조심2010중0807 (2011.06.07)

중복조사금지원칙에 위배한 세무조사에 기초하여 이루어진 이 사건 과세처분은 위법함

중복조사금지원칙은 납세자의 영업의 자유 및 프라이버시 침해 방지 및 자의적인 세무조사에 대한 사전적 통제를 통하여 납세자의 권리를 절차적인 측면에서 보장함을 목적으로 하고 있는 점에 비추어, 중복조사금지원칙에 위배한 세무조사에 기초하여 이루어진 이 사건 과세처분은 위법함

국세기본법 제81조의 4

2011구합10806 부가가치세부과처분취소

김AA 외10명

평택세무서장

2012. 4. 27.

2012. 5. 25.

1. 피고가 2009. 10. 9. 원고들에 대하여 한,

가・ 2008년 제2기 부가가치세 000원의 환급거부처분，

나・ 2008년 제2기 부가가치세 000원의 부과처분,

다・ 2008년 제2기 부가가치세에 대한 가산세 000원의 부과처분을，각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다(2012.4.19.자 변경된 청구취지 기재 '000원의 환급거부처분'은 오기인 것으로 보인다).

1. 처분의 경위

가. 동업약정 및 토지 등의 취득

(1) 원고들은 2007. 1.경 평택시 CC읍 DD리 000 소재 CC공단 내 EE화학 주식회사{이하 'EE화학'이라 한다) 소유의 토지와 창고를 매입하고 별도로 설립한 법인을 EE 그곳에 창고를 증축한 뒤 이를 제3자에게 임대하여 그 사용료 등의 이익을 공동으로 분배하기로 하는 동업약정을 체결하였다.

(2) 위 동업약정에 따라 원고들 중 김AA, 강FF, 정GG, 조HH, 김II, 임JJ, 최KK, 김LL(이하 '원고 김AA 등'이라 한다)은 EE화학 소유의 평택시 CC읍 DD리 000 잡종지 6，158.6㎡ 중 합계 3341.8718/6158.6 지분과 EE화학 소유의 같은 리 000 잡종지 8，462.5㎡ 중 합계 4592.0482/8462.5 지분을 매수하여 2007. 3. 14. 그 각 지분에 관하여 공유등기를 마쳤고, 원고 박MM, 박NN, 박PP는 원고 김AA 등이 위와 같이 매수하고 남은 EE화학 소유 지분 중 위 610 토지에 대해서는 합계 835.4679/6158.6 지분을，위 000 토지에 대해서는 합계 1148.0121/8462.5 지분올 매수하여 2007. 4. 2. 그 각 지분에 관하여 공유등기를 마쳤다.

"(3) 이어 원고들은 위 토지들의 합병과 공유물 분할을 거쳐 생긴 평택시 CC읍 DD리 000 잡종지 8，462.5㎡(이하이 사건 토지'라고 한다)를 원고 김AA, 강FF, 김II, 임JJ, 김LL 각 991.74/8462.5 지분, 원고 조NN 1322.32/8462.5 지분, 원고 정MM, 최KK 각 826.45/8462.5 지분, 원고 박MM 176.2/8462.5 지분, 원고 박TT, 박PP 각 176.19/8462.5 지분의 비율로 공유하게 되었다.",(4) 원고들은 2007.5. 1. 이 사건 토지 지상에 농산물 냉장보관창고를 신축・운영하 여 생기는 이익의 분배를 목적으로 이 사건 토지에 대한 각자의 소유 지분올 출자하는 내용의 동업계약서를 정식으로 작성하고, 상호를 'CC농산'으로，사업자를 원고들로，개업일을 2007. 5. 25.로，사업장소재지를 이 사건 토지 지번으로，사업의 종류를 창고업，제조업，부동산업으로 하여 사업자등록을 마쳤다.

