연구실에 보관하는 방법으로 이를 관리 · 인출하여 왔다.
라. 원고는 2017. 1. 13. 「위 .항과 같이 학생인건비를 관리할 계획이었음에도, 마치 학생연구원들이 본인들의 인건비 계좌를 각자 관리하면서 그 인건비 전액을 위 계좌로 지급받아 각자 사용하는 것처럼 가장한 채 국가연구개발사업 신청서 및 계획서 등을 작성하여 이 사건 학교 산학협력단 담당자에게 제출함으로써 이에 속은 담당자로부터 별지 1 기재 13개 연구과제에 대한 연구개발비 명목으로 5,809,700,803원을 교부받아 그 중 학생연구원들의 학생인건비 합계 537,957,080원을 피해자 이 사건 학교 산학협력단으로부터 각 편취하였다는 사기 범죄사실로, 징역 3년 및 집행유예 4년의 형사판결을 선고받았다(전주지방법원 2016고단1019). 원고는 이에 불복하여 항소 및 상고하였으나 모두 기각되어(전주지방법원 2017노99, 대법원 2017도14946) 위 제1심 판결이 그대로 확정되었다(이하 '관련 판결'이라 한다).
마. 원고는 학생연구원 명의 계좌에 입금되는 학생인건비 중 75%는 즉시 인출하여 학생들에게 현금으로 지급하거나 계좌이체하고, 나머지 25%는 학생들의 연구실적에 따른 인센티브나 어학지원비 기타 지원금 및 방비(연구실에 필요한 생활용품 및 비품구입 명목으로 매월 초에 40만 원에서 50만 원을 방장 또는 총무에게 지급, 소장 제11쪽), 단합대회비(동계, 하계마다 회당 약 100만 원을 방장 또는 총무에게 지급), 학생들의 저녁식사비(개인당 매월 9만 원), 회식비 등 연구실 운영비로 사용하였다.
원고가 형사사건 과정에서 소명한 별지 1 기재 학생인건비 총액 537,957,080원의 사용내역은 다음과 같다(갑 제10호증, 소장 제10쪽 참조).
가) 개괄 
나) 항목별 상세
(1) 인센티브 지급기준 실적 등급에 따라 기준금액을 정하고, 실적이 발표될 때마다 기준금액의 40%는 저자 들에게, 나머지 60%는 모든 학생들에게 균등하게 지급하였다. 실적 등급은 아래와 같다(갑 제10호증 제19쪽). 
(2) 방비 학생이 연구실에서 생활하는데 필요한 용품을 구입할 수 있도록 매월 초 40~50만원을 총무 또는 방장에게 지급하였다(갑 제10호증 제30쪽).
(3) 어학지원비 원고는 연구실 소속 학생들에게 2개월에 1회 토익시험을 응시하도록 권장하고, 시험비용 42,000원의 절반인 21,000원을 학생인건비에서 지원하였다.
원고는 2014. 12.부터 학생들의 영어회화 능력을 향상시키기 위하여 원어민 강사를 초빙하고 강사비의 일부인 월 10만 원을 지원하였다. 어학지원비는 총무 또는 방장에게 지급되었다(갑 제10호증 제31쪽).
(4) 석식비 학생들의 석식비를 일당 6,000원씩 월당 15일(인당 월 90,000원) 지원하였고, 석식비는 총무 또는 방장에게 지급되었다(갑 제10호증 제32쪽).
(5) 단합대회 지원비 동계, 하계, 기타 연구실 행사가 있을 때 100만 원 전후로 지원되었다(갑 제10호증 제33쪽). 
(6) 기타 인센티브 2012년 및 2015년 연구실 발전에 특별히 기여한 것으로 평가된 학생 2명에게 각 1,200,000원, 830,000원이 지급되었다(갑 제10호증 제34쪽).
(7) 회식비 매주 토요일 연구실 세미나 이후 식사를 하거나, 비정기적으로 소수의 학생들과 미팅 후 식사를 하는 경우 및 학생을 동반하여 외부 손님과 식사를 하는 경우 사용되었다(갑 제10호증 제35쪽).
바. 위와 같은 원고의 학생인건비 별도관리 및 사용에 관하여, 한국연구재단은 2017. 2. 27. 이 사건 학교 선도연구센터에 대한 연구비 부적정 집행 실태를 조사하였고, 그 결과, 형사사건에서 편취금액으로 인정된 총 학생인건비 537,957,080원 중 ERC 관련 사업(아래에서 보는 '과기부 과제'와 같다)에서 지출한 한국연구재단으로부터 지급된 인건비는 211,006,052원이며, 그 밖에 연구활동비 15,860,119원, 연구수당 39,012,750원의 합계 총 265,878,921원이 부적정 집행금액으로서 환수대상으로 조사되었다(갑 제2호증 참조).
사, 피고 과학기술정보통신부장관(이하 '피고 과기부장관'이라고 한다)은 사전통지 및 이의신청 절차를 거쳐, 2018. 9. 6. 원고에 대하여 별지 1 표 순번 3, 5, 6번 기재 과제 (대표과제명 풍력에너지 전력망적응기술 연구센터, 이하 '과기부 과제'라 한다)에 관하여 학생인건비 공동관리 등 연구비 211,006,052원의 용도외 사용이 적발되었다는 이유 「구 과학기술기본법(2014. 5. 28. 법률 제12673호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제11조의2제1항제5호,「구국가연구개발사업관리등에관한규정(2013.9. 26. 대통령령 제24764호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 관리규정'이라 한다) 제27조 제1항 제5호에 따라, 원고에 대하여 피고 과기부장관 소관 국가연구개발사업에의 참여를 3년간 제한하는 참여제한 처분을 하였다(갑 제9호증, 이하 '이 사건 과기부 처분'이라 한다).
