거래관행을 무시하고 사실관계 조사없이 부과처분하여 당연무효인지 여부

세금계산서가 손금산입 대상인 실지거래라는 것을 판단하기 위해서는 사실조사에 따라 이루어질 수 밖에 없는 사항이고 원고가 주장하는 거래관행 또한 객관적으로 입증되지 않는 바 부과처분의 하자가 외관상 명백한 당연무효에 해당안됨

국세기본법 제26조의2 [국세부과의 제척기간]

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고는 원고에게 261,333,677원 및 이에 대하여 2001. 9. 25.부터 이 사건 소장부본 송달일까지는 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율에 의한 돈을 지급하라.

1. 기초사실

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제3, 4, 9호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 포함)의 각 기재와 이 법원의 송파세무서장에 대한 사실조회회보에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 송파세무서장의 경정결정 등

송파세무서장은 토공공사업 등을 목적으로 설립된 회사인 원고가 1996년, 1997년, 1998년 귀속 사업연도 법인세, 부가가치세 등을 자진신고하면서 자료상으로 고발된 사업자들로부터 가공매입세금계산서 1,057,986,000원 상당(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)을 수취하여 이를 근거로 부가가치세 매입세액을 공제받고 위 금액을 손금산입하여 법인세를 신고하였다는 이유로, 2001. 5. 11.부터 2003. 9. 30.까지 사이에 원고에게 부가가치세, 법인세 등 합계 756,891,333원을 부과하는 경정결정(이하 '원경정처분'이라 한다)을 하였고, 원고는 원경정처분이 있은 후 2004. 9. 8.가지 위 법인세 등을 모두 납부하였다.

나. 원고의 심판청구 등

(1) 원고는 이 사건 세금계산서의 공급가액 중 ○○중기 등으로부터 교부받은 세금계산서 공급가액 295,533,000원은 실지거래이므로 원경정처분 중 이와 관련된 부분은 부당하다는 이유로 2001. 8. 7. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2001. 11. 9. 원고가 주장하는 모사업자 윤○균 및 송○규 등이 과세기간인 1996년부터 1998년까지 사이에 건설업에 대한 사업소득을 신고한 적이 없고, 원고가 제출한 어음기입장부의 어음금액과 위 세금계산서 발행금액이 거래별로 일치하지 않는 점 등에 비추어 원고가 원가로 계상한 위 매입계산서 금액을 가공원가로 보아 손금 불산입한 원경정처분은 정당하다는 이유로 원고의 심사청구를 기각하였다.

(2) 또한 원고는 ○○건설기계 주식회사 등으로부터 교부받은 매입세금계산서 공급가액 234,381,000원은 실지거래이므로, 원경정처분 중 송파세무서장이 2001. 9. 16.자로 한 1998년 사업연도 법인세 92,393,710원의 경정처분이 부당하다는 이유로, 2001. 12. 14. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2002. 3. 14. 원고가 주장하는 모사업자 윤○균이 ○양건설중기라는 상호로 사업자등록만 되어 있을 뿐 1995. 10. 1.부터 1998. 6. 30.까지 매출액에 대한 부가가치세 신고 실적이 없고, 원고가 제출한 어음기입장의 어음금액과 위 세금계산서의 발행금액이 일치하지 않는 점 등에 비추어 원고가 원가로 계상한 위 매입계산서 금액을 가공원가로 보아 손금 불산입한 원경정처분은 정당하다는 이유로 원고의 심판청구를 기각하였다.

다. 송파세무서장의 감액경정결정 등

(1) 원고는 2003. 3. 7. 및 2004. 3. 29. 위 심판청구 등과 같은 이유로 원경정처분이 부당하다고 주장하면서 송파세무서에 고충처리민원을 제기하였다.

