조심-2015-광-2636,2637(병합) (2015.12.21)

원고가 제출한 장부에 의해 가공매출원가를 산정하여 법인세를 경정하는 것이 가능하므로 추계과세의 필요성 없음.

피고가 원고의 장부들과 회계법인의 회계감사보고서를 기초로 이 사건 아파트의 매출원가를 산정한 후 가공매출원가를 산출한 것은 적법하고 토지원가와 리모델링 공사비에 대해 재조사 후 결정하라는 조세심판원의 결정 취지에 따라 재조사 후 당초 처분 유지한 것은 기속력에 반한다고 볼 수 없음.

법인세법 제26조 〔과다경비 등의 손금불산입〕 제66조 〔결정 및 경정〕국세기본법 제16조 〔근거과세〕 제26조의2 〔국세부과의 제척기간〕

광주지방법원-2016-구합-11230 (2017.07.20)

○○건설(주)

□□세무서장

2017.07.06

2017.07.20

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한,

1. 2014. 11. 3. 별지1 제1 처분목록 기재 법인세의,

2. 2015. 5. 14. 별지1 제2 처분목록 기재 법인세의,

3. 2015. 5. 13. 별지1 제3 처분목록 기재 법인세(지급명세서제출불성실가산세)의

각 경정부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1998. 3.경 ◎◎시 00동 16외 15필지에 00타운아파트 704세대와 상가 27호를 준공하였는데, 이중 23평형 아파트(이하 '이 사건 아파트'라 한다) 650세대에 대해서는 1997. 6. 10. □□시로부터 공공임대주택사업 승인을 받아 임대사업을 영위하다가 2011년 230세대, 2012년 350세대를 각 일반분양하였고, 2011년 법인세 신고 시 당기매입원가를 12,128,402,836원으로, 2012년 법인세 신고 시 당기매입원가를 18,466,327,310원으로 각 신고하였다.

나. 피고는 2014. 3. 4.부터 2014. 5. 25.까지 원고에 대하여 2007사업연도부터 2012사업연도까지의 귀속분 법인세 조사를 실시하여 ① 원고가 2011사업연도 매출원가 중4,624,519,482원, 2012사업연도 매출원가 중 7,046,452,300원(합계: 11,670,970,782원)을 각 가공계상한 것으로 보아 익금산입(손금부인) 및 유보처분하고, ② 2007사업연도부터 2011사업연도까지 합계 3,313,063,568원의 전도금을 가공예금자산으로 계상하여 법인의 자금을 부당하게 사외유출한 것으로 보아 익금산입 및 대표자 상여로 소득처분 하였으며, ③2012사업연도 중 원고의 대표이사 김성남에게 지급한 중간정산 퇴직금 3,712,645,482원을 임의지급한 것으로 보아 손금불산입 및 대표자 상여로 소득처분한 후 2014. 11. 3.원고에게 별지1 제1 처분목록 기재와 같이 법인세 4,025,144,080원을 경정・고지(이하 '이 사건 제1 처분'이라 한다)하고 2007사업연도 귀속분 924,033,310원, 2008사업연도 귀속분

390,947,290원, 2009사업연도 귀속분 779,235,260원, 2010사업연도 귀속분 491,762,040원,2011사업연도 귀속분 727,085,660원, 2012사업연도 귀속분 3,336,832,730원을 소득금액변동통지하였다.

다. 피고는 원고가 소득금액변동통지에 따른 원천징수의무를 이행하지 않자 2015. 5. 14.별지1 제2 처분목록 기재와 같이 원천징수분 법인세 2,458,800,290원을 경정・고지하고(이하 '이 사건 제2 처분'이라 한다), 2015. 5. 13. 별지1 제3 처분목록 기재와 같이 법인세(지급명세서제출불성실가산세) 116,206,750원을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 제3 처분'이라하고, 위 1 내지 3처분을 통틀어 '이 사건 각 처분'이라 한다).

라. 원고는 2015. 6. 2. 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 '이 사건 아파트의 토지매입원가 및 리모델링 공사비 등 매출원가를 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도의 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다'는 결정(이하 '이 사건 재조사결정'이라 한다)을 하였다.

