무효로 되었던 등기를 후에 다시 유용하는 경우에는 최초 등기접수일이 아닌 이후소유권이전의 효력이 발생한 날을 양도시기로 보아야 함

당초 매매계약이 취소됨으로써 계약의 효력이 상실된 이후 '무효등기의 유용' 합의에 따라 대물 변제 계약으로 소유권이 이전되었으므로 토지의 양도시기를 대물변제계약의 효력이 발생한 날로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 적법함

조세특례제한법 제85조

2013구단1640 양도소득세부과처분취소

이AA

대전세무서장

2013. 12. 13.

2014. 1. 17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2012. 11. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 1,932,400,080원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

"가. 〇〇시 〇〇구(이하 '〇〇구'라고만 한다)는 2006. 12. 14.경 원고에게, 당시 원고가 소유하고 있던 〇〇시 〇〇구 〇〇동 126-1 전 4,069㎡(이하이 사건 토지'라 한다)를 〇〇구에게 매도할 것을 권유하면서, '2007년부터 비업무용 토지에 대한 양도소득세가 공시지가가 아닌 실거래가 기준으로 부과된다'는 취지로 안내하였다.", "나. 이에 원고는 2006. 12. 22. 〇〇구와 사이에, 원고가 〇〇구에게 이 사건 토지를 대금 4,716,543,330원에 매도하기로 하는 내용의 매매계약(이하이 사건 계약'이라 한다)을 체결하였다. 위 매매계약에 따라 〇〇구는 원고에게 2006. 12. 22.계약보증금2,840,000,000원을, 2007. 10. 22. 잔금 1,876,543,330원을 각 지급하였고, 원고는 2006.12. 26. 〇〇구에게 이 사건 토지에 관하여 2006. 12. 22.자 공공용지의 협의취득을 원인으로 한 소유권이전등기(이하이 사건 소유권이전등기'라 한다)를 마쳐주었다.",다. 원고는 2007. 2. 22. 이 사건 토지의 위 양도와 관련하여 조세특례제한법 제85조에 정한 '공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례'의 적용대상에 해당하는 것으로 보아 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 산정하여 당시 원고의 주소지 관할 BB세무서에 양도소득세 248,969,810원을 신고・납부하였다.

라. 그 후 BB세무서장은 2008. 8월경 감사결과 이 사건 토지가 사업인정고시 없이 당사자 간 계약에 의하여 매매되어 과세특례요건을 갖추지 못하였고 비사업용토지에 해당되므로 실지거래가액으로 산정한 양도소득세를 과세하여야 한다는 지적을 받자, 2008. 8. 28.경 원고에게 위와 같이 과세할 것을 예고통지하였고, 그 후 당시 원고의 주소지를 관할하는 CC세무서장이 2009. 2. 6. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 1,387,115,600원을 경정, 고지하였다.

마. 원고는 2009. 1. 9. 〇〇구를 상대로 〇〇중앙지방법원 2009가합〇〇〇〇호 소유권말소등기 등 소송을 제기하여 '이 사건 매매계약으로 인한 양도소득세가 공시지가를 기준으로 부과될 것으로 알고 매도하였는데 〇〇구의 설명과 달리 실거래가를 기준으로양도소득세가 부과되었으므로 착오를 이유로 이 사건 매매계약을 취소하고 이 사건 소유권이전등기의 말소를 구한다'는 취지로 주장하였다. 위 소송에서 원고의 청구 및 〇〇구의 동시이행 항변이 받아들여져 '〇〇구는 원고로부터 4,716,543,330원을 지급 받음과 동시에 원고에게 이 사건 토지에 관하여 이 사건 소유권이전등기의 말소등기 절차를 이행하라'는 취지의 판결(이하 '이 사건 등기말소 판결'이라 한다)이 2009. 8. 21. 선고되어 그 무렵 확정되었다.

바. 한편, 원고는 CC세무서장을 상대로 〇〇지방법원 2009구합〇〇〇〇호로 위 양도소득세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였는데, 〇〇지방법원은 이 사건 등기말소 판결의 취지에 따라 위 양도소득세 부과처분의 근거가 된 이 사건 매매계약이 취소되었음을 이유로 CC세무서장에게 양도소득세 부과처분을 취소하는 것으로 조정권고하였고, CC세무서장은 이를 받아들여 원고가 납부한 양도소득세를 모두 환급하였다.

사. 〇〇구는 원고로부터 매매대금을 반환받지 못하자, 원고를 상대로 〇〇중앙지방법원 2009가합□□□□호로 매매대금의 반환을 구하는 소송을 제기하여 승소판결을 받았고, 2011. 6. 2. 위 판결에 기하여 원고 소유의 〇〇 〇〇구 〇〇동 산17-29 임야 1,238㎡(이하 '〇〇동 임야'라 한다)에 대하여 강제경매개시결정을 받았다.

