양도소득세 부과 처분 취소

이 사건 개별공시지가 산정은 위법하지 않고, 실지거래가액을 적용한 점, 쟁점계약서상 매매대금에 의해 양도가액을 산정한 점, 취득가액을 환산가액으로 결정한 점은 모두 적법하다.

소득세법 162조 제1항, 114조 제4항, 제96조 제1항

청주지방법원-2016-구합-556

쟁점 외 토지에 위험물 저장 및 처리시설을 신축하는 건축허가를 받았다.

8) 이 사건 전체 토지의 공시지가 변동내역은 아래 표와 같다.

- 8 -

구분 토지 가격 기준년도 개별공시지가 기준일자 공시일자

쟁점 1 토지

**리 산9-4

2010 5,090 2010. 1. 1. 2010. 5. 31.

2004 3,450 2004. 1. 1. 2004. 6. 30

**리 산9-5

2010 5,090 2010. 1. 1. 2010. 5. 31.

2004 3,450 2004. 1. 1. 2004. 6. 30.

쟁점 2 토지

**리 232-4

2010 67,500 2010. 1. 1. 2010. 5. 31.

2005 59,800 2005. 1. 1. 2005. 5. 31.

2004 52,200 2004. 7. 1. 2004. 10. 30.

2004 4,320 2004. 1. 1. 2004. 6. 30.

**리 232-5

2010 41,900 2010. 1. 1. 2010. 5. 31.

2005 28,800 2005. 1. 1. 2005. 5. 31.

2004 4,820 2004. 7. 1. 2004. 10. 30.

쟁점 외 토지

**리 산9-1

2010 5,090 2010. 1. 1. 2010. 5. 31.

2004 3,450 2004. 1. 1. 2004. 6. 30

**리 232-2

2010 11,300 2010. 1. 1. 2010. 5. 31.

2005 8,000 2005. 1. 1. 2005. 5. 31.

2004 4,320 2004. 1. 1. 2004. 6. 30

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4, 6, 9, 12, 13, 23호증, 을 제2, 7호증의

각 기재, 이 법원의 **군수에 대한 사실조회 결과, 변론 전체의

취지

라. 이 사건 처분의 적법(適法)

1) 제1 주장에 대한 판단

살피건대, 앞서 본 증거들, 을 제8 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취

지를 종합하여 알 수 있는 다음 사정들에 비추어 보면, 피고가 양도가액 및 취득가액

안분의 기준으로 삼은 개별공시지가 산정이 위법하다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정

할 증거가 없다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

- 9 -

가) **리 232-4 토지의 2004. 7. 1. 기준 개별공시지가는 위 토지 개발행

위의 목적이 주유소부지 조성이었음을 근거로 토지이용상황을 상업나지로 적용하고 비

교표준지를 주유소 표준지로 적용하여 결정된 것으로 보이고, **리 232-5 토지의

2005. 1. 1. 기준 개별공시지가의 경우 주변의 토지이용상황이 상업ㆍ업무지대로서 그

토지에 건축물이 없거나 일시적으로 타용도로 이용되고 있으나, 가까운 장래에 상업용

또는 업무용으로 이용ㆍ개발될 가능성이 높은 토지로서 상업나지로 평가된 것으로 보

이며, 감정평가를 거친 이러한 공시지가 결정에 달리 위법이 없다.

나) 실질적으로 개발행위허가를 받아 진ㆍ출입로가 확보된 상황에서 토지이

용이 용이하도록 진ㆍ출입할 수 있다면 맹지라고 볼 수 없고, 이 사건 쟁점토지에 대

한 경매절차에서 작성된 감정평가서에도 이 사건 쟁점토지에 진입로를 통해 차량 진

ㆍ출입이 가능하다고 기재되어 있으므로, 이 사건 쟁점토지는 국도 34호선에 접하여

있거나 접하여 있는 토지를 이용하여 통행이 충분히 가능했던 것으로 보인다.

다) 공시지가 산정 시 다양한 요소를 일일이 고려하여 조사하는 것은 사실

상 불가능하므로 공시지가 산정 시에는 다양한 조건들이 동일하다는 전제 아래 최단직

선거리를 조사하도록 하고 있고, 이에 대하여는 지방자치단체 조사담당자가 조사하여

판단할 수 있도록 하고 있는바, 이 사건 쟁점토지의 경우에도 이러한 점을 고려하여

감정평가사의 판단에 따라 도로와의 거리를 측정한 이상 그와 같은 조사 및 산정결과

에 오류가 있다고 볼 수는 없다.

