1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 ‘서울 B지구 복합개발사업’의 사업시행자로서, 2010. 12. 8. 피고로부터 서울 성동구 C 지상에 주상복합시설(공동주택 495세대, 오피스텔 69세대, 판매시설, 문화 및 집회시설, 이하 ‘이 사건 주상복합시설’이라 한다)을 신축하는 주택건설사업에 대한 사업계획승인을 받아 2011. 3.경 신축공사에 착공하였다.

나. 이 사건 주상복합시설 중 공동주택 부분의 분양에 따라, 피고는 원고에게 합계 2,837,933,830원의 학교용지부담금(이하 ‘이 사건 학교용지부담금’이라 한다)을 부과하였고, 원고는 2011. 7. 19.부터 2015. 8. 17.까지 10차례에 걸쳐 이를 피고에게 납부하였다.

다. 이 사건 주상복합시설에 대하여 2014. 9. 15. 사용검사가 이루어짐에 따라, 원고는 2014. 11. 7. ‘학교용지부담금이 취득의 대상이 아닌 물건(학교)에 대한 비용이어서 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다’는 행정자치부의 2005. 1. 26.자 유권해석(이하 ‘이 사건 유권해석’이라 한다)에 근거하여 이 사건 학교용지부담금을 제외한 173,644,269,470원을 과세표준으로 하여 이 사건 주상복합시설에 대한 취득세 4,133,209,610원, 지방교육세 236,183,400원, 농어촌특별세 345,923,130원을 신고납부하였다. 라.

피고는 이 사건 학교용지부담금이 지방세법 제10조 제5항 제3호, 지방세법 시행령 제18조 제1항 제3호에 따라 취득세 과세표준(취득가격)에 포함되는 간접비용, 즉 ‘관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용’에 해당하여 이 사건 주상복합시설의 취득가격에 포함되어야 한다는 이유로, 2016. 3. 10. 원고에게 취득세 84,063,790원(가산세 포함), 지방교육세 4,417,680원(가산세 포함), 농어촌특별세 6,470,290원(가산세 포함)을 부과하였다

이하 위 각 부과처분을 모두...