서울행정법원2012구단3821(2012.07.17)

부동산 양도차익을 '법인으로 보는 단체'에게 귀속시켜 3년이상 고유목적사업에 직접사용하여 양도소득세 납세의무가 없음

부동산 양도손익을 최초사업연도 기간이 1년을 초과되지 아니한 범위에서 사실상 법인에게 귀속시키고, 조세포탈의 우려가 있다고 볼 수 없을 경우 구 법인세법 시행령 제3조 제2항의 요건을 모두 충족한 것으로 보아 양도소득세 납세의무가 없으며, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하여 비영리내국법인의 과세소득의 범위에서 제외됨

2012누24025 양도소득세부과처분취소

대한기독교AAA BB교회

서대문세무서장

서울행정법원 2012. 7. 17. 선고 2012구단3821 판결

2013. 6. 27.

2013. 8. 22.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2011. 7. 26. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정청구거부처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

" 가. 원고는 2007. 5. 25. 재단법인 대한기독교AAA 유지재단으로부터 OO시 OO구 OO동 63-6 대 666.8㎡ 및 그 지상 철근콘크리트 평스라브 종교시설 지하층 272.94㎡， 1층 312.04㎡， 2층 312.04㎡， 3층 95.04㎡(이하 토지 및 건물을 합쳐 '이 사건 부동산'이라 한다)를 취득하여 보유하다가， 2010. 5. 4. 하나님의 교회 CCC 협회에게 이 사건 부동산을 양도하는 계약을 체결한 후 2010. 6. 4. 그 소유권이전등기를 경료하여 주었다.", 나. 원고는 2010. 7. 29. 종로세무서장에게 양도가액을 OOOO원， 취득가액을 OOOO원으로 하여 2010년 귀속 양도소득세 OOOO원을 예정신고하였으나 위 세액을 납부하지는 않았고， 원고의 대표자 DDD의 주소지 관할세무서장인 피고는 종로세무서장으로부터 이 사건 부동산 양도에 관한 업무를 이관 받아 2011. 2. 10. 원고에 대하여 납부불성실 가산세를 포함하여 양도소득세 OOOO원을 결정・고지하였다.

다. 원고는 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것， 이하 '구 국세기본법'이라 한다) 제13조 제2항 소정의 '법인으로 보는 단체'(이하 '법인으로 보는 단체'라고 한다)로서 비영리법인에 해당하므로 양도소득세 납세의무가 없다고 주장하면서2011. 7. 20. 피고에게 양도소득세를 OOOO원으로 경정하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나， 피고는 원고가 이 사건 부동산 양도 이후인 2010. 6. 24.에야 '법인으로 보는 단체'의 승인을 받았기 때문에 이 사건 부동산 양도 당시에는 '법인으로 보는 단체'에 해당하지 않는다는 이유로 2011. 7. 26 위 경정청구를 거부(이하 '이 사건 처분' 이라 한다)하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 201l. 9. 23. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 201l. 12. 26. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 14호증(가지변호 있는 것은 각 가지번호 포 함， 이하 같음)， 을 제1 내지 4호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고의 최초사업연도 개시일은 '법인으로 보는 단체'의 승인을 받은 2010. 6. 24 이지만， 원고는 최초사업연도 개시일 전에 생긴 손익인 이 사건 부동산 양도이익을 사실상 '법인으로 보는 단체'에게 귀속시켰고 조세포탈의 우려가 없으며 이 사건 부동산 양도일을 최초사업연도의 개시일로 보더라도 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하므로， 구 법인세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것， 이하 '구 법인세법 시행령'이라 한다) 제3조 제2항에 따라 이 사건 부동산 양도이익을 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 그런데 비영리내국법인인 원고가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산인 이 사건 부동산을 처분함으로써 발생한 이익은 법인세법상 과세대상인 각 사업연도 소득의 범위에서 제외되므로， 원고는 양도소득세 및 법인세 납세의무가 없다.

2) 소득세・법인세 등 기간과세세목의 경우 '법인으로 보는 단체'로서의 지위 취득의 효력은 그 승인일이 포함된 과세기간에 걸쳐 발생하므로， 비록 원고가 이 사건 부동산의 양도일 이후에 '법인으로 보는 단체'의 승인을 받았다고 하더라도 양도일과 승인일이 동일한 과세기간 내에 속하는 이상 원고는 '법인으로 보는 단체'로서 이 사건 부동산을 양도한 것이므로， 양도소득세 납세의무가 없다.

