조심2009서0062 (2009.12.23)

1세대1주택 장기보유특별공제율(76%)을 적용 할 수 있는지 여부

토지는 관리처분인가시에 상가로 관리처분되었고, 청구인은 관리처분인가일 후에 토지를 양도하여 양도당시 주택을 양도한 것으로 보기 어려운 점 등으로 보아 토지에 대하여 1세대1주택 장기보유특별공제율(76%)을 적용하기는 어려움

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

주위적 청구취지 : 피고가 2008. 11. 7. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 과세표준을 1,977,345,559원, 납부세액을 579,593,964원으로 각 경정하여 달라는 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

예비적 청구취지 : 피고가 2008. 11. 7. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 경정청구에 대한 거부처분 중 납부세액이 906,802,926원을 초과하는 부분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 주식회사 창조종합건설은 1989. 6. 27. 종로구청장으로부터 사업시행구역을 서울 종로구 AAA 1가 197 외 67필지로, 주용도를 판매시설 및 업무시설로 하는 AAA 2구역 3지구 도시재개발사업(이하 '이 사건 재개발사업'이라 한다) 시행인가를 받았다.

나. 원고는 1989. 8. 24.경 송BB으로부터 이 사건 재개발사업 지구 내의 부동산인 서울 종로구 AAA 1가 195 대지 5.5㎡ 중 257.9분의 254.6 지분(면적 5.43㎡), 위 AAA 1가 195-1 대 252.4㎡ 중 257.9분의 254.6 지분 및 위 AAA 1가 195 지상 목조기와지붕 단층 영업용 91.64㎡(이하 '이 사건 건물'이라 한다)를 매수하여 취득하였다.

다. 이 사건 건물은 1991. 1. 15.경 이 사건 재개발사업 추진과정에서 철거되었다.

한편, 1992. 7. 14. 위 AAA 1가 195-1 대 252.4㎡의 257.9분의 254.6 지분 중 257.9 분의 29.75 지분이 매매를 원인으로 이HH 명의로 소유권이전등기가 경료되었다.

"라. (1) 원고는 2008. 9. 3.경 당시 사업시행자 소외 CC사옥 주식회사(이하 '소외 회 사'라 한다)와 사이에 나대지 상태인 ① 위 AAA 1가 195-1 대 252.4㎡ 중 257.9분 의 224.85 지분(면적 220.05㎡)과 ② 위 AAA 1가 195 대지 5.5㎡ 중 257.9분의 254.6 지분(면적 5.43㎡) (이하, 위 ①, ② 토지 전체를이 사건 토지'라 한다)에 대하여 매매대금을 105억 원으로 하되, 계약금 10억 원과 중도금 90억 원은 계약 당일에, 잔금 5억 원은 2008. 10. 1.에 각 지급받기로 하는 내용으로 매매계약을 체결하였다.",(2) 소외 회사는 2008. 10. 1. 위 계약금과 중도금이 이마 지급된 상태에서 원고를 피공탁자로 하여 위 잔금 5억 원을 변제공탁하였다.

마. 원고는 2008. 10. 7. 피고에게, 원고가 소외 회사에게 이 사건 토지를 양도하였음을 이유로 실지거래가액으로 하여 양도가액 105억 원, 취득가액 1,685,682,499원으로 하여 양도차익을 산출한 다음 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 산정한 세액 1,883,005,209원으로 2008년분 양도소득세 예정신고를 하였다.

바. 그 후 원고는 2008. 10. 15.경 피고에게, 이 사건 건물은 철거될 당시 공부상 용 도와 달리 실제로 주택으로 사용되었고, 원고가 이 사건 건물의 철거시 및 이 사건 토 지 양도시 다른 주택을 소유하지 않았기 때문에 이 사건 토지는 소득세법 시행령 (2008. 11. 28. 대통령령 제21138호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제17항에 의하여 1세대 1주택으로 간주되므로, 소득세법(2008.12.26.법률 제9270호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항 단서 표2 규정의 장기보유특별공제율 76%를 적용하여 양도소득세액을 산출하여야 한다고 주장하며 경정청구를 하였다.