(5) 한편 이 사건 토지 지상에는 EE화학 소유의 철근콘크리트조 단층 창고시설 3，384㎡(이하 '기존건물'이라 한다)가 있었는데，원고 김AA 등이 2007. 7. 2. 이를 취득하였다.

나. DDD농산 주식회사의 설립과 창고 증축

(1) 원고 김AA, 임JJ, 박MM, 박TT, 박PP, 김LL과 원고 정GG, 조UU, 김II, 최KK의 각 배우자 김VV, 박WW, 이XX, 박YY 및 원고 강FF의 형부 김ZZ은 황aa, 류AA와 함께 기존건물올 증축하여 창고업 등을 영위활 목적으로 2007. 8. 8. 자본금 30억 원으로 ㅇㅇㅇ농산 주식회사(이하 '소외 회사'라고 한다)를 설립하였고，원고들은 2008. 1. 7. 그들 명의로 이 사건 토지에서의 건물증축공사허가를 받았다.

(2) 소외 회사는 2007. 9. 10.경 bbbb건설 주식회사와 위 건물증축공사에 관한 도급계약을 체결하였고, 2008. 9. 12. 완공된 일반철골구조 경사판넬지붕 4층 공장・창고시설(1층 창고 5，603.94㎡，2층 사무실 760㎡，3층 공장 1.674.15㎡，3층 창고 3.925.83㎡.4층 창고 1.458.15㎡)에 대하여 사용승인을 받았다(이하 기존건물을 제외한 나머지 부분을 '1차 증축부분'이라 하고, 기존건물과 1차 증축부분을 더하여 '이 사건 증축건물'이라 한다). 한편 소외 회사는 l차 증축부분의 완공올 위하여 bbbb건설 주식회사에 대한 도급공사비 등 합계 000원 비용을 지출하였다.

(3) 그런데 1차 증축부분에 대한 건축허가 명의(원고들)가 기존건물의 소유 명의 (원고 김AA 등)와 다르다는 이유로 l차 증축부분에 대한 등기신청이 반려되자，원고 들은 기존건물 소유자인 원고 김AA 등의 소유 지분 중 일부를 원고 박MM, 박NN, 박PP에게 매매하는 내용의 계약서를 작성하여 이를 근거로 2008. 11. 17. 원고 박PP，박NN, 박PP 명의로 각 소유권지분이전등기를 마침으로써 기존건물의 소유자를 원고들로 변경한 다음, 2008. 11. 19. 그 등기부의 표제부를 기존건물에서 이 사건 증축건물로 변경하는 표제부 변경등기를 마쳤다.

(4) 소외 회사는 2009. 1.경 이 사건 증축건물에 승강기 추가공사(이하 '2차 증축부 분'이라 하고. 1. 2차 증촉부분은 통틀어 '이 사건 증축부분'아라 한다)를 하였고. 2차 증촉부분의 완공에 따라 원고들은 2009. 7. 8. 이 사건 증축건물의 등기부상 표제부를 '1층 창고 5，645.94㎡, 2층 사무실 760㎡, 3층 공장 1，674.15㎡, 3층 창고 3.962.88㎡, 4층 창고 1，458.15㎡로 변경하는 표제부 변경등기를 마쳤다.

다. 사용계약 등의 체결

(1) 원고들의 동업체인 CC농산은 2007. 9. 10. 소외 회사와 사이에 이 사건 건물에 관하여 다음과 같은 취지의 사용권계약(이하 '이 사건 사용권계약'이라 한다)을 체결하였다.

(2) CC농산은 2009. 4. 2. 소외 회사와 사이에 다음과 같은 취지의 추가계약을 체결하였다.

(3) CC농산은 2009. 5. 25. 소외 회사와 사이에 다음과 같은 취지의 추가계약을 체결하였다.

