1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1998. 3.경 여수시 B외 15필지에 C아파트 704세대와 상가 27호를 준공하였는데, 이중 23평형 아파트(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다) 650세대에 대해서는 1997. 6. 10. 여천시로부터 공공임대주택사업 승인을 받아 임대사업을 영위하다가 2011년 230세대, 2012년 350세대를 각 일반분양하였고, 2011년 법인세 신고 시 당기매입원가를 12,128,402,836원으로, 2012년 법인세 신고 시 당기매입원가를 18,466,327,310원으로 각 신고하였다.

나. 피고는 2014. 3. 4.부터 2014. 5. 25.까지 원고에 대하여 2007사업연도부터 2012사업연도까지의 귀속분 법인세 조사를 실시하여 ① 원고가 2011사업연도 매출원가 중 4,624,519,482원, 2012사업연도 매출원가 중 7,046,452,300원(합계: 11,670,970,782원)을 각 가공계상한 것으로 보아 익금산입(손금부인) 및 유보처분하고, ② 2007사업연도부터 2011사업연도까지 합계 3,313,063,568원의 전도금을 가공예금자산으로 계상하여 법인의 자금을 부당하게 사외유출한 것으로 보아 익금산입 및 대표자 상여로 소득처분 하였으며, ③ 2012사업연도 중 원고의 대표이사 D에게 지급한 중간정산 퇴직금 3,712,645,482원을 임의지급한 것으로 보아 손금불산입 및 대표자 상여로 소득처분한 후 2014. 11. 3. 원고에게 별지1 제1 처분목록 기재와 같이 법인세 4,025,144,080원을 경정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 제1 처분’이라 한다)하고 2007사업연도 귀속분 924,033,310원, 2008사업연도 귀속분 390,947,290원, 2009사업연도 귀속분 779,235,260원, 2010사업연도 귀속분 491,762,040원, 2011사업연도 귀속분 727,085,660원, 2012사업연도 귀속분 3,336,832,730원을 소득금액변동통지하였다.

다. 피고는 원고가 소득금액변동통지에 따른 원천징수의무를 이행하지 않자 2015. 5. 14. 별지1 제2...