피고 교육부장관은 사전통지 및 이의신청 절차를 거쳐, 2018. 8. 30. 원고에게 교육부 과제에 관하여 연구비 용도외 사용 및 인건비 공동관리를 통해 총 34,200,000원을 편취하였음이 적발되었다는 이유로, 「학술진흥법」 제20조 제1항, 「학술진흥법 시행 제20조 제3호, 구 과학기술기본법 제11조의2 제1항 제5호, 구 관리규정 제27조 제1항 제5호에 따라, 원고에 대하여 피고 교육부장관 소관 국가연구개발사업에의 참여를 5년간 제한하는 참여제한 처분을 하였다(갑 제8호증, 이하 '이 사건 교육부 처분'이라 한다).
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 14, 18, 20호증(가지번호가 있는 증거는 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 원고의 주장
가. 처분사유에 관한 주장
원고는 학생들의 통장으로 입금된 학생인건비를 개인적으로 착복하거나 다른 비용으로 유용한 사실이 전혀 없다. 원고는 오로지 정해진 연구비로 최대의 성과를 도출하고, 박사과정 학생들과 기타 과정 학생들 사이의 업무분담 및 인건비 사이의 형평성을 도모하는 등 연구실을 합리적으로 운영하기 위하여, 학생들을 독려하는 방편으로 학생인 건비의 일부를 공동관리한 것뿐이어서, 이 사건 처분의 근거규정인 구 과학기술기본법 제11조의2 제1항 제5호의 '연구개발비를 사용용도 외의 용도로 사용한 경우'에 해당한다고 볼 수 없다. 관련 판결은 원고의 연구비 지급주체에 대한 편취 사실만을 인정한 것에 불과하고 지급받은 학생인건비 자체를 용도 외로 사용하였다는 취지의 판단을 한 것이 아니다. 그럼에도 불구하고 피고들은 관련 판결의 확정만으로 원고가 각 과제에 배정된 학생인건비 전액을 용도외 사용한 것이라고 전제하고 이 사건 각 처분에 이르렀는바 여기에는 사실오인의 위법이 존재한다(설령 학생들에게 지급한 인건비 및 인센티브를 공제한 나머지는 용도외 사용 금액이라고 보더라도 그 총액은 이 사건 전체 연구과제 인건비 245,206,052원 중 7.8%인 19,047,412원에 불과하다, 2019. 4. 16.자 원고 제출 준비서면 제9쪽).
나. 법령위반 관련 주장
1) 교육부 과제의 소관 변경을 고려하면, 이 사건 교육부 처분 당시 위 과제가 교육부 소관이었다고 하여 피고 교육부장관이 이미 기존 구 미래창조과학부 소관 사업으로 종료된 과제에 대하여 이 사건 교육부 처분을 함은 소급금지 원칙에 반하는 것이다.
(2019. 4. 10.자 원고 제출 준비서면 제9쪽).
2) 또한, 참여제한 기간합산에 관한 관리규정 제27조 제3항이 2013. 9. 26. 신설되어 공포된 때로부터 시행되다가, 2016. 7. 22. 해당 규정이 삭제되고 같은 규정 [별표 4의 2]에 포함되었고, 2016. 7. 22.자 부칙에서는 '별표 4의2의 개정규정은 이 영 시행 이후 협약이 체결되는 국가연구개발사업부터 적용한다'고 규정하고 있는바, 원고가 두 개의 국가연구개발사업을 진행하는 과정에서 참여제한 사유가 발생하였다는 이유로 피고들이 각기 참여제한 처분을 할 수 있다고 보고 이를 합산한 기간 동안 참여제한이 된다.고 봄은 소급금지 원칙상 부당하다(2019. 4. 16.자 원고 제출 준비서면 제3, 4쪽). 설령 2013. 9. 26. 신설된 관리규정 제27조 제3항에 관한 부칙에 경과규정이 존재하지 않는다고 하더라도 이를 위 규정이 신설되기 이전에 종결된 연구과제에까지 소급하여 적용함은 다른 규정에 대하여서는 소급적용하지 않으면서 참여제한기간 합산에 관한 규정만을 소급하여 적용하는 것이어서 마찬가지로 소급금지 원칙에 저촉된다(2019. 5. 30.자 원고 제출 준비서면 제3쪽).
4) 구 관리규정의 참여제한 기준은 상위법인 과학기술기본법의 위임에 따른 것으로서 법규명령에 해당하는데, 연구개발비 전체를 기준으로 할 경우 용도외 사용금액의 비율은 10% 미만이어서 3년 이내의 참여제한처분만이 가능함에도 이 사건 교육부 처분이 5년의 참여제한을 발령한 것은 그 자체로 위법하다(소장 제15쪽).
