폐업한 소기업에 해당하여 단순경비율로 소득금액을 결정하여야 하는지 여부

법인등기상 목적사업 중 일부가 중소기업의 범위 규정에 해당한다는 점만으론 그 사업을 주된 사업으로 영위하여 왔다고 보기는 어려움

조세특례제한법 제7조 [중소기업에 대한 특별세액 감면]

법인세법 시행령 제104조 (추계결정 및 경정)

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2006. 11. 16.(소장 기재 '2006. 11. 30.'은 오기로 보인다) 원고에 대하여 한 2002 사업연도 법인세 554,820,850원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002 사업연도 법인세 정기신고 당시 수입금액 및 소득금액(모두 토지매매업에 따른 것이었다)을 각각 2,200,000,000원 및 419,000,000원으로 신고하였다.

나. 피고는 2005. 10. 13.부터 같은 해 11. 30.까지 원고의 2002 사업연도에 대하여 법인세 통합조사를 실시한 결과, "소득금액의 계산에 필요한 장부 및 기타 증빙서류가 없다"는 이유로 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호에 따라 원고의 소득금액을 추계하여, 이를 기초로 2006. 11. 16. 원고에 대하여 2002 사업연도 법인세 554,820,850원을 부과하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 2007. 2. 5. 이 사건 처분에 관하여 피고에게 이의를 신청하였고, 위 이의신청이 기각되자 2007. 7. 2. 국세심판원에 심판을 청구하였던바, 국세심판원은 2007. 11. 20. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1호증의 1 내지 9, 을 제2호증의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 실질적으로 폐업한 소기업에 해당하므로, 피고는 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호에 따라 원고의 소득금액을 추계하여야 한다. 그럼에도 불구하고 피고는 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호가 아닌 같은 항 제1호에 따라 원고의 소득금액을 추계하여 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

법인세법 제66조 (결정 및 경정)

법인세법 시행령 제104조 (추계결정 및 경정)

조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)

다. 인정사실

1) 원고는 1970. 11. 6. 택지조성 및 부동산매매업, 유통업, 조경사업 등을 사업목적으로 하여 설립된 뒤 1993. 11. 5. 법인등기상 사업목적에서 택지조성 및 부동산매매업을 삭제하였다.

2) 원고는 설립 이후 현재가지 관할관청에 휴업이나 폐업을 신고하지 아니하면서 2001 사업연도부터 2006 사업연도까지 모든 수입금액을 부동산매매업에 따른 것으로 하여 법인세를 신고하여 왔다. 한편 정○목은 1998. 1. 13. 원고의 이사로 취임한 뒤 2001. 1. 13. 2004. 3. 31. 2007. 3. 31. 각 중임하였다.

3) 피고는 2002. 4. 4. 원고가 더 이상 사업을 영위하지 않는다는 이유로 2000. 12. 31.로 소급하여 원고를 직권폐업하였다가 2005. 11. 1. 이를 취소하였다.

[인정근거] 을 제3 내지 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 과세관청은 법인세의 과세표준과 세액을 경정하는 경우 장부 기타 증빙서류를 근거로 하되, 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없는 경우 등에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있고(법인세법 제66조 제3항, 법인세법 시행령 제104조 제1항 제1호), 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 경우에는 "수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법" 등 합리적인 방법으로 인정되어 국세청장이 정하는 방법으로 추계한다(법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호, 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호의2), 그런데 "조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업"이란 "조세특례제한법 시행령 제2조 제1항에 따른 중소기업" 중 상시 사용하는 종업원수가 일정한 수 미만인 기업을 의미하고(조세특례제한법 제6조 제5항), 다시 이러한 중소기업은 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항에서 정한 각종 사업을 주된 사업으로 영위하는 기업이어야만 한다.

2) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 자신이 2002 사업연도에 "조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 경우"에 해당하였다는 취지로 주장하나, 원고의 법인등기상 목적사업 중 일부가 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항에서 정한 사업에 해당한다는 점만 가지고는 원고가 위 규정에서 정한 각종 사업을 주된 사업으로 영위하여 왔다고 보기 어렵고 달리 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고는 "조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업"에 해당한다고 볼 수 없다.

3) 또한, 앞에서 본 바와 같이 원고가 설립 이후 현재까지 관할관청에 휴업이나 폐업을 신고하지 아니하면서 2001 내지 2006 사업연도에 계속하여 부동산매매업에 따른 수입금액을 신고하여 온 점에 비추어 보면, 원고 주장의 다른 사정들(㉠ 원고가 그 주된 사업인 택지조성사업을 위하여 취득한 토지 대부분이 1973년경 개발제한구역 내에 편입되어 사실상 택지조성사업을 영위하지 못하게 된 점, ㉡ 이에 따라 원고가 1975년경 이후에는 부동산을 전혀 취득하지 아니하는 한편 부동산매매업의 일환으로가 아니라 오직 청산을 목적으로 보유 부동산을 처분하여 온 점, ㉢ 원고에게는 상근직원이 없고 2000년경 이후로는 부동산 매각 외의 영업행위를 하지 아니한 점, ㉣ 피고가 2002. 4. 4. 원고를 직권폐업하였던 점 등)을 모두 고려하더라도, 원고가 실질적으로 2002 사업연도 이전에 폐업하였다고 볼 수는 없다.

4) 따라서 원고의 주장은 어느 모로 보나 이유 없고, 이 사건 처분에는 원고의 주장과 같은 위법이 있다고 할 수 없다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.