라. 이 사건 처분

(1) 소외 회사는 2008. 11. 19. CC농산(원고들)에게 이 사건 증축건물에 대한 20년의 건물사용권(이하 '이 사건 건물사용권'이라 한다)을 공급하였음을 이유로 1차 증축부분의 공사비 상당액 000원을 공급가액으로 하는 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 발행・교부하였고, 이에 원고들은 소외 회사에게 부가가치세만올 지급한 뒤 2009. 2. 27.경 피고의 부가가치세 환급처분에 따라 2008년 제기 부가가치세환급금으로 000원(원고들이 이미 납부한 예정고자세액은 포함되지 않은 금액이다)을 환급받았다. 한편，소외 회사는 이 사건 사용권계약에 따라 원고들로 부터 1차 증축부분의 사용료로 매월 000원을 지급받고 이와 관련하여 매월 세금계산서를 발행・교부하여 부가가치세를 신고하였다,

(2) 피고는 2009.3. 4.부터 3. 17.까지 원고들에 대하여 세무조사를 실시하였는데 (이하 '종전 세무조사'라고 한다), 그 조사대상세목은 '부가가치세'이고, 조사대상기간은 '2008. 7. 1.부터 2008. 12. 31.까지'이며, 조사대상범위는 '2008년 제2기 소외 회사로부터 매입한 건물 사용권에 대한 거래대금의 세금계산서 수취 적정성 현지확인'이었다. 위 세무조사결과 피고는 2009. 3.17. 원고들에게 부가가치세 환급조사 결과 사용권 관련 공급가액 및 세금계산서 교부 등이 적정하므로 조사종결한다는 취지를 통지하였다.

"(3) 그 후 서울지방국세청장은 2009. 5. 14.부터 2009. 7. 8.까지 원고들에 대하여 세무조사를 실시하였는데(이하 '이 사건 세무조사라 한다), 그 조사대상세목온 '개인제 세 통합조사(소득세, 부가가치세, 원천세 등 포함)'이고, 조사대상기간은 '2007. 5.25.부터 2008. 12. 31.까지이며, 조사사유는 '2007년부터 2008년까지의 신고내용에 대한 분석 결과 불성실한 것으로 분석되어, 신고내용의 적정여부를 검증하기 위해 조사대상자로 선정되었다'는 것이었다. 한편 서울지방국세청장은 같은 날 소외 회사에 대하여도 '법인제세 통합조사(법인세, 부가가치세, 원천세, 주식변동 등 포함)'를 조사대상세목으로 하여 세무조사를 실시하였다.",(4) 위 세무조사결과 서울지방국세청장은 이 사건 사용권채약의 주된 내용은 소외 회사가 그 소유의 1차 증축부분을 원고들에게 20년간 장기 임대하고 그 대가로 원고들로부터 매월 000원와 임대료를 받는 것으로 이와 별도로 소외 회사가 원고들에게 이 사건 건물사용권을 공급할 여지가 없고，이 사건 건물사용권과 이 사건 세금계산서의 공급가액에 실질적인 대가관계가 없으므로，결국 이 사건 세금계산서는 실체가 있는 정당한 세급계산서로 보기 어렵다는 취지로，피고에게 원고에 대한 과세자료를 홍보하 였다.

(5) 이에 피고는 2009. 10. 9. 위 서울지방국세청 세무조사결과의 취지에 따라 이 사건 세금계산서와 관련된 매입세액 000원을 매입세액공제대상에서 제외하고，① 그에 따라 원고들의 2008년 제2기 부가가치세 000원의 환급신청에 대한 환급거부처분을 하였고(종전의 환급처분은 취소되었다)，이어 원고들을 연대납세의무자로 하여 ② 위와 같이 매입세액을 수정하여 증액 ・ 경정되었으나 위 환급거부처분의 환급 신청세액을 초과하여 포함되지 않은 2008년 제2기 부가가치세 납부세액 000원을 부과하고，③ 2008년 제2기 부가가치세에 대한 가산세{부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915로 개정확기 전의 것) 제22조 제5항 소정의 세금계산서 합계표가산세，국세 기본법(2010.1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제47조의4 소정의 초과환급신고가산세 및 제47조의5 소정의 납부환급불성실가산세} 000원을 부과(이하 위 가산세를 통틀어 '이 사건 가산세'라고 한다)하였다{피고는 이미 원고들에게 환급된 000원을 반환하라는 의미에서 위 ①, ②, ③ 항목의 재액을 합산한 000원( = 000 + 000 + 000)의 납부고지 한 것으로서, 위 각 항목의 환급거부처분과 부가가치세 본세 및 가산세 부과처분을 합쳐서 '이 사건 처분'이라 한다}.