마. 피고는 이 사건 재조사결정에 따라 2016. 1. 28.부터 2016. 2. 16.까지 이 사건 아파트의 토지매입원가와 리모델링 공사비에 대하여 재조사 한 후, 원고에게 이 사건 처분과 동일한 과세표준과 고지세액을 유지한다는 내용의 재조사결과를 통지하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 7 내지 11호증(가지번호가 있는 경우 이를 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 재결의 기속력 위반

피고는 조세심판원의 재결에 따라 이 사건 아파트 토지매입원가 및 리모델링 공사비 등 매출원가를 재조사하여 과세표준과 세액을 경정하여야 함에도 형식적인 조사를 거친 후 종전 처분을 그대로 유지하였다. 따라서 이 사건 처분은 조세심판원 결정의 기속력에 반하여 위법하다.

나. 이 사건 제1 처분에 관한 주장

1) 이 사건 아파트의 매출원가

이 사건 아파트의 매출원가는 주무 관청인 □□시장이 1997. 6. 10. 건설원가로 승인한 세대 당 분양전환가격 50,780,000원이고, 이는 관련사건의 판결(00지방법원 2013.4. 12. 선고 2011가합3543 판결)을 통해서도 확인된다.

한편, ◎◎시장은 2003. 3.경 이 사건 아파트의 분양전환가격을 56,980,000원으로

승인하였는데, 이는 □□시장이 승인한 건설원가에 리모델링 비용 6,200,000원을 포함한 것이다.

따라서 이 사건 아파트의 매출원가는 세대 당 56,980,000원(리모델링 비용 포함)을 기준으로 산정하여야 하고, 이에 따라 원고가 2010년과 2011년 법인세 신고 시 기존 장부(세대 당 약 3,900만 원 기준)에 기재된 건물자산금액과의 차액 12,687,268,285원을 2007사업연도로 소급하여 임의계상하고 같은 금액을 가수금으로 추가 계상한 것은 적법하다.

2) 추계과세의 필요성

이 사건 아파트는 준공된 지 20여년이 지났고, 그 과정에서 2차례에 걸친 시공사의 부도, 사무실 집기 분실, 분양자 및 인부들과의 분쟁 등으로 미분양주택에 대한 감가상각비 부당계상, 토지매입가액 과소계상, 분양자에 대한 분양해지로 인한 위약금 지급, 임대아파트에서 분양아파트로의 전환에 다른 위약금 및 리모델링 공사비 지출에 대한 장부 및 증빙자료가 존재하지 않거나 중요한 부분이 미비하다. 따라서 원고가 주장하는 이 사건 아파트의 매출원가를 인정할 수 없다면, 동일 업종 평균이익율을 조사・확인하여 적정이윤을 차감한 금액을 매출원가로 확정하여야 한다.

3) 리모델링 공사비용 미반영

원고는 이 사건 아파트 650세대 중 109세대로부터 리모델링 공사를 받았다는 내용

의 사실확인서를 받아 피고에게 제출하였으나, 피고는 이들 중 13세대만 조사한 후 이들 중 임대보증금 분쟁으로 인하여 공사를 하지 못했던 12세대가 공사를 하지 않았다는 취지의 진술을 하였고, 원고가 이미 2003년 장부상 리모델링 공사비로 6억 원을 계상한 사실을 들어 2003년 이후부터는 리모델링 공사를 하지 않은 것으로 판단하였다.

그러나 원고는 2004년 이후에도 이 사건 아파트 리모델링 공사를 하였으므로, 피고는 리모델링 공사를 한 세대수와 공사비에 대한 실지조사를 하고 이를 반영하여야 한다.

4) 유보처분의 위법성

원고는 1991년 이후 19년간 임대수입 등 정상수입 없이 국민주택기금이자지급, 임

대주택 유지, 관리비 지급으로 인해 결손금이 15,568,000,000원 발생하였고, 그중 법인세 과세표준신고 시 법인세법 상 용인되는 5년의 이월결손금 공제액 3,415,000,000원을 차감한 미처리결손금 1,252,000,000원(소장에는 1,152,000,000원으로 기재되어 있으나, 계산착오로 인한 오기로 보인다.)이 발생하여 법인설립 후 상여・배당 처분한 사실이 없으며, 조사일 현재 유・무형의 잔여자산가액이 장부상 3억 원(처분청에서 고지 전 사전압류)에 불과하다. 따라서 피고가 11,670,970,782원을 임의증액하여 익금산입하고 유보처분한 것은 부당하다.

