수원지방법원2008구합8636 (2009.07.22)

조심2008중0908 (2008.08.04)

동일한 법인이더라도 법인세 부과처분과 근로소득세 징수처분은 별개의 처분임

동일한 법인소득에 근거를 둔 법인세 부과처분 및 근로소득세 징수 고지 처분은 각기 독립한 별개의 처분으로서 법인세 부과처분만을 대상으로 한 심판청구의 효력이 근로소득세 원천징수분에 대한 정수처분에까지는 미치지 아니한다 할 것임

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 원고가 항소심에서 청구를 확장한 부분의 소를 각하한다.

3. 항소비용(청구확장으로 인하여 생긴 비용 포함)은 원고가 부담한다.

청구취지및항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한 ① 2007. 8. 13.자 2003년 귀속 법인 세 11,307,360원, ② 2007. 8. 16.자 2003년 2기분 부가가치세 10,244,190원, ③ 2008. 2. 1.자 2003년 1월분 근로소득세 8,888,480원의 각 부과처분을 취소한다(원고는 이 법 원에서 위 ③항의 청구취지를 확장하였다).

1. 처분의 경위

가. 원고는 건축 및 토목 공사업 등을 영위할 목적으로 설립된 회사로서(2005. 11. 11. 상호를 '주식회사 AA이엔씨'에서 현재의 '주식회사 BB그룹'으로 변경하였다), 아래 표 기재와 같아 주식회사 CC부강산업(이하 'CC부강산업'이라고 한다) 명의로 된 공급가액 합계 60,800,000원의 매입세금계산서 2장(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)을 교부받은 후 이를 기초로 매입세액 공제를 하여 2003년 2기분 부가가치세 신고를 하고, 위 60,800,000원을 손금산입하여 2003년 귀속 법인세를 신고하였다.

나. 피고는 성동세무서장으로부터 CC부강산업이 자료상이라는 통보를 받고 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 수취된 가공세금계산서로 보아 위 60,800,000원을 손금불산입하여 2007. 8. 13. 원고에 대하여 2003년 귀속 법인세 11,307,360원을 경정ㆍ고지하고, 같은 이유로 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제하여 2007. 8. 16. 2003년 2기분 부가가치세 10,244,190원을 경정ㆍ고지하였다. 또한 피고는, 원고의 대표이사 이AA에게 인정상여 처분된 66,880,000원에 관하여 2008. 2. 1. 2003년 l윌 분 근로소득세 원천징수분 8,888,480원의 징수고지를 하였다(위 법인세 및 부가가치세 부과처분과 근로소득세 징수고지를 통틀어 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실 갑 1, 2, 4호증 갑 5호증의 1, 2, 을 1호증의 1, 2, 을 2, 3호증, 을 4호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지기재와같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고는 DD벤쳐스 등으로부터 인테리어 공사를 도급받았는데, 이 사건 세금계산서는 ① 원고가 하도급업자인 한EE로부터 자재를 매입하고 받은 것이거나 또는 ② 한EE가 CC부강산업으로부터 자재를 매입하고 받은 것으로서 어느 경우나 실제 거래에 따라 세금계산서를 정당하게 수취한 것이므로, 이 사건 세금계산서가 허위라는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 부가가치세부분

원고 주장 자체에 의하더라도 원고는 공사 전체를 한EE에게 일괄 하도급을 주었고 이 사건 세금계산서는 한EE가 CC부강산업으로부터 재화를 공급받은데 대한 것인데, 그 기재 내용은 CC부강산업이 원고에게 공급한 것처럼 되어 있어 그 자체로 사실과 다르게 적힌 세금계산서라 할 것이므로 부가가치세법 제17조 제2항 제1호에 따라 매입세액 공제 대상이 될 수 없다. 따라서 그 매입세액을 불공제한 이 사건 부가가치세 부과처분은 정당하다.

다. 법인세부분

과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증하도록 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등 참조).

이 사건의 경우, 이 사건 세금계산서에 공급자로 기재되어 있는 CC부강산업은 실물 재화의 공급 없이 허위 내용의 가공 세금계산서를 작성하여 판매하는 이른바 자료상으로 밝혀진 사실이 인정될 뿐 아니라(을 2, 3호증), 원고의 필요경비를 산정하는 기초 자료들은 과세관청인 피고로서는 조사하기 어려운 반면 원고에게는 입증하기 용이한 것들이므로 원고에게 그 입증의 필요가 있다고 보는 것이 타당하다.

그러므로 원고가 2003사업연도 기간 중 한EE로부터 실제로 이 사건 세금계산서의 공급가액인 6,080만 원에 상당하는 자재를 매입하고 그 대금을 지급하였거나 또는 하수급자인 한EE에게 위 금액 상당의 공사비를 지급하였는지 사실이 있는지 여부에 관하여 살피건대, 이 사건 변론 과정에서 원고가 제출한 증거만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 객관적인 증거가 없다.

따라서 위 금액 상당을 손금불산입한 이 사건 법인세 부과처분은 적법하다고 할 것이다.

라. 근로소득세 부분

직권으로 살피건대, 갑 4호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 이 사건 처분 중 부가가치세 및 법인세 부과처분에 대해서만 그 취소를 구하는 심판청구를 하고, 근로소득세 징수처분에 대해서는 따로 심사 또는 심판청구를 하지 아니한 사실이 인정된다.

그런데 국세기본법 제56조 제2항은 세법에 의한 처분에 대한 행정소송은 국세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다고 규정하고 있는바, 동일한 법인소득에 근거를 둔 법인세 부과처분 및 근로소득세 징수 고지 처분은 각기 독립한 별개의 처분으로서 법인세 부과처분만을 대상으로 한 심판청구의 효력이 근로소득세 원천징수분에 대한 정수처분에까지는 미치지 아나한다 할 것이므로(대법원 2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결 참조), 이 사건 근로소득세 징수처분에 관한 원고의 소는 전심절차를 거치지 아니하고 제기된 것이므로 부적법하다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 법인세 및 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 이에 대한 원고의 항소를 기각한다. 한편 항소심에서 확장된 이 사건 근로소득세 징수처분에 관한 청구 부분의 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.