서울행정법원2009구단15008 (2010.04.20)

조심2009서0062 (2009.12.23)

장기보유특별공제 적용대상이 되는 1세대 1주택의 부수토지에 해당함

건축물대장과 등기부상 영업용 건물로 등재되어 있다 하더라도 철거 당시 하숙집 등 공동주택으로 사용된 것으로 보여지고, 양도당시 이미 철거된 건물을 제외한 다른 주택을 소유하고 있지 않은 상태에서 토지의 보유기간이 19년 이상이므로 장기보유특별공제 적용대상이 되는 1세대 1주택의 부수토지에 해당함

2010누14178 양도소득세부과처분취소

송XX

성동세무서장

서울행정법원 2010. 4. 20. 선고 2009구단15008 판결

2011. 4. 8.

2011. 5. 20.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2008. 11. 7. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 과세표준을 1,977, 345,559원, 납부세액을 579,593,964원으로 각 경정하여 달라는 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

주위적 : 주문 제1, 2항과 같다.

예비적 : 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2008. 11. 7. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 경정청구에 대한 거부처분 중 납부세액이 906,802,926원을 초과하는 부분 을 취소한다.

1. 처분의 경위

이 법원에서 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 이유 제1항에 아래와 같은 내용을 추가하는 외에는 제1심 판결 이유 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

- 사.항 다음에 『아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2008. 12. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2009. 12. 23. 기각되었다.』를 추가

- [인정근거]란에 '갑 제18호증의 1, 2'를 추가

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 및 관계법령

(1) 주위적 주장

이 사건 건물이 실제로 주택으로 사용되다가 이 사건 재개발사업 추진과정에서 철거되었고, 원고가 위 건물 철거 당시나 이 사건 토지 양도 당시 다른 주택을 소유하지 않은 이상 이 사건 토지는 소득세법 제95조 제2항 단서 표2 및 소득세법 시행령 제159조의2의 규정에 따라 76%의 장기보유특별공제율의 적용대상이 됨에도 피고가 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 예비적 주장

2007. 10. 19. 1차로 인가된 이 사건 재개발사업의 관리처분계획은 그 지주총회결의 당시 관리처분계획서조차 작성되지 않는 등으로 당연 무효지만, 가사 위 1차 관리처분계획이유효하다고 하더라도 이 사건 토지는 1세대 1주택으로 간주되고, 이 사건 건물과 토지에 대한 원고의 권리는 위 1차 관리처분계획의 인가 ・ 고시로 상가입주권으로 변환되는 이상, 이 사건 양도소득금액을 산정함에 있어 원고가 이 사건 건물과 토지를 취득한 1989. 8. 24.부터 2007. 10. 19.까지는 1세대 1주택인 고가주택으로 보아 그에 해당하는 소득세법 제95조 제2항 단서 표2 규정의 장기보유특별공제율 72%(보유기간 18년 이상 19년 미만)를 적용하고, 2007. 10. 20.부터 이 사건 양도일인 2008. 10. 1.까지는 상가입주권으로 보아 소득세법 시행령 제166조 제1항에 의하여 양도차익을 산출하여야 하는바, 피고의 이 사건 처분 중 위와 같이 2007. 10. 19. 전 ・ 후 로 양도차익을 구분하는 방법으로 산정한 양도소득세 906,802,926원을 초과하는 부분 은 위법하다.

나. 관계법령

원심판결의 별지 관계법령 기재와 같다.

다. 원고의 주위적 주장에 관한 판단

(1) 이 사건 건물이 주택에 해당하는지 여부

원고는 이 사건 토지가 소득세법 제95조 제2항 단서 표2 소정의 76%의 장기보유특별공제율의 적용대상이 되는 1세대 1주택의 부수토지에 해당된다고 주장하므로, 먼저 이 사건 건물이 주택에 해당하는지부터 본다.

살피건대, 소득세법 제95조 제2항 단서 및 소득세법 시행령 제159조의2에서 규정하는 '주택'에 해당하는지 여부는, 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하는바(대법원 2006. 10. 26. 선고 2005두4304 판결 등 참조), 앞서 든 증거 및 갑 제25, 26, 29호증, 갑 제30호증의 1, 2, 갑 제31호증, 갑 제71호증 내지 갑 제73호증, 갑 제74호증의 1, 2, 갑 제75호증의 각 기재와 갑 제27, 28호증, 갑 제68호증 내지 갑 제70호증, 갑 제77호증의 1, 2의 각 영상 등에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 이 사건 건물의 구조와 형태, 거주자의 수와 거주기간, 거주자 및 인근 거주자 등의 진술, 이 사건 건물에 대한 각종 조사보고서의 기재 내용 등을 종합해 보면, 비록 이 사건 건물이 건축물대장과 부동산등기부 상에는 영업용 건물로 등재되어 있다 하더라도 철거 당시 위 건물은 인근 회사 근무자들의 하숙집 등 공동주택으로 사용된 것으로 보이므로, 결국 위 소득세법령에서 정하 고 있는 '주택'으로 봄이 상당하다.