3) 원고가 2007. 6. 12. 개인사업자로 사업자등록을 한 것은 세무공무원의 잘못된 행정지도에 의한 것이므로， 이를 거부사유로 삼는 것은 국세기본법상 신의성설의 원칙 에 반한다.

나. 인정사실

1) 원고는 2007. 3. 25. 재단법인 대한기독교AAA 유지재단으로부터 이 사건 부동산을 증여받아 2007. 5. 25 소유권이전등기를 마친 후 예배당 등으로 사용하였으며， 원고의 대표자 DDD은 2007. 6. 12 이 사건 부동산을 관할하는 종로세무서 에 사업자등록을 신청하면서 담당 공무원의 안내에 따라 법인 아년 단체를 의미하는 코드번호 '89번'으로 사업자등록신청을 하여 개업일 2007. 6. 12.， 등록번호 000-00-00000로 사업자등록을 마쳤다.

2) 원고는 2010. 5. 4. 하나님의 교회 CCC협회에게 이 사건 부동산을 대금 OOOO원에 매도하면서 계약금 OOOO원은 계약당일， 잔금 OOOO원은 2010. 5. 25.에 각 지급받기로 약정하였고， 2010. 5. 25. 잔금을 수령하고 2010. 6. 4 하나님의 교회 CCC협회 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다.

위 잔금 수령일에 관하여 원고는 이 사건 제1심 소장에서는 위 인정과 같이 2010. 5. 25.에 마지막 잔금을 수령한 사실을 스스로 자인하다가， 항소심인 이 법원 단계에 이르러서는 이 사건 부동산 매매계약서상 기재와 달리 실제로는 소유권이전등기일인2010. 6. 4.에 잔금을 수령하였다고 주장하므로 살피건대，① 갑 제16호증의 1의 기재에 의하면 원고의 EEE OO지점 계좌에 2010. 5. 26. OOOO원이， 2010. 6. 4. OOOO원이 각 입금된 사실은 인정할 수 있으나， 위 금액의 합계액은 OOOO원에 불과하여 잔금 OOOO만 원과 일치하지 아니할 뿐만 아니라， 매수인으로부터 직접 입금된 것이 아니라 원고 대표자 DDD이 자기앞수표를 입금한 것으로서 미리 잔금을 수령하여 가지고 있다가 입금하였을 가능성도 배제할 수 없는 점，② 갑 제2호증의 1， 2， 갑 제19호증의 1의 각 기재에 의하면 원고는 2007. 8. 29. EEE OO지점으로부터 OOOO원을 대출받으면서 이 사건 부동산에 채권최고액 OOOO원의 공동근저당권을 설정하였는데， 2010. 5. 25. 위 공동근저당권 설정계약이 해지되고 2010. 6. 4. 공동근저당권 말소등기가 마쳐진 사실을 인정할 수 있는바， 원고가 이 사건 부동산의 매수인에게 제한물권의 부담이 없는 완전한 소유권을 이전하기 위하여 2010. 5. 25.경 수령한 잔금으로 위 대출금을 변제하고 위 공동근저당권 설정계약을 해지한 후 2010. 6. 4. 위 공동근저당권의 말소등기와 함께 소유권이전등기를 마쳤다고 보는 것이 합리적인 점，③ 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기일이 2010. 6. 4.인데， 통상 부동산 매매대금 중 잔금지급일에는 잔금 지급과 함께 소유권이전등기에 필요한 서류만 교부받은 후， 등록세 납부서류 등의 관련 서류를 추가로 준비하여 다소의 기일이 경과한 다음 비로소 그 이전등기를 신청하게 되는 것이 상례이므로， 잔금지급일은 위 2010. 6. 4보다 다소 앞설 것으로 보이는 점，④ 제1심 단계에서 원고는 스스로 2010. 5. 25.이 잔금청산일이라고 주장하였으나， 항소심인 이 법원 단계에 이르러 비로소 구 법인세법 시행령 제3조 제2항의 적용을 주장하며 종전 주장을 철회하고 원고에게 보다 유리하게 새로운 주장(원고 입장에서는 양도소득세 발생일인 잔금청산일이 늦게 될수록 법인승인일과의 간격이 좁아져 유리하게 된다)을 하고 있는 점 등을 고려하면， 위 증거들만으로는 처분문서인 이 사건 부동산 매매계약서(갑 제5호증)의 증거력을 배척하기에 부족하므로 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

