1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 민법 제32조 및 ‘농림축산식품부장관 및 그 소속청장 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙’ 제4조에 따라 설립되어 1961. 8. 10. 법인등기를 마친 비영리법인이고, 사료기술연구소(이하 ‘연구소’라 한다)를 부설연구소로 두고 있다.

원고는 아래 표 기재와 같이 2008년 제2기부터 2015년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 회원사로부터 정기회비와 연구소 이용회비를, 사료 성분분석 검사를 위하여 연구소만을 이용하는 특별회원사로부터 연구소 이용회비를 지급받았고, 연구소에서 수행하는 사료관리법 제20조 제2항의 자가품질검사(이하 ‘이 사건 검사’라 한다) 용역이 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라 한다) 제12조 제1항 제17호, 부가가치세법 제26조 제1항 제18호의 면세용역에 해당한다고 보아 위 연구소 이용회비에 대한 부가가치세를 신고납부하지 아니하였다.

피고는 원고가 회원사 및 특별회원사로부터 지급받은 연구소 이용회비는 사료 성분분석 용역에 대한 대가로서 부가가치세 과세대상이라고 판단하고, 2016. 1. 11. 2008년 2기분 부가가치세 96,484,590원을 경정고지하였고, 2009년 1기분부터 2015년 1기분까지의 부가가치세 합계 1,180,383,660원을 과세예고 통지하였다.

그 후 피고는 원고가 회원사로부터 받은 회비는 용역의 제공에 따른 대가관계 없이 받은 협회비에 해당하여 부가가치세 과세대상으로 볼 수 없다는 과세전적부심사의 일부 채택 결정에 따라, 2016. 7. 8. 비회원사에 대한 연구소 이용회비만을 과세표준으로 하여 2008년 2기분 부가가치세를 29,232,930원으로 감액경정하고, 청구취지 기재와 같이 2009년 1기분부터 2015년 1기분까지의...