beta
사건
2019누30654 양도소득세 경정 거부처분 취소
원고, 항소인
A 종친회
소송대리인 법무법인 정세
담당변호사 이명재
피고, 피항소인
고양세무서장
소송대리인 법무법인 어울림
담당변호사 안혜림
변론종결
2020. 1. 17.
판결선고
2020. 5. 22.
주문
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용을 원고가 부담한다.
청구취지 및 항소취지
제1심 판결을 취소한다.
피고가 2017. 6. 30. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.
이유
1. 인정사실
아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1, 3, 6, 8, 10, 11, 12호증, 을제1, 4, 7, 9, 10호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.
[1]
○ 원고는 1985. 1. 1. 고양시 일산동구 B 임야 11,062㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 취득하였다가 2015. 11. 23. C 외 10명에게 이 사건 토지를 대금 8,466,012,500원에 매도하는 계약을 체결하였다.
○ 한편으로 원고를 대리한 세무사 D가 2016. 1.경 제목이 '사업자등록신청서(개인사업자용)'이고 그 아래에 '(법인이 아닌 단체의 고유번호 신청서)'라고 기재된 서식에 필요사항을 기재한 서면(갑 제10호증 및 을 제7호증, 이하 '이 사건 신청서'라 한다)을 피고에게 제출하였다. 이에 기하여 피고가 2016. 1. 7. 원고에게 E의 '고유번호증'(갑 제12호증의 1)을 발급하였다.
○ 원고는 2016. 1. 21. 위 매도 대금을 모두 지급받고 이 사건 토지에 관하여 위 매수인들 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다.
○ 원고는 2016. 3. 28. 이 사건 토지의 양도에 관하여 피고에게 양도소득세 2,211,714,370원을 신고·납부하였다.
[2]
○ 그 후 원고가 2017. 5. 11. 피고에게, 위와 같이 신고·납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 그 청구이유는, 원고는 「법인세법」이 적용되는 비영리내국법인이므로 이 사건 토지의 양도에 관하여 양도소득세 납부의무를 지지 않고, 이 사건 토지는 원고가 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이어서 그 양도에 관하여 법인세 납부의무도 지지 않는다는 것이었다.
○ 피고가 2017. 6. 30. 원고의 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라고 한다)을 하였다. 그 처분이유는, 종중인 원고가 「국세기본법」 제13조 제2항에 따라 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 바가 없으므로 원고는 「국세기본법」 제13조 제2항이 규정하는 '법인으로 보는 단체'에 해당하지 아니하고, 따라서 원고의 위와 같은 주장을 받아들일 수 없다는 것이었다.
○ 그 후 원고가 2017. 9. 12. 제목이 '법인으로 보는 단체의 승인신청서'라고 기재된 서식에 필요사항을 기재한 서면(갑 제11호증)을 피고에게 제출하였다. 이에 기하여 피고가 2017. 9. 22. 원고에게 F의 '고유번호증'(갑 제12호증의 3)을 발급하였다.
2. 원고의 주장
가. 법인으로 보는 단체
원고가 2016. 1.경 「국세기본법」 제13조 제2항이 규정하는 '법인으로 보는 단체'의 실질을 갖추고 그 승인을 받을 의사로 「국세기본법 시행령」 제8조가 규정하는 서류를 구비하여 세무사를 통하여 피고에게 이 사건 신청서를 제출하였는데, 피고 소속 공무원의 고의·과실로 인하여 2016. 1. 7. 원고에게 '법인 아닌 단체'의 고유번호증이 발급되었으므로, 당시 원고가 「국세기본법」 제13조 제2항이 규정하는 세무서장의 승인을 받지 않았더라도 조세평등원칙 및 실질과세원칙에 따라 원고는 「국세기본법」 제13조 제2항이 규정하는 '법인으로 보는 단체'로 보아야 한다. 따라서 원고는 '법인으로 보는 단체'로서 이 사건 토지의 양도에 관하여 양도소득세 납부의무를 지지 않고, 이 사건 토지는 '법인으로 보는 단체'인 원고가 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이어서 원고는 이 사건 토지의 양도에 관하여 법인세 납부의무도 지지 않으므로, 원고가 이 사건 토지의 양도에 관하여 신고·납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 최초사업연도 손익
원고가 2016. 1.경 「국세기본법」 제13조 제2항이 규정하는 '법인으로 보는 단체'에 해당하지 않는다고 하여도 그 후 원고가 2017. 9. 22. 세무서장으로부터 '법인으로 보는 단체'의 승인을 받았으므로, 2016. 1. 21. 이 사건 토지의 양도로 인한 손익은 최초사업연도 개시일 전에 생긴 손익으로서 '법인으로 보는 단체'의 승인을 받은 원고의 최초사업연도 손익에 산입할 수 있다. 따라서 원고는 이 사건 토지의 양도에 관하여 양도소득세 납부의무를 지지 않으므로, 원고가 이 사건 토지의 양도에 관하여 신고·납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
3. 판단
가. 법인으로 보는 단체
1) 세무서장의 승인
(1) 원고가 2016. 1. 21. 이 사건 토지를 양도하였는데, 「국세기본법」 (2016. 12. 20. 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조는 '법인 아닌 사단·재단, 그 밖의 단체'를 '법인 아닌 단체'라고 하면서, 그러한 단체 중 '법인으로 보는 단체'에 관하여 규정하였다.