라) 이 사건 쟁점토지상 건물이 축조되지 않은 상황에서 단지 각종 인 ・ 허

가를 받았다는 사정만으로는 주용도와 부용도를 구분하기 어려워 용도상 불가분의 관

계라고 보기 어려우므로, 일단지 조사가 아닌 개별필지 조사를 하는 것이 타당하다.

- 10 -

마) 원고는 개별공시지가 공시 후 약 10년이 지나서야 **군청, 충청북도

청 감사관실, 국민권익위원회에 민원을 제기하였으나, 위 기관에서 모두 공시지가의 위

법이 없다고 판단하였다.

바) 설령 원고 주장과 같이 이 사건 쟁점 2 토지가 인근 토지들과 비교하여

상대적으로 고가로 평가되었다고 하더라도, 각 토지마다 특성 및 평가요소 등에 차이

가 있고 지가산정 목적에 따라 개별공시지가의 증액 또는 감액도 가능하므로, 그러한

사정만으로는 개별토지가격 결정이 위법하다고 볼 수 없다.

2) 제2 주장에 대한 판단

가) 살피건대, 갑 제4, 11호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 이

쟁점 1 토지의 소유자인 HHH과 이 쟁점 2 토지의 소유자인 AAA이 이

쟁점토지를 원고에게 3억 7,000만 원에 매도하기로 하는 계약서를 2003. 3. 25.

작성한 사실, HHH은 2003. 5. 26. 중도금 1억 8,000만 원을, 2003. 6. 16. 잔금 7,000

만 원을 원고로부터 수령하였다는 영수증을 작성하여 준 사실은 인정된다.

나) 그러나 AAA이 HHH에게 매매대금 수령권한을 위임하였다거나 이만

훈이 원고로부터 매매대금을 지급받았음을 원고에게 확인해 주었다는 등 원고가 이 사

건 쟁점 2 토지의 매도인 AAA에게 2003. 6 16. 이 사건 쟁점 2 토지의 매매대금을

청산했다는 점을 인정할 증거가 없고, 오히려 갑 제5호증의 기재에 의하면, AAA과

원고는 2004. 1. 29.자로 이 사건 쟁점 2 토지에 관한 매매계약서를 작성하면서 매매대

금 1,900만 원을 계약 시 지급하고 영수하였다고 기재한 사실, 이 사건 쟁점 2 토지에

관한 원고의 소유권이전등기 시 그 등기원인이 2014. 1. 29.자 매매로 기재되어 있는

사실을 인정할 수 있으므로, 결국 이 사건 쟁점 2 토지에 관한 대금청산일이 언제인지

- 11 -

는 분명하지 않다. 따라서 원고의 이 사건 쟁점 2 토지 취득일은 구 소득세법 시행령

제162조 제1항 제1호에 따라 소유권이전등기일인 2004. 2. 4.로 보아야 한다.

다) 그렇다면 원고는 이 사건 쟁점 2 토지를 2004. 2. 4. 취득하여 2004.

12. 28. BBB에게 양도하였으므로, 이 사건 쟁점 2 토지는 원고가 취득 후 1년 이내

로 보유한 부동산이어서 구 소득세법 제96조 제1항 제4호에 의하여 실지거래가액에 따

라 양도소득세를 산정하여야 한다. 원고의 위 주장도 이유 없다.

3) 제3 주장에 대한 판단

살피건대, 위 인정사실과 앞서 본 증거들, 을 제1, 2, 5호증의 각 기재, 변론

전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음 사정들에 비추어 보면, 이 사건 쟁점계약서

상 매매대금인 9억 4,000만 원을 이 사건 전체 토지의 실지거래가액으로 보아야 한다.

원고의 위 주장도 이유 없다.

가) 피고의 재조사에서 EEE은 이 사건 전체 토지 매매는 원고 및 원고와

형제관계에 있는 사람이 주도하였고, 매매대금은 9억 4,000만 원이라고 진술하였다.

나) 원고는 이 사건 쟁점계약서상 계약금 및 1ㆍ차 중도금 지급일에 총 2

억 5,000만 원을 KKK, JJJ로부터 송금받았다.

다) 원고는 FFF이 BBB로부터 받은 4억 원은 매매대금이 아닌 EEE

의 기존 채무 변제(갑 제24호증)라고 주장하나, EEE은 FFF을 알지 못하고 4억 원

을 빌린 사실도 없다고 말하였고, FFF도 당시 상황이 자세히 기억나지 않는다고 말

하는 등 위 4억 원이 기존 채무 변제라고 보기 어렵다.

