법인세 특별부가세의 과세대상인지 여부

특정법인의 주식 등을 소유하는 것만으로 특정시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물 이용권을 부여받게 되는 경우의 당해 주식에 해당한다고 볼 수 있음

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1. 피고가 1997. 4. 4. 원고에 대하여 한 1993 사업연도 귀속분 부가가치세 금26,472,720원의 부과처분을 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용중 그 2분의 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

1. 이 사건 과세처분의 경위

갑제1호증의 1, 2, 갑제2호증의 1, 2, 갑제3호증의 1 내지 3, 갑제9호증의 1, 2, 갑제14호증의 1, 2, 을제1호증의 1 내지 4, 8 내지 11, 을제2호증, 을제3호증의 1, 2, 을제4호증의 1 내지 8의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면,

가. 원고회사는 1979. 6. 20. 항공화물주선업을 목적으로 설립된 법인으로서, 원고회사를 비롯한 31개 항공화물 주선업자들이 공동으로 설립한 소외 주식회사 ㅇㅇ화물(이하 소외 회사라고 한다)의 주식 13,125주, 액면 금65,625,000원 상당 및 소외 회사가 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 지상에 신축한 창고의 일부 166.05㎡에 대한 임차권을 가지고 있었던 사실,

나. 그런데 원고회사는 1993. 9. 20. 소외 회사의 주식 13,125주를 대금 199,000,000원에, 1993. 11. 30. 신주 1,800주 액면 금9,000,000원 상당을 액면가대로 대금 9,000,000원에 소외 주식회사 ㅇㅇ에 각 양도하고, 그 양도일자에 대금을 수령한 사실,

다. 피고는 원고회사의 1993년 회계연도 법인세에 관하여는 별지 1의 ㈎ 당초신고란 기재와 같이 법인세를 15,378,630원으로 산정하고 원고회사가 이를 전액 납부하였으므로 과세하지 아니하기로 한 반면, 원고회사가 결산서상 주식처분이익을 74,349,388원으로 계상하여 신고한 사실에 기초하여, 원고가 양도한 주식은 소득세법 제44조의2 제4호에 규정된 특정시설물의 이용권, 회원권 기타 명칭 여하를 불문하고 당해 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 일원이 된 자에게 부여되는 시설물이용권 (특정법인의 주식등을 소유하는 것만으로 특정시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물이용권을 부여받게 되는 경우 당해 주식등을 포함한다) 에 해당하는 것으로 보고, 1995. 12. 30. 별지 2의 ㈎ 최초부과란 기재와 같이 산정한 1993년도 귀속분 법인세 특별부가세 금25,197,000원을 부과하였으며, 또한 원고가 양도한 주식 및 특정시설물의 이용권은 재산적 가치가 있는 권리로서 부가가치세법상의 과세대상인 재화에 해당한다고 보고, 1995. 12. 30. 별지 4의 ㈎ 최초부과란 기재와 같이 산정한 1993년도 귀속분 부가가치세 금24,870,000원을 부과한 사실,

라. 그후 피고는, 원고회사가 받은 주식 양도대금 208,000,000원에는 10%의 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 보아 이를 공제한 가액을 금189,090,908원(= 208,000,000 x 100/110)으로 인정한 다음, 법인세에 관하여는 별지 1의 ㈏ 경정결정란 기재와 같이 금11,596,812원으로 감액결정하였으며, 특별부가세에 관하여는 별지 2의 ㈏ 경정결정란 기재와 같이 금6,418,285원을 감액하여 특별부가세를 금18,778,715원으로 재산정한 다음 앞서 설시한 바와 같이 법인세가 감액됨으로써 초과 징수된 셈이 된 법인세액 금3,781,818원을 특별부가세에 충당하여, 1997. 3. 15. 특별부가세를 금14,996,897원으로 감액하고, 부가가치세에 대해서도 별지 4의 ㈏ 추가결정란 기재와 같이 재계산하여 1997. 4. 4. 원고회사에 대하여 부가가치세 금1,602,720원을 추가로 부과함으로써 부가가치세를 합계 금26,472,720원으로 증액한 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없다 (이하에서 특별부가세에 관하여는 1995. 12. 30. 부과한 금25,197,000원중 1997. 3. 15. 감액되고 남은 금14,996,897원 부분, 부가가치세에 관하여는 1997. 4. 4.에 부가가치세를 금26,472,720원으로 증액한 처분을 이 사건 각 과세처분이라고 한다).