3) 원고는 2010. 6. 1. 종로세무서에 기존의 사업자 등록번호(000-00-00000)를 폐쇄하기 위하여 폐업선고를 함과 동시에 '법인으로 보는 단체의 승인신청서'를 다시 제 출하여 2010. 6. 24. 종로세무서장으로부터 '법인(수익사업을 하지 않는 비영리법인)으로 보는 단체'의 승인을 받았으며， 법인을 의미하는 코드번호 '82번'으로 개업일을 종전의 사업자 등록기간이 포함되는 2003. 12. 15.로 하여 사업자등록(등록번호 000-00-00000)을 마쳤다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 5호증， 을 제2， 3호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

다. 관계법령

별지 기재와 같다.

라. 판단

1) 구 법인세법 시행령 제3조 제2항의 적용가능성 여부

가) 구 법인세법 시행령 제3조 제1항 제1호 라목에 의하면 '법인으로 보는 단체'의 최초사업연도 개시일은 납세지 관할세무서장의 승인일이므로， 원고의 최초사업연도 개시일은 2010. 6. 24.인 것이 원칙이다. 그런데 위 시행령 제3조 제2항은 최초사업 연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈 의 우려가 없을 때에는 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있고， 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다고 규정하고 있는바， 위 '최초사업연도 개시일 전에 생긴 손익'에 이 사건 부동산의 양도로 인한 손익을 포함시킬 경우 원고의 최초사업연도 개시일은 이 사건 부동산 양도일인 2010. 5. 25.이 되므로 이 사건 부동산 양도이익에 대하여 소득세법이 아난 법인세법이 적용되게 된다. 그러므로 먼저 이 사건 부동산 양도로 인한 손익에 구 법인세법 시행령 제3조 제2항을 적용할 수 있는지에 관하여 본다.

나) 구 법인세법 시행령 제3조 제2항은 법인 설립등기 등으로 인하여 최초사업연도가 개시되기 전에 이미 사실상 사업을 개시하여 발생한 손익 또는 법인 설립과정에서 지출된 설립준비비용 등을 설립된 법인에 귀속시키지 못하는 문제점을 해결하기 위하여 규정된 것으로서， 법인을 최초로 설립하는 경우뿐만 아니라 개인이 사업장을 운영하다가 법인으로 전환하는 경우에도 법인 설립 전후 권리주체의 실체가 동일하고 조세포탈의 우려가 없다면 위 규정에 따라 사실상의 사업개시일 이후에 발생한 손익을 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다고 보아야 한다.