「국세기본법」 제13조 제1항은, '법인 아닌 단체' 중 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단·재단 등은 법인으로 본다고 규정하였다. 같은 법 제13조 제2항은, 제1항에 따라 법인으로 보는 단체 이외의 '법인 아닌 단체' 중 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리하는 등 일정 요건을 갖추고 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체도 법인으로 본다고 규정하였다.
(2) 위와 같은 「국세기본법」 규정은, 조세법의 특성상 과세되는 조세의 종류 및 과세대상을 특정하기 위하여 법인격 없는 사단·재단, 기타 단체 중 일정한 요건을 갖춘 단체에 대하여만 세법의 적용에 있어 법인으로 본다는 것으로서, 조세법의 특성 및 법적 안정성에 기초한 규정이다(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결 참조).
이러한 규정의 성격과 아울러 「국세기본법」 제13조 제1항은 '법인 아닌 단체' 중 일정한 단체는 별도의 신청 및 승인 절차 없이 당연히 법인으로 본다고 규정하면서 같은 법 제13조 제2항은 '법인 아닌 단체' 중 일정 요건을 갖추고 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체를 법인으로 본다고 규정한 취지에 비추어 보면, 「국세기본법」 제13조 제2항이 규정하는 일정 요건을 갖추었더라도 세무서장에게 신청하여 승인을 받지 않은 이상, 법인으로 볼 수 없다고 할 것이다.
(3) 원고는, 「국세기본법」 제13조 제2항이 규정하는 일정 요건을 갖춘 이상, 세무서장에게 신청하여 승인을 받지 않더라도 조세평등원칙 및 실질과세원칙에 따라 법인으로 보아야 한다고 주장한다.
그러나 「국세기본법」 제13조는 앞서 본 바 같이 조세법의 특성 및 법적 안정성에 기초한 규정이고, 같은 법 제13조 제2항은 '법인 아닌 단체' 중 '법인으로 보는 단체'를 세무서장의 승인에 의하여 특정함으로써 조세법률관계를 명확히 하려는 규정이라고 할 것이다. 이러한 규정의 성격과 내용 등에 비추어 보면, 세무서장의 승인을 받지 않은 이상 법인으로 볼 수 없고, 그 승인을 받지 않더라도 법인으로 보아야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
2) 원고의 신청
(1) 앞서 본 인정사실에 의하면, 원고를 대리한 세무사 D가 2016. 1.경 제목이 '사업자등록신청서(개인사업자용)'이고 그 아래에 '(법인이 아닌 단체의 고유번호 신청서)'라고 기재된 서식에 필요사항을 기재한 이 사건 신청서(갑 제10호증 및 을 제7호증)를 제출하고, 이에 기하여 피고가 2016. 1. 7. 원고에게 E의 '고유번호증'(갑 제12호증의 1)을 발급하였다.
을 제7호증의 기재에 의하면, 이 사건 신청서에 원고 대표자 G의 주민등록증 사본 및 인감증명서와 함께 ① 종중회장 확인서, ② 종원 확인서, ③ 사무소 무상사용 승낙서, ④ 1992. 2. 16.자 종중회칙, ⑤ 이 사건 토지의 등기사항전부증명서, ⑥ 이 사건 토지의 폐쇄등기부 증명서가 첨부되어 피고에게 제출된 사실이 인정된다.
