원고의 청구를 기각한다.

소송비용은 원고가 부담한다.

1. 기초사실

가. 당사자 등의 지위 1) 원고는 2015. 6. 18. 설립되어 그 무렵부터 대구 동구 B건물, C호에서 비철금속 도매업 등을 영위하고 있는 법인이다. 2) D은 2015. 1. 14.부터 2016. 5. 31.까지 광주시 E에서 ‘F’이라는 상호로 비철 도ㆍ소매업을 영위한 개인사업자이다.

나. D의 부가가치세 신고 및 원고의 부가가치세 납부 1) D은 2015년 제1기부터 2016년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 아래 [도표 1] 기재와 같이 부가가치세 신고를 하였다. [도표 1] D의 부가가치세 신고내역 (단위 : 원) 구분 2015년 1기 2015년 2기 2016년 1기 합계 매출세액 618,312,139 2,007,689,581 1,582,652,910 4,208,654,630 매입세액 81,199,851 22,448,498 3,792,990 107,441,339 납부할 세액 537,112,288 1,985,241,083 1,578,859,920 4,101,213,291 2) D의 위 [도표 1] 기재와 같은 부가가치세 신고와 관련하여, 원고는 2015년 제1기부터 2016년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 D으로부터 공급가액 합계 30,620,761,333원의 세금계산서를 수취한 후, 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정된 조세특례제한법은 그 부칙 제1조 본문에 따라 2016. 1. 1.부터 시행된다.

다만 위 법률에 따라 개정된 조항들 중 제106조의9는 법률 제13560호 부칙 제1조 단서에 따라 2016. 10. 1.부터 시행된다.

따라서 2016년 제1기분 부가가치세에 관하여도 위 개정 이전의 조세특례제한법 제106조의9가 적용된다.

제106조의9(이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다) 제3항에 따라 부가가치세 합계 3,062,076,133원을 납부하였다.

다. D에 대한 부가가치세 경정결의 중부지방국세청장은 D에 대한 세무조사 결과 위 [도표 1]의 각 매입거래 및 매출거래에 관한...