다. 국세 부과처분의 제척기간 도과

원고는 2007사업연도부터 2011사업연도까지의 전도금계정별 원장에 매년 말 전도금 잔액 합계 3,313,063,568원을 보통예금계정인 예금자산으로 대체하고 2012. 6. 29. 위 금액을 자산가액의 상대계정인 가수금과 상계하였으나, 이는 리모델링 공사비, 현장관리비,외부차입금 중 사채이자 등으로 사용한 전도금 중 증빙서류가 없는 금액을 조세포탈 의도없이 예금계정에 대체 처리한 것에 불과하여 국세 부과의 제척기간이 5년에서 10년으로 연장되는 '사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급・공제한 경우'에 해당하지 않는다.

따라서 국세 부과 제척기간 5년이 지난 2007, 2008사업연도 귀속분에 관한 소득금액변동통지는 무효이고, 이에 따른 법인세 경정고지 또한 취소되어야 한다.

라. 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호에 따라 조세특례제한법으로 전문개정되기 전의 것, 이하 '조세감면규제법'이라 한다)에 따른 감면 조세감면규제법 제67조 제1항과 같은 법 시행령 제64조 제1항 제2호에 의하면, 임대주택을 5호 이상 임대하는 내국법인이 1986. 1. 1. 이후 신축된 임대주택을 5년 이상 임대

하였다가 매각한 경우 양도소득세 및 특별부가세가 100% 감면된다. 따라서 피고는 위 규정에 따라 원고에게 양도소득세에 상응하는 법인세를 감면하였어야 한다.

마. 재량권의 일탈・남용

이 사건 아파트는 오래 전에 건축되어 관련 자료가 미비하므로, 피고는 가능한 모든방법을 동원하여 적절한 건설원가를 조사하였어야 함에도 일방적인 조사 끝에 이 사건 각 처분을 하고 조세심판원의 재조사 결정도 무시하였다. 따라서 이 사건 각 처분은 재량권을 일탈・남용한 경우에 해당한다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

나. 판단

1) 재조사결정의 기속력 위반 여부

재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분청의 재조사 결과를

기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당한다. 따라서 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 심판청구 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생하므로(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결), 처분청은 재조사결정에서 지적된 사항에 대하여 재조사를 할 법적 의무가 있을 뿐, 재조사결정의 취지에 따른 재조사 후에도 당초 처분을 유지하거나 또는 새로운 과세요건에 기하여 처분을 하더라도 이를 기속력에 반한다고 볼 수는 없다.

이러한 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 갑 제2, 3호증과 을 제11호

증의 각 기재에 의하면, 조세심판원이 원고의 주장을 받아들인 것이 아니라 이 사건 아파트 토지매입원가 및 리모델링 공사비 등 매출원가에 관하여 다시 조사해 보라는 취지에서 이 사건 재조사결정을 한 사실, 이에 피고가 약 20일간 이 사건 아파트 토지매입원가 및 리모델링 공사비에 대한 재조사를 거쳐 이 사건 각 처분을 그대로 유지한 사실을 인정할 수 있고, 뒤에서 살펴보는 바와 같이 피고가 재조사를 통하여 이 사건 아파트 토지매입원가 및 리모델링 공사비에 관한 판단을 유지한 것은 적법하므로, 피고의 재조사결과 통지가 이 사건 재조사결정의 취지에 모순 또는 저촉된다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 아파트의 매출원가 산정 및 추계과세 필요성에 관한 판단

가) 인정사실

(1) 원고는 1998. 3.경 이 사건 아파트를 완공하여 5년간 임대사업을 하다가 임대

의무기간이 끝난 2003년경부터 2012년까지 이 사건 아파트를 다음과 같이 분양하였다.

사업연도, 구분

분양내역

분양세대

분양금액 합계(원)

세대당 분양금액(원)

2003

12

677,780,000

56,481,666

2004

5

276,940,000

55,388,000

2005

2

115,960,000

57,980,000

2006~2010

분양 없음

0

0

2011

230

16,692,880,000

72,577,739

2012

350

26,869,000,000

76,768,571

(2) 원고는 2011년과 2012년 법인세 신고 시 이 사건 아파트와 관련된 건설원가

관련 매입비용이 없음에도 2011사업연도 12,128,402,836원, 2012사업연도 18,466,327,310원을 각 이 사건 아파트의 당기매입원가로 신고하였고, 이에 피고가 위 각 금액을 당기매입원가로 계상한 근거 자료를 요구하자, 원고는 회사에 보관 중이던 2007사업연도부터 2012사업연도까지의 대차대조표(이하 '회사 보관용 대차대조표'라 한다)를 제출하였다.

