1. 제1심판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다....

1. 기초사실

가. 원고는 2015. 1. 14.부터 2016. 5. 31.까지 광주시 B에서 ‘C’이라는 상호로 비철 도ㆍ소매업을 영위한 사람이다.

원고는 2015년 제1기부터 2016년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 에이치엘메탈, 주식회사 흥진, 주식회사 케이엠씨 등 여러 업체(이하 ‘이 사건 매입자들’이라 한다)를 상대로 매출세금계산서를 발급하고 이를 바탕으로 아래 [도표 1] 기재와 같이 부가가치세 신고를 하였다.

[도표 1] 원고의 부가가치세 신고내역 (단위 : 원) 구분 2015년 1기 2015년 2기 2016년 1기 합계 매출세액 618,312,139 2,007,689,581 1,582,652,910 4,208,654,630 매입세액 81,199,851 22,448,498 3,792,990 107,441,339 공제세액 10,000 납부할 세액 537,112,288 1,985,241,083 1,578,859,920 4,101,213,291 매입자납부특례 기납부세액 537,674,689 1,988,152,429 1,578,938,321 4,104,765,439

나. 원고는 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제106조의9(이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다) 2015. 12. 15 법률 제13560호로 개정된 조세특례제한법은 그 부칙 제1조 본문에 따라 2016. 1. 1.부터 시행된다.

다만 위 법률에 따라 개정된 조항들 중 제106조의9는 법률 제13560호 부칙 제1조 단서에 따라 2016. 10. 1.부터 시행된다.

따라서 2016년 제1기분 부가가치세에 관하여도 위 개정 이전의 조세특례제한법 제106조의9가 적용된다.

제2항에 따라 이 사건 매입자들로부터 위 [도표 1]의 매출세액을 거래징수하지 않았다.

대신 이 사건 매입자들이 이 사건 특례규정 제3항 제2호에 따라 위 [도표 1]의 ‘매입자납부특례 기납부세액’ 상당액을 주식회사 신한은행에 개설된 원고 명의의 부가가치세 관리계좌에 입금하였다.

다. 중부지방국세청장은 위 [도표 1]의 매입거래 및 매출거래 이하...