이 사건에 관하여 보건대， 원고는 2007년경 최초 사업자등록신청을 할 당시에도 '법인으로 보는 단체'로 승인받기 위한 실질적 요건을 모두 갖추고 있었으므로 소득세와 법인세 중 어떤 과세체계의 적용을 받을 것인지에 관한 선택권이 있었던 점， 그러나 최초 사업자등록 당시 세법에 관한 지식이 부족한 원고 대표자 DDD이 이러한 사실을 알지 못한 채 종로세무서 담당공무원의 행정지도에 따라 개인으로 사업자등록 신청을 하게 된 점， 원고는 이 사건 부동산 매매계약의 잔금지급일로부터 불과 7일이 경과한 시점이자 그 반대급부로서의 소유권이전등기도 경료하기 전인 2010. 6. 1. 종로세무서에 '법인으로 보는 단체 승인신청서'를 제출한 점， 이에 따라 이 사건 부동산 양도일로부터 불과 약 1개월이 경과한 때에 '법인으로 보는 단체'의 승인이 있었던 점， 원고가 이러한 조세부담의 차이를 미리 알았더라면 이 사건 부동산의 매매 시기를 조절하거나 잔금청산일을 미룸으로써 얼마든지 '법인으로 보는 단체'의 승인일 이후에 이 사건 부동산을 양도할 수 있었던 것으로 보이는 점， 갑 제20， 21호증의 각 기재에 의 하면 원고는 계속하여 재단법인 대한기독교AAA 유지재단에 속한 채로 선교비， 장학금의 지원 등 교회로서의 사회활동을 하는 등 위 승인 전후로 그 실체에 아무런 변화가 없는 점， 원고가 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내인 2010. 7. 29. 양도소득세 예정선고를 하기는 하였으나 그 이전인 2010. 6. 24. 법인으로 보는 단체'의 승인이 있었으므로 원고는 양도소득세 예정신고를 할 당시에 이미 법인세법의 적용을 구할 수 있었던 점， 그런데 이 사건 부동산 양도소득에 종전대로 소득세법이 적용되는지 법인세법이 적용되는지 여부를 알 수 없었던 원고가 예정신고의 혜택을 받지 못하게 되는 불이익을 방지하기 위해 일단 양도소득세 예정선고를 하고 그 납부는 하지 않았던 것으로 보이는 점 등을 고려해보면， 원고에게도 구 법인세법 시행령 제3 조 제2항을 적용하여 이 사건 부동산의 양도로 인한 손익을 법인의 손익에 귀속시킬 수 있다고 보는 것이 타당하다.

다) 이에 대하여 피고는 ① 구 법인세법 시행령 제3조 제2항은 예외적인 규정이므로 엄격하게 해석하여야 하는바， 최초사업연도 개시일의 기준이 되는 손익이란 법인의 설립과정에서 선 지출된 비용이나 법인의 목적사업과 직접 관련된 손익만을 의미 하므로 이 사건 부동산의 양도와 같이 법인의 목적사업과 무관한 일시적・우발적인 거래에 의하여 발생한 손익에 대하여는 구 법인세법 시행령 제3조 제2항이 적용되지 않는다고 주장한다.

그러나 법문상 '최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익'이라고만 규정되어 있을 뿐 어떠한 다른 조건도 요구하지 않고 있음에도 불구하고 위 규정을 피고의 주장 과 같이 축소 해석할 합리적인 근거를 찾아볼 수 없을 뿐만 아니라， 갑 제26， 33， 34호 증의 각 기재에 의하면 이 사건 부동산의 양도는 원고가 소속되어 있는 재단법인 대한 기독교AAA 유지재단의 서울지역 교회 배치계획에 따라 원고 교회의 위치를 OO시 OO구 OO동으로 이전하기 위한 과정에서 이루어진 거래로서， 원고의 정관상 목적사업인 복음전도， 기독교 교육 등을 수행하는 장소인 교회 및 예배당을 이전하는 것과 관련된 것이므로 법인의 목적사업과 무관하다고 볼 수도 없다. 따라서 피고의 위 주장은 받아들이지 않는다

② 또한 피고는 원고가 '법인으로 보는 단체'의 승인을 받기 전 거주자의 지위에서 이 사건 부동산을 양도하였고， 구 국세기본법 제21조 제2항 제2호에 따라 과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일인 2010. 5. 31. 이마 양도소득세 납세의무가 성립 되었으며， 피고가 2011. 2. 10. 원고에 대하여 양도소득세를 결정・고지함으로써 납세의 무가 확정되기에 이르렀는바， 구 법인세법 시행령 제3조 제2항을 적용하여 이와 같이 이마 성립・확정된 소득세 납세의무를 부인하고 법인세법에 따르도록 하는 것은 실질과세원칙에 반한다고 주장한다.