2. 이 사건 각 과세처분의 적법성

피고는 위 처분사유와 적용법조를 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고회사는 다음과 같은 점에서 이 사건 처분은 위법하다고 주장하므로 이를 차례로 살펴보기로 한다.

가. 소외 회사의 주식이 법인세 특별부가세의 과세대상인지 여부

⑴ 원고의 주장

원고회사는, 그가 보유한 소외 회사의 주식의 성격은 피고가 주장하는 것처럼 주식 형태의 특정시설물의 이용권이 아니라 통상적인 주식과 동일한 것으로 보아야 하며, 창고시설의 이용권은 그 실질상 임차권으로서 소외 회사의 주식과는 별개, 독립의 것이었는데, 다만 출자회사들이 그 출자목적 관철의 편의상 그 양도등을 제한하는 등 주식 보유와 연계시켜 관리해온 것에 불과하므로 위 주식을 법인세 특별부가세의 과세대상인 주식 형태의 특정시설물 이용권이라고 볼 수 없다고 주장하면서, 그 근거로서 원고회사가 주식을 보유하고 있다고 해서 곧바로 창고시설의 임차권을 취득하는 것이 아니라 별도로 차임을 납부해야 한다는 점, 창고시설 임차권은 창고 전체가 아니라 그중 166.05㎡만을 이용하게 된다는 점, 창고시설 임차권은 선납한 차임을 매 6개월마다 수익, 비용처리하고 별도로 부가가치세를 수수한다는 점, 창고시설 임차권은 골프장, 스키장, 콘도, 헬쓰클럽 회원권과는 달리 일반적 유통성이 전혀 없다는 점등에 비추어 볼 때, 위와 같은 창고시설의 임차권은 소외 회사의 주식과는 법률상, 사실상 구분된 전혀 별개의 것으로 볼 수 있다고 한다.

⑵ 인정사실

그러므로 살피건대 우선 앞서 채택한 증거 이외에 갑제4호증, 갑제5호증의 1, 2, 갑제6호증, 갑제7호증의 1, 2, 갑제8호증, 갑제10호 갑제11호증, 갑제12호증, 을제5호증의 1, 2, 을제6호증의 1 내지 7, 을제7호증의 1 내지 4, 을제8호증의 1 내지 4, 을제9호증, 을제10호증의 1 내지 3, 을제11호증, 을제12호증의 1 내지 3의 각 기재에 증인 이ㅇㅇ의 증언 및 원고 대표자 박ㅇㅇ에 대한 본인신문결과 및 변론의 전취지를 종합하면,

㈎ 원고회사를 비롯한 31개의 항공화물 주선업자들은 항공법상 항공운송 주선업자는 국제공항이 위치한 지역에 건축법 규정에 의한 면적 165㎡ 이상의 창고를 소유(사용권 취득 포함)하는 것이 그 등록요건으로 규정되어 있었으므로 그 등록요건을 충족시키기 위하여 1987. 11. 19. 균등하게 출자하여 자본금 5억원의 소외 회사를 설립하게 된 사실,

㈏ 그리하여 소외 회사는 1987. 12. 31. 국제공항 관리공단으로부터 국유지인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 11,700㎡에 대한 사용승인을 받아, 지하 1층, 지상 2층 연건평 6,376.3㎡의 창고를 신축한 다음, 1989. 3. 16. 위 건물을 국가(소관청 ㅇㅇ지방항공관리국)에 기부채납하고 그 대신 20년간 건물에 대한 무상사용을 허여받아, 이를 원고회사를 비롯한 32개 출자회사에 대하여 166.05㎡씩 균등하게 임대한 사실,

㈐ 소외 회사는 32개 출자회사의 일탈과 타인의 참여를 방지하기 위해, 설립 당시의 정관에서, 주주는 설립에 참여한 출자회사로 제한하고 창고시설 이용권은 회사설립에 참여한 출자회사에게 있으며, 창고시설 이용권의 지분은 주주의 소유주식 비율에 따라 결정되고, 주주의 자격을 상실한 때는 동시에 창고시설 이용권도 상실하고, 주식과 창고시설 이용권은 회사 설립에 참여한 출자회사 상호간에는 자유로이 양도할 수 있으나, 제3자에게 양도할 때는 이사회에서 과반수의 동의를 얻어야 하며, 만약 이를 위반한 경우 소외 회사에 그 효력이 미치지 아니하고 그로 인한 손해도 배상하여야 한다고 규정함으로써, 주식과 창고시설 이용권의 양도 제한에 관한 규정을 둔 사실,

