조세특례제한법의 적용을 받는 영세율거래도 영세율신고불성실 가산세 대상임

조세특례제한법에 의해 부가가치세에 있어서 영의 세율이 적용되는 거래인 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 주차장 시설의 공급에 관한 과세표준을 신고하지 아니한 것은 영세율 과세표준 신고 불성실 가산세의 부과대상이 된다고 할 것임

구 부가가치세법 제22조

구 부가가치세법 시행령 제64조

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2007.6.7. 원고에게 한 2002년 1기분 부가가치세가산세 89,100,000우너의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 건설업 등을 영위하는 법인으로 2001.1.30. 서울특별시와 사이에 원고가 서울특별시 소유의 서울 ○○구 ○○동 95-○ 대 1,531㎡ 위에 주차장 및 관련시설을 신축하여 서울특별시에 기부채납하고 그 시설을 17년간 무상사용하기로 하는 내용의 협약을 체결하였고, 이에 따라 위 토지 위에 지하 1층, 지상 4층, 연면적 3,779.97㎡규모의 주차장 및 관련시설(이하'이 사건 주차장 시설'이라 한다)을 신축하여 2002.2.20. 서울특별시에 이 사건 주차장 시설 2,972,000,000원 상당을 기부채납하였는데, 그에 관하여 과세관청에 부가가치세 신고를 하지 않았고, 서울특별시에 세금계산서를 교부하지도 않았다.

나. 피고는 2007.6.7. 원고에게 영세율 과세표준 신고 불성실 가산세 29,700,000원, 세금계산서 미교부 가산세 59,400,000원 등 2002년 1기분 부가가치세가산세 합계 89,100,000원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 갑 제1호증, 제2호증의 2, 제4호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 영세율 과세표준 신고 불성실 가산세 부분 구 부가가치세법 제22조 제6항의 영세율 과세표준 신고 불성실 가산세는 그 신고 대상 과세표준이 부가가치세법령에 의하여 영세율이 적용되는 거래에 관한 것이어야 하는데, 이 사건 주차장 시설의 공급은 부가가치세법령에 의하영 영세율이 적용되는 거래가 아니라 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3의 2호에 의하여 영세율 적용을 받은 거래이므로, 이 사건 주차장 시설의 공급에 관한 과세표준 미신고에 대하여 영세율 과세표준 신고 불성실 가산세를 부과할 수는 없다.

(2) 세금계산서 미교부 가산세 부분

이 사건 주차장 시설과 같은 건축물을 공급하는 경우에 과세관청은 부동산등기법이나 부동산등기특별조치법에 의하여 등기소나 검인관청으로부터 거래자료를 송부받아 그 거래내용을 파악하고 관리할 수 있는 방도를 법적으로 확보하고 있으므로, 세금계산서의 교부를 강제하고 그 불이행에 대한 가산세의 제재를 가하는 것은 과잉금지의 원칙에 위배되어 허용될 수 없다.

나. 관계법령

구 부가가치세법 제22조

구 부가가치세법 시행령 제64조

구 조세특례제한법 제105조

다. 판단

(1) 영세율 과세표준 신고 불성실 가산세 부분에 관하여

구 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제22조 제6항은 영세율 과세표준 신고 불성실 가산세의 부과대상으로'영세율이 적용되는 과세표준'을 신고하지 아니한 경우로 규정하고 있을 뿐, '부가가치세법령에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준'을 신고하지 아니한 경우로 한정하고 있지는 않은 점, 이 사건 주차장 시설의 공급은 구 조세특례제한법(2006.1.2. 법률 제7845호로 개정되기 전의 것) 제105조 제1항 제3의2호에 의하여 부가가치세에 있어서 영의 세율이 적용되는 거래인 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 주차장 시설의 공급에 관한 과세표준을 신고하지 아니한 것은 구 부가가치세법 제22조 제6항의 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 아니한 경우에 해당하여 영세율 과세표준 신고 불성실 가산세의 부과대상이 된다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

원고가 주장의 근거로 들고 있는 대법원 2003두9718 판결은 구 부가가치세법 시행령(1999.12.31. 대통령령 제16661호로 개정되기 전의 것) 제64조 제9항, 제65조 제4항에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 않은 것으로 간주되어 구 부가가치세법 제22조 제6항에 의한 영세율 과세표준 신고 불성실 가산세의 부과 대상이 되기 위하여는 구 부가가치세법 시행령 제64조 제9항, 제65조 제4항의 문언에 비추어 그 신고 대상 과세표준이 부가가치세법 제11조 제1항과 구 부가가치세법 시행령 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 거래에 관한 것이어야 한다는 취지일 뿐, 이 사건과 사안을 달리하는 것이어서 이 사건에 적용될 수 없다.

(2) 세금계산서 미교부 가산세 부분에 관하여

법인인 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서를 교부하지 아니한 경우 그 공급가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하도록 규정한 구 부가가치세법(2003.12.30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것) 제22조 제2항 제1호 전문 규정(이하'위 가산세 규정'이라 한다)은 전단계세액공제법을 취하고 있는 우리 부가가치세제하에서 그 운영의 기초가 되는 세금계산서의 매입세액 공제 및 과세자료로서의 기능을 실현하고 이를 통해 거래의 정상화 및 과세표준의 양성화를 기하고 근거과세를 확립하려는데 그 입법 목적이 있는 점, 이러한 세금계산서 미교부 행위에 대한 제재로서 가산세의 부과로 입게 되는 불이익이 공익에 비하여 현저하게 크다거나 의무위반의 내용에 비하여 지나치게 가록한 것이라고 할 수는 없는 점 등을 고려할 때, 위 가산세 규정에 의한 의무위반에 대한 제재가 과잉금지의 원칙 또는 최소침해성의 원칙에 반한다고 볼 수는 없으므로(대법원 2008.7.10.선고 2006두9337 판결 참조), 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

원고가 주장의 근거로 들고 있는 대법원 2003두12820 판결은 법인이 토지나 건축물 등 부동산을 공급하면서 그에 관하여 법인세법상의 계산서 등을 교부하지 아니하거나 매출처별합계표를 제출하지 아니하여 법인세법상의 계산서 미교부 등 가산세를 부과받은 사안에 관한 것으로서, 법인세법상의 계산서 미교부 등 가산세와는 그 입법목적을 달리하는 부가가치세법상의 세금계산서 미교부 가산세가 문제되는 이 사건에 적용될 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.