그러나 납세의무의 성립이란 과세요건이 모두 구비되어 조세를 부과할 수 있는 상태에 이른 것을 말하고， 납세의무자의 선고 또는 과세관청의 납세고지에 의하여 납세의무가 확정되면 조세채권은 자력집행력을 가지게 되는 것인데， 납세의무가 성립・확정되었다고 하여 불가쟁력・불가변력을 가지는 것은 아니고 납세의무가 성립・확정된 이후에도 납세의무자는 올바른 법적용을 구하며 경정청구 또는 조세쟁송을 제기할 수 있으며， 따라서 원고의 양도소득세 납세의무가 이미 성립 확정되었다고 하더라도 원고는 소득세법이 아닌 법인세법의 적용을 주장하며 그 법적용 및 세액을 다툴 수 있다 고 할 것이다. 또한 양도소득세 납세의무가 성립・확정되었다고 해서 그 소득이 법인세법상 별개의 규정에 따라 법인세의 규율대상으로 편입되는 것까지 배제할 수 있는 것은 아니라고 보아야 하고， 앞서 살펴본 바와 같이 소득세는 신고납세방식의 조세로서 납세의무자가 신고한 때 그 세액이 확정되는 것이고， 원고의 양도소득세 납세의무는 예정신고일인 2010. 7. 29.에 확정되므로 이러한 점에서 보더라도 피고의 위 주장은 이유 없다.

한편 실질과세원칙은 과세의 대상이 되는 소득이 귀속되는 명의자와 사실상 귀속되는 자가 다른 경우 및 과세표준의 계산에 관한 규정을 적용할 때 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 세법을 적용하여야 한다는 것인데， 이 사건 부동산의 양도로 인한 소득이 원고라는 실체에 귀속된다는 점에 관하여는 당사자 간에 다툼이 없으므로 형식과 실질이 불일치하는 경우라고 볼 수 없고， 동일한 실체에 대하여 어떤 과세체계를 적용하여 과세할 것인지의 문제는 실질과세원칙과 무관한 법률상의 문제이므로 이와 관련된 피고의 위 주장도 이유 없다.

③ 나아가 피고는 구 법인세법 시행령 제3조 제2항의 문언 형식이 '산입할 수 있다'라고 되어 있는 점을 들어， 위 규정은 최초사업연도 개시일 전에 생긴 손익을 법인의 과세표준에 산입할 수 있는 결정재량을 과세관청에게 부여한 것으로서 과세관청 이 재량권을 행사하여 그 손익을 과세표준에 산입한 경우에만 최초사업연도 개시일을 그 손익이 최초로 발생한 날로 의제할 수 있다고 주장한다.

그러나 법인세는 신고납세방식의 조세인바， 구 법인세법 시행령 제3조 제2항에서 그 주체를 과세관청으로 명백히 제한하고 있지 않은 이상 납세의무자도 위 규정에 따라 손익의 법인 귀속여부를 스스로 선택할 수 있다고 해석하는 것이 타당할 뿐만 아니라， 위 규정의 적용으로 인하여 조세상의 이익을 얻는 쪽은 납세의무자인데 그 적용 여부를 납세의무자가 아년 과세관청이 재량으로 결정할 수 있다고 한다면 보다 많은 세금 징수를 원하는 과세관청의 자의적인 법집행으로 인하여 위 규정을 둔 취지를 현저하게 몰각하는 결과를 초래할 것이므로 피고의 위 주장도 받아들이지 않는다.

라) 따라서 이 사건 부동산 양도로 인한 손익에도 구 법인세법 시행령 제3조 제2항이 적용되고， 그것이 위 규정상의 요건을 충족하는 경우 '법인으로 보는 단체'인 원고의 최초사업연도의 손익에 산입될 수 있다고 보아야 한다.

2) 구 법인세법 시행령 제3조 제2항의 요건을 충족하는지 여부

가) 손익을 사실상 법인에 귀속시킨 것이 있는지 여부

갑 제16， 19， 21， 24 내지 33호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정， 즉，① 원고의 은행계좌에 2010. 5. 26.경 OOOO원 및 2010. 6. 4.경 OOOO원이 각 입금되었고， 원고는 이 사건 부동산 매매계약상 잔금지급일인 2010. 5. 25.경 이 사건 부동산에 설정되어 있던 공동근저당권 의 피담보채무 등 합계 OOOO원을 변제하였는바， 그 합계액은 OOOO원으로서 이 사건 부동산 매매계약의 잔금인 OOOO원에 육박하는 금액인 점，② 원고는 이 사건 부동산 매매대금으로 OO시 OO읍 OO리 소재의 부동산 매입자금 OOOO원， OO시 OO구 OO동 소재의 사택 구입자금 OOOO원， 선교자금 OOOO원 등 교회 사업을 위한 비용을 지급하였고， 잔액인 OOOO원 상당은 2010. 7. 21.경 거주자로서의 원고의 농협계좌에서 '법인으로 보는 단체'로서의 원고의 농협계좌들로 이체된 점，③ 원고는 OO시 OOO구 OO동 소재의 교회건물을 OOOO원에 매입하기로 하는 계약을 체결하고 2010. 12. 22.경부터 2011. 2. 18.경까지OOOO원을 지급하였으며， 이를 리모델링하여 현재 예배당 및 어린이집으로 사용하고 있는 점 등을 종합하면， 이 사건 부동산 양도로 언한 손익은 '법인으로 보는 단체'인 원고에게 사실상 모두 귀속되었다고 할 것이다.