㈑ 한편 소외 회사는 설립자본금이 5억원에 불과하였으므로 위 창고건물 신축자금 20억원을 조달하기 위하여 출자회사들로부터 임차 건물 부분에 대한 20년간의 차임을 선급받아 건축비용으로 사용하였는데, 원고회사도 1988년 12월경 20년간의 선급차임 금70,470,000원을 납입하였으며, 또한 소외 회사는 위 선급차임과는 별도로 출자회사들로부터 추가출자를 받아 1993. 12. 31. 당시 자본금이 금22억 2,100만원에 달한 사실,

㈒ 그리하여 소외 회사와 원고회사를 비롯한 32개 출자회사는 20년간의 선급차임의 회계처리에 관하여 임차기간에 균분하여 매 6개월마다 수익과 비용으로 계상하고 이에 따른 부가가치세는 별도로 수수한 사실,

㈒ 그런데 위 창고는 수출화물에 대한 보세장치장으로만 허가받은 것이어서 수입화물은 취급할 수 없었고, 창고 위치상 비행기 이・착륙장까지는 상당히 떨어져 있어 상당히 불편한 까닭에 제대로 이용되지 못하는 반면 관리운영비 등은 고정적으로 지출되었기 때문에 갈수록 자금부담이 가중되어 오던 중, ㅇㅇ과 ㅇㅇ 사이에 소외 회사를 인수하려는 경쟁이 붙었는데, 결국 원고 회사를 비롯한 출자회사들은 소외 회사의 주식을 ㅇㅇ에 양도하게 된 사실,

㈓ 한편 원고회사가 주식을 양도한 1993. 9. 20. 당시에는 주식과 창고시설 이용권의 양도를 제한한 정관 제15조가 남아 있었으나, 그 후 1994. 2. 16. 주주총회에서 정관 제15조가 삭제되었으며, 원고회사를 제외한 나머지 출자회사들은 정관변경후에 주식을 양도한 사실을 인정할 수 있고 반증이 없다.

⑶ 관련법령

"법인세법 제59조의2 제1항은 특별부가세의 과세대상은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다 고 하고, 그 위임을 받은 법인세법 시행령 (1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제124조의3 제9항은 법 제59조의2 제1항에서주식 또는 출자지분'이라 함은 소득세법 시행령 제44조의2 제1항 제1호, 제4호 및 제5호에 규정된 자산(제44조의2 제4호의 자산의 경우에는 동호에 규정된 주식등에 한한다)을 말한다 고 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제44조의2 제1항 제4호는 특정시설물의 이용권, 회원권 기타 명칭 여하를 불문하고 당해 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 일원이 된 자에게 부여되는 시설물이용권 (특정법인의 주식등을 소유하는 것만으로 특정시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물이용권을 부여받게 되는 경우 당해 주식등을 포함한다) 을 그주식 또는 출자지분'에 해당하는 것으로 규정하고 있다.",⑷ 판단

위에서 인정한 사실을 종합하여 보면, 이 사건에서 문제가 된 창고시설의 이용권은 소외 회사의 주주만이 취득할 수 있도록 되어 있고, 주주의 자격을 상실한 때는 동시에 창고시설 이용권도 상실하는 것으로 정관에 규정함으로써 주주라 하더라도 주식을 창고시설 이용권과 분리하여 양도할 수 없고 오직 창고시설 이용권과 결합해서만 양도할 수 있도록 되어 있었을 뿐만 아니라, 주식을 출자회사가 아닌 제3자에게 양도할 때는 소외 회사 이사회의 동의를 얻도록 되어 있었으므로, 창고시설 이용권은 소외 회사의 주식 내지 주주권과 불가분적으로 결합되어 있었던 것임을 알 수 있다. 그러므로 소외 회사의 주식은 소득세법 시행령 제44조의2 제1항 제4호에서 규정하는, 특정법인의 주식등을 소유하는 것만으로 특정시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물이용권을 부여받게 되는 경우의 당해 주식 에 해당하는 것으로 볼 수 있다.

한편 원고회사를 비롯한 출자회사들이 소외 회사의 주식을 취득하는 이외에 별도로 창고시설에 대한 임대차계약을 체결하고 차임을 지급하였지만, 이는 소외 회사가 창고시설을 신축하기 위한 자금 20억원을 조달하기 위하여 출자액에 비례하는 신축자금 분담액을 창고시설에 대한 차임 명목으로 납입하기로 한 것뿐이므로 소외 회사와 출자회사들이 선급차임 명목으로 납입한 창고 신축자금 분담액에 대한 회계처리를 어떻게 했던지 간에, 이로써 소외 회사 주식의 성격이 달라질 여지가 없다.