"(가) 이 사건 건물은 목조 기와집의 한옥으로서 한 가운데 넓은 마당을 중심으로ㄷ(디귿)'자 형태로 이루어진 건물로서 그 형태와 구조는 적어도 1984.경부터 철거 당시까지는 그대로 유지되었던 것으로 보이고, 철거 당시 위 건물의 주변에는 이와 유사한 기와지붕 한옥 형태의 건물들이 집단적으로 밀집되어 있는 상태였다(갑 제26호증, 갑 제68호증 내지 갑 제70호증, 갑 제77호증의 1, 2).",(나) 이 사건 건물의 위치는 서울 도심의 한 가운데이기는 하지만, 차량이 다니는 왕복 8차로와는 어느 정도 떨어져 있는 구 경기여고 담장 바로 옆으로서 위 건물과 경기여고 담장 사이에 위치한 소로 폭은 2~4m 정도에 불과하다(위 각 증거들).

(다) 이 사건 건물의 전 소유자인 이AA은 1968. 10. 20.경부터 1971. 6. 7.경까지, 이AA의 아들인 이BB와 그 처인 백CC은 1974. 11. 26.경부터 1978. 8. 24.경까지 위 건물에 각 전입신고를 하고 실제로 거주하였고, 1973. 1.경부터 철거된 1991. 1. 경까지 40여명의 사람들이 짧게는 수개월에서 길게는 수년 동안 위 건물에 전입신고를 하였다가 전출하는 등 위 건물에서 많은 사람들이 실제로 거주하였던 것으로 보인다 (갑 제25호증 내지 갑 제29호증, 갑 제30호증의 1, 2, 갑 제72호증).

(라) 한국감정원이 한국외환은행 AA동지점의 요청으로 담보목적물 평가를 위하여 1983. 12. 16.경 작성한 이 사건 토지에 관한 감정평가서에 의하면, 이 사건 토지는 주택건물부지로 이용 중이고, 그 건물의 이용상태는 방 10, 마루 1, 부엌 1, 화장실 1로 되어 있으며, 상 ・ 하수도 및 간이식 연탄온수보일러가 시설되어 있고, 그 건물주변은 요식업소 및 여관 등이 점재하는 주택지역인 것으로 기재되어 있다(갑 제71호증). 또한, SS대학교 공과대학부속 생산기술연구소가 작성한 이 사건 재개발사업구역에 관한 용역연구서 첨부도면에서도 이 사건 건물 지역의 용도가 '주거'로 분류되어 있다 (갑 제73호증의 기재).

(마) 이 사건 건물에 실제로 거주했던 위 백CC과 위 건물 인접지(서울 OO구 OO로0가 000)에 거주하였던 이DD는 위 건물이 1945년 해방 당시부터 주택으로 사용되었다는 내용의 확인서(갑 제31호증)를 작성하여 제출하였고, 당시 재개발시행자인 □□개발 주식회사의 대표이사 손EE도 철거 당시 위 건물이 주택이었다고 원심법정에서 진술하였다.

(바) 이 사건 재개발사업의 추진과정에서 △△감정평가법인과 ▽▽감정평가법인은 철거 전인 1990. 5.경 이 사건 건물과 그 부지에 관하여 감정평가를 하였는데, 당시 그 각 감정평가서에 의하면 이 사건 건물의 실제 이용현황을 점포로 보아 감정평가한 것으로 기재되어 있으나, 실제 감정평가업무를 담당하였던 ▽▽감정평가법인의 김FF 감정평가사는 당심에서 당시 이 사건 건물의 실제 현황을 확인하고 감정한 것이 아니라 공부(건축물대장 혹은 부동산등기부)상의 현황 표시를 전제로 건물 등을 평가하였다는 내용의 확인서(갑 제74호증의 1, 2)를 제출하였다.

(사) 한편, 이 사건 건물은 건축물대장 및 부동산등기부상에는 '영업용 건물'로 등재되어 있는바, 원래 일제시대에 작성된 구 가옥대장(갑 제25호증)에는 위 건물의 용도 란에 '주택, 영업용'이 병기되어 있었는데, 이후 건축물관리대장으로 이기되는 과정에서 '영업용' 기재만 남게 된 것이다.

