주문
1. 피고가 2012. 12. 3.자로 원고에게 한 취득세 326,593,670원, 등록세 324,264,130원, 지방교육세 60,044...
이유
1. 처분의 경위 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 3, 10, 12, 14호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면 이를 인정할 수 있다. 가.
당사자(원고)의 지위 원고는 고등교육을 실시하는 것을 목적으로 하는 비영리 학교법인으로서, 의과대학 부속병원으로 건양대학교병원(이하 ‘이 사건 병원’이라 한다)을 설립운영하고 있다.
나. 이 사건 부동산의 매수 및 소유권 취득 ⑴ 원고는 2006. 12. 2. 이사회 의결 등 소정의 절차를 거쳐서 한국토지공사가 공급하는 대전 서구 가수원동 및 관저동 일대 토지를 구입하여 학교용지 및 의료용지로 사용할 것을 결정하고, 분양용지 입찰에 응찰하였다.
원고는 그러한 학교의료용지 취득의 일환으로 2007. 6. 27. 한국토지공사로부터 대전 서구 관저동 1900 대 47,103㎡ 및 같은 동 1901 대 49,025㎡(이하 위 각 토지를 합하여 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매매대금 129,675,730,000원(중도금 및 잔금 5년 분할 납부)에 매수한 다음 2011. 11. 15. 이 사건 토지에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.
⑵ 한편 지방세법 등에서는 뒤에서 보는 바와 같이, 원고와 같은 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우에는 취득세, 등록세 등을 부과하지 아니하는 것으로 규정하고 있는바, 원고는 위와 같이 이 사건 부동산을 취득할 당시 그 부동산의 취득이 비영리사업자의 사업용 부동산 취득에 해당함을 이유로 취득세, 등록세 등의 부과면제 즉 비과세대상으로 신고하였고, 피고는 이러한 신청에 별다른 문제가 없다고 보아서 이 사건 부동산의 취득과 관련한 취득세 및 등록세와 그 부속세라 할 수 있는...