(6) 원고들은 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2011. 6. 7. 기각 되었다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제7, 8, 9, 갑 채13호증의 1, 2, 3, 갑 제14, 15호증, 갑 제17, 18호증, 갑 제19호층 의 1 내지 5, 갑 제23, 24호증, 갑 제29, 30, 31, 37호증, 갑 제38호증의 l 내지 10, 갑 제39, 42, 44, 45, 47호증, 갑 제72호증의 1 내지 4. 변론 천체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 첫 번째 주장

원고들과 소외 회사는 1차 증축부분을 증축하면서 체결한 당초 약정대로，소외 회사가 공사비 전액을 부담하여 1차 증축부분을 완공한 후 그 소유권을 원고들에게 귀속하게 하되，원고들은 소외 회사에게 그 공사비 명목으로 이 사건 증축건물에 대한 이 사건 건물사용권올 주었다. 그러나 그 후 소외 회사의 사정으로 이 사건 건물사용권이 필요 없게 되자, 소외 회사가 원고들에게 다시 이 사건 건물사용권을 양도하였다. 원고들은 소외 회사로부터 이 사건 건물사용권을 공급받아 이 사건 증축건물 전체를 이용한 독자적 영업을 할 수 있게 되었는데, 1, 2년의 단기사용권과 달리 20년간 장기 독점사용권은 그 자체가 무형의 재산권으로서 그 양도는 재화의 공급에 해당하므로, 이와 다른 전제에서 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 두 번째 주장

구 국세기본법(2010.1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 아하 같다) 제81조의4 제2항은 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있다. 피고는 2009. 3. 3.경 이미 원고들의 2008년 제2기 부가가치세에 대한 세무조사를 실시하였는데, 서울지방국세청장은 별다른 이유없이 이 사건 세무조사를 통하여 또다시 원고들의 2008년 제2기 부가가치세를 조사하였으므로, 이는 같은 세목, 같은 과세기간에 대하여 중복하여 실시한 위법한 조사에 해당하므로, 이 사건 세무조사 결과에 근거한 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 세 번째 주장

설령 이 사건 건물사용권의 공급이 재화의 공급에 해당하지 아니하고 이 사건 세무조사가 중복조사금지에 위반되지 않는다 하더라도, 원고들은 이 사건 세금계산서의 수취로 어떠한 경제적 이득이나 조세부담 경감을 얻으려 한 것이 아니고, 오직 세법을 충실하게 지키고자 선량한 납세자의 의도로 발행하여 수취한 것일 뿐이며, 소외 회사로서는 이 사건 건물사용권을 재산적 가치가 있는 재화로 보고 부가가치세 과세대상이 된다고 판단하였고, 더욱이 원고들과 특수관계자였기에 세금계산서를 발행하지 않으면 아니 된다고 판단하였으며, 세무사 ㅇㅇㅇ도 이에 대한 자문을 하면서 같은 의견을 제 시하여 세금계산서를 발급하지 않을 것을 기대할 수 없었다. 그리고 피고 역시 CC농산에 대한 세무조사 당시 이 사건 건물사용권 관련 공급가액 및 세금계산서 교부 등이 적정하다고 판단하였다. 따라서 이 사건 세금계산서 수수는 세법 해석상의 의의로 인한 견해의 대립이 있는 경우라 할 것이어서 원고들의 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 가산세 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 첫 번째 주장에 대한 판단