아. 그 후 원고와 〇〇구는 2011. 9. 1. 대물변제계약(이하 '이 사건 대물변제계약'이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요내용은 다음과 같다.

- 원고가 〇〇구에게 반환하여야 할 이 사건 토지의 매매대금 4,716,543,330원의 변제에 갈음하여 이 사건 토지의 소유권을 〇〇구에게 이전한다.

- 원고가 〇〇구에게 지급하여야 할 위 매매대금반환채권의 지연손해금 및 이 사건 토지의 매매계약 취소와 관련한 소송비용 및 강제경매신청비용 등 모든 비용에 대한 변제에 갈음하여 원고 소유의 〇〇동 임야의 소유권을 〇〇구에게 이전한다.

- 이 사건 토지에 관하여 대물변제를 원인으로 소유권을 이전함에 있어 이 사건 소유권이전등기를 유용한다.

- 〇〇구는 〇〇동 임야에 대한 소유권이전등기신청과 동시에 원고 소유의 〇〇동 임야에 대한 강제경매 및 채권압류 및 전부명령 신청을 모두 취하한다.

- 본 계약의 이행으로 소유권이 이전되는 이 사건 토지 및 〇〇동 임야에 대한 양도소득세는 원고가 부담하여야 하고 원고는 양도소득세가 부과되는 것을 이유로 본 계약을 취소할 수 없다.

자. 이 사건 대물변제계약에 대하여 2012. 2. 25. 〇〇구의회의 승인이 이루어졌고, 〇〇동 임야에 대하여는 2012. 2. 24. '2011. 9. 1. 대물변제'를 원인으로 하여 〇〇구

앞으로 소유권이전등기가 마쳐졌다.

차. 〇〇지방국세청의 정기종합감사결과 원고가 이 사건 토지의 대물변제에 따른 양도에 대하여 양도소득세를 신고・납부하지 않은 사실이 지적됨에 따라 원고의 주소지를 관할하는 피고는 2012. 11. 1. 이 사건 토지의 양도시기를 2012. 2. 25.로 보아 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 1,932,400,080원을 부과・고지하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 8, 10호증, 을 1호증(각 가지번호 포함)의 각기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 토지의 양도와 관련한 양도소득세의 기준이 되는 양도시기는 이 사건 대물변제계약에 대한 의회승인일이 아니라 〇〇구 앞으로 소유권이전등기가 된 2006. 12. 26.로 보아야 하고, 이와 같이 본다면 이 사건 토지는 당초 〇〇구의 도시관리계획에 따른 문화예술회관건립계획에 의해 매매된 것으로 조세특례제한법 제85조가 적용되어 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의하여 산정하여야 한다. 그럼에도 이 사건 토지의 양도시기를 이 사건 대물변제계약의 효력이 발생한 날로 보아 실지거래가액으로 양도차익을 산정한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 위 인정사실에 의하면 이 사건 소유권이전등기는 원고와 〇〇구 사이의 2006.12. 22.자 이 사건 매매계약에 기한 것으로, 그 매매계약이 원고의 착오를 이유로 취소됨으로써 계약의 효력이 상실되었고, 이에 따라 위 이전등기도 무효의 등기가 되었으므로 그 등기일에 〇〇구가 이 사건 토지를 취득하였다고 볼 수 없다. 〇〇구는 이후 이루어진 이 사건 대물변제계약에 의하여 이 사건 토지를 취득한 것이고, 이 사건 소유권이전등기는 원고와 〇〇구 사이의 '무효등기의 유용' 합의에 따라 위 대물 변제 계약의 공시방법으로 이용된 것이므로 이 사건 대물변제계약의 효력이 발생한 날 비로소 그 등기도 유효해졌다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 토지의 양도시기를 이 사건 대물변제계약의 효력이 발생한 2012. 2. 25.로 보아 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

2) 원고는 이 사건 대물변제계약의 효력발생일과 등기접수일이 상이하기 때문에 '소득세법 제98조 전단의 '대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 때'에 해당하고, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호의 '대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우'에 해당하므로 이 사건 소유권이전등기 접수일을 이 사건 토지의 양도시기로 보아 양도소

득세가 산정되어야 한다고 주장하나, 위 소득세법 관련 규정의 '소유권이전등기'는 취득에 따른 유효한 소유권이전등기를 의미하는 것이지 이 사건과 같이 일단 무효로 되었던 등기를 후에 다시 유용하는 경우에는 최초 등기접수일을 취득시기로 볼 수 없으므로 위 주장은 받아들이기 어렵다.

따라서 이 사건 토지의 양도시기가 이 사건 소유권이전등기 접수일임을 전제로 한 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.