(2) 이 사건 토지 양도에 관하여 1세대 l주택 장기보유특별공제규정을 적용할 수 있는지 여부

한편, 이 사건에서 원고는 이 사건 토지가 소득세법 제89조 제2항 소정의 비과세 대상이 되는 1세대 1주택의 부수토지임을 주장하는 것이 아니라 비과세대상에서는 제외되지만 같은 법 제95조 제2항 단서 소정의 장기보유특별공제의 대상이 되는 1세대 1(고가)주택의 부수토지임을 주장하고 있는바, 이 사건 토지가 위 조항상의 장기보유특별공제의 대상이 되는 1세대 1(고가)주택의 부수토지에 해당하는지 여부에 관하여 본다.

소득세법 제95조 제1항, 제2항 단서 및 표 2에 의하면, 대통령령으로 정하는 보유기간이 19년 이상 20년 미만의 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 100분의 76 공제율을 곱하여 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 본다고 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제159조의2에서는 법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조 ・ 제155조의2 . 제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다고 정의하고 있는바, 위 각 규정의 문언적 해석에 의하면 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있고, 그 보유기간이 3년 이상(같은 조 제2항 본문 참조)으로서 19년 이상 20년 미만에 해당할 경우 76%의 장기보유특별공제율을 적용하도록 되어 있고, 여기의 주택에는 소득세법 시행령 제155조, 제155조의2, 제156조의2 등에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택도 포함된다는 것이어서 별도로 소득세법 시행령 제154조 제1항 등에서 정하고 있는 일정기간 이상의 거주요건을 명시하고 있지 아니하다.

한편, 재개발조합의 조합원이 도시 및 주거환경정비법 제47조에 따라 입주권의 취득을 포기하고 토지와 주택을 양도한 후에 재개발사업시행자로부터 현금청산을 받은 경우 이는 권리의 양도가 아닌 부동산의 양도로 봄이 상당하고(2010. 6. 23. 제정한 소득세법 기본통칙 94-0-8 참조), 1세대 1주택과 그 부수토지의 양도에 관한 장기보유특별공제규정의 적용을 위해서는 양도일 현재 주택이 현존하고 있어야 함이 원칙이나, 재개발조합의 조합원이 재개발조합에 주택 및 그 부수토지를 제공하여 재개발사업의 일환으로 주택이 철거된 후 잔존하는 부수토지를 재개발사업시행자에게 양도하면서 장차 신건축물을 분양받을 수 있는 조합원으로서의 지위를 포기한 경우에도 그 양도의 대상은 1세대 1주택 및 그 부수토지로 간주된다고 봄이 타당하다고 할 것이다.

위와 같은 법규정과 법리에 따라 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 1989. 8. 24. 경 이 사건 토지 및 건물을 취득하였는데, 1991. 1. 15.경 재개발사업 추진과정에서 위 건물이 철거되었고, 2008. 9. 3. 이 사건 토지를 소외 회사에게 매도하여 같은 해 10. 1. 위 회사로부터 그 잔금을 변제공탁받은 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제5호증의 1 내지 3, 갑 제6호증의 1 내지 3, 갑 제17호증의 1 내지 3, 갑 제78호증의 각 기재와 변론의 전체적 취지에 의하면, 원고는 이 사건 토지의 양도 당시(2008. 10. 1.) 이미 철거된 이 사건 건물을 제외한 다른 주택을 소유하고 있지 아니하였던 사실, 위 양도일 현재 원고의 이 사건 토지의 보유기간은 약 19년 2개월이 되는 사실, 원고는 2008. 9. 경 이 사건 재개발사업에 따른 신축건물 지하 1층의 입주자로 선정된 지위를 포기하고 현금청산을 하기로 하고서 2008. 9. 3.경 소외 회사와 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결하였고, 2008. 9. 25.경 재개발조합으로부터 신축건물에 대한 원고의 입주권이 소멸되었음을 통보받고, 그 무렵 소외 회사측에 신축건물 지하 1층의 입주자로 선정된 지위를 포기하고 현금청산을 하겠다는 내용의 분양권 포기각서를 제출한 사실, 이후 2008. 10. 2.자 관리처분계획서에는 원고가 분양대상자가 아닌 현금청산대상자로 기재 된 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 원고는 이 사건 토지 및 건물을 취득한 후 재개발조합에 이를 제공하여 위 건물이 철거된 다음 장차 재개발사업에 따른 새로운 건축시설을 분양받을 수 있는 조합원으로서의 지위를 포기하고 이 사건 토지를 재개발사업시행자에게 양도하였는바, 이는 그 양도당시 다른 주택을 보유하지 않은 상태에서 그 보유기간 19년 이상 20년 미만인 경우에 해당하므로, 결국 이 사건 토지는 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2 및 소득세법 시행령 제159조의2 소정의 76%의 장기보유특별공제율의 적용대상이 되는 1세대 1(고가)주택의 부수토지에 해당된다.

라. 소결론

따라서, 원고의 주위적 주장은 이유 있으므로, 피고가 원고의 2008. 10. 15.자 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 주위적 청구는 이유 있으므로 이를 인용하여야 할 것인데, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.