또한 설사 창고시설 이용권이 출자회사들과 소외회사 사이에 별도로 체결한 임대차계약에 기한 것으로 본다 하더라도, 주주만이 창고시설의 이용권은 취득할 수 있도록 되어 있었던 이상, 그 주식에 대해서는 소외 회사의 주식을 소유하는 것만으로 창고시설을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물이용권을 부여받게 되는 경우 에 해당한다고 보지 않을 수 없다.

그렇다면 소외 회사의 주식은 법인세법상 특별부가세의 과세대상이 된다고 보아야 하므로 이에 반하는 원고의 위 주장은 이유 없다 (원고는 법인세 특별부가세가 금15,006,897원으로 감액된 것으로 보고 위 금액에 대한 부과처분의 취소를 구하나, 피고가 세액을 잘못 계산하여 14,996,897원으로 감액 부과하였으므로 이를 초과한 금액의 부과처분 취소를 구하는 것은 그 자체로 이유가 없다고 할 것이다).

나. 양도목적물에는 주식 이외에 창고시설 이용권도 포함되는지 여부

원고회사는 소외 주식회사 ㅇㅇ과 체결한 양도계약의 목적물은 소외 회사의 주식 14,925주 이외에 창고시설에 대한 임차권과 선급차임에 대한 채권도 포함되어 있으므로 그 양도대금중에는 주식대금 뿐만 아니라 위 임차권등에 대한 대가도 포함되어 있으므로 이를 공제한 나머지 가액에 대해서만 과세해야 한다는 취지로 주장한다.

생각건대 창고시설의 이용권(선급차임에 대한 권리는 창고시설 이용권의 지분권에 불과하므로 이에 포함되는 것으로 본다)은 원고회사를 비롯한 출자회사들만이 취득할 수 있고 이는 소외 회사의 주식과 결합해서만 양도할 수 있도록 되어 있었던 점에 비추어 볼 때, 그 창고시설 이용권은 소득세법 시행령 제44조의2 제1항 제4호에서 규정하는 특정시설물의 이용권, 회원권 기타 명칭 여하를 불문하고 당해 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 일원이 된 자에게 부여되는 시설물이용권 에 해당하며 이 또한 특별부가세의 과세대상임이 명백하므로, 원고회사가 위 ㅇㅇ과 체결한 양도계약의 목적물이 소외 회사의 주식뿐이든 아니면 창고시설의 이용권도 포함되어 있든 간에 모두 특별부가세의 과세대상이 됨은 차이가 없으므로 이 사건 과세처분의 적법성에는 아무런 영향이 없다. 원고의 위 주장도 이유없다.

다. 양도시기가 주식양도를 제한한 정관 제15조를 삭제한 이후이므로 특별부가세를 과세할 수 없는지 여부

원고는 위 ㅇㅇ과 체결한 양도계약은 장차 주식양도를 제한한 정관 제15조가 삭제되거나 주식양도에 대해 이사회의 동의가 있을 것을 정지조건으로 하는 계약인데, 원고회사를 비롯한 주주들은 1994. 2. 16. 주주총회에서 정관 제15조를 삭제하였고, 원고회사가 위 ㅇㅇ에 주식을 양도한 날짜를 1994. 6. 30.로 하기로 했으므로 이제 위 주식은 창고시설 이용권과 분리하여 자유로이 양도할 수 있는 통상적인 주식으로 바뀌었다고 할 것이고 이는 특별부가세의 과세대상이 될 수 없다고 하면서, 바로 그렇기 때문에 피고는 위 정관변경 이후에 주식을 양도한 다른 출자회사들에 대해서는 특별부가세를 부과하지 않았던 것이라고 주장한다.