5) 이 사건과 같이 학생인건비를 지급하기 위해 해당 기간에 동시에 수행했던 과제들로부터 수령한 연구개발비를 모두 합산하여 학생인건비를 지급한 경우는, 관리규정에 명시된 복수의 연구과제에서 참여제한 기간을 합산하는 경우와는 달리 보아야 한다. 즉, 비록 용도외 사용이 있어 이로 인하여 참여제한 처분을 받는다고 하더라도 연구기간이 겹치는 기간 동안에는 연구과제의 수와 무관하게 포괄하여 하나의 처분사유로 보고 하나의 참여제한 처분만을 하는 것이 학생인건비 지급의 목적과 취지를 고려할 때 타당하다(2019. 7. 18.자 원고 제출 준비서면 제8쪽, 연구과제의 수에 따라 각각 참여제한 처분을 하고 그 기간을 합산하는 것이 잘못되었다는 취지이다).다. 재량권 일탈·남용에 관한 주장
설령 이 사건 각 처분의 처분사유가 인정된다고 하더라도, 원고가 학생통장에서 인출하여 학생들에게 지급한 인건비를 제외한 나머지 학생인건비 대 연구비 총액 비율이 1.1%에 불과하고, 공동관리한 학생인건비 모두를 용도외 사용 금액이라고 보더라도 해당 비율은 4.5%에 불과한바 이 사건 각 처분은 구 관리규정이 정하는 참여제한 처분기준을 넘어서는 정도의 과도한 처분인 점, 원고는 학생들 개개인에게 지급된 학생인건비를 초과하는 금액을 이미 학생별로 공탁하였는바 이는 부당사용금액의 회수로 보아야 하고 그 경우 구 관리규정상 감경기준이 적용될 수 있음에도 피고들은 이를 고려하지 않고 처분한 점, 교육부 과제의 경우 최초에는 과기부 과제와 동일하게 미래창조과 학부에서 관리하던 과제였으나 정부조직 개편이라는 사정에 따라 교육부가 관리하게 됨으로써 결과적으로 원고는 중복된 처분을 받게 된 것인 점, 그 밖의 제도의 취지, 위반행위의 정도, 용도외 사용의 목적, 연구과제를 충실하게 수행한 점 등을 종합적으로 고려하면, 이 사건 각 처분은 비례원칙에 위반하여 원고의 자유를 침해하는 것으로서 위법하다.
3. 이 사건 각 처분의 적법 여부에 관한 판단
가. 관련 법령
별지 2 기재와 같다.
나. 원고의 처분사유 관련 주장에 대한 판단
앞서 본 사실관계, 앞서 본 증거들 및 을나 제2, 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 새로운 사실관계를 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건에서 문제된 학생인건비 전액을 용도대로 사용하였다고 볼 수도 없고, 원고가 학생들의 인건비 통장을 개설하게 하여 그 접근매체를 보관하면서 공동관리한 것은 그 자체로 구 과학기술기본법이 정하는 '사용용도 외의 사용'에 해당한다고 판단된다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
1) 앞서 본 바와 같이 원고가 학생별 인건비통장에서 인출하거나 계좌이체하는 방법으로 학생들에게 지급한 인건비는 원래 학생들이 정당하게 받아야 할 인건비의 75%에 불과하였다. 나머지 25%는 인센티브나 연구실 운영비 등 '학생인건비'가 아닌 다른 명목에 쓰였음이 명백하다. 원고는 위와 같은 25%가 종국적으로 학생들의 이익을 위하여 쓰였고 원고가 개인적으로 착복하지 않았으므로 용도외 사용이 아니라고 주장하나, 위 25% 또한 학생들의 연구실적이나 학문적 성취에 관계없이 학생들의 근로에 대한 대가 또는 생활보장을 위하여 전액이 직접 학생들에게 지급되어야 했을 돈이므로 이를 원고가 다른 용도에 사용한 것은 명백히 용도외 사용에 해당한다.
2) 학생들에게 지급된 75%에 관하여 본다. 을나 제2, 3호증의 각 기재에 의하면, 구미래창조과학부의 2013년 국가연구개발사업 연구비 관리 표준매뉴얼은 '학생인건비를 연구자가 회수하여 공동관리한 경우 연구책임자 소관 학생인건비 전액'이 부당집행된 것이라고 안내하고 있고, 구 관리규정 제12조 제5항 [별표 2] 비고는 "학생연구원에게 지급되는 학생인건비는 연구책임자가 공동관리해서는 안 된다."고 정하고 있다.
위 지침과 규정이 학생인건비의 공동관리를 엄격하게 금지하는 이유는, 연구자들이 자신의 지위를 이용하여 학생인건비를 공동관리한다는 명목으로 학생인건비를 횡령하거나 유용하는 폐단이 심각해지자, 이를 사전에 차단하여 학생연구원들의 권리를 보호하고 연구비 집행의 투명성을 제고하기 위함에 있다. 위 지침과 규정의 내용 및 그 취지에 비추어 보았을 때, 학생인건비를 공동관리하는 것은 그 자체로 '연구개발비(사업비)를 사용용도 외의 용도로 사용한 경우'에 해당한다.