(2) 「소득세법」 (2016. 12. 20. 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조 제5항 제1호는, 법인으로 보는 단체 외의 사단·재단 또는 그 밖의 단체' 중 종합소득이 있는 자로서 사업자가 아닌 자에 대하여 세무서장이 고유번호를 매길 수 있다고 규정하였다. 「소득세법 시행령」 (2017. 2. 3. 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제220조는, 「소득세법」 제168조 제5항의 규정에 따른 고유번호는 '법인으로 보는 단체 외의 사단·재단 그 밖의 단체'의 소재지 관할 세무서장이 부여한다고 규정하였다.
「소득세 사무처리 규정」 (국세청 훈령, 2016. 4. 1. 개정되기 전의 것) 제11조 제1항은, '법인 아닌 단체'는 「부가가치세법 시행규칙」 별지 제3호 서식 '사업자등록신청서(개인사업자용)'에 의하여 고유번호를 신청할 수 있다고 규정하였다. 같은 규정 제11조 제2항은, 제1항의 고유번호 신청을 하는 경우 '법인 아닌 단체'의 대표자 증명서류, 정관·협약 등 단체의 성격을 파악할 수 있는 서류 등 세적관리에 필요한 서류를 제출하여야 한다고 규정하였다.
원고의 사무총장인 제1심 증인 H의 증언에 의하면, 2016. 1.경 이 사건 신청서 제출 당시 원고가 세무사에게 '법인으로 보는 단체'의 고유번호증을 발급해 달라고 구체적으로 부탁한 바는 없고, 일단 원고의 통장을 만들려면 고유번호증이 필요했고, 세금 관계도 있기 때문에 일단 등록을 해야 하는데 등록에 필요한 것이 무엇이냐고 했더니, 정관이라든지 대표 회장의 인감이라든지 이런 것들을 내라고 하여 6가지 서류를 냈다는 것이다(증언 녹취서 9면 내지 10면).
(3) 위에서 본 이 사건 신청서 제출 경위 및 관련 규정 내용 등에 비추어 보면, 원고가 2016. 1.경 세무사를 통하여 피고에게 이 사건 신청서를 제출하였을 당시 '법인으로 보는 단체'와 '법인 아닌 단체'에 대한 확실한 인식이 있었다거나, 「국세기본법」 제13조 제2항이 규정하는 '법인으로 보는 단체'의 승인을 받을 의사가 명백하였다고 보기 어렵고, 종중인 원고가 종중원 개인들과는 별개의 '단체'로서 행위하는 데 필요한 등록을 한다는 정도의 의사로 보일 뿐이다.
또한 이 사건 신청서에 첨부된 서류는 원고가 「소득세법」 등에 따라 '법인으로 보는 단체 외의 사단·재단 또는 그 밖의 단체'의 고유번호를 부여받기 위해서 제출할 서류와 다르지 않는 것이어서, 원고가 '법인으로 보는 단체'의 승인을 받을 의사로 첨부하였다고 단정하기 어렵다.
(4) 원고는 다음과 같이 주장한다. 즉, 이 사건 신청서 제출 당시 '법인으로 보는 단체'의 승인을 받기 위해 6가지 서류를 첨부하였는데, '법인 아닌 단체'의 사업자등록을 신청할 경우 「부가가치세법」 제8조 제1항, 같은 법 시행령 제11조 제1항 및 제3항에 따라 사업장 소재지 및 임차 사실을 입증할 임대차계약서 사본만을 첨부하면 되는 것이었고, 이에 따라 피고 소속 공무원으로서는 원고가 '법인으로 보는 단체'의 승인을 신청한다는 것을 분명하게 인식할 수 있었음에도 불구하고 원고로 하여금 '법인 아닌 단체'의 등록신청서를 작성하게 한 고의·과실이 있으므로, 원고는 '법인으로 보는 단체'의 승인을 받은 것으로 보아야 한다는 것이다.
그러나 앞서 본 바에 의하면, '법인으로 보는 단체 외의 사단·재단 또는 그 밖의 단체'의 고유번호를 부여받는 경우 「소득세법」 등이 정하는 바에 따라 '법인 아닌 단체'의 대표자 증명서류, 정관·협약 등 단체의 성격을 파악할 수 있는 서류 등 세적관리에 필요한 서류를 제출하는 것으로서, '법인 아닌 단체'의 사업자등록을 신청할 경우 「부가가치세법」 제8조 제1항, 같은 법 시행령 제11조 제1항 및 제3항에 따라 사업장 소재지 및 임차 사실을 입증할 임대차계약서 사본만을 첨부하면 된다는 원고의 주장은 법령상 근거 있는 주장이라고 할 수 없다.