나) 조세포탈의 우려가 있는지 여부

피고는 원고가 거주자로서 소득세법의 적용을 받는 경우 양도소득세를 납부하여야 하는데 구 법인세법 시행령 제3조 제2항을 적용하면 양도소득세를 면제하여 주는 결과가 초래되므로 조세포탈의 우려가 있는 경우라고 주장하나， 앞서 살펴본 바와 같이 원고는 당초부터 '법인 아난 단체'의 실질을 가지고 있었으므로 소득세와 법인 세 중 어떤 과세체계의 적용을 받을 것인지에 관한 선택권이 있었던 점， 담당공무원의 올바른 행정지도가 있었다면 원고는 2007.경 최초의 사업자등록 당시부터 '법인으로 보는 단체'의 승인을 받을 수 있었던 점， 원고가 처음부터 '법인으로 보는 단체'의 승인 을 받았더라면 당연히 법인세법이 적용되어 양도소득세의 납세의무가 없었을 것이라는 점， '법인으로 보는 단체'의 승인을 받기 전후 원고의 실체가 동일한 점 등을 고려하면， 이 사건 부동산 양도로 인한 손익을 법인에 귀속시키는 결과 양도소득세가 면제된다 하더라도 조세포탈의 우려가 있다고 볼 수는 없다.

다) 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는지 여부

2011. 6. 26. 변경된 정관(갑 제14호증) 제20조에 따르면 원고의 회계연도는 매년 1. 1.부터 12. 3l.까지이므로， 최초사업연도인 2010 사업연도는 원칙적으로 2010. 6. 24.부터 2010. 12. 3l.까지이다. 따라서 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 양도일인 2010. 5. 25.을 최초사업연도 개시일로 보더라도 그 기간이 1년을 초과하지 아니함은 역수상 명백하다.

라) 소결

이와 같이 최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익이 구 법인세법 시행령 제3조 제2항의 요건을 모두 충족하므로， 이 사건 부동산의 양도로 인한 손익은 '법인으로 보는 단체'인 원고의 최초사업연도의 손익에 산입되어 법인세법의 법리가 적용되어야 하고， 원고는 양도소득세 납세의무가 없다.

3)이 사건 부동산의 양도이익에 대하여 법인세가 부과되는지 여부

구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제3조 제3항 제5호， 구 법인세법 시행령 제2조 제2항에 따르면 비영리내국법인이 소유하고 있던 고정자산을 처분하는 경우， 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 비영리내국법인의 과세소득의 범위에서 제외된다.

갑 제14호증의 기재에 의하면 원고의 고유목적사업은 복음 전도， 교회당 건축， 기독교 교육， 자선사업， 유아원・탁아소・유치원 운영， 의료 선교 및 위 사업을 수행하기 위한 기타 부대사업인바， 원고가 2007. 3. 25. 이 사건 부동산을 증여받은 후 2010. 5. 25. 양도할 때까지 3년 이상 계속하여 예배당 및 교회 건물로 직접 사용하여 온 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로， 이 사건 부동산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세소득의 범위에서 제외되고， 원고는 '법인으로 보는 단체'로서의 법인세 납세의무도 없다.

마. 소결론

따라서 이 사건 부동산의 양도로 인한 손익은 '법인으로 보는 단체'인 원고의 최 초사업연도의 손익에 산입되지만 이는 법인세법상 과세제외소득이므로 원고는 양도소득세뿐만 아니라 법인세 납세의무도 없다.

그렇다면， 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하여야 할 것인데， 제1심 판결은 이 와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고， 피고 가 2011. 7. 26. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정청구거부처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.