3) 원고는 앞서 본 바와 같이 학생 통장으로 입금된 돈이 전혀 혼입되지 않은 상태에서 75%가 학생들에게 지급되었다고 주장하나, 이는 돈의 현실적인 흐름을 고려하지 않고 지나치게 관념적으로 파악하는 것이다. 실제로 원고가 접근매체를 보관하고 있는 학생 명의 계좌에 학생인건비가 입금되는 순간 해당 돈은 원고의 배타적인 점유 하에, 있게 되므로(학생들은 그들이 만들어 준 계좌로 인건비가 입금되는 것도 몰랐거나 이러한 사실은 알았어도 구체적인 액수에 대해서는 인식하지 못하였다고 진술하고, 심지어 원고는 미국으로 안식년을 떠난 2014. 12.말 이후에도 계속하여 계좌를 공동관리하였던 것으로 보인다. 갑 제11호증의 3 제5쪽 등 참조) 그때부터 '학생들에게 직접 입금되어야 할 학생인건비'는 학생들이 아닌 원고의 지배하에 있어 언제든지 원고의 자유의사에 따라 그 정하여진 용도와는 달리 처분될 수 있는 상황에 놓이게 되는 것이므로 그때에 용도외 사용이라는 구성요건적 행위는 완성되는 것이고, 과정이 어떠하든 종국적으로 학생들이 이를 인건비로 수령하였으므로 용도외 사용이 아니라는 취지의 원고의 주장은 용도외 사용의 성립시점을 혼동한 것에 불과하다. 또한 형사책임의 성립요건으로서의 불법영득의사가 존재하는지를 별론으로 하더라도, 원고가 위와 같은 방법으로 학생인건비를 자신의 지배하에 둔 것 자체만으로도 당시 원고에게는 그에게 지급될 돈이 아닌 학생인건비를 원고의 의사대로 사용·처분하겠다는 의사가 존재하였음이 추단되며(실제로 원고는 이체된 학생인건비 중 일부만을 먼저 지급하고, 나머지는 자신의 판단 하에 실적에 따라 지급하거나 연구실 운영비로 사용하겠다는 명목으로 지급을 보류함으로써 그러한 의사를 실현하였다), 그러한 의사를 가지고 있던 원고에게 해당 용도외 사용으로 인한 관련 행정법규에 따른 책임을 지우는 것이 특별히 불합리하다고 볼 수도 없다.다. 법령위반 주장에 관한 판단
1) 첫 번째 주장에 대한 판단
어떠한 연구과제가 종료되었다고 하여 해당 연구과제에서 일어난 위법행위에 대한 제재처분을 할 수 없는 것이 아니고, 교육부 과제가 구 미래창조과학부장관 소관 하에서 종료되었다고 하더라도 해당 과제 수행에 어떠한 위법이 발견되어 참여제한 등 연구자에 대한 제한조치를 하는 경우에는 해당 소관을 승계한 피고 교육부장관이 이를 할 수 있음은 당연하므로 이에 관한 원고의 주장은 이유 없다.
2) 두 번째 주장에 대한 판단
구 관리규정(2013. 9. 26. 대통령령 제24764호로 개정되어 시행되고, 2016. 7. 22. 대통령령 제27369호로 개정되기 전의 것) 제27조 제3항은 '둘 이상의 연구개발과제를 수행하던 중 하나의 연구개발과제로 인하여 참여제한을 받은 자에 대하여 다른 연구개발 과제로 인하여 다시 참여제한을 하는 경우 그 기간의 기산일은 진행 중인 참여제한 기간이 종료되는 날의 다음 날로 하여야 한다'고 규정하고 있고, 위 규정은 2016. 7. 22. 위 구 관리규정이 개정되면서 삭제되어 관리규정 [별표 4의2]에 삽입되어 현재까지 시행되어 오고 있다. 한편 관리규정 부칙 <2016. 7. 22.>는 제2조에서 '별표 4의2의 개정 규정은 이 영 시행 이후 협약이 체결되는 국가연구개발사업부터 적용한다'고 규정하고 있는 반면, 부칙 <2013. 9. 26.)에는 해당 규정에 대한 별도의 경과규정이 정하여져 있지 아니하다.
위 규정의 취지는 복수의 연구개발과제로 인하여 참여제한을 받는 경우 어느 하나의 연구개발과제로 인한 참여제한 기간의 종기 다음 날로 다른 연구개발과제로 인한 참여제한 기간의 시기를 정하도록 하여, 복수의 연구개발과제로 인한 참여제한 기간이 병행됨으로써 참여제한 기간이 조기에 경과하는 것을 방지하고 참여제한 조치가 보다 실효적으로 적용될 수 있도록 참여제한 처분을 하는 행정청에 그와 같이 처분을 할 의무를 부여하는 것이다.
원고의 주장과 같이, 해당 규정에 대한 경과규정이 존재하지 아니하므로, 그 규정이 존재하기 이전에 협약이 체결된 것으로 보이는 1) 이 사건 과기부 및 교육부 과제에서의 위법사항에 터잡아 참여제한 처분을 함에 있어서 행정청이 반드시 참여제한 기간을 '어느 하나의 연구개발과제로 인한 참여제한의 종기 다음 날이 다른 연구개발과제로 인한 참여제한의 시기가 되도록' 정할 의무는 없다. 그러나 반대로, 행정청이 반드시 '각 참여제한 처분이 처분시에 동시에 효과가 개시되도록' 정할 의무도 없다. 즉, 애초에 아무런 규정이 없는 상태이므로, 그 처분의 내용을 형성함에 있어서는 행정청의 재량이 있는 것이며, 다만 해당 처분은 재량권의 일탈·남용에 관한 일반 법리의 제한안에 있는 것이다.
이와 반대되는 전제에서 피고들이 각 처분효과의 시기를 연속하여 정하는 것은 법률의 소급적용 금지 원칙에 반한다는 취지인 원고의 주장은 이유 없다.