라) EEE은 "계약서 작성 시 중개인 GGG와 동행하여 원고에게 5,000만

원을 지급한 것으로 알고 있고, CCC과 원고의 가압류 청구금액 55,400,000원 중

- 12 -

4,000만 원은 미지급 매매잔금이다"라고 진술하였는바, 위 9,000만 원과 원고 및 이춘

난에게 이체된 8억 5,000만 원을 더하면 이 사건 쟁점계약서상 매매대금인 9억 4,000

만 원과 일치한다.

마) 원고 주장에 의하더라도 이 사건 전체 토지의 실질적 매수인은 BBB

가 아닌 EEE이라는 것인데, EEE과 원고 및 CCC 사이에 잔금을 2004. 9. 20.까

지 지급한다는 특약이 있었고, 이는 이 사건 쟁점계약서상 잔금지급일과 일치한다.

바) 이 사건 검인계약서와 달리 이 사건 쟁점계약서의 특약사항에는 매매계

약 이행과 관련된 내용이 구체적으로 명시되어 있다.

4) 제4 주장에 대한 판단

살피건대, 갑 제11호증의 기재는 위 2)항에서 본 바와 같이 이 사건 쟁점 2

토지에 관하여 매매대금을 1,900만 원으로 정한 2004. 1. 29.자 계약서가 존재할 뿐만

아니라, 등기부상 등기원인도 2004. 1. 29. 매매로 기재되어 있는 점에 비추어 믿기 어

렵고, 달리 이 사건 쟁점토지의 취득 당시 실지거래가액을 인정할 만한 증거가 없으며,

구 소득세법 제97조 제1항 제1호 다.목에 따른 매매사례가액, 감정가액을 인정할 증거

도 없으므로, 피고가 이 사건 쟁점계약서상 양도가액인 9억 4,000만 원을 양도 및 취

득당시의 기준시가를 기준으로 안분계산하여 취득가액을 산정한 이 사건 처분에 위법

이 있다고 보기 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

이FF

GG세무서장

2018. 4. 19

2018. 5. 24

1. 처분의 경위

가. 원고는 충북 **군 **면 **리(이하 '**리'라 한다) 산9-4 임야 2,559㎡

및 같은 리 산9-5 임야 2,005㎡(이하 위 각 토지를 '이 사건 쟁점 1 토지'라 한다)를

HHH으로부터 2003. 8. 7. 매매를 원인으로 2003. 8. 20. 원고 명의의 소유권이전등

기를 마쳐 취득하고, **리 232-4 전 998㎡ 및 같은 리 232-5 전 258㎡(이하 위 각

토지를 '이 사건 쟁점 2 토지'라 하고, 이 사건 쟁점 1, 2 토지를 '이 사건 쟁점토지'라

한다)를 AAA으로부터 2004. 1. 29. 매매를 원인으로 2004. 2. 4. 원고 명의의 소유권

이전등기를 마쳐 취득하였다.

나. 원고는 BBB에게 2004. 12. 28. 이 사건 쟁점토지의 소유권을 이전하였는데,

양도 당시 이 사건 쟁점토지를 1억 7,000만 원에 BBB에게 매도한다는 2004. 12. 10.

자 매매계약서(갑 제6호증, 이하 '이 사건 검인계약서'라 한다)에 **군수의 검인을 받

았다.

다. 원고는 2005. 2. 28. 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의

것, 이하 '구 소득세법'이라 한다) 제96조에 따라 이 사건 쟁점 1 토지는 1년 이상 보

유하였다며 기준시가를 적용하고, 이 사건 쟁점 2 토지는 1년 미만 보유하였다며 실지

거래가액을 적용하여 계산한 양도소득 합계 114,252,035원에 대한 2004년 귀속 양도소

득세 50,009,380원을 피고에게 신고하며 이 사건 검인계약서를 제출하였다.

라. 한편 BBB가 CCC으로부터 매수하여 소유하던 **리 산9-1 임야 2,667㎡

- 3 -

및 같은 리 232-2 전 998㎡(이하 위 각 토지를 '이 사건 쟁점 외 토지'라 하고, 이 사

건 쟁점토지와 이 사건 쟁점 외 토지를 '이 사건 전체 토지'라 한다)와 이 사건 쟁점토

지에 대한 임의경매 절차에서 2010. 6. 24. DDD가 매각대금을 지급하여 소유권을 취

득하였는데, BBB는 II세무서에 이 사건 전체 토지의 취득가액을 9억 4,000만 원

으로 신고하면서 2004. 7. 28. 원고와 CCC으로부터 이 사건 전체 토지를 일괄하여 9

억 4,000만 원에 매수하였다는 내용의 계약서(갑 제9호증 제12쪽 및 을 제7호증 제6

쪽, 이하 '이 사건 쟁점계약서'라 한다)를 제출하였다.

