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전심사건번호
국심2007서3512 (2008.10.22)
제목
토지 취득후 토지를 임대하기 위한 건축물 철거비용의 매입세액 공제 여부
요지
토지를 취득한 후 토지만의 임대를 위하여 건축물을 철거한 이상 그 철거에 소요된 공사비용은 부가가치세법 관련 규정상 '토지의 조성을 위한 자본적 지출'에 해당하므로 매입세액 공제받을 수 없음
결정내용
결정 내용은 붙임과 같습니다.
주문
1. 피고가 2007. 6. 1. 원고에게 한 2000년 법인세 4,346,270원의 부과처분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 90%는 원고가, 10%는 피고가 각 부담한다.
청구취지
주문 1항 및 피고가 2007. 6. 1. 원고에 대하여 한 2000년 1기분 부가가치세 10,920,620원, 2003년 1기분 부가가치세 4,746,310원, 2005년 2기분 부가가치세 13,892,380원의 각 부과처분, 2008. 11. 6. 원고에 대하여 한 2004년분 법인세 및 농어촌 특별세 1,406,195,590원의 부과처분(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다)을 모두 취소한다.
이유
1. 처분의경위
가.2000년법인세,2000년1기분부가가치세,2003년1기분부가가치세
(1) 원고는 1997. 3.경 문@@, 신&&에게 ○울 ##구 ##동 1258 중앙유통단지 내 상가 20개 점포에 대한 분양계약을 체결하고, 2000. 3.경 이들로부터 총 1,463, 034,254원을 지급받고 점포를 분양하였으며, 이들은 다시 같은 달 14. 이○수 외 9명 에게 위 20개 점포 중 107R 점포를, 2003. 3. 황&& 외 9명에게 나머지 107R 점포를 매도하였다.
(2) 원고는 위 상가분양과 관련하여 분양의 직접 상대방이었던 문@@, 신&& 대신 이들로부터 점포를 매수한 매입자들에게 세금계산서를 교부하였는데, 2000. 3. 14. 이 정수 외 9명에게 건물분 546,031,000원(공급가액), 토지분 434,627,000원(공급가액) 상당의 세금계산서를, 2003. 3.경 황&& 외 9명에게 건물분 237,315,500원, 토지분 188,898,000원 상당의 세금계산서를 각 교부하였다
(3) 이에 대하여 피고는 2007. 6. 1. 세금계산서 미교부 내지 세금계산서합계표 미제출을 이유로 2000년 사업연도에 대하여 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 이전의 것, '이하 2001년 개정 전의 법인세법'이라 한다) 제76조 제9항 제1 호, 제2호를 적용하여 공급가액의 1%에 상당하는 가산세 4,346,270원의 법인세를, 2000년 사업연도 1기분에 대하여 부가가치세법 제22조 제3항 제1호를 적용하여 공급 가액의 2%에 상당하는 가산세 10,920,620원의 부가가치세를, 2003년 사업연도 1기분에 대하여 가산세 4,746,310원의 부가가치세를 각 부과, 고지하였다.
나.2004년법인세및농어촌특별세
(1) 원고는 2004. 3. 3. 서울특별시 교육감과 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제17조에 따라 ○울 ##구 ##동 620-32 대지 476㎡를 포함한 14 필지(이하 '이 사건 각 토지'라고 한다)에 대한 매매계약을 체결하고, 2004. 12. 30. 서 울시 교육감에게 위 각 토지 중 2필지(같은 동 625-25 대지 1,743㎡, 같은 동 625-89 대지 2,287㎡)를 제외한 나머지 12필지에 대하여 2004. 3. 3.자 매매를 원인으로 한 각 소유권이전등기를 경료하여 주고, 2005. 1. 5. 서울시교육청으로부터 매매대금 9,208, 632,000원을 일시불로 수령하였는데, 위 토지 거래로 인한 양도차익금 6,784,000,000원에 대하여 위 매매대금을 수령한 날이 속하는 2005년도를 익금의 귀속시기로 보아 법인세 및 농어촌특별세를 신고 ・ 납부하였다.