3) 세 번째 주장에 대한 판단
학술진흥법 제2조 제1호, 제5조 등의 규정에 따르면, 학술진흥법에 따른 과제가 반드시 인문사회분야의 연구과제여야 한다는 필연적인 근거가 없는바, 교육부 과제가 과학기술분야의 것이라고 하여 학술진흥법에 의한 처분이 불가하다는 취지의 원고의 주장은 이유 없다. 다만, 을가 제1호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 교육부 과제가 학술진흥법에 따른 학술지원사업은 아닌 것으로 보이고 과학기술기본법에 따른 국가연구개발사업으로 보이는바(다만 이 사건에서 각 과제에 관한 구체적인 협약서가 증거로 제출된 바는 없다), 피고 교육부장관이 학술진흥법 및 동법 시행령을 그 처분거 법령으로 제시한 것이 적절하지는 않다.
4) 네 번째 주장에 대한 판단
구 과학기술기본법이 대통령령으로 하여금 참여제한 처분의 처분기준을 정할 것을 명시적으로 위임하고 있지 않은 점을 고려하면 구 관리규정 제27조 제1항 제5호는 일종의 재량준칙으로서 집행규칙에 해당한다고 보일 뿐이고, 설령 원고의 주장과 같이 구 관리규정 제27조 제1항 제5호를 법규명령으로 본다고 하더라도, 아래에서 보는 바와 같이 국가연구개발사업에 관한 참여제한 처분은 각 연구개발사업별로 내려지는 것인 점을 고려하면 당해 규정의 연구개발비는 해당 과제의 연구개발비를 의미하는 것이라고 보아야 하고, 앞서 본 바와 같이 교육부 과제의 연구비 총액은 64,222,342원이고 그 중 원고가 공동관리한 학생인건비는 34,200,000원으로, 용도외 사용 금액이 연구비 총액의 50%가 넘는바 구 관리규정 제27조 제1항 제5호 (다)목에 따라 5년 이내의 참여제한 처분이 가능한 경우에 해당한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
5) 다섯 번째 주장에 대한 판단
원고는 과기부 과제와 교육부 과제로부터 수령한 학생인건비를 합산하여 학생들에게 지급하거나 사용하였으므로 이를 하나의 용도외 사용으로 보고 구 과학기술기본법에 따라 5년의 범위 내에서 하나의 참여제한 처분만이 이루어져야 한다는 취지로 주장한다. 그러나, 설령 어떠한 연구자가 수개의 국가연구개발사업으로부터 수령한 사업비를 사실상 혼용하여 연구비용을 사용하였다고 하더라도 어떠한 과제의 사업비의 용도 외 사용 여부는 종국적으로는 각 과제별로 판단되는 것인 점(어떤 과제로부터 나온 사업비인지가 분명하지 않을 경우에는 과제별 총사업비에 비례하여 용도외 사용 금액을 특정할 수밖에 없을 것이다), 사업비 환수처분 또한 각 과제별로 용도외 사용된 사업비를 계산하여 각 과제별로 내려지게 되는 점, 갑 제30호증의 기재에 의하면 과기부 과제가 종료되기 이전인 2015. 7. 구 미래창조과학부(현 과학기술정보통신부)가 발간한 행정청 내부의 사무처리 지침인 '국가연구개발사업 제재조치 매뉴얼'에서도 '여러 과제에서 제재사유가 발생하여 동시에 제재조치를 할 경우, 각 과제별로 제재조치가 이루어지는 것이므로 각 과제에 대한 참여제한 기간을 각각 정하고 사전통지 및 처분통지 또한 각 과제별로 하도록' 정하고 있으며(갑 제30호증 제31쪽) 이러한 행정청의 사무처리 관행이 구 과학기술기본법 제11조의2 제1항의 법문에 반하는 것도 아닌 점, 각 과제별로 참여제한 처분이 내려짐으로써 결과적으로 연구자에 대하여 가혹한 처분이 내려지는 경우 이는 비례의 원칙 등 재량권 행사의 일탈 여부에 관한 심사에 의하여 구제될 여지가 있고 수개의 국가연구개발사업 과제별로 참여제한 처분이 내려진다고 하여 반드시 가혹한 결과가 발생하는 것도 아니며 오히려 원고와 같이 수개의 과제에서 나오는 연구비용을 자의적으로 합산하여 일괄집행하던 중 용도외 사용이 발생하는 경우에는 철저히 과제별로 연구비용을 관리한 연구자의 경우보다 비난가능성이 큰 것으로 볼 수 있는바(왜냐하면 그와 같은 회계 합산은 필연적으로 부실한 회계관리를 불러 오게 되고, 용도외 사용이 발생하게 될 위험성도 그에 비례하여 커지기 때문이다), 이를 1개의 과제에서 용도외 사용이 발생한 것과 동일하게 취급하는 것 또한 형평에 맞지 않는 점 등을 고려하면, 구 과학기술기본법에 따른 참여제한 처분은 국가연구개발 사업 과제별로 그 처분 여부와 제한기간 등을 정하여 처분함이 타당하다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
라. 원고의 재량권 일탈·남용 주장에 관한 판단
1) 관련 법리
제재적 행정처분의 기준이 대통령령 또는 부령의 형식으로 규정되어 있는 경우 그 처분기준이 그 자체로 헌법 또는 법률에 합치되지 아니하거나 위 처분기준에 따른 제재적 행정처분이 그 처분사유가 된 위반행위의 내용 및 관계 법령의 규정 내용과 취지에 비추어 현저히 부당하다고 인정할 만한 합리적인 이유가 없는 한 섣불리 그 처분이 재량권의 범위를 일탈하였거나 재량권을 남용한 것으로 판단해서는 안 된다(대법원 2007. 9. 20. 선고 2007두6946 판결 등 참조).