(3) 회사 보관용 대차대조표에는 이 사건 아파트 건물부분 자산가액이 36,348,778,000원(감가상각 누계액 4,097,106,793원 포함)으로 기재되어 있고, 아래 표 기재와 같이 원고가 2007년부터 2010년까지 법인세 신고 시 제출한 대차대조표보다 자산과 부채가 일률적으로 32,251,671,207원 과다계상 되어 있으며, 회사 보관 가수금도 2007년경부터 2010년경까지 일률적으로 12,687,268,285원이 추가되어 있다.

<단위 원>

사업

연도

신고용

대차대조표상

자산 총계

회사보관용

대차대조표상

자산 총계

신고용

대차대조표상

부채 총계

회사 보관용

대차대조표상

부채 총계

차이

2007

3,295,700,023

35,547,371,230

15,596,222,730

47,847,893,937

32,251,671,207

2008

3,645,315,613

35,896,986,820

16,685,325,297

48,936,996,504

"

2009

4,486,982,088

36,738,653,295

18,223,284,648

50,474,955,855

"

2010

4,982,341,424

37,234,012,631

19,728,073,961

51,979,745,168

"

사업연도

신고용 대차대조표상

가수금

회사 보관용 대차대조표상

가수금

차이

2007

0

12,687,268,285

12,687,268,285

2008

0

"

"

2009

0

"

"

2010

0

"

"

(4) 원고는 이 사건 아파트의 신축 시부터 2009년까지 △△회계법인에게 법인장

부의 조정 및 신고 대리를 위임하여 법인세를 신고하여 왔고, 1999년부터 2004년까지 △△회계법인을 통하여 외부회계감사를 받았는데, △△회계법인이 작성한 2004사업연도 외부회계감사보고서에는 이 사건 아파트 633세대의 건물자산금액이 23,520,833,892원(감가상각누계액 4,110,089,793원 포함), 토지가액이 1,029,297,000원, 가수금 0원으로 기재되어 있고, 재무제표 내용도 적정하다고 표기되어 있다.

(5) □□시가 1997. 6. 10. 승인한 이 사건 아파트 임대입주자 모집공고(안)에는

이 사건 아파트의 분양가가 세대 당 50,780,207원으로 기재되어 있는데, 건축비는 적정이윤이 포함 된 표준건축비(㎡당 1,755,000원)를 적용하였고, 토지비는 2개의 감정기관이 감정평가한 금액의 평균액(㎡당 161,000원)을 적용하였다.

(6) ◎◎시가 2003. 3. 31. 승인한 이 사건 아파트 입주자 모집공고(안)에는 이

사건 아파트 2~14층 세대별 공급금액이 56,980,000원으로 기재되어 있는데, 이는 □□시가 1997. 6. 10. 승인한 모집공고(안)에 나타난 분양가에 아파트 내부 리모델링 비용 6,200,000원(부가세 포함)을 포함한 것이다.

(7) 한편, 원고는 이 사건 아파트의 부지를 1993. 3. 18.부터 1993. 5. 1. 사이에

매수하였고, □□시장은 1993. 6. 21. 이 사건 아파트 부지에 대한 주택분양가 원가연동제시행에 따른 건축비를 산정하기 위해 1993. 5. 18.을 기준일로 하여 2곳의 감정평가법인에 감정평가를 의뢰하였다. □□시장의 의뢰를 받은 대한감정평가법인은 이 사건 아파트부지를 4,184,460,000원으로, 한국감정원은 4,394,928,000원으로 각 감정하였고, 감정법인들은 토지가격을 산정함에 있어 토지의 현 상태(잡종지, 답, 임야, 전, 구거)가 아니라 아파트 부지로의 조성이 완료된 것을 전제로 하여 지목을 대지로 가정하고 감정하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 6호증, 14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

나) 판단

(1) 과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세

관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 참조).