(가) 이 사건 세금계산서 교부 당시 1차 충족부분의 소유자1차 증축부분이 기존건물에 부합되었는지 여부

건물이 증축된 경우에 증축부분이 기존건물에 부합된 것으로 볼 것인가 아닌가 하는 점은 증축부분이 기존건물에 부착된 물리적 구조뿐만 아니라 그 용도와 기능의 면에서 기존건물과 독립한 경제적 효용을 가지고 거래상 별개의 소유권 객체가 될 수 있는지의 여부 및 증축하여 이를 소유하는 자의 의사 등을 종합하여 판단하여야 할 것 이다(대법원 2002. 5. 10. 선고 99다24256 판결 등 참조). 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제23, 29, 50호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합 하면, 이 사건 증축건물은 단층인 기존건물의 평면적을 확장한 뒤 그 위로 2층에서 4 층까지 증축한 것으로 기존건물과 1차 증축부분이 내부적으로 서로 연결되어 있는 사실, 이 사건 증축건물은 1층애는 냉동창고, 사무실, 휴게실, 화장실이, 2층에는 농산물 냉장냉동창고, 사무실과 각종 회의실, 휴게실, 탈의실 등이，3층에는 농산물 냉장냉동창고, 가공실, 보관실, 창고 등이, 4층에는 농산물 냉장냉동창고가 위치하고 있는데, 각 층에 위치한 창고들은 그 안에 적재된 수입농산물이 검역 ・ 통판(1층), 보관(1층-4층), 가공 • 포장(3층), 반출(1층) 등의 작업을 효율적으로 거칠 수 있도록 이송도어나 리프트도어 등을 EE 같은 층 또는 다른 층의 다른 창고와 유기적으로 연결되도록 설계되어 있는 사실, 이 사건 증축건물의 전기 인입시설은 기존건물과 1차 증축부분의 것이 독립되지 않은 채 4층 옥상에 설치되어 있는 사실, 이 사건 건물의 2층 이상의 층은 독립된 외부통로가 없어 기존건물이 있었던 위치에 설치된 계단을 EE서만 출업이 가능한 사실이 인정된다. 위 인정사실에 의하면 1차 증축부분은 그 구조나 용도에 비추어 기존건물과 함께 하나의 통합된 용도로 사용하기 위하여 증축완 것으로 보이고 그 자체로서는 별다른 경제적 효용올 가지지 못하며 기존건물과 함께 이 사건 증촉 건물의 일부로서만 사용가치가 있다고 보이므로. 1차 증축부분은 물리적 구조뿐만 아니라 그 용도와 기능면에서 기존건물에 부합되었다고 봄이 상당하다.