(2) 피고는 원고에 대한 세무조사결과 위 토지거래로 인한 양도차익금의 귀속시기를 그 소유권이전등기 경료 시점인 2004년으로 보아 원고의 2004년 사업연도의 익금에 위 양도차익금액을 산입하고, 구 법인세법(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 이전의 것) 시행령 제118조 제4항 제4호 부당과소신고 가산세 규정을 적용하여 2007. 6. 1. 법인세 1,071,905,490원(과소신고가산세 371,084,641원 포함), 농어촌특별세 192,725,730원을 부과, 고지하고, 2005년도 법인세 및 농어촌특별세 990,454,620원을 환급 결정한 후 국세환급금충당통지를 하였다.
(3) 이에 원고는 2007. 8. 27. 위 부과처분을 포함한 각종 법인세 등 부과처분에 대 하여 조세심판원에 심판청구를 하였던바, 조세심판원은 이 사건 2004년 법인세 부과 부분에 대한 원고의 주장은 받아들이지 않고 기각하였으나, 2003 사업연도에 귀속된다고 보았던 서울 구로구 구로동 620-30번지 외 3필지의 양도차익금 943,000,000원의 귀속시기를 2004년도로 보아 2004년도의 과세표준과 세액을 경정하라고 결정하였다.
(4) 이에 피고는 2008. 11. 6. 위 심판결정의 취지에 따라 2004년 사업연도 법인세를 1,185,156,996원으로, 농어촌특별세를 221,038,610원으로 각 경정하고, 차감고지세액으로 2004년 법인세 113,251,500원, 농어촌특별세 28,312,870원을 부과, 고지하였다{이하 2007. 6. 1. 부과된 당초처분과 위 차감고지세액을 합한 법인세 1,185,156,990원 (1,071,905,490원+113,251,500원), 농어 촌 특별세 221,038,600원(192,725,730원+28,312,870원)을 '이 사건 2004년 법인세 및 농어촌 특별세'라 한다).
다.2005년2기분부가가치세
(1) 원고는 원고의 소유인 ○울 ##구 ##동 620-34 일대를 나대지 상태로 임대하여 임대수익을 올릴 목적으로 개경건설주식회사와 공사계약을 체결하고 지장물철거 및 울타리 설치 공사를 시행하였는데, 원고는 위 개경건설주식회사로부터 공급가액 337,000,000원 상당의 세금계산서 1장을 교부받은 다음, 2005년도 2기분 부가가치세 예정신고를 하면서 위 세금계산서상의 매입세액 중 건축물 철거와 관련한 209,000,000원을 매출세액에서 공제하였다.
(2) 피고는 위 건축물철거비용을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련한 매입세액으로 보아 그 매입세액을 불공제하고, 이에 관한 가산세를 더하여 2007. 6. 1. 원고에게 2005년 제2기 부가가치세 13,892,380원을 경정, 고지하였다.
[인정근거 : 갑 2호증의 1 내지 6, 갑 4호증의 1, 2, 3, 갑 7호증, 갑 10호증, 을 1호증의 1 내지 9, 을 2호증의 1 내지 10, 을 3호증의 1 내지 10, 을 4호증의 1 내지 9, 을 5호증의 1 내지 6, 을 6호증의 1 내지 6, 을 7호증의 1 내지 6, 을 8호증의 1 내지 10, 을 9호증의 1 내지 10, 을 10호증, 을 11호증, 을 13호증, 을 14호증의 1, 4, 을 15호 증, 을 18호증의 1 내지 20, 을 19호증의 1 내지 24의 각 기재, 변론 전체의 취지]
2. 이사건각처분의적법여부
가.원고의주장
(1) 2000년법인세,2000년1기분부가가치세,2003년1기분부가가치세
법인이 토지나 건축물 등 부동산을 공급하면서 그에 관한 계산서를 교부하지 아니하거나 매출처별계산서합계표를 일정한 기간 내에 제출하지 아니한 경우에는 계산서 미교부 가산세 또는 매출처별계산서합계표 미제출 가산세를 부과하도록 규정한 2001년 개정 전의 법인세법 제76조 제9항의 규정, 부가가치세법 제22조 제3항의 규정이 적용 되지 않는다.