(2) 위와 같은 법리와 앞서 인정한 사실들 및 증거들을 통하여 알 수 있는 다음

과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 아파트의 매출원가를 ◎◎시장이 승인한 분양원가를 56,980,000원을 기준으로 하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없고, 피고가 원고의 장부들과 △△회계법인의 회계감사보고서를 기초로 이 사건 아파트의 건물부분 매출원가를 산정한 후 가공매출원가 11,670,970,782원을 산출한 것은 적법하며, 원고가 제출한 장부와 그 밖의 서류에 의해 가공매출원가를 산정하여 법인세의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 가능한 이상 추계과세의 필요성도 인정되지 않는다. 따라서 이와 관련된 원고의 주장은 모두 이유 없다.

① 원고는 2010년과 2011년 법인세 신고 시 ◎◎시장이 승인한 2003. 3. 31.자 모집공고안에 나타난 분양전환 가격 56,980,000원을 기준으로 이 사건 아파트의 당기매출원가를 30,594,730,146원(2011년 12,128,402,836원, 2012년 18,466,327,310원)으로 계산하여 신고하였고, 기존에 제출한 법인세 과세표준신고서에 기재된 건물부분 자산가액과의 차액12,687,268,285원을 2007사업연도로 소급하여 임의로 건물부분 자산가액에 계상하고 같은 금액을 가수금으로 계상한 보관용 대차대조표를 작성하였다.

그러나 ㉠ □□시와 ◎◎시가 승인한 각 공고문에 나타난 이 사건 아파트의 분양원가는 이 사건 아파트의 건설원가가 아닌 원고가 임대아파트의 임대료 또는 분양전환가를 정하기 위하여 신청한 분양가인 점, ㉡ 분양전환가격의 산정기초가 되는 건설원가는 표준건축비의 범위 내에서 실제 투입된 건축비를 의미하는데, 위 공고문의 건축비는 원고가 실제 투입한 건축비가 아닌 적정이윤이 포함된 표준건축비를 기준으로 산정된 점[이에 대하여 원고는 위 표준건축비는 실제 투입된 건축비를 의미하고, 표준건축비에 이윤이 포함되어있더라도 이는 시공사의 이윤이 포함되어 있을 뿐 시행사인 원고의 이윤이 포함된 것은 아니라고 주장한다. 그러나 각 공고문에 나타난 문구 및 원고가 1996. 12. 13. △△건설과 작성한 공사도급계약서(을 제18호증) 상의 평당 건축비가 1,487,000원으로 각 공고문에 나타난 표준건축비 1,755,000원에 현저히 미달하는 점 등에 비추어보면, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다], ㉢ □□시가 1993. 11. 16.과 1993. 11. 16. 승인한 각 입주자 모집공고에는 이 사건 아파트의 세대 당 분양가가 39,776,000원으로 나타나는 점(을 제14호증의 1), ㉣ 각 공고문에 나타난 이 사건 아파트의 토지비는 감정평가법인이 주택분양가 원가연동제 시행에 따른 건축비의 원가를 산정하기 위해 감정한 감정가의 평균액으로, 감정 당시 토지의 현황이 아니라 아파트 부지로 조성이 완료된 것을 전제로 감정하여 실제 원고가 매입한 토지비보다 높게 평가하였을 가능성이 상당한 점 등에 비추어보면, 위 각 공고문에 나타난 분양원가를 이 사건 아파트의 건설원가로 볼 수 없다. 또한 원고는 위와 같이 산정한 건설원가를 실제 지출하였다는 것을 입증할 수 있는 증빙서류와 대금 결제내역 등을 제출하지 못하고 있다. 따라서 이 사건 아파트의 매출원가를 위 공고에서 정한 금액을 기준으로 산정하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

② 원고의 회사 보관용 대차대조표에 나타난 이 사건 아파트 건물 부분 자산금액

36,348,778,000원에서 원고가 임의로 계상한 12,687,268,285원을 뺀 23,661,509,715원을 631세대로 나누면 이 사건 아파트의 세대 당 건물 부분 매출원가가 37,498,430원으로 산출되고, 아래표와 같이 원고가 신고한 건물 부분 매출원가에서 위와 같이 산출된 세대 당 건물 부분 매출원가를 통해 산정한 매출원가를 빼면 11,670,970,782원의 가공매출이 확인된다.