마. 피고는 II세무서장으로부터 이 사건 쟁점토지의 실지거래가액이 원고의 신고

내용과 다르다는 통보를 받고, 이 사건 쟁점계약서상 9억 4,000만 원을 이 사건 전체

토지의 실지거래가액으로 보고 9억 4,000만 원을 각 필지별 양도 당시와 취득 당시의

기준시가로 안분하여 이 사건 쟁점토지의 양도가액과 취득가액을 다시 계산한 후

2015. 4. 6. 원고에게 2004년 귀속 양도소득세 499,111,040원을 경정ㆍ고지하였다.

바. 그 후 피고는 이 사건 쟁점 1 토지는 원고가 1년 이상 보유한 토지라고 판단하

여 그 가액을 실지거래가액으로 안분계산하지 않고 원고의 기준시가 신고내용대로 인

정하고, 이 사건 쟁점 2 토지는 위 마.항과 같은 방법으로 안분계산하여 이 사건 쟁점

토지의 양도가액을 622,771,783원으로 보고, 2015. 4. 13. 원고에 대한 2004년 귀속 양

도소득세를 467,661,590원으로 재경정ㆍ고지하였다(이하 위와 같이 감액경정된 2015.

4. 6.자 2004년 귀속 양도소득세 467,661,590원의 과세처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 대하여 2015. 7. 10. 이의신청을 하였으나, 2015. 8. 13.

기각되었고, 2015. 11. 18. 조세심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2016. 2. 4. 'BBB

가 원고에게 지급한 양도금액에 대한 금융거래내역 등을 토대로 양도가액을 재조사하

- 4 -

여 그 결과에 따라 이 사건 처분의 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는

기각한다'는 재결을 하였다.

아. 이에 피고는 재조사 후 2016. 3. 26. '이 사건 쟁점계약서 거래대금에 관한 금융

거래내역 등 확인금액 9억 4,000만 원으로 관련 금융거래내역과 BBB(EEE)의 문

답서 및 확인서 등에 근거하여 볼 때 과세내용은 정당한 것으로 사료된다'며 이 사건

처분이 적법하여 경정할 사항이 없다고 조사를 종결하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5, 7, 8, 9호증, 을 제4, 7호증의 각 기재

(가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.

1) 이 사건 쟁점토지의 양도소득을 산정함에 있어 과세표준 산정의 기초가 된

개별 토지 가격 결정은 아래와 같이 위법하게 결정된 공시지가를 기초로 한 것이다(이

하 '제1 주장'이라 한다).

가) 2004. 7. 1. 기준으로 이 사건 쟁점 2 토지 중 **리 232-4 토지에 대하

여 착공신고 및 공사 착공이 없었기 때문에, 이 사건 쟁점 2 토지는 종전의 토지이용

상황인 전(田)으로 평가되어야 하는데도 상업나지(商業裸地)로 평가되었다.

나) 이 사건 쟁점 2 토지는 2004. 토지특성 조사결과 도로에 접한 것으로 조

사되어 이에 따른 가격배율이 적용되었으나, 2004. 당시 이 사건 쟁점토지 인근의 34

번 국도는 공사 중이거나 차량 진 ㆍ출입이 불가능한 상태였기 때문에, 이 사건 쟁점

토지는 맹지로 평가되었어야 한다.

- 5 -

다) 간선도로의 경계로부터 개별 필지까지의 도면상 최단 직선거리가 이 사

건 쟁점토지의 경우 모두 500m 이내임에도 불구하고, 이 사건 쟁점 1 토지는 최단직

선거리가 500m 이상으로 사실과 다르게 적용되어 가격배율에 영향을 미쳤다.

라) 이 사건 쟁점토지는 여러 필지의 토지가 일단을 이루어 용도상 불가분의

관계에 있으므로 일단지로 평가되어야 함에도, 모두 개별적인 토지로 평가되어 이 사

건 쟁점 2 토지의 개별공시지가가 지나치게 높게 평가되었다.

2) 설령 개별 토지 가격 결정이 위법하지 않더라도, 원고는 이 사건 쟁점토지에

관한 매수대금을 2003. 6. 16.에 청산하여 그 무렵 이 사건 쟁점토지를 취득하고 허만

기에게 2004. 12. 28. 양도하였으므로, 원고는 구 소득세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령

령 제18705호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조 제1항에 따라 이 사건 쟁점토

지를 1년 이상 보유한 것이어서 구 소득세법 제114조 제4항 본문, 제96조 제1항 본문

에 따라 '기준시가'에 의한 양도소득세 부과가 되어야 마땅한데도, 피고는 이 사건 쟁

점 2 토지에 관하여 '실지거래가액'을 적용하여 경정 처분하였다(이하 '제2 주장'이라 한다).

