심사법인2013-0066(2014.04.15)

학교법인의 고정자산처분이익에 대해 법인세를 과세한 처분의 당부

수익사업용 부동산을 취득하는 것은 고유목적사업준비금의 사용범위에 포함되지 않는 것으로 규정되어 있는 점 등으로 보아 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

법인세법 제29조

수원지방법원2014구합55695(2015.06.8)

전출금의 일부를 재원으로 하여 이 건물을 구입하는 것에 대하여 허가를 받

고, 실제 구입비용으로 지출함으로써 더는 고유목적사업에 사용할 수 없다는 점이 분

명해졌으므로, 이 사건 예금자산 중 일부를 2013 사업연도 익금에 산입한 이 사건 처

분은 적법하다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 제③ 주장에 관한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자

가 정당한 이유 없이 세법에 규정된 신고・납세의무 등을 위반한 경우에 세법이 정하는

바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하되, 납

세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할

수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정

이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수

없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2011두13842 판결 등 참조).

이 사건에서, 비록 원고가 교육지원청에 이 사건 토지의 처분허가를 신청하면서

매각대금을 정기예금으로 예치할 계획이라고 밝히기는 하였으나, 그 후 원고가 이 사

건 토지 매각대금의 대부분인 350억 원을 예치기간 6개월(2011. 11. 29. ~ 2012. 5. 29.)

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의 단기 예금상품에 예치하였다가 위 예치기간의 만기가 가까워진 2012. 5. 17. 관할

교육지원청에 대체재산 취득허가를 요청하였고, 이후 2개월 남짓 만에 이 사건 건물을

취득하여 2012. 7. 31. 관할청에 대체재산 취득결과를 보고하였으며, 그로부터 1개월

남짓 후인 2012. 9. 4. 수익사업인 부동산임대업을 시작하는 등 불과 수개월 만에 240

억 원에 달하는 대체재산의 취득을 완료한 점에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지의

처분허가 신청 당시 표명한 것과 달리 수익사업회계에 속해 있던 이 사건 토지의 매각

대금을 비영리사업회계로 전출할 당시부터 수익사업에 사용할 목적을 가지고 있었음에

도 해당 사업연도의 법인세 과세를 피하기 위하여 이를 고유목적사업준비금으로 계상

한 것으로 볼 소지도 다분한 점, 앞서 본 바와 같이 법인세법 시행규칙 제76조 제4항

이 '학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이

를 비영리사업에 지출한 것으로 한다'고 규정하고 있기는 하나, 위 규정의 입법 취지가

교육사업을 지원하고자 하는 데 있고, 형식상 비영리사업회계로 전입하였다고 하여 고

유목적사업에 사용할 의무가 면제되는 것으로 볼 수는 없는 점, 법인세법 시행령 제56

조 제5항에 고유목적사업의 의미가 분명히 정의되어 있는 점 등을 고려하면, 원고가

이 사건 법인세의 신고‧납부의무를 이행하지 않은 데에 정당한 사유가 있었다고 보기

어렵다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이

판결한다.

학교법인 송○○○

○○세무서장

2015.05.07.

2015.06.04.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지피고가 2013. 9. 3. 원고에 대하여 한 2012. 3. 1. ~ 2013. 2. 28. 사업연도 귀속 법인세 - 2 - 5,484,394,420원(가산세 624,496,839원 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 수익용 기본재산의 매각

1) 원고는 사립학교법에 따른 학교법인으로서 ★★시 ★★면 ★★리 315-1 등 18필지의 토지(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 수익용 기본재산으로 보유하고 있었다. 2) 원고는 이 사건 토지가 한국수자원공사가 시행하는 시화2단계 개발사업의 사업구역에 편입되자, 2011. 11. 22. 한국수자원공사와 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결하고, 다음날 한국수자원공사 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다.