<단위 원>

사업연도

건물부분 실질 매출원가

건물부분 신고

매출원가

가공 매출원가

건설원가

분양세대

합계

2011

37,498,430

230

8,624,638,900

13,249,158,382

4,624,519,482

2012

37,498,430

350

13,124,450,500

20,170,901,800

7,046,451,300

합계

23,440,082,351

33,420,060,182

11,670,970,782

③ 이에 대하여 원고는 피고가 계산한 매출원가를 기준으로 할 경우 2011년과 2012년의 매출 총이익률이 47.3%로 통상적인 주택건설업계의 현실과 괴리가 있다고 주장한다. 그러나 ㉠ 이 사건 아파트는 임대아파트에서 분양전환 된 것으로 준공된 때부터 분양이 이루어진 2011년과 2012년까지는 약 13~14년의 시간차가 발생하는 점, ㉡ 2012년에 ◎◎지역에 엑스포가 개최됨에 따라 부동산 경기가 급등하였고, 이에 이 사건 아파트도 2006년부터 2010년까지는 전혀 분양이 이루어지지 않다가 2011년과 2012년 사이에 650세대가 분양되었으며, 분양 가격도 2003년 내지 2005년경 보다 약 30% 가량 상승한 점, ㉢ △△회계법인이 2004년 작성한 감사보고서에 나타난 세대 당 건물 부분 매출원가가 37,157,715원(= 23,520,833,892 / 633세대)으로 피고가 산정한 건물 부분 매출원가와 유사한 점, ㉣ 원고가 2004년과 2005년 이 사건 아파트 중 17세대를 분양하며 신고한 분양원가도 평균 37,268,333원(을 제6-1호증)인 점 등에 비추어보면, 피고가 산정한 매출원가는 적정한 것으로 보이고, 이를 통해 인정되는 매출 총이익률도 지나치게 과하다고 볼 수 없다.

④ 또한 원고는 이 사건 아파트 토지의 감정평가 평균액이 4,421,140,500원인 점을 이유로 원고가 장부에 계상한 토지비는 과소계상된 것이라고 주장하나, ㉠ 앞서 본 바와 같이 이 사건 아파트 토지에 대한 감정은 주택분양가 원가연동제 시행에 따른 건축비의 원가를 산정하기 위해 실시된 것으로 원고가 실제 구입한 가격보다 높게 평가되었을 것으로 보이는 점, ㉡ 원고는 이 사건 아파트의 토지를 1993. 3. 18.부터 1993. 5. 1.까지 비교적 짧은 기간 동안 매수하였고 그 금액 또한 상당하므로, 이 사건 아파트 완공 후 장부 작성 시 토지의 매매계약서류 중 일부를 분실하였더라도 매출원가에 해당하는 토지 가격을 현저히 과소하게 기재하지는 않았을 것으로 보이는 점 등에 비추어보면, 감정평가법인이 작성한 토지의 감정평가액만으로 원고가 제출한 장부에 기재된 토지비가 과소계상된 것임을 인정하기 부족하고,

달리 이를 인정할 증거가 없다.

3) 리모델링 공사비 조사의 해태 여부

을 제4, 11, 12, 16호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 피고가 이 사건 아파트의 리모델링 비용을 매출원가로 인정할 자료가 없다고 판단한 것은 정당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 원고는 ◎◎시가 2003. 3. 31. 승인한 이 사건 아파트 입주자 모집공고에 아파트내부 리모델링 비용 6,200,000원(부가세 포함)으로 기재되어 있으므로, 이 사건 아파트의 매출원가 산정 시 위 리모델링 비용이 포함되어야 한다고 주장한다. 그러나 위 모집공고에 나타난 리모델링 비용은 원고가 인테리어 업체로부터 받은 견적서를 기초로 산정한 것에 불과하므로 원고가 실제 지출한 리모델링 공사비를 인정하는 자료로 삼을 수 없다.

② 원고는 이 사건 세무조사 과정에서 2003년경 이 사건 아파트 전체에 대하여 리모델링 공사를 하였다고 주장하며 주식회사 00건축과 체결한 건축공사표준계약서(도급금액 5,248,653,150원)를 제출하였으나, 조사공무원이 위 계약서의 진위 여부를 확인하자 허위로 작성된 서류임을 자인하였다.

