주주인 법인이 특수관계자인 다른 법인으로부터 그 발행의 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수한 경우, ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하는 경우’ 또는 ‘그에 준하는 경우’에 해당한다고 보아 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 (또는 제1호 에서 정하는 행위에 준하는 행위에 관한 제9호 )를 적용하여 부당행위계산부인을 할 수 있는지 여부(소극)

구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제52조 제1항 , 제4항 , 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제88조 제1항 제1호 , 제8호 (나)목 의 내용, 그리고 자본거래로 인한 순자산의 증가나 감소를 익금 또는 손금에 산입하지 아니하도록 정하고 있는 구 법인세법 제15조 , 제17조 , 제19조 , 제20조 의 각 규정 내용과 취지 등을 종합하여 보면, 주주인 법인이 특수관계자인 다른 법인으로부터 그 발행의 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하였다고 하더라도 이를 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하는 경우’ 또는 ‘그에 준하는 경우’에 해당한다고 보아 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 (또는 제1호 에서 정하는 행위에 준하는 행위에 관한 제9호 )를 적용하여 부당행위계산부인을 할 수는 없고, 다만 신주의 고가 인수로 인하여 이익을 분여받은 다른 주주가 특수관계자인 경우에 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 (나)목 을 적용하여 부당행위계산부인을 할 수 있을 뿐이다.

구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제15조 , 제17조 , 제19조 , 제20조 , 제52조 제1항 , 제4항 , 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제1호 , 제8호 (나)목 , 제9호

동아제약 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 소순무 외 3인)

동대문세무서장 (소송대리인 변호사 김영태)

서울고법 2012. 9. 26. 선고 2012누5451 판결

상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제52조 제1항 은 “납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다”고 정하면서, 그 제4항 에서 “ 제1항 의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”고 정하고 있다. 그리고 이에 따른 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제88조 제1항 은 “ 법 제52조 제1항 에서 ‘조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’라고 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다”고 하면서 그 제1호 에서는 “자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대상각한 경우”를 정하고 있고, 그 제8호 에서는 “다음 각 목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우”를 들고 그 나목 에서 “법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 증권거래법 제2조 제3항 의 규정에 의한 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우”를 정하고 있다.

이러한 법령규정의 내용, 그리고 자본거래로 인한 순자산의 증가나 감소를 익금 또는 손금에 산입하지 아니하도록 정하고 있는 구 법인세법 제15조 , 제17조 , 제19조 , 제20조 의 각 규정 내용과 취지 등을 종합하여 보면, 주주인 법인이 특수관계자인 다른 법인으로부터 그 발행의 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하였다고 하더라도 이를 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하는 경우’ 또는 ‘그에 준하는 경우’에 해당한다고 보아 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 (또는 제1호 에서 정하는 행위에 준하는 행위에 관한 제9호 )를 적용하여 부당행위계산부인을 할 수는 없고, 다만 신주의 고가 인수로 인하여 이익을 분여받은 다른 주주가 특수관계자인 경우에 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목 을 적용하여 부당행위계산부인을 할 수 있을 뿐이라고 보아야 할 것이다 .

2. 이러한 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심이 그 판시와 같은 이유로 원고가 구 법인세법 제52조 제1항 에서 정한 특수관계자에 해당하는 주식회사 보고투자개발로부터 이 사건 신주를 시가보다 높은 액면가로 인수하였다고 하더라도 이러한 원고의 행위는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 에서 정한 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하는 경우’에 해당하지 아니한다고 보아, 이와 다른 전제에서 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 를 적용한 피고의 이 사건 처분이 위법하다고 하여 이를 취소한 것은 정당하다. 거기에 상고이유의 주장과 같이 자본거래로 인한 부당행위계산부인에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

한편 피고가 상고이유에서 들고 있는 대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두7005 판결 은 그 적용법령 등이 달라 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다.

3. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.