또한 앞서 본 바에 의하면, 이 사건 신청서는 제목이 '사업자등록신청서(개인사업자용)'이고 그 아래에 '(법인이 아닌 단체의 고유번호 신청서)'라고 기재된 서식에 필요사항을 기재한 것인데, 이러한 서식은 '법인으로 보는 단체 외의 사단·재단 또는 그 밖의 단체'의 고유번호를 부여받는 경우 「소득세법」 등이 정하는 바에 따라 사용하는 서식이고, 이 사건 신청서에 첨부된 서류는 원고가 「소득세법」 등에 따라 '법인으로 보는 단체 외의 사단·재단 또는 그 밖의 단체'의 고유번호를 부여받기 위해서 제출할 서류와 다르지 않다.
나아가 앞서 본 바에 의하면, 원고가 2016. 1.경 이 사건 신청서를 제출한 후 2017. 9. 12. 제목이 '법인으로 보는 단체의 승인신청서'라고 기재된 서식에 필요 사항을 기재한 서면(갑 제11호증)을 피고에게 제출하고, 이에 기하여 피고가 2017. 9. 22. 원고에게 F의 '고유번호증'을 발급하였는데, 이 서식에는 '법인으로 보는 단체'의 '승인'을 받는다는 취지가 명시되어 있다.
이상과 같은 사정을 종합해 보면, 이 사건 신청서 제출 당시 피고 소속 공무원이 원고가 '법인으로 보는 단체'의 승인을 신청한다는 것을 분명하게 인식할 수 있었다고 보기 어렵고, 따라서 그 공무원이 분명하게 인식할 수 있었음에도 불구하고 원고로 하여금 '법인 아닌 단체'의 등록신청서를 작성하게 한 고의·과실이 있다고 하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
(5) 원고는 또한 다음과 같이 주장한다. 즉, 앞서 본 바와 같이 원고가 2017. 9. 12. 제목이 '법인으로 보는 단체의 승인신청서'라고 기재된 서식에 필요 사항을 기재한 서면(갑 제11호증)을 피고에게 제출하고 이에 기하여 피고가 2017. 9. 22. 원고에게 F의 '고유번호증'을 발급하였는데, 위 서면에는 "기존: 개인으로 보는 단체(E) → 법인으로 보는 단체로 소급정정"이라고 기재되어 있으므로, 피고가 2017. 9. 22. '법인으로 보는 단체'의 승인을 하면서 그 승인을 이 사건 신청서 제출 당시인 2016. 1. 7.로 소급하였다는 것이다.
그러나 위와 같은 기재는 원고 측이 임의로 수기한 것에 불과하고, 앞서 본 바와 같이 피고가 2017. 9. 22. 기존의 E와는 다른 F의 고유번호증을 새로 발급한 점에 비추어 보면, 피고가 2017. 9. 22. '법인으로 보는 단체'의 승인을 하면서 그 승인을 2016. 1. 7.로 소급하였다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
3) 소결
그렇다면 원고가 이 사건 토지를 양도한 2016. 1. 21. 당시 원고는 '법인으로 보는 단체'에 해당한다고 할 수 없으므로, 원고가 '법인으로 보는 단체'에 해당하여 양도소득세 납부의무를 지지 않는다고 하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
또한 이 사건 토지가 원고의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이어서 원고는 법인세 납부의무를 지지 않는다는 주장 역시, 원고가 '법인으로 보는 단체'에 해당함을 전제로 하는 것이므로, 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.
나. 최초사업연도 손익
(1) 「법인세법」(2016. 12. 20. 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제1항은, 사업연도는 법령 또는 법인의 정관 등에서 정하는 1회계기간으로 하되, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다고 규정하였다. 같은 법 제6조 제5항은, 사업연도를 정하여 신고하지 않은 경우에는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지를 사업연도로 한다고 규정하였다.
「법인세법」 제6조 제6항은 최초사업연도의 개시일 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하였고, 「법인세법 시행령」 (2017. 2. 3. 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1항 제1호 라.목은, 「국세기본법」 제13조 제2항의 규정에 의하여 세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우 그 승인일을 최초사업연도 개시일로 규정하였다.
「법인세법 시행령」 제3조 제2항은, 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다고 규정하면서, 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다고 규정하였다.