(2) 송파세무서장은 원고의 고충처리민원을 일부 받아들여 ① 2003. 4. 16. 1998년 사업연도 귀속분 법인세 중 9,923,954원을 감액하고, 1998년 1월분 근로소득세(원천징수) 중 9,616,700원을 감액하는 재경정결정을, ② 2004. 8. 24. 1998년 사업연도 귀속분 법인세 중 163,929,049원을 감액하고, 1998년 1월분 근로소득세(원천징수) 131,544,342원을 감액하는 재경정결정을 하였고(이하 위 각 재경정결정을 '감액경정처분'이라 한다). '원고가 증빙자료로 제시한 공사비 지불에 관한 기안서류, 미지급내역서 등 원시자료가 진실된 것으로 판단되나, 원경정처분 중 1996년, 1997년 사업연도 귀속분 법인세는 부과제척기간이 경과되어 취소가 불가능하다'는 내용의 고충처리결과통지서를 2004. 8. 25. 원고에게 발송하였다.

2. 원고의 주장 및 판단

가. 원경정처분의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효라는 주장 및 판단

(1) 원고의 주장 요지

(가) 원고와 같이 토목공사(터파기 공사)를 주로 하는 회사는 개별 중기사업자들과 거래를 하는 것이 번거롭기 때문에 여러 중기사업자들을 관장하는 사업자(이하 '모사업자'라 한다)에게 하청을 주어 중기를 조달하고, 대금도 모작업자에게 지급하되 매입세금계산서는 개별 중기사업자로부터 교부받는 것이 일반적인 관행이고, 송파세무서장도 이러한 거래 관행을 알고 있거나 알 수 있었다.

(나) 원고는 위와 같은 관행에 따라 모사업자인 윤○균, 송○규, 배○문, 문○균 등에게 공사대금 등을 지급하고, 위 모사업자들이 관장하는 개별 중기사업자들로부터 이 사건 세금계산서를 발급하였다.

(다) 송파세무서장의 원경정처분은 위와 같은 거래관행을 무시하고 사실관계에 대한 조사 없이 행해진 것으로서 그 하자가 중대하고 명백하여 당연 무효이다.

(라) 따라서 송파세무서장은 원경정처분에 의하여 원고가 납부한 법인세 등에서 감액경정처분에 의하여 환급받은 법인세 등을 제외한 나머지 1996년 및 1997년 귀속 사업연도 법인세, 근로소득세, 부가가치세와 1998년 귀속 사업연도 부가가치세 합계 261,333,677원을 원고에게 부당이득으로 반환할 의무가 있다.

(2) 판단

일반적으로 과세대상이 되는 법률관계나 소득 또는 행위가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이지만, 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에, 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면, 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고 볼 수 없다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 참조).

갑 제3호증, 갑 제4호증의 2의 각 기재와 이 법원의 송파세무서장에 대한 사실조회회보에 의하면, ① 송파세무서 고충처리위원회는 2994. 8. 24. 이 사건 세금계산서와 같은 실지 거래가 있었던 사실은 확인되지 않으나, 원고가 제출한 공사비 지출에 대한 기안서류, 미지급 내역서, 어음지급내역, 장비별 집계표 등에 의하여 원고의 고충민원을 일부 받아들인 사실 ② 국민고충처리위원회는 2005. 9. 12. 송파세무서장에 대하여 이 사건 세금계산서 중 1996년 귀속 사업연도분 5건 85,093,000원 및 1997년 귀속 사업연도분 25건 176,303,000원에 대하여 재조사 후 그 결과에 따라 경정결정한 것을 시정권고하고, 원고의 부가가치세 환급에 대한 신청을 기각하는 의결을 한 사실은 인정할 수 있다.

그러나 앞에서 본 기초사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 국세청장 및 국세심판원은 원고가 제출한 자료만으로 이 사건 세금계산서가 가공 거래가 아니라 진실된 거래라는 점을 인정하기 어렵다는 이유로 원고의 심사청구 및 심판청구를 기각하였는바, 이와 같이 이 사건 세금계산서가 손금에 산입할 수 있는 실지거래라는 원고의 주장의 당부를 판단하기 위하여는 원고가 제출하는 증거자료 등을 통한 사실조사에 따라 이루어질 수밖에 없는 점, ② 토목공사를 주로 하는 회사의 거래가 원고의 위 주장과 같이 모작업자에게 대금을 지급하고 매입세금계산서는 개별 중기사업자로부터 교부받는 것이 일반적인 관행이라고 인정할 아무런 증거가 없고, 나아가 송파세무서장이 이러한 거래 관행을 알고 있거나 알 수 있었다고도 보이지 않는 점 등에 비추어 보면, 위 인정사실만으로는 원경정처분의 하자가 외관상 명백하다고 할 수는 없어 원경정처분을 당연무효라고 볼 수 없으므로, 이를 전제로 하는 원고의 주장은 다른 점을 살필 필요 없이 받아들이기 어렵다.