3) 원고는 위 무렵 한국수자원공사로부터 받은 이 사건 토지의 매각대금 35,421,929,970원을 ★★농협, 농협중앙회, 우리은행 등 3곳의 금융기관에 개설한 예금계좌에 분산 예치하였다(이하에서는 위 3곳의 금융기관계좌에 예치된 돈을 '이 사건 예금자산'이라 한다).

나. 회계처리

1) 원고는 2011. 3. 1. ~ 2012. 2. 29. 사업연도(이하 '2012 사업연도'라 한다) 법인세 신고시 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제74조 제1항 제1호 가목에 따라 수익사업회계에 속한 이 사건 예금자산 상당액에서 이 사건 토지의 취득가액 3,186,215,000원을 공제한 32,235,714,970원(이하 '이 사건 전출금'이라 한다)을 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금에 계상함으로써 이 사건 토지의 매각으로 인한 수익에 대해 법인세를 납부하지 않았다.

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2) 한편, 원고는 2012 사업연도 결산시 이 사건 전출금을 비영리사업회계로 전출하였다.

다. 대체재산의 취득

1) 원고는 2012. 5. 17. 경기도★★★★교육지원청장에게 이 사건 전출금 중 26,054,000,000원으로 대체재산을 취득하는 것을 허가하여 달라고 요청하였고, 경기도 ★★★★교육지원청장은 2012. 6. 18. 이를 허가하였다.

2) 원고는 2012. 8. 3. 이 사건 전출금 중 25,970,247,329원을 지출하여 수익사업용 재산인 ★★시 ★★동 1600 소재 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 취득하였다. 라. 이 사건 처분1) 피고는 원고가 이 사건 전출금 중 일부로 이 사건 건물을 취득한 것은 고유목 적사업준비금의 사용의무를 위반한 경우에 해당한다고 보아 법인세법 제29조 제4항 제4호에 따라 위 취득자금 중 23,999,534,480원을 2012. 3. 1. ~ 2013. 2. 28. 사업연도(이하 '2013 사업연도'라 한다)의 익금에 산입하는 것으로 조정하여 2013. 9. 3. 원고에 대하여 2013 사업연도 귀속 법인세 5,484,394,420원(= 본세 4,859,897,585원 + 가산세 624,496,839원)을 경정‧고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다). 2) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 11. 27. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 기각되었다. 인정 근거 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 제3호증의 1부터 11, 제5호증의 1, 2 제6호증의 1, 2, 3, 제7호증의 1부터 11, 제8호증의 1, 2, 제9, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

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가. 원고 주장의 요지

이 사건 처분은 아래와 같은 점에서 위법하므로 취소되어야 한다(이하에서는 순서대로 '제①, ②, ③ 주장'이라 한다).

① 원고는 2012 사업연도에 이 사건 전출금을 비영리사업회계로 전출하였으므로 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문에 따라 이 사건 전출금은 이미 고유목적사업에 지출된 것으로 의제되었다. 즉, 2013 사업연도에는 고유목적사업준비금이 존재하지 않았고, 이 사건 건물의 취득자금은 고유목적사업준비금이 아니라 이미 비영리사업회계로 전입된 이 사건 전출금이다. 따라서 이 사건 전출금으로 대체재산을 취득한 것은 고유목적사업준비금의 사용의무를 위반한 것이 아니다.

② 설령 원고가 이 사건 전출금으로 대체재산을 취득한 것이 고유목적사업준비금의 사용의무를 위반한 경우에 해당한다고 하더라도 법인세법 제29조 제4항 제4호에 따라 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 지난 사업연도의 법인세 과세표준에 영향을 주는 것이지 2013 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입할 수는 없다.

③ 원고는 이 사건 전출금을 비영리사업회계로 전출할 당시 이 사건 전출금으로 이 사건 건물을 취득할 의도가 없었고, 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문의 해석을 두고 견해대립이 있는 등 원고가 이 사건 법인세의 신고‧납부의무를 불이행한 데에 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

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1) 제① 주장에 관한 판단

가) 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문은 '사립학교법에 따른 학교법인이 수익사업회계에 속한 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다'고 규정하고 있고, 원고가 2012 사업연도에 이 사건 전출금을 수익사업회계에서 비영리사업회계로 전출한 사실은 앞서 본 바와 같다.

