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주문
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 기초 사실
가. 원고의 부가가치세 신고 등 1) 원고는 2016. 1. 12.부터 2016. 12. 31.까지 ‘B’이라는 상호로 고철 및 비철의 도ㆍ소매업을 영위하였던 개인사업자로서, 2016년 제1기(2016. 1. 12.부터 2016. 6. 30.까지)와 제2기(2016. 7. 1.부터 2016. 12. 31.까지)의 부가가치세 과세기간에 구리 스크랩등 매입자인 주식회사 동명산업 등(이하 ‘동명산업 등’이라고 한다
)을 상대로 매출세금계산서를 발급하고, 이를 기초로 아래 표와 같이 부가가치세 신고를 하였다(이하 위 신고의 기초가 된 2016년 제1기 세금계산서를 ‘제1 세금계산서’, 2016년 제2기 세금계산서를 ‘제2 세금계산서’라고 한다
). 구분 매출세액 매입세액 매입자 납부특례 기납부세액 납부할 세액 2016년 제1기 577,249,595원 2,677,263원 574,694,885원 0원 2016년 제2기 847,533,710원 1,630,603원 842,580,720원 0원 2) 동명산업 등은 조세특례제한법 제106조의9 제3항에 규정된 구리 스크랩등의 부가가치세 매입자납부특례(이하 ‘이 사건 특례규정’이라고 한다)에 따라 제1 세금계산서에 기재된 매출세액에 대한 부가가치세로 2016. 4. 25. 168,211,930원, 2016. 7. 25. 406,482,940원 합계 574,694,870원을, 제2 세금계산서에 기재된 매출세액에 대한 부가가치세로 2016. 10. 25. 464,735,590원, 2017. 1. 25. 377,845,130원 합계 842,580,720원(이하 위 각 부가가치세를 통틀어 ‘이 사건 부가가치세’라고 한다)을 주식회사 신한은행에 개설된 원고 명의의 부가가치세 관리계좌에 각 입금하였다.
나. 2016년 제1기 부가가치세에 대한 세무조사 등 1 중부지방국세청장은 2016. 8. 26.부터 2016. 11. 30.까지 원고에 대하여 2016년 제1기 부가가치세에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 2016년 제1기의 과세기간 동안 실물 거래 없이 허위의 제1 세금계산서를...