나. 원경정처분 중 일부에 대해서만 감액경정처분을 한 것이 신의칙에 위반된다는 주장 및 판단

(1) 원고의 주장 요지

송파세무서장은 이 사건 세금계산서에 따른 거래가 실지거래임이 증명되었음에도 일부에 대해서만 감액경정처분을 하고, 나머지 부분(이하 '잔여 원경정처분'이라 한다)에 대해서는 부과제척기간이 도과되었다는 이유로 이를 유지하였는데, 원경정처분은 원고가 허위 세금계산서를 매입하여 국세를 포탈하였다는 이유로 이루어진 것이므로, 이에 대한 부과제척기간은 10년이다(국세기본법 제26조의2 제1항 제1호), 또한 위와 같이 송파세무서장의 행위는 '민원인이 새로운 증빙 또는 거증자료를 첨부하여 고충민원을 제기하는 경우에는 국세기본법에 의해 결정 또는 처분이 완료되었다 하더라도 다시 고충민원으로 처리하여야 한다'고 규정한 국세청 훈령 납세자 보호 사무처리 규정에도 위반되고, 잔여 경정처분도 취소되리라고 믿은 원고의 신뢰를 보호하지 못한 것으로서 신의성실의 원칙에 위배되므로, 피고는 잔여 원경정처분에 의하여 징수한 금액을 부당이득으로 반환하여야 한다.

(2) 판단

조세법률관계에서 신뢰보호 내지 신의성실의 원칙은 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하였음을 전제로, 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다(대법원 2004. 7. 22. 선고 2002두11233 판결; 2002. 10. 25. 선고 2001두1253 판결 참조).

그런데 이 사건의 경우, ① 위에서 판단한 바와 같이 원경정처분에 외관상 명백한 하자가 없어 원경정처분을 당연무효라고 볼 수 없고, 송파세무서장이 원고가 고충민원신청시 제출한 공사비 지불에 관한 기안서류 등 원시자료가 진실된 것으로 판단된다는 내용의 고충처리결과 통지서를 발송한 것만으로는 원고에게 정당한 신뢰를 줄만한 공적인 견해를 표명하였다고 보기 어려운 점, ② 과세처분의 하자가 단지 취소할 수 있는 정도에 불과할 때에는 과세관청이 이를 스스로 취소하거나 항고소송절차에 의하여 취소되지 않는 한 그로 인한 조세의 납부가 부당이득이 된다고 할 수 없는데(대법원 1994. 11. 11. 선고 94다28000 판결 참조). 원고는 위 주장과 같은 사유를 들어 원경정처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하지도 아니한 것으로 보이는 점, ③ 국세청 훈령 '납세자보호 사무처리규정'에 따른 고충민원처리제도는 국세청, 지방국세청, 세무서에 납세자보호담당관을 두고(제2조 제1항), 그로 하여금 국세행정 집행과정에서 발생하는 납세자의 고충민원을 조사하여 객관적으로 명백하게 위법ㆍ부당한 과세처분 등에 대하여 적절한 시정조치를 요구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권익을 보호하기 위한 제도인 점(제1조, 제6조, 제13조, 제14조), ④ 원경정처분이 당연무효가 아니고 그에 대한 취소소송을 제기할 수 있는 기간도 경과되어 더 이상 법적으로 그 효력을 다툴 수 없는 상태인 점 등에 비추어 보면, 설령 납세자보호담당관이 부과제척기간에 관한 해석을 잘못하였다 하더라도 송파세무서장이 원경정처분 중 일부만을 감액경정처분으로 취소하고 잔여 원경정처분을 유지한 행위가 신뢰보호의 원칙이나 신의성실의 원칙에 위배되고, 이로 인하여 피고가 부당이득을 하였다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.