사. 이에 대하여 피고는 2008. 11. 7. 원고에게, 이 사건 양도 자산을 1세대 1주택으로 볼 수 없어 소득세법 제95조 제2항 단서 표2 규정의 장기보유특별공제율의 적용대상이 아니라는 이유로 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 갑 제1, 21, 58호증, 갑 제5, 6호증의 각 l 내지 3, 을 제1호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 주위적 주장

"이 사건 건물이 실제로 주택으로 사용되다가 이 사건 재개발사업 추진을 위하여 철거되었고, 원고가 이 사건 건물의 철거 당시나 이 사건 토지의 양도시 다른 주택을 소유하지 않은 이상, 이 사건 토지는 소득세법 시행령 제155조 제17항에 의하여 1세대 1주택으로 간주된다. 한편, 2007. 10. 19. 1차로 인가된 이 사건 재개발사업의 관리처분계획(이하1차 관리처분계획이라 한다)은 그 지주총회결의 당시 관리처분계획서조차 작성되지 않는 등으로 당연 무효이고, 그 후 원고가 이 사건 토지를 양도할 때까지 유효한 관리처분계획이 인가ㆍ고시된 바가 없었으므로, 원고가 이 사건 토지를 양도할 당시 원고의 이 사건 건물과 토지에 대한 권리가 입주권으로 변환되었다고 할 수 없다. 따라서 원고가 1세대 1주택으로 간주되는 이 사건 토지를 약 19년 2개월 동안 보유하다가 양도한 이상, 이 사건 토지는 소득세법 제95조 제2항 단서 표2 소정의 장기 보유특별공제율 76%의 적용대상이라 할 것임에도, 피고가 이와 달리 보고한 이 사건 처분은 위법하다.",(2) 예비적 주장

설사 1차 관리처분계획이유효하다고 하더라도, 이 사건 토지는 위와 같은 이유로 1세대 1주택으로 간주되고, 이 사건 건물과 토지에 대한 원고의 권리는 2007. 10. 19. 1차 관리처분계획의 인가ㆍ고시로 상가입주권으로 변환되는 이상, 이 사건 양도소득금액을 산정함에 있어 원고가 이 사건 건물과 토지를 취득한 1989. 8. 24.부터 2007. 10. 19.까지는 1세대 1주택인 고가주택으로 보아 그에 해당하는 소득세법 제95조 제2 항 단서 표2 규정의 장기보유특별공제율 72%(보유기간 18년 이상 19년 미만)를 적용 하고, 2007. 10. 20.부터 이 사건 양도일인 2008. 10. 1.까지는 상가입주권으로 보아 소득세법 시행령 제166조 제1항에 의하여 양도차익을 산출하여야 한다. 따라서 이 사건 처분 중 위와 같이 2007. 10. 19. 전ㆍ후로 양도차익을 구분하는 방법으로 산정한 양도소득세 906,802,926원을 초과하는 부분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 이 사건 재개발사업은 사업시행자의 부도 등으로 제대로 시행되지 못하고 원래 사업시행 예정기간을 훨씬 초과한 채 장기화되었다. 그 과정에서 사업시행자가 1990. 12. 24. DD개발 주식회사(이하 'DD개발'이라 한다)로, 1993. 2. 25. DD종합 건설 주식회사로, 2005. 7. 28. 소외 회사(변경 전 상호 : CC피에프브이원 주식회사)로 각 변경되었다. 또한, 그 사업시행구역은 서울시 종로구 AAA1가 197 외 81필지로 변경되었고, 주용도는 업무시설로 변경되었다가 2006. 6. 15.경 최종적으로 업무시설 및 근린생활시설로 변경되었다.

(2) 원고는 1991. 12. 18. 이 사건 토지에 대하여 당시 사업시행자이던 DD개발과 원고가 이 사건 재개발사업에 참여하여 신축건물을 분양받기로 하는 재개발사업참여계약을 체결하고, 사업시행을 위하여 사업시행자 측에 이 사건 토지를 인도하였다.

(3) 이 사건 재개발사업의 1차 관리처분계획이 2007. 10. 19. 인가ㆍ고시되었는데, 1차 관리처분계획상 원고에게 신축건물의 지하 1층 근린생활시설 723.27㎡가 분양되었다. 그 후 1차 관리처분계획은 2008. 7. 18.경 개최된 지주총회에서 변경되었고, 위와 같이 변경된 관리처분계획(이하 '2차 관리처분계획'이라 한다)은 2008. 10. 2. 인가ㆍ고시되었다.