3) 설령 피고가 실지거래가액으로 경정한 것이 적법하더라도, 피고가 신빙성이

결여된 이 사건 쟁점계약서상 매매대금 9억 4,000만 원을 실지거래가액에 의한 양도가

액으로 보아 이 사건 처분을 한 것은 위법하다(이하 '제3 주장'이라 한다).

4) 또한 피고가 양도소득의 필요경비로서 공제되는 '취득가액'을 확인된 실지거

래가액인 3억 7,000만 원(갑 제11호증)에 의하지 않고, 양도가액에서 취득 당시 기준시

가를 기준으로 환산하는 방법으로 취득가액을 결정한 추계과세도 위법하다(이하 '제4

주장'이라 한다).

나. 관계 법령

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이 사건 검인계약서 이 사건 쟁점계약서

목적물 이 사건 쟁점토지 이 사건 전체 토지

매도인 원고 원고, CCC

매수인 BBB BBB

계약일 2004. 12. 10. 2004. 7. 28.

대금 1억 7,000만 원 9억 4,000만 원

계약금 2004. 12. 10. 3,000만 원 2004. 7. 28. 5,000만 원

중도금

2004. 8. 2. 1차 중도금 2억 5,000만 원

2004. 8. 16. 2차 중도금 3억 5,000만 원

잔금 2004. 12. 28. 1억 4,000만 원 2004. 9. 20. 2억 9,000만 원

특약

사항

○ 농지 4,000만 원, 비농지 1

억 3,000만 원

○ 매수인의 공사 착공시기

○ 잔금 지급일 단축 가능

○ 매도인의 용역비 지급 책임

○ 매수인의 건축주 명의 변경 등 책임

○ 중도금 미지급 시 불이익

○ 소유권 이전 시 매수인이 지정하는 사

람에게 제반 서류 이전 가능

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 쟁점 외 토지의 매도인 CCC은 원고의 처형의 남편이고, FFF

은 원고의 형수이며, EEE의 처 JJJ는 BBB와 외사촌 동생이다.

2) 이 사건 검인계약서와 이 사건 쟁점계약서의 주요 내용은 다음 표와 같다.

3) 원고와 CCC은 EEE과 "원고, CCC을 매도자, EEE을 매수자"로 하

여 이 사건 전체 토지에 관한 주유소 및 충전소, 휴게소 부지 매매계약에 관한 특약사

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수취일 수취인 송금인 수취금액(원)

2004. 7. 28. 원고 III (EEE의 지인) 50,000,000

2004. 8. 2. 원고 JJJ 200,000,000

2004. 8. 16. 원고 JJJ 100,000,000

2004. 12. 29. FFF BBB 400,000,000

2004. 12. 29. 원고 BBB 100,000,000

합계 850,000,000

항을 작성하였는데, 2항에서 '잔금이 2004. 9. 20.까지이니만큼 2004. 9. 20. 이후 현장

에 공사를 하지 않아서 발생하는 허가에 대한 어떠한 제재 조치도 매도자는 책임지지

않는다'고 정하였다.

4) 원고와 FFF의 계좌에서 다음 표와 같은 거래내역이 확인된다.

5) 원고와 CCC은 청구금액을 5,540만 원으로 하여 2005. 2. 7. 이 사건 전체

토지에 가압류등기를 마쳤다.

6) 한편 분할 전 **리 232-2 전 2,254㎡에서 2013. 8. 14. 분할 전 **리

232-4 전 1,256㎡가 분할등기되었고, 분할 전 **리 232-4에서 2004. 2. 4. **리

232-5가 분할등기되었는데, CCC은 2003. 7. 12. **군수로부터 분할 전 232-2 토

지 중 998㎡에 관하여 LPG충전소 신축을 목적으로 하는 개발행위허가를 받았고, 원고

는 2003. 12.경 **군수로부터 분할 전 **리 232-4 토지에 관하여 주유소 신축부지

조성을 목적으로 개발행위허가를 받았다.

7) 원고는 2004. 2. 9. **리 232-4, 산9-5 각 토지에 위험물 저장 및 처리시

설, 제2종 근린생활시설, 주택을 신축하는 건축허가를 받았고, CCC은 2004. 2. 9. 이