(2) 2004년법인세및농어촌특별세
원고와 서울시 교육감 사이에 체결된 이 사건 각 토지 매매계약은 토지 일부에 설정 된 근저당권의 말소 여부가 불확실하고, 구로구청 내부에서 학교 부지의 변경을 검토 하는 등 이 사건 각 토지 매매계약 전체가 해제될 가능성이 있었으므로, 위 각 토지 중 일부에 대하여 소유권이전등기가 경료되었다고 하더라도 그 등기 시점에 양도차익 금이 확정적으로 발생하였다고 볼 수는 없다.
(3) 2005년 2기분 부가가치세
원고는 건물을 철거함으로써 이 사건 토지에 대한 임대수익을 올리려고 하였던 것일 뿐 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 비용을 지출한 것이 아니므로, 위 건물 철거 비용은 이 사건 토지에 대한 자본적 지출로 볼 수 없어 매입세액으로 공제되어야 한다.
나.판단
(1) 2000년 법인세,2000년 1기분 부가가치세, 2003년 1기분 부가가치세
(가) 2000년법인세부분
법인이 재화를 공급함에 있어 계산서 등을 교부하지 아니한 경우 가산세를 부과하도록 규정한 2001년 개정 전의 법인세법 제76조 제9항 제1, 2호의 취지가 과세자료의 확 보에 있고, 토지 또는 건축물 공급의 경우에는 부동산등기법이나 부동산등기특별조치 법에 의하여 등기소나 검인관청으로부터 거래자료가 과세관청에 송부되도록 보장되어 있는 등의 사정에 비추어 보면, 법인이 토지 또는 건축물을 공급하거나 공급받는 경우 에 매출 ・ 매입처별계산서합계표를 제출하도록 강제하거나 그에 관하여 매출 ・ 매입처별 계산서합계표 미제출 가산세를 부과하는 것은 과잉금지의 원칙에 위배된다 할 것이다 (헌법재판소 2006. 6. 29. 선고 2002헌바80 등 결정, 대법원 2006. 10. 13. 선고 2003 두12820 판결, 2006. 10. 26. 선고 2003두15256 판결 등 참조). 그러므로 2001년 개정 전의 법인세법 제76조 제9항 제2호에 의한 매출 ・ 매입처별계산서합계표 미제출 가산세 규정은 토지나 건축물이 아닌 재화의 경우에만 적용되는 규정이라고 봄이 상당하다.
따라서 이 사건 점포 공급과 관련하여 세금계산서를 교부하지 않거나 매출계산서합계표를 제출하지 않았다는 이유로 2001년 개정 전의 법인세법 제76조 제9항 제1호, 제2호에 기하여 부과된 피고의 2000년 법인세 부과처분은 위법하다. 이 부분 원고의 주장은 이유 있다.
(나) 2000년 1기분 부가가치세, 2003년 1기분 부가가치세
반면, 부가가치세법은 납세의무자의 신고에 의하여 조세가 확정되는 선고납세의무주의를 채택하고 있는 터라(국세기본법 제22조, 국세기본법 시행령 제10조의 2, 부가가치 세법 제19조) 부가가치세의 징수는 납세신고에 대한 사업자의 성실성을 전제로 하고 있고, 부가가치세법상 가산세 규정은 이러한 납세의무자의 의무불이행에 대하여 행정 별적 제재를 가함으로써 성실한 이행을 확보하기 위함을 주된 입법목적으로 하고 있기 때문에, 이러한 이행 확보의 필요성은 일반 재화 뿐만 아니라 토지나 건축물의 공급과 관련된 거래에 있어서도 마찬가지로 존재한다 할 것이다. 또한 세금계산서 미교부, 매출처별합계표 미제출 행위에 대한 제재로서 가산세의 부과로 입게 되는 불이익이 공익 에 비하여 현저하게 크다거나 의무위반의 내용에 비하여 지나치게 가혹한 것이라고 할 수도 없다.