(4) 한편, EE감정평가법인과 FF감정평가법인은 이 사건 재개발사업 추진 과정에서 이 사건 건물의 철거 전인 1990. 5.경 이 사건 건물과 토지를 비롯한 그 사업시행령 제159조의2의 각 규정에 의하면, 자산의 양도소득금액을 산정함에 있어 양도차익에서 공제되는 장기보유특별공제금은 보유기간이 3년 이상인 토지 및 건물(소득세법 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지 및 제104조 제1항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외)을 양도하는 경우에 적용하고, 장기보유특별공제금은 원칙적으로 소득세법 제95조 제2항 본문 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액으로 하지만, 거주자가 국내에 소유하는 1세대 1주택(그 부수토지 포함)으로서 비과세요건을 충족하지 못하여 과세되는 주택 또는 1세대 l주택의 비과세 요건을 충족하는 고가주택으로서 과세되는 부분에 대하여 그 장기보유로 인한 세부담의 증가를 완화하기 위해 장기보유특별공제율을 확대한 소득세법 제95조 제2항 단서 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 또한, 여기에서의 1세대 1주택이란 그 규정취지에 비추어 그 공부상 용도가 아닌 실지로 주택으로 사용되었는지 여부에 의하여 결정하여야 한다.

(나) 이 사건 양도 자산이 1세대 1주택(그 부수토지 포함)으로 소득세법 제95조 제2항 단서 표2에 규정된 장기보유특별공제율의 적용대상이지 여부는 우선 이 사건 건물이 철거될 당시 실지로 주택으로 사용되었는지 여부에 의하여 결정된다.

그러므로 보건대, 위에서 본 바와 같이 이 사건 건물은 건축물대장 및 부동산 등기부상 영업용으로 되어 있을 뿐만 아니라 원고와 그 가족들이 이 사건 건물에서 거주한 적이 없고, 또한 위 2개의 감정평가법인이 1990. 5.경 이 사건 건물의 실제 이용 현황을 점포로 보아 감정평가를 하였으며, 이를 기초로 하여 1차 관리처분계획 등에서 이 사건 건물의 평가금액이 정하여진 점을 고려하면, 이 사건 건물이 철거 당시 설지로 주택으로 사용되었다는 점에 부합하는 증인 손GG의 증언은 믿기 어렵고, 갑 제14, 25, 29, 31호증, 갑 제30, 32호증의 각 1, 2의 각 기재, 갑 제27, 28호증의 각 영상만으로는 이를 인정하기 부족하며 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 위에서 살펴본 바에 의하면, 이 사건 건물은 철거 당시까지 점포로 사용되었다고 함이 상당하다.

따라서 이 사건 건물이 철거되기 전에 주택으로 사용되었기 때문에 그 부지인 이 사건 토지가 1세대 1주택으로 간주됨을 전제로 하는 원고의 위 주장은 나아가 볼 필요 없이 이유 없다.

(2) 원고의 예비적 주장에 대하여

(가) 소득세법 제95조 제2항 단서 표2에 규정된 장기보유특별공제율을 적용받기 위해서는 양도자산이 1세대 1주택(그 부수토지 포함)이어야 함은 위에서 본 바와 같다. 또한, 소득세법 시행령 제166조 제1항은 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위인 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도하는 경우에 있어서 그 양도차익의 산정에 관한 규정이다.

(나) 그러므로 보건대, 이 사건 토지가 원래 주택 부지였다고 할 수 없고, 원고가 이 사건 재개발사업으로 신축된 건물의 지하 1층의 입주자로 선정된 지위를 포기하는 대신 현금청산을 하기로 하고서 2008. 9. 3.경 소외 회사 측과 사이에 이 사건 토지를 매매목적물로 하여 위와 같이 매매계약을 체결하였으며, 이 사건 매매대금이 2008. 10. 1. 청산된 점은 위에서 본 바와 같으므로, 이 사건 양도 자산은 상가입주권이라고 할 수 없고 영업용으로 사용되던 이 사건 건물의 부지인 이 사건 토지 자체라고 함이 상당하다.

따라서 1차 관리처분계획이 인가ㆍ고시된 2007. 10. 19. 전ㆍ후로 양도차익을 구분하여 계산할 수 없으므로, 원고의 위 주장도 나아가 볼 필요 없이 이유 없다.

(3) 결국, 피고가 이 사건 양도 자산이 소득세법 제95조 제2항 단서 표2 소정의 1세대 1주택의 장기보유특별공제율의 적용대상이 아님을 이유로 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 주위적 청구 및 예비적 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.