2) 이 사건 증축건물에 대한 소유권 귀속 약정

민법 제256조 본문은 부동산의 소유자는 그 부동산에 부합한 물건의 소유권을 취득한다고 규정하고 있는바, 이에 따르면 부합에 의하여 생긴 물건은 한 개의 물건으로 취급되어 그에 대한 하나의 소유권만이 인정된다. 그러나 그 물건의 소유권을 누구 에게 귀속시킬 것인가에 대한 위 민법의 규정은 임의규정으로서, 부합되는 물건의 소유자와 그 부동산에 노력을 가하여 다른 물건올 부합시킨 자가 부합에 의하여 생긴 물건의 새로운 소유자를 누구로 할 것인지등 위 규정과 달리 약정하는 경우에는 그에 따라 소유권의 귀속이 정하여진다. 앞서 본 바와 같이 1차 증축부분은 모두 소외 회사의 노력과 비용에 의해 완공 되었고, 소외 회사와 원고들 사이에 작성된 계약서들의 내용이 소외 회사가 위 증축부분의 소유자임을 전제로 하고 있으며(2007.9.10.자 사용권계약서에는 1차 증축부분을 소외 회사 명의로 풍기할 경우 제3자의 압류로 인하여 CC농산의 권리를 침해할 수도 있기 때문에 CC농산 명의로 등기를 하여야 한다고 기재되어 있고. 2009.4. 2.자 및 2009.5. 25.자 추가계약서에는 소외 화사가 1차 증축부분을 소유하고 있음을 전체로 이를 CC농산에서 매입한다고 기재되어 있다), 기존건물의 등기소유자인 원고들(원래 기존건물은 원고 김AA 등이 취득하였으나 건축허가 명의를 원고들로 하였기 때문에 원고 김AA 등 명의로는 등기신청이 되지 아니하여 원고 김AA 등의 소유 지분 중 일부를 원고 박MM, 박NN, 박PP에게 형식적으로 매매하는 방식으로 기존건물의 소유자를 공동사업자 11인으로 변경한 사실은 앞서 본 바와 같다)과 1차 증축부분을 완공한 소외 회사는 이 사건 증촉건물랴 관하여, 기존건물 부분은 원고들이 그 동업 지분율에 따라 취득하는 것으로 하고 l차 증축부분운 그 노력과 비용을 들인 소외 회사 가 각 취득하는 것으로 판념적으로 구분한 뒤, 법률상 하나의 물건으로 보는 이 사건 증축건물을 이 사건 증축검물의 전체 면적(3，422.07㎡)얘서 위와 같이 관념적으로 각 자 취득하기로 한 기존건물의 면적(3，384㎡) 및 1차 증축부분의 면적(10，038.07㎡)이 차지하는 비율에 따라 지분올 나누어 공유하기로 합의하였다고 봄이 상당하다.

(나) 소결론

그러므로 1차 증축분에 대한 소유 및 사용계약은 1차 증촉부분의 소유자인 소외 회사가 원고들에게 그 증촉부분올 20년간 임대하고 그 임대료로 매월 000원을 수령하는 것으로 봄이 상당하고, 독립적이고 재산적 가치가 있는 무형의 권리에 대한 사용계약으로 볼 수는 없다. 따라서 이 사건 건물사용권의 양도가 무형외 재산권 양도에 해당함을 전제로 한 원고들의 위 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 대한 판단 까 중복조사 해당 여부

세무조사라 함은 세무공무원이 각 세법에 규정되어 있는 질문검사권 내지 질문조사권을 행사하여 납세의무자 등에게 직무상의 필요에 따라 질문을 하고 또 관계서류장부 기타 물건을 조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 의미하고{법인세법 제122조, 조사사무처리규정(2009.8.24.국세청훈령 제1765호로 개정되기 전악 것, 이하 같다) 제2조 제1호 등 참조}, 구 국세기본법 제81조의3, 구 국세기본법 시행령(2010.2.18.대통령령 제22038호로 개청되기 전의 것, 야하 같다) 제63조의2 및 조사사무처리규정 제13조에서 규정하고 있는 중복세무조사금지원칙과 입법취지는 반복적인 세무조사를 허용하게 되면 납세자와 영업의 자유, 프라이버시를 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험도 있어 과세관청에 의한 세무조사의 남용을 방지함에 있다. 이 사건에 관하여 살피건대, 위 인정사실에 의하여 인정되는 다음의 사정들, 즉 ① 종전 세무조사는 원고들에 대하여 2008년 제2기 부가가치세 과세기간에 수취된 이 사건 세금계산서의 적정성 여부에 관한 것으로서 위 세금계산서의 교부가 적창하다는 취지로 조사종결한 점. ② 그로부터 약 2개월 후 이루야진 이 사건 세무조사는 종전 세무조사와 조사사유를 '신고 내용의 척정 여부'라고 하여 다소 불명확하게 특정하고 있을 뿐 종전 세무조사의 조사대상세목 및 기간과 중첩되고 있으며, 실제로도 이 사건 세금계산서의 적정성 여부를 다시 조사하여 이 사건 처분에 이르게 된 점，③ 이 사건 세무조사에 이르게 된 경위가 분명하지 아니하여 세무조사 착수 동기가 종전 세무조사와 다르다고 보이치도 않는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 세무조사는 종전 세무조사의 세목과 기간이 중첩되는 중복세무조사에 해당한다고 할 것이다.

