원고의 청구를 기각한다.

소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 12. 20. 서울 동작구 B 대지 172.8㎡(이하 이 사건 토지라 한다) 및 지상 건물(건축물대장상 지하1층 제2종 근린생활시설 67.71㎡, 주차장 64.38㎡, 1, 2층 각 다가구주택 각 102.12㎡, 3층 다가구주택 86.2㎡, 4층 관리사무소 65.49㎡, 연면적 488.02㎡인 건물로서, 이하 이 사건 건물이라 한다)을 취득하였다가, 2017. 11. 27. 이 사건 토지 및 건물을 2,352,150,000원에 일괄양도(이하 이 사건 양도라 한다)하였다.

나. 원고는 2018. 1. 31. 피고에게 이 사건 양도에 이른바 다가구주택의 일괄양도에 관한 구 소득세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것) 제155조 제15항 단서를 적용하여 그 전체를 하나의 주택으로 보아 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것) 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제156조 제1항, 제3항, 제160조 제1항에서 정하는 고가주택 특례를 적용하여 산정한 2017년 귀속 양도소득세 41,929,550원을 예정신고ㆍ납부하였다.

다. 피고는 이 사건 건물은 1층 내지 4층이 주택으로 사용되어 주택으로 사용하는 층수가 4개 층으로서 다가구주택에 해당하지 아니한다는 이유로 구 소득세법 시행령 제155조 제15항 단서의 적용을 배제하고, 이 사건 건물 중 원고가 거주하는 C호(바닥면적 86.2㎡) 및 그 부수토지에 대해서만 구 소득세법 제95조 제1항 제3호 가목, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항에서 정하는 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하고, 이 사건 대지 및 건물의 양도가액 중 위 C호 및 그 부수토지에 상응하는 가액인 440,988,272원을 공제한 나머지 1,911,161,728원을 양도가액으로, 이 사건 대지 및 건물의 취득가액 1,009,800,000원 중 위 C호 및 그 부수토지에 상응하는 가액을 제외한 나머지 814,358...