③ 이후 원고는 2003년경 이 사건 아파트 전체에 대하여 리모델링 공사를 실시하여 공사비용으로 36억 원이 지출되었다고 주장하며 공사업자 윤00, 이00, 정00 명의의 각 사실확인서를 제출하였다. 그러나 ㉠ '2002년 9월부터 2003년 4월까지 이 사건 아파트 전체에 대하여 세대 당 70만 원을 받고 실내 도색작업을 하였다'는 취지의 사실확인서를 작성해 준 윤00은 피고 소속 조사공무원과의 문답에서 '위 사실확인서는 원고가 미리 작성한 문서에 공사업자들이 서명, 날인을 한 것이고, 일부 세대에 대하여 리모델링 공사를 하였으나 세대 당 공사금액은 기억나지

않는다'는 취지로 진술하였고, 윤00가 2012년부터 2013년 1기 사이에 원고에게 공급가액 602,000원의 매출세금계산서를 1매 발급한 것이 확인될 뿐 다른 거래내역을 인정할 자료가 없는 점, ㉡ '2002년 10월부터 2003년 4월까지 이 사건 아파트 전체에 대하여 세대 당 260만 원을 받고 철거 및 확장공사, 폐기물공사를 하였다'는 취지의 사실확인서를 작성해 준 이00도 피고 소속 조사공무원과의 문답에서 '세대 당 정확한 공사금액은 기억나지 않고 관련 계약서나 증빙자료도 보관하지 않고 있다'는 취지로 진술하였고, 이00가 2012년부터 2013년 1기 사이 원고에게 매출세금계산서를 발급해 준 것이 전혀 없는 점, ㉢ 이 사건 아파트 전 세대에 대하여 세대 당 210만 원(벽지 80만 원, 바닥재 130만 원)을 받고 공사하였다는 취지의 사실확인서를 작성해 준 정00은 피고 소속 공무원의 조사에 응하지 않았고, 정00이 2012년부터 2013년 1기 사이에 매출세금계산서 제출내역에서 원고와의 거래내역이 전혀 나타나지 않는 점 등을 종합하면, 위 각 사실확인서는 원고가 리모델링 공사비용을 지출하였음을 인정할 수 있는 자료로 삼을 수 없다.

④ 다음으로 원고는 세무조사과정에서 이 사건 아파트 입주자 109세대가 작성한 '리모델링 공사 세대 확인서'를 제출하였으나, 위 문서에는 구체적인 공사의 내용과 소요된 금액, 공사기간 및 내용 등에 관하여 전혀 기재되어 있지 않으므로 리모델링 공사비용을 인정할 수 있는 자료로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 피고로부터 조사를 받은 입주자 13세대 중 12세대가 리모델링 공사를 한 적이 없다고 진술한 점에 비추어 보더라도 그 내용 또한 믿기 어렵다.

⑤ 원고는 2016. 2. 5. 피고로부터 재조사를 받으며 "2003년경부터 2012년까지 임대인이 변경되어 공실이 날 때마다 수시로 리모델링 공사를 하였고, 공사비가 약 30억 원 정도가 발생하여 재무제표에 수선비로 계상하였다"는 취지로 진술하였다. 그러나 원고가 2003사업연도 법인세 신고 시 수선비와 별도로 리모델링 공사비 등으로 604,434,211원을 신고한 점, 수선비로 계상한 금액이 이 사건 아파트의 가치를 증가시켜 분양원가에 산입되어야 할 리모델링 비용임을 인정할 증거가 없는 점 등에 비추어보면, 원고가 주장하는 수선비를 리모델링 비용으로 인정할 수 없고, 설령 원고가 주장하는 수선비를 리모델링 비용으로 인정하더라도, 같은 금액이 이미 계상된 수선비 항목에서 공제되어야 하므로 구체적인 세액을 산정함에 있어서는 영향을 미치지 않는다.