다만 제재적 행정처분이 사회통념상 재량권을 일탈·남용하였는지 여부는 처분사유가 된 위반행위의 내용과 그 처분으로 달성하려는 공익상 목적 및 이에 따르는 제반 사정을 객관적으로 심리하여 공익 침해의 정도와 그 처분으로 개인이 입을 불이익을 비교하여 판단하여야 하고(대법원 2006. 4. 14. 선고 2004두3854 판결 등 참조), 그와 같은 비교형량 결과 해당 처분으로 인하여 개인이 입을 불이익이 그 공익 침해의 정도에 비하여 너무도 크다면 설령 해당 처분이 제재적 처분기준이 정하는 기준 내에서 이루어진 것이라고 하더라도 그러한 사정만으로 해당 처분이 적법하다고 볼 수는 없는 것이다.
2) 원고의 행위로 인한 공익침해의 정도 등 원고에게 불리한 정상
가) 이 사건 각 처분은 처분기준 범위 내에서 이루어졌다. 과기부 과제의 연구비 총액은 5,353,978,461원(= 별지 1 순번 3 내지 6 연구비 총액 합계)이고, 그 중 용도외 사용으로 적발된 금액은 211,006,052원으로 3.94%의 비율이며, 구 관리규정 제27조 제1항 제5호 (가)목에 따르면 용도외 사용 금액이 해당 연도 연구개발비의 20% 이내의 비율인 경우 3년 이내의 참여제한 처분을 하도록 정하고 있는바, 이 사건 과기부 처분은 위와 같은 처분기준 범위 내에서 이루어진 처분이다.이 사건 교육부 처분 또한 연구비 총액 64,222,342원 중 34,200,000원, 약 53.2%가 용도외 사용된 것을 원인으로 하는바, 구 관리규정 제27조 제1항 제5호 (다)목에 따라
용도외 사용 금액이 해당 연도 연구개발비의 30% 이상의 비율로서 5년 이내의 참여제한 처분을 한 것은 위 처분기준 범위 내에서 이루어진 것이다.
나) 특히 과기부 과제의 과제 규모가 국책사업비 50억 원 이상이 투입될 정도로 매우 크고, 그 용도외 사용 금액의 절대적 규모 또한 2억 원 이상으로 상당하며, 최종적으로 국민의 세금으로부터 비롯된 위 국책사업비가 합리적으로 분배되지 못하고 비용이 절실하게 필요한 다른 과학기술연구에 사용되지 못하였는바 그 비난가능성이 크다(원고는 이에 대하여 연구과업이 성실하게 수행되었으므로 위 사업비 또한 정당하게 사용된 것이라고 주장하나 위와 같은 회계상의 항목 유용이 일어난 그 시점부터 이미 국책사업비가 합리적으로 사용되지 못할 위험은 발생하는 것이고 이러한 위험은 애초에 과제 및 수행기관 선정시부터 고려되어야 하는 것임에도 적절하게 고려되지 못하여 결과적으로 합리적인 국책사업비 분배를 저해하였으며 이러한 사정은 차후에 연구과업을 성실히 수행하였다는 사정만으로는 정당화될 수 없는 것이다).
다) 무엇보다 용도외 사용된 연구비의 명목, 적발 이후 원고의 태도 등에 비추어 보면 용도외 사용의 정황이 결코 좋지 않다.이 사건에서 용도외 사용된 연구비는 학생인건비로서 연구활동의 급여로서 지급되는 돈임과 동시에 학생들의 생계안정, 면학의욕 고취 등을 도모하고 종국적으로는 국가의 과학기술발전을 위한 인력양성을 위하여 지급되는 사회보장적 · 국가정책적 급여의 성질을 가지는 돈이기도 하다. 그렇기 때문에 관련 법령 등에서는 학생인건비가 반드시 해당 학생 명의로 개설된 계좌에 직접 입금되도록 정하면서 연구책임자가 이를 공동관리하는 것을 엄격하게 금하고 있다. 노동에 대한 대가인 급여가 그 노동을 제공한 사람에게 직접 지급되는 것은 우리 근로기준법(근로기준법 제43조 제1항2) 참조) 및 보편적인 법원칙에 근거하여서도 당연한 것이지만 관계 법령 등이 이렇게까지 별도로 정하고 있는 이유는 기존의 폐해, 즉 대학원 내에서 연구책임자인 교수가 그 절대적인 권위를 이용하여 소속 연구실 학생연구원들이 정당하게 지급받아야 할 학생인건비마저 공동관리라는 명목 하에 자신의 지배하에 두면서 정해진 용도외의 목적으로 사용하는 것을 어떻게든 막고자 한 것인데, 원고의 행위는 이러한 법령의 취지를 정면으로 위배한 것으로서, 설령 원고가 항변하는 바와 같이 원고의 의도가 순수하게 학생들의 연구의욕 고취와 연구실적 달성에 있다고 하더라도 결코 정당화될 수 없다. 또한 원고가 학생들로 하여금 자신이 알려준 비밀번호로 계좌를 개설하게 하고 그 접근매체인 통장을 연구실에 보관한 행위는 전자금융거래법의 취지에 정면으로 반하는 것으로서 위법하다.