따라서, 점포 공급과 관련하여 세금계산서를 교부하지 않았다는 이유로 부가가치세법 제22조 제3항 제1호에 기하여 가산세가 부과된 피고의 이 사건 2001년 부가가치세, 2003년 부가가치세 각 부과처분은 적법하고, 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.
(2) 2004년법인세및농어촌특별세
(가) 법인세법은 제14조 제1항에서 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다 고, 제40조 제1항에서 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다 고, 법인세법 시행령 제68조 제1 항 제3호는 상품 등외의 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 그 대금을 청산한 날로 하되, 다만 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다 고각 규정하고 있고, 원고가 2004. 3. 3. 서울시 교육감과 이 사건 각 토지에 대한 매매계약을 체결한 후 그 이행으로써 2004. 12. 30. 서울시 교육감에게 이 사건 각 토지 중 12필지에 대하여 소유권이전등기를 경료하고, 2005. 1. 5. 해당 보상금을 일시불로 수령한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 위 12필지 토지 거래로 인한 양도차익금은 그 이전등기일이 속한 사업연도인 2004년도에 귀속한다고 봄이 상당하다.
(나) 이에대하여원고는이사건각토지중일부에설정된근저당권으로인하여매매계약전부가해제될가능성이있으므로,위이전등기시점에토지거래로인한양도차익금이확정적으로발생하였다고볼수는없다고주장한다.
법인세법은 제40조 제1항에서 손익의 귀속시기에 관하여 권리의무확정주의를 채택하고 있는데, 권리의무확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 기준으로 하여 그 때 소득이 있는 것으로 보고 당해 연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 마리 과세하는 것을 허용하는 것으로 납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지하고자 하는 데 그 의의가 있는 것이며, 이와 같은 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정되어야 하고, 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없으며, 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙, 확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상・사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 2003. 12. 26. 선 고 2001두7176 판결 등 참조).
살피건대, 갑 7호증, 갑 8호증, 갑 9호증의 1, 2, 갑 10호증, 을 10호증, 을 11호증, 을 12호증, 을 13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 이 사건 각 토지는 이 사건 매매계약 당시에는 이미 학교건립 사업부지로 선정되어 공익사업 계획이 구체적으로 확정된 곳이었던 사실, 서울시 교육감은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 2004. 3. 3. 토지 소유자인 원고와 이 사건 각 토지마다 개별 보상금을 책정하여 매매계약을 체결한 다음 14필지 중 근저당권이 설정되어 있지 않은 12필지에 대하여 먼저 협의취득절차를 진행하여 2004. 12. 30. 소유권이전등기를 경료하고 며칠 뒤인 2005. 1. 5. 해당 보상금을 일시불로 지급하는 등 그 절차를 완료한 사실, 한편 서울시 교육감은 원고에게 나머지 2필지에 대하여 근저당권의 말소를 독촉하는 등의 요구를 한 바 없고 다만 그 취득을 미루고 있다가 학교건립 예정일이 다가오자 토지수용절차를 거쳐 이를 취득하고 2006. 7. 13. 스스로 근저당권을 말소하고 소유권이전등기를 경료한 사실 등을 알 수 있다.
앞서본법리와위와같은사실관계에서알수있는다음과같은사정,즉이사건각토지중2필지는근저당권이설정되어있어나머지12필지와함께협의취득절차에의하여소유권이이전되지못하였던것일뿐이고,결국서울시교육감이토지수용절차에의하여스스로위근저당권을말소하고소유권을이전해갈수있는위치에있었던이상위근저당권의존재만으로이사건매매계약전부가해제될만한상황은아니었던점등에비추어보면원고의위12필지의토지거래로인한양도차익금에관한권리는위각토지에대한소유권이전등기가경료되는시점에이미확정적으로발생하였다고봄이상당하다.