4) 익금산입 및 유보처분의 적법 여부

원고는 미처리결손금이 1,252,000,000원에 이르고, 장부상 잔여자산가액이 3억 원에 불과함에도 피고가 11,670,970,782원을 익금산입하고 유보처분한 것은 부당하다고 주장한다. 그러나 원고가 매출원가에서 11,670,970,782원을 가공계상한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 피고가 11,670,970,782원을 익금산입하고 유보처분한 것은 정당한 세액 산정을 위하여 원고가 가공계상하여 손금 처리한 금액을 원상회복시킨 것(같은 이유로 피고는 원고가 임의로 자산으로 계상하여 평가증한 12,687,268,285원을 손금산입하고 유보하여 자산에서 차감시켰다)에 불과하여 실제 자산의 변동을 초래하는 것은 아니며, 원고가 위 금액을 사외로 유출하였음을 인정할 증거도 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

5) 가공예금자산에 대한 국세 부과의 제척기간 도과 여부

(가) 국세기본법 제26조의2 제1항에 의하면, 국세는 이를 부과할 수 있는 날로 부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없고(제3호), 다만 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급・공제받은 경우에는 10년(1호)이 경과한 후에 부과할 수 없다고 규정하고 있으며, 이와 같은 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 처분은 무효이다(대법원 2009. 9. 24. 선고 2007두7505 판결 등 참조). 여기서 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 소정의 '사기 기타 부정한 행위'라 함은 조세의 포탈을 가능하게 하는 행위로서 사회통념상 인정되는 행위, 즉 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는 것으로서, 어떤 다른 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다고 할 것이나, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 장부상의 허위기장 행위, 여러 개의 차명계좌를 반복적으로 이용하는 행위 등 적극적인 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만드는 것으로 인정할 수 있다(대법원 2011. 3. 24. 선고 2010도13345 판결 등 참조).

이때 적극적 은닉의도가 객관적으로 드러난 것으로 볼 수 있는지 여부는 수입이나 매출 등을 기재한 기본 장부를 허위로 작성하였는지 여부뿐만 아니라, 당해 조세의 확정방식이 신고납세방식인지 부과과세방식인지, 미신고나 허위신고 등에 이른 경위 및 사실과 상위한 정도, 허위신고의 경우 허위 사항의 구체적 내용 및 사실과 다르게 가장한 방식, 허위 내용의 첨부서류를 제출한 경우에는 그 서류가 과세표준 산정과 관련하여 가지는 기능 등 제반 사정을 종합하여 사회통념상 부정이라고 인정될 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2014. 2. 21. 선고 2013도13829 판결 등 참조).

(나) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실들과 증

거들을 통하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 이 사건에서 문제가 되는 법인세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되는 신고납세방식의 조세인 점, ② 원고는 이 사건 아파트가 2011년과 2012년에 급격하게 분양되어 조세부담이 급증하자 법인세를 탈루하려는 의도로 기존에 세무서에 신고하던 장부와는 별도의 회사 보관용 장부를 작성한 점, ③ 위 회사 보관용 장부에는 이미 해지되어 실체가 없는 가공의 은행계좌에 2007년부터 2011년까지 각 사업연도말 전도금 잔액을 계속적으로 이체해온 것처럼 기장되어 있고, 전도금 계정에서 허위 은행계좌로 대체한 것으로 가장한 금액이 3,313,063,568원에 이르는 점 등에 비추어보면, 원고는 법인세를 포탈하겠다는 적극적 은닉의도를 가지고 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하였다고 봄이 상당하다. 따라서 이와 같은 전제에서 10년의 제척기간 내에 이루어진 2007, 2008사업연도 귀속분 소득금액변동통지는 적법하다.

6) 조세감면규정의 적용에 관한 판단

구 조세감면규제법 제67조 제1항은 장기임대주택의 원활한 공급을 목적으로 하여 개인이 장기임대주택을 양도한 경우 양도소득세를 감면하고, 법인이 장기임대주택을 양도한 경우 특별부가세를 감면한다는 것일 뿐, 그 양도차익에 대한 법인세도 함께 감면한다는 취지의 내용은 두고 있지 않다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

7) 재량권의 일탈 남용 주장에 관한 판단

이 사건 처분은 조세법의 기본원리인 조세법률주의, 실질과세의 원칙에 따라 관련

법령에 근거하여 이루어진 점, 원고가 세금을 탈루할 목적으로 피고에게 허위의 장부와 서류를 제출하는 등 피고의 세무조사를 방해하였고, 그 과정에서 조세범처벌법 위반으로 과태료 처분까지 받은 점, 피고의 위와 같은 세무조사행위가 과세의 형평에 어긋난다거나 필요한 범위를 벗어난 조사권의 남용이라고 볼 수는 없는 점 등을 종합하면, 원고의 위 주장도 이유 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.