1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 12. 9. 별지1 목록 기재 부동산을, 2007. 9. 4. 별지2 목록 기재 부동산을, 2009. 6. 17. 별지3 목록 기재 부동산을 각각 제3자에게 양도하고 이에 따른 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다.

나. 피고는 2012. 12. 20.경 원고가 별지4 기재와 같이 수개의 토지와 건물을 취득 및 양도한 사실을 확인하고, 원고가 구 부가가치법 시행규칙(2013. 3. 23. 기획재정부령 제342호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세 시행규칙’이라 한다) 제1조 제2항에서 규정하는 ‘부동산의 매매를 사업목적으로 나타내어 부동산을 판매하거나 사업상의 목적으로 1과세기간 중에 1회 이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매하는 사업’을 하는 자(이하 ‘부동산매매업자’라 한다)에 해당하는 것으로 보아 원고에 대하여 직권으로 사업자등록(사업개시일 2006. 7. 1.)을 마쳤다.

다. 그 후 피고는 별지1 내지 3 기재 부동산을 부동산매매업에 따른 재화의 공급으로 보아 전체 양도가액에서 부가가치세가 과세되는 부동산의 양도가액을 안분계산한 금액을 부가가치세의 과세표준으로 삼아, 2013. 3. 4. 원고에 대하여 2006년 제2기 귀속 부가가치세 21,245,380원, 2007년 제2기 귀속 부가가치세 31,747,570원 및 2009년 제1기 귀속 부가가치세 31,742,770원을 부과하였다.

피고는 2013. 6. 11. 과세표준 안분계산에 오류가 있는 것을 발견하고 2009년 제1기 귀속 부가가치세를 3,751,000원(= 31,742,770원 - 27,991,770원)으로 감액ㆍ경정하였고 2013. 10. 31. 2006년 제2기 귀속 부가가치세를 22,622,330원(= 21,245,380원 1,376,950원)으로 증액ㆍ경정 및 2007년 제2기 귀속 부가가치세를 30,310,580원(= 31,747,570원 - 1,436,990원)으로 감액ㆍ경정하였다

이하 2013. 3. 4. 2007년 제2기 귀속 부가가치세 및 2009년 제1기...