그 밖에 원고는 매매계약 체결 이후에 구로구에서 학교용지 변경안이 검토되는 등 또 다른 계약해제사유가 존재하였다는 취지로 주장하나, 위 인정사실 및 갑 6호증의 기재에 의하면 구로구 내부에서 2003. 3. 17. 이 사건 각 토지를 배제하고 아파트가 밀집되어있는 신도림동 쪽으로 학교를 신설하는 방안이 검토된 바 있기는 하나, 위 방안은 받아들여지지 않았고 결국 이 사건 각 토지가 학교용지로 최종결정되어 그에 관련된 공익사업계획이 구체적으로 나온 상태에서 이 사건 매매계약이 체결되었음을 알 수 있으므로, 위 주장은 이유 없다.
(다) 한편, 원고는 기업회계기준상의 손익의 발생에 관한 기준(제4호 A33.)에 따라 익금의 귀속 사업연도를 결정하여야 한다고 주장한다.
법인세법 제40조 제1항에서 익금과 손금의 귀속사업연도에 대하여 권리확정주의를 선언한 다음, 같은 조 제2항 및 법인세법시행령에서 거래의 유형 내지 대금의 지급방법에 따라 그 귀속시기를 개별적으로 열거하고 있으나, 이러한 거래유형 등에 따른 세법상의 손익귀속에 관한 규정은 현대사회의 다종다양한 모든 거래유형을 예측하여 그 자체 완결적으로 손익의 귀속을 정한 규정이라 할 수 없으므로, 위 열거된 조항으로 손익의 귀속을 정하는 것이 어려운 경우에는, 법인세법상의 권리확정주의에 반하지 아니하는 한, 일반적으로 공정타당한 회계관행으로 받아들여지는 기업회계기준상의 손익 의 발생에 관한 기준을 채택하여 손익의 귀속을 정할 수도 있다 할 것이고 또한 그렇게 함이 국세기본법 제20조 소정의 기업회계존중의 원칙에도 부합한다 할 것이다.
이 사건의 경우는 앞서 본 바와 같이 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호가 고정 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속 사업연도에 대하여 명확하게 규정하고 있는 이상 굳이 기업회계기준상의 손익의 발생에 관한 기준을 채택하여 손익의 귀속을 정할 필요가 없고, 또한 기업회계기준에 따른다고 하더라도 기업회계기준 제4호(수익인식) 34.(가)항이 수익가득과정이 완료되었거나 실질적으로 거의 완료된 때 등을 재화의 판매, 용역의 제공, 이자, 배당금, 로열티로 분류할 수 없는 기타의 수익의 손익 귀 속시기로 정하고 있는 이상, 소유권이전등기가 경료된 시점이 속한 사업연도를 토지거래로 인한 양도차익금 귀속시기로 보아야 함은 마찬가지라 할 것이다. 이 점에 관한 원고의 주장도 이유 없다.
(라) 한편, 원고는 익금의 귀속시기를 잘못 판단하였다고 하더라도 이는 단순한 법령의 부지 내지는 오해에 불과하고 원고의 회계처리방법에 따르더라도 익금에 산입되는 시기에만 차이가 있을 뿐 익금에 산입되는 금액 자체에는 차이가 없으니 원고가 위와 같이 법인세 과세표준 등을 과소 신고함으로써 결과적으로 그 의무이행을 해태하였다고 하더라도 여기에는 정당한 사유가 있으므로, 의무해태를 이유로 한 가산세부과는 위법하다는 취지로 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종의 무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의・ 과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유 에 해당하지 아니하므로(대법원 1995. 11. 7. 선고 95누92 판결 참조) 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.
(3) 2005년 2기분 부가가치세
부가가치세법 제17조 제2항은 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 제4호에서 '부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액'을 들고 있고, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항은 위 규정에서 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액이라 함은 '토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다'고 하면서 제2호에서 '건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액'을 들고 있다.
앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 토지만의 임대를 위하여 건축물을 철거한 이상 그 철거에 소요된 공사비용은 위 부가가치세법 관련 규정상 '토지의 조성을 위한 자본적 지출'에 해당하고, 따라서 이에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다. 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.
3. 결론
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.