(나) 예외적인 허용사유 해당 여부

1) 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우에 해당하는지 여부

이에 대하여 피고는, 서울지방국세청장의 이 사건 세무조사가 구 국세기본법 제81조의4 제2항 채2호 소정의 '거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우'에 해당하여 중복조사의 예외 사유에 해당한다고 주장한다. 그러나 비록 서울지방국세청장이 이 사건 세무조사 당일 소외 회사에 대해서도 세무조사를 실시하였다고 하더라도, 종전 세무조사에서 이 사건 건물사용권 및 이와 관련하여 원고들과 그 거래상대방인 소외 회사 사이에 수취된 이 사건 세금계산서의 적정 여부가 이미 조사 • 확인된 마당에 종전 세무조사 당시 원고들의 거래상대방인 소외 회사에 대한 조사가 불가능하였다고 보이지 않는 이상 이 사건 세무조사가 위 조항이 정한 예외사유에 해당하지 않는다고 봄이 상당 하다.

2) 실지조사를 하지 아니하고 재경정하는 경우에 해당하는지 여부

피고는 이 사건 세무조사가 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우에 해당하여 허용되는 중복조사의 예외사유에 해당한다고 주장한다. 여기에서 '실지조사'란 납세자의 사무실・사업장・공장 또는 주소지 등에 출장하여 직접 해당 납세자 또는 관련인을 상대로 실시하는 세무조사를 말한다(조사사무처리규정 제2조 제22호). 그런데 갑 제48호증, 갑 제69호증의 1, 갑 제70호증의 각 기재에 의하면 이 사건 세무조사 당시 서울지방국세청 소속 조사관들이 사전통지 없이 CC농산 사무실을 방문하였고, '세무 조사와 관련된 서류 등을 조사기간 동안 서울지방국세청에서 보관한다'는 취지의 일시 보관증까지 작성해 주고 관련 서류를 가져간 사실이 인정되므로, 이 사건 세무조사가 실지조사를 하지 아니하고 재경정하는 경우에 해당한다고 볼 수 없다.

3) 국세환급금의 결정을 위한 확인조사에 해당하는지 여부

피고는 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제2호에서 정한 중복조사의 예외사유로서 종전 세무조사가 국세환급금의 결정을 위한 확인조사에 해당한다는 취지로 주장한다. 그러나 위 규정에서 정한 국세환급금 결정의 예외사유는 종전 세무조사가 아니라 나중에 이루어진 이 사건 세무조사가 국세환급금의 결정을 위한 확인조사에 해당하는지 여부이고, 이 사건 세무조사가 국세환급금의 결정을 위한 것이 아님이 분명하므로, 이 사건 세무조사는 중복조사가 허용되는 예외사유에 해당하지 않는다.

(다) 중복조사금지원칙에 위배한 세무조사에 근거한 부과처분의 적법 여부

살피건대, 중복조사금지원칙은 납세자의 영업의 자유 및 프라이버시 침해 방지 및 자의적인 세무조사에 대한 사전적 통제를 통하여 납세자의 권리를 절차적인 측면에 서 보장함을 목적으로 하고 있는 점에 비추어, 중복조사금지원칙에 위배한 세무조사에 기초하여 이루어진 과세처분은 위법하다고 할 것이다(대법원 2006.6. 2. 선고 2004두12070 판결 참조). 따라서 이 사건 처분은 국세기본법 제81조의4 제2항의 재조사금지의 원칙에 위반하여 위법하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다(원고의 두 번째 주장을 받아들이는 이상 세 번째 주장에 대하여는 판단하지 아니한다).

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.