이러한 용도외 사용이 적발된 직후에도 원고는 이를 특별히 반성하는 태도를 보이지 아니하였다. 오히려 갑 제11, 13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2015년경 교육부 감사가 개시된 것을 인지하고 방장 등 연구실에서 주도적인 역할을 수행하던 학생연구원들을 모아 플랜A, B, C를 알려주고 먼저 플랜A부터 진술하되 허위임이 발각되는 경우 위 순서대로 진술할 것을 지시하였는데, 플랜A는 '연구원들 각 자가 통장을 관리하였다'는 것, 플랜B는 'D와 E이 (계좌명의인들과) 공동관리하였다는 것', 플랜C는 '원고가 공동관리하였다는 것'이었다(이러한 원고의 진술조작 지시에 따라 D는 연구원들에게 플랜A대로 진술하라고 설명하였는데, 외국인 학생인 F가 이를 오해하고 감사관들에게 사실을 발설함으로써 이 사건이 불거지게된 것이며, 이 과정에서 사실이 발각되었음을 인지한 D 등 방장들이 위 플랜B를 진술함으로써 그들이 교육부에 의하여 수사기관에 고발까지 되었는바, 이를 토대로 보면 원고의 연구실 내 학생들에 대한 지배력이 어느 정도까지 미쳤는지를 쉽게 짐작할 수 있다, 갑 제11호증의 1 제6쪽 및 갑 제13호증의 1 제9쪽 등 참조).
라) 위와 같은 사정들을 모아 보면, 원고의 행위로 인한 공익침해의 정도가 결코 적지 않고, 원고의 국가연구개발사업 참여를 일정 기간 제한함으로써 세금에서 연유하는 국가연구개발사업 연구비의 집행 질서를 제고하고, 다른 정당한 방법으로 연구활동을하고 있는 연구자들에게 원고가 지급받을 연구비가 지급되도록 할 공익적 필요성이 매우 크다.
3) 이 사건 각 처분으로 인하여 원고가 받을 불이익 등 원고에게 유리한 정상
가) 이 사건 각 처분으로 인하여 원고는 피고 과기부장관 소관의 국가연구개발사업에 대해서는 3년간, 피고 교육부장관 소관의 국가연구개발사업에 대해서는 5년간 그 참여가 제한된다.
비록 각 피고별 소관 연구사업에 대하여만 제한되는 것이기는 하나, 원고의 직업은 대학교수로서 국가로부터 연구비의 지원을 받아 그 연구사업을 수행하는 것은 원고의 직업의 자유의 실현이라는 의미 또한 있다. 이 사건 각 처분으로 인하여 원고의 직업활동의 자유가 3년 내지 5년간 제한되는바 그 제한의 정도가 가볍지 아니하다. 나아가 원고는 이 사건으로 인하여 이미 이 사건 학교로부터 징계해임 당하였는바 이로써 원고는 이미 심대한 불이익을 받았음도 아울러 고려되어야 한다.
나) 앞서 본 용도 외에 원고가 학생인건비를 개인적으로 유용한 사정은 발견되지 않았다. 원고는 나름대로 연구실적을 끌어올리기 위한 목적 하에 학생들의 인건비로부터 일정 금원을 분리해내어 연구실 공동 재정을 구성, 그로부터 인센티브 등을 지급한 것으로 보이는데 이러한 용도외 사용의 목적을 확고한 불법영득의사를 가진 경우와 동일하게 평가할 수는 없다.
다) 갑 제15호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 형사재판을 받고 있던 2016. 6. 10.경 대부분의 학생연구원들을 피공탁자로 하여 그 동안 지급하지 못하였던 학생인건비 상당액을 공탁한 사실을 인정할 수 있는바, 일부 외국인 학생을 제외한 대부분의 학생연구원들의 피해는 이로써 상당 부분 회복되었다고 보인다(다만 원고는 이를 구 관리규정 제27조 제1항 제5호 단서의 '연구개발비 계정에 회복'된 경우와 동일하게 평가할 수 있음을 전제로 이로 인한 재량감경이 가능한 경우라고 주장하나 위 공탁 시점이 이미 연구사업이 종료된 이후인 점, 따라서 연구개발비 계정에 해당 금액을 회복한다는 것은 애초에 가능하지 않은 점 등을 고려하면 위와 같은 공탁은 단지 피해자들에 대한 사후 피해보상에 불과하다).
라) 특히 이 사건 교육부 처분의 경우, 일단 교육부 과제 자체의 규모가 과기부 과제의 규모의 1%가 조금 넘는 정도의 연구비를 사용하는 정도에 그치며, 그 용도외 사용금액 비율은 50% 이상이기는 하나 금액은 3,500만 원에 미치지 못하여 이 사건 과기부 처분의 전제가 되는 용도외 사용 금액보다는 훨씬 적은 금액인 점이 고려되어야 한 다(다만 원고는 교육부 과제가 정부개편으로 인하여 피고 교육부장관의 소관이 되었다.는 우연한 사정으로 원고가 중복된 참여제한 처분을 받은 것이 과중하다는 취지로 주장하나, 앞서 본 바와 같이 참여제한 처분 등 연구비 용도외 사용으로 인한 제재처분은 각 과제별로 발령되어야 하는 것이므로, 그러한 소관변경이 반드시 원고에게 불이 익하게 작용하였다고 볼 수 없고, 도리어 구 과학기술기본법 제11조의2 제1항에 따르면, 참여제한 처분이라 함은 중앙행정기관의 장이 '그 소관 국가연구개발사업의 참여'를 제한하는 것이므로 이 사건 교육부 처분의 효과는 피고 교육부장관 소관의 과제참여를 제한하는데 그치는 것이고, 결국 위와 같은 연구과제 소관변경은 이공계열 교수로서 피고 과기부장관 소관의 과학기술분야의 연구사업을 주로 수행할 것으로 보이는 원고에게 사실상 더 유리할 수도 있다).