살피건대 앞에서 인정한 바와 같이 원고회사는 1993. 9. 20. 소외 회사의 주식 13,125주를, 1993. 11. 30. 신주 1,800주를 각 양도하고 그 양도일자에 대금을 수령하였으므로, 주식의 양도일자는 1993. 9. 20. 및 1993. 11. 30.임이 명백하고, 양도계약을 체결한 이후에 양도일자를 정관변경 이후인 1994. 6. 30.로 하기로 했다고 해서 주식의 양도일자가 변경되는 것으로 볼 수는 없고, 또한 주식양도를 제한한 정관 제15조가 삭제된 이후에 양도한 것으로 본다 하더라도 위와 같이 소외 회사의 정관을 변경하게 된 것은 원고회사를 비롯한 출자회사들이 위 ㅇㅇ에 주식을 양도하기로 한 다음에 특별부가세가 부과되는 것을 회피하기 위하여 형식상 정관에서 주식양도를 제한한 제15조를 삭제한 다음 양도계약을 체결하는 절차를 밟게 된 데 불과하고, 소외 회사의 주식은 창고시설의 이용권과 불가분적으로 연계되어 있고 위 ㅇㅇ이 그 주식을 모두 취득함으로써 창고시설의 독점적 이용권을 확보하게 된 점을 감안하여 볼 때, 위 주식양도는 창고시설의 이용권을 위 ㅇㅇ으로 하여금 취득하도록 하기 위한 것에 불과하므로, 위 정관변경 및 양도계약의 순서와 형식 여하에 불구하고 그 실질을 파악하면, 소외 회사의 주식의 성격은 여전히 소외 회사의 주식을 소유하는 것만으로 창고시설을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물이용권을 부여받게 되는 경우 에 해당하고 특별부가세의 과세대상이 된다고 보지 않을 수 없다. 따라서 이에 반하는 원고의 위 주장도 이유없다.

라. 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부

"피고는 이 사건 부가가치세 부과처분의 과세대상이 주식과 주식에 포함된 창고시설물이용권이라고 하면서 이는재산적 가치가 있는 권리'로서 부가가치세법 제1조 제2항, 동 시행령 제1조 제2항에 규정된재화'에 해당하고, 원고와 같은 사업자가 자기 사업과 관련하여 이용한 창고시설물이용권을 타인에게 양도하는 것은 권리의 양도로서 부가가치세 과세물건의 거래에 해당하므로 부가가치세를 납부할 의무가 있다고 주장함에 대하여, 원고는, 주식은 부가가치세법상 과세대상이 아니며, 주식에 창고시설물이용권이 부착되어 있었다 하더라도 주식과 시설물이용권의 성질을 겸유한 재화에 대해서는 부가가치세법상 아무런 규정이 없어 입법의 불비에 해당하므로 과세할 수 없다고 주장한다.", "생각건대 무릇 부가가치세는 경제활동으로 인하여 새로 창출된 부가가치가 타인에게 이전되는 경우에 그 이전되는 부가가치를 과세대상으로 하여 부과되는 것인데, 주식은 화폐와 마찬가지로 부가가치 창출을 위해 투입되는자본'에 해당할 뿐, 경제활동으로 인하여 창출된부가가치'라고 볼 수 없으므로 주식의 이전에 대해 부가가치세를 부과할 수는 없다. 또한 이 사건 원고가 소외 주식회사 ㅇㅇ에 양도한 것은 주식 그 자체 뿐만 아니라 그 주식에 부착되어 있는 창고시설물이용권도 함께 양도한 것이지만, 우리 부가가치세법은 모든 부가가치의 이전에 대해 부가가치세를 과세하는 것으로 규정하고 있는 것이 아니라,영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자'를 부가가치세의 납세의무자로 규정함으로써,사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우'에 한하여 부가가치세를 부과하는 것으로 규정하고 있다. 그런데 원고는 항공화물운송주선업을 영위하고 있을 뿐이고 창고시설물이용권과 같은 권리를 공급하는 것을 사업으로 하고 있는 것은 아니며, 단지 자신의 사업인 항공화물운송주선업을 영위하기 위해 보유하고 있던 창고시설물이용권을 1회적으로 타인에게 처분한 데 불과하므로 이러한 경우에는 부가가치세를 부과할 수 없다고 할 것이다 (피고 스스로도 예컨대 골프회원권이나 콘도미니엄 회원권을 양도하였을 경우 그 양도인이 부가가치세 과세사업자인 경우에만 부가가치세가 과세되며, 비사업자인 개인이 양도한 경우에는 사업적으로 행하지 아니한 것으로 보아 부가가치세가 과세되지 않는다고 한다, 피고의 1998. 6. 10.자 준비서면 참조).",4. 결론

그렇다면 위와 같은 원고의 이 사건 주식 및 창고시설물이용권의 양도에 대해 피고가 법인세 특별부가세를 부과한 것은 적법하고 이 부분 부과처분에 대해 달리 위법사유를 발견할 수 없으므로 법인세 특별부과세 부과처분은 결국 적법하다고 보아야 하고, 다만 위와 같은 처분행위에 대해 부가가치세를 부과한 것은 위법하다고 할 것이다.

따라서 원고의 이 사건 청구중 법인세 특별부가세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 없어 이를 기각하기로 하고, 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 인용하기로 하며, 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제92조, 제89조를 적용하여 주문과 같이 판결한다.

1998. 9. 3.