(2) 법인기업은 일정한 기간을 나누어 그 기간의 수익, 비용을 계산하고 손익을 확정하고 있는데 통상 이를 영업연도라고 부른다. 사업연도란 영업연도나 이에 준하는 기간으로서 법령 또는 법인의 정관 등에서 정하는 1회계기간을 가리킨다. 이와 같이 법인세의 과세기간인 사업연도는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 선택한 기간에 의한다. 다만 그 기간은 1년을 초과할 수 없는데, 이는 기간의 길이에 대해 제한을 두지 않을 경우 기간손익계산의 취지가 흐려지기 때문이다(헌법재판소 2004. 7. 15. 선고 2003헌바45, 56, 82 결정 참조).
(3) 원고는 앞서 본 바와 같이 2017. 9. 22. 「국세기본법」 제13조 제2항이 규정하는 '법인으로 보는 단체'의 승인을 받았고, 을 제9호증의 기재에 의하면 2017. 2. 19. 개정된 원고의 정관 제25조에서 회계연도를 매년 1. 1.부터 12. 31.까지로 정한 사실이 인정된다.
그렇다면 특별한 사정이 없는 한, 원고의 최초사업연도 개시일은 「법인세법 시행령」 제3조 제1항 제1호 라.목에 따라, 원고가 '법인으로 보는 단체'의 승인을 받은 2017. 9. 22.이고, 최초사업연도 종료일은 원고의 정관에 따라, 2017. 12. 31.이다.
원고는 앞서 본 바와 같이 2016. 1. 21. 이 사건 토지를 양도하였으므로 그로 인한 손익은 최초사업연도 개시일(2017. 9. 22.) 전에 생긴 손익이고, 이를 최초사업연도 손익에 산입하려면 「법인세법 시행령」 제3조 제2항에 따라 최초사업연도 개시일을 이 사건 토지를 양도한 2016. 1. 21.로 하면서, 그에 따른 최초사업연도 기간이 1년을 초과하지 않아야 한다.
그런데 이 사건 토지를 양도한 2016. 1. 21.부터 위에서 본 최초사업연도 종료일인 2017. 12. 31.까지는 1년을 초과하고, 따라서 최초사업연도 기간이 1년을 초과하게 되므로, 결국 원고는 이 사건 토지의 양도로 인한 손익을 최초사업연도 손익에 산입할 수 없다.
(4) 원고는 다음과 같이 주장한다. 즉, 「국세기본법」 제13조가 '법인으로 보는 단체'의 승인을 받기 이전에 생긴 손익을 그 법인에 귀속시키기 위한 근거 규정을 두지 않은 것은 위헌이고, 위 「법인세법 시행령」 제3조 제2항은 규정의 내용이 불명확하여 명확성 원칙에 반할 뿐 아니라, 「국세기본법」 제13조에 규정할 것을 편의적으로 「법인세법 시행령」 에 규정한 것으로서 조세법률주의 및 포괄위임입법금지 원칙에 반한다는 것이다.
살피건대, 「국세기본법」 제13조 제2항은 앞서 본 바와 같이 '법인 아닌 단체' 중 일정 요건을 갖춘 단체가 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 경우 그 단체를 법인으로 보아 세법을 적용한다는 규정이다. 따라서 위 조항에 따라 세무서장의 승인을 받은 단체는 법인으로 보아 「법인세법」의 적용을 받게 되므로, 그 승인을 받기 이전에 생긴 손익을 그 단체에게 귀속시키기 위한 규정을 반드시 「국세기본법」 제13조에 두어야 한다고 할 수 없고, 그러한 규정을 「법인세법」 등에 두더라도 위헌이라고 할 수 없다.
또한 「법인세법」 제6조는 법인의 사업연도에 관하여 규정하면서 최초사업연도 개시일 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하였고, 이에 따라 「법인세법 시행령」 제3조 제1항이 세무서장의 승인을 받은 단체의 경우 그 승인일을 최초사업연도 개시일로 한다고 규정하면서, 같은 시행령 제3조 제2항이 최초사업연도 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 귀속시킨 것이 있는 경우 최초사업연도 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 최초사업연도 손익에 산입할 수 있다고 규정하였다. 이러한 규정이 명확성 원칙에 반한다고 할 수 없고, 조세법률주의 및 포괄위임입법금지 원칙에 반하고 할 수도 없다.
(5) 그렇다면 이 사건 토지의 양도로 인한 손익을 '법인으로 보는 단체'의 승인을 받은 원고의 최초사업연도 손익에 산입할 수 없으므로, 그와 같이 산입할 수 있음을 전제로 양도소득세 납부의무를 지지 않는다고 하는 원고의 주장도 받아들일 수 없다.
4. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것이다. 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하였으므로 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.
판사
재판장 판사 강승준
판사 고의영
판사 이원범