1. 제1심판결을 취소한다.

2. 이 사건 소 중 2014년 2기분 부가가치세 및 2015년 1기분 부가가치세...

1. 처분의 경위

가. 원고는 2014. 10. 10.부터 화성시 B에서 ‘C’이라는 상호로 고철 및 철스크랩 등의 도소매업에 종사하고 있다.

원고는 위 사업장과 관련하여 아래와 같이 2014년 2기분 부가가치세와 2015년 1기분 부가가치세를 신고납부하였다.

(단위: 원) 구 분 2014년 2기분 2015년 1기분 공급가액 세 액 공급가액 세 액 매출 12,353,739,070 1,235,373,907 21,250,218,340 2,125,021,834 매입 245,286,585 15,025,066 26,289,410 2,628,941 납부세액 1,220,348,841 2,122,392,893 공제세액 35,800 61,600 매입자납부특례 기납부세액 1,233,576,657 2,125,021,834 차감환급세액 13,263,616 2,690,541

나. 중부지방국세청장은 2015. 4.경부터 원고의 사업장에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 원고가 2014년 2기, 2015년 1기의 과세기간 동안 실물 거래 없이 허위의 매출세금계산서를 발행하였음을 확인하였다.

피고는 이를 이유로 2014년 2기분 공급가액 전액, 2015년 1기분 공급가액 중 합계 17,768,209,620원을 감액하고, 2014년 2기분 매출세액 전액, 2015년 1기분 매출세액 중 1,776,820,962원을 감액하는 내용의 부가가치세 경정결정(이하 ‘이 사건 감액경정결정’이라 한다)을 하였다.

다. 원고는 2016. 3. 23. 피고에게 조세특례제한법 제106조의9 매입자납부특례 규정(이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다)에 의하여 납부된 2014년 2기분 부가가치세 1,233,576,650원 및 2015년 1기분 부가가치세 2,125,021,830원 합계 3,358,598,480원(이하 ‘쟁점 세액’이라 한다)의 환급을 구하는 취지의 경청청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고는 2016. 5. 31. 이를 거부하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라.

이에 대하여 원고는 2016. 7. 11. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2016. 11. 30. 이 사건 특례규정에...