1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 모두 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다....

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위 원고는 고등교육을 실시하는 것을 목적으로 하는 비영리 학교법인으로서, 의과대학 부속병원으로 ‘건양대학교병원’을 설립운영하고 있다.

나. 이 사건 토지의 매수 및 소유권 취득 1) 원고는 2006. 12. 2. 이사회 의결 등 소정의 절차를 거쳐서 한국토지공사가 공급하는 대전 서구 가수원동 및 관저동 일대 토지를 구입하여 학교용지 및 의료용지로 사용할 것을 결정하고, 분양용지 입찰에 응찰하였다. 원고는 그러한 학교의료용지 취득의 일환으로 2007. 6. 27. 한국토지공사로부터 대전 서구 관저동 1900 대 47,103㎡ 및 같은 동 1901 대 49,025㎡(이하 위 각 토지를 합하여 “이 사건 토지”라 한다

)를 매매대금 129,675,730,000원(중도금 및 잔금 5년 분할 납부)에 매수한 다음 2011. 11. 15. 이 사건 토지에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다. 2) 한편 지방세법 등에서는 뒤에서 보는 바와 같이, 원고와 같은 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우에는 취득세, 등록세 등을 부과하지 아니하는 것으로 규정하고 있는바, 원고는 위와 같이 이 사건 토지를 취득할 당시 그 토지의 취득이 비영리사업자의 사업용 부동산 취득에 해당함을 이유로 취득세, 등록세 등의 부과면제 즉 비과세대상으로 신고하였고, 피고는 이러한 신청에 별다른 문제가 없다고 보아서 이 사건 토지의 취득과 관련한 취득세 및 등록세와 그 부속세라 할 수 있는 지방교육세, 농어촌특별세 등을 일체 부과하지 아니하였다.

다. 이 사건 토지 중 일부의 임대차 1 원고는 2011. 11. 15. 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마치고 소유권을 취득하기는 하였으나, 설계 및 시공사 입찰 등에 기본적으로 소요되는 시간과...