이러한 경우 원고로서는 더 이상 이 사건 전출금을 고유목적사업에 지출할 의무가 면제되는지 여부에 관하여 본다.

법인세법 제3조 제3항 제5호에 의하면, 비영리내국법인이 ★★자산(고유목적사업에 직접 사용하는 ★★자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 처분하여 생기는 수입(수익사업)은 법인세 과세대상이다. 그러나 비영리법인이 수익사업을 영위하는 것은 수익사업에서 소득을 얻어 비영리사업에 사용하기 위한 것인데 과세소득에 한하여 비영리사업에 사용될 수 있도록 한다면 교육, 사회복지, 의료 등 각종 고유목적 사업을 지원할 책임이 있는 국가가 공익사업에 사용될 재원 중 일부를 법인세 형태로 취하여 오히려 고유목적사업 수행을 방해하는 결과를 초래하게 된다. 이러한 상황을 방지하기 위하여 법인세법 제29조 제1항은 '비영리법인이 고유목적사업에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 법정 한도액 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다'고 규정하는 한편, 같은 조 제4항 제4호는 '고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 해당 사유가 발생한 날이 속한 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다'고 규정하여 기설정된 고유목 적사업준비금을 실제 고유목적사업에 사용하도록 강제하고 있다.

- 6 - 위와 같은 법인세법 제29조의 입법취지에 비추어 볼 때 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문에 따라 사립학교 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 고유목적 사업준비금으로 계상하여 비영리사업회계로 전출한 경우 이를 비영리사업에 지출한 것으로 의제된다 하더라도 이로써 그 전출금을 실제로 고유목적사업에 사용하는지 불문하고 영구적으로 법인세 부담이 면제된다고 보는 것은 문언에만 얽매인 형식적인 해석일 뿐만 아니라 종국적으로는 시행규칙으로 말미암아 법률이 형홰화되는 결과를 초래하게 된다는 점에서 허용될 수 없다.

즉 고유목적사업준비금에 계상되었다가 비영리사업회계로 전출된 현금성 자산은 위 시행규칙 조항에도 불구하고 향후 고유목적사업에 사용되어야 하는 것으로 그 용도가 한정되어 있다고 보아야 하고, 고유목적사업준비금을 손금으로 산입해 주는 것 역시 전출금을 위와 같이 한정된 용도에 사용하지 않거나 용도 외에 사용할 경우를 해제 조건으로 하고 있다고 봄이 상당하다.

따라서 원고가 이 사건 전출금으로 수익용 대체재산을 취득한 것은 이 사건 전출금의 본래 용도인 고유목적사업에 사용할 의무를 위반한 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 제② 주장에 관한 판단

법인세법 제29조 제4항 제4호는 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입한 비영리법인이 손금으로 계상한 사업연도 종료일 이후 5년 내에 기설정된 준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니한 때에는 사용하지 아니한 잔액에 한하여 5년이 되는 사업연도에 익금 산입하도록 규정하고 있다. 이는 5년이라는 기한을 정하여 기설정된 고유목적사업준비금을 실제 고유목적사업에 사용하도록 강제하는 것이다. 그런데 고유목

- 7 - 적사업준비금을 설정하여 손금에 산입하고 비영리사업회계로 전출한 비영리법인이 5년 내에 그 전출금을 임의 환입하여 수익사업에 사용함으로써 더는 고유목적사업에 사용할 수 없는 것이 분명해진 경우에는 5년의 기한까지 기다릴 필요 없이 곧바로 해당 사업연도 익금에 산입할 수 있다고 보아야 한다.이 사건의 경우에도, 원고가 2012. 6. 18. 경기도★★★★교육지원청장으로부터 이