4) 종합적 판단
가) 앞서 본 여러 사정들을 고려하면, 이 사건 과기부 처분의 경우 제재적 처분기준의 범위 내에서 그 연구비 용도외 사용의 규모와 처분으로 인하여 발생하는 원고의 직업 활동의 자유의 제한을 적절하게 고려한 것으로서 재량권 일탈·남용의 위법이 있다고 보이지 아니한다.3)
나) 이 사건 교육부 처분의 경우 '5년 이내'라는 제재적 처분기준의 범위 내에서 그 보다 더 적은 참여제한 기간을 선택할 여지가 있음에도 최대한의 기간을 선정하여 처분에 이르렀다. 반면 원고가 이미 이 사건 학교로부터 해임 처분을 받아 직업 활동의 자유의 제한을 수인한 점, 특히 교육부 과제의 규모 및 해당 과제에서의 원고의 연구비 용도외 사용의 규모가 과기부 과제에 비하여서 훨씬 적은 금액임에도 이 사건 과기부 처분보다 더 중한 처분이 이루어진 점, 학생연구원들의 피해가 어느 정도 회복된 것으로 보이는 점 등 원고에게 다수의 유리한 정상이 있는바 이를 종합하면 이 사건 교육부 처분으로 인하여 원고가 받을 불이익(피고 교육부장관 소관의 국가연구개발사업에 관하여 5년간 참여제한)이 원고의 행위로 인한 공익침해의 정도에 비하여서 너무도 크다. 그렇다면 이 사건 교육부 처분에는 재량권 일탈·남용의 위법이 있다고 판단된다.
5) 소결론
원고의 재량권 일탈·남용에 관한 주장 중 이 사건 과기부 처분에 관한 부분은 이유 없으나, 이 사건 교육부 처분에 관한 부분은 이유 있다.
마. 이 사건 각 처분의 적법 여부
결국, 이 사건 과기부 처분은 적법하여 그대로 유지될 것이나, 이 사건 교육부 처분은 비례원칙에 위반하여 공익과 사익의 형량을 그르친 재량권 일탈의 위법이 있으므로 취소되어야 한다.
4. 결론
원고의 피고 교육부장관에 대한 청구는 이유 있으므로 이를 인용하고, 피고 과기부 장관에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
판사
재판장판사박형순
판사김우진
판사이디모데
주석
1) 갑 제5, 6, 21, 22, 24호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 과기부 과제에 대한 협약은 2010년 9월 이전에, 교육
부 과제에 대한 협약은 2012년 9월 이전에 체결되었을 것으로 보이기는 하나, 이 사건에서 구체적인 협약 체결 시점을 알
수 있는 확고한 자료(협약서 등)가 제출된 바는 없다. 또한 갑 제1, 22호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 과기부
과제의 경우 최초 개시시점부터 수회에 걸쳐 연도별로 새로운 협약이 체결된 것으로 추단되기는 하나 이 또한 확고하게 알
수 있는 자료는 없으며, 갑 제5, 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 원고 또한 과기부 과제를 하나의 과제로 보
고 이의신청절차를 밟았으며, 피고 과기부장관 또한 이를 하나의 과제로 보고 처분하였고, 그 과제의 개시시점 또한 최초의
개시시점인 2010년 9월로 보고 해당 기간에 적용되는 제재적 처분기준에 대한 규정(구 관리규정 제27조)을 적시하였는바, 설
령 갱신 협약이 있다고 가정하더라도 그 실질적인 내용은 기존의 과제의 기간만을 연장하는 것에 불과할 것으로 보이고(갑
제22, 24호증의 기재에 의하면, 과기부 과제의 경우 총 연구기간은 2010. 9. 1.부터 2017. 8. 31.로 84개월, 그중 다년도 협약
연구기간은 2010. 9. 1.부터 2014. 8. 31.까지였다가 2014. 9. 1.부터 2017. 8. 31.로 연장된 사실을 인정할 수 있고, 이에 따
르면 1회의 협약 체결 기회에 다년간의 연구에 관한 협약을 동시에 체결한 것으로 보인다), 해당 협약이 새로운 연구개발과
제를 부여하는 새로운 협약이라고 평가되어 개정된 관리규정의 제재적 처분기준이 적용되지는 않을 것으로 보인다.
2) 제43조(임금 지급)
① 임금은 통화로 직접 근로자에게 그 전액을 지급하여야 한다. 다만, 법령 또는 단체협약에 특별한 규정이 있는 경우에는 임
금의 일부를 공제하거나 통화 이외의 것으로 지급할 수 있다.
3) 피고 과기부장관 또한 위와 같은 전제에서, 최초 처분을 위한 사전통지 당시에는 참여제한 기간을 5년으로 예고하였다가(갑갑
제3호증), 실제 처분 당시에는 3년으로 감경하여 처분에 이른 것으로 보인다(갑 제9호증의 '이의신청 심의결과'란 참조).