원고의 청구를 기각한다.

소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 2015. 3. 9. 비철금속 소매업을 주된 업종으로 하여 시흥시 B에서 ‘C’이라는 상호로 사업자등록을 하고, 2015년 제1기부터 2016년 제2기까지의 부가가치세 과세기간에 대하여 아래 표 기재와 같이 부가가치세 신고를 하였다.

(단위 : 원) 구분 2015년 1기 2015년 2기 2016년 1기 2016년 2기 매출세액 0 42,000,000 1,319,000,000 4,498,000,000 매입세액 0 43,000,000 1,292,000,000 4,733,000,000 납부(환급)세액 0 100,000 18,000,000 63,000,000 중부지방국세청장은 원고에 대한 2015년 제2기분부터 2016년 제2기분까지의 거래에 대한 조사를 실시한 결과, 아래 표 기재와 같이 위 기간 동안 원고가 수수한 세금계산서의 상당 부분이 가공거래에 의한 허위세금계산서에 해당한다고 판단하였다.

구 분 (단위: 백만원) 가공세금계산서 재활용폐자원 매출 금액 가공 비율 매입 금액 가공 비율 매입 금액 가공 비율 합 계 5,859 100% 3,766 97% 2,197 100% 2015년 2기 42 100% 41 97% 0 100% 2016년 1기 1,319 100% 442 97% 835 100% 2016년 2기 4,498 100% 3,283 97% 1,362 100% 이에 따라 피고는 원고에 대하여 2016년 제1기 부가가치세를 매출세액 0원, 매입세액 1,525,426원으로 경정하고 기납부한 세액에서 가산세를 공제하여 아래 표 기재와 같이 세액 합계 34,934,136원을 환급하는 경정결의(이하 ‘이 사건 경정결의’라 한다)를 하였다.

(단위 : 원) 매출 세액 ① 매입 세액 ② 기납부세액 가산세 ④ 차감납부 (환급)세액 ①-②-③ ④ 계 ③ 확정신고 매입자 납부특례 0 1,525,426 68,631,246 △17,952,494 86,583,740 35,222,536 △34,934,136 국세청 감사관실은 피고에 대한 ‘매입자 납부제도 업무처리 기획감사’를 실시한 결과 공급받은 자(매입자)가 납부한 부가가치세를 자료상인 원고에게 환급한 것은 잘못이라는 전제에서, 이 사건...