서울행정법원2011구합10775 (2011.10.21)

조심2010서2851 (2010.12.31)

이 사건 주권 양도는 '국가가 주권을 양도'하는 경우에 해당하여 비과세 양도라고 할 것임

이 사건 주권양도는 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하여 법 개정 이전의「증권거래세법」제6조 제1호에 의하여 비과세 양도라고 할 것이므로, 이 사건 주권양도에 대하여는 증권거래세를 부과할 수 없다고 할 것이고, 따라서 이 사건 주권양도에 대하여 증권거래세를 부과할 수 있음을 이유로 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법함

증권거래세법 제6조

조세특례제한법 제117조 제1항 제18호

2011누43036 증권거래세 등 경정거부처분 취소

AAA원

영등포세무서장

서울행정법원 2011. 10. 21. 선고 2011구합10775 판결

2012. 11. 13.

2013. 1. 25.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2010. 6. 3. 원고에 대하여 한 증권거래세 000원 및 농어촌특별세 000원에 대한 경정거부처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고의 부담으로 한다.

주문과 같다.

1. 증권거래세 경정거부 처분

아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

[1]

○ 원고 보조참가인 국민연금공단(이하 '국민연금공단'이라고만 한다)은 보건복지부장관으로부터 국민연금기금의 관리・운용에 관한 업무를 위탁받아 2010. 1.부터 2010. 2.까지 사이에 국민연금기금에 취득한 주권을 증권시장에서 양도하였다(이하 위와 같은 양도를 '이 사건 주권양도'라고 한다).

○ 원고는 이 사건 주권양도에 관하여 증권거래세 000원(2010. 1.분 000원, 2010. 2.분 000원) 및 농어촌특별세 000원(2010. 1.분 000원, 2010. 2.분 000원)을 거래징수하여 이를 피고에게 납부하였다.

[2]

○ 국민연금공단은 이 사건 주권양도는 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하여「증권거래세법」소정의 비과세 양도라는 이유로 원고에게 위 거래징수 세액의 반환을 요청하였다.

○ 그러자 원고가 2010. 5. 12. 위와 같은 이유로 피고에게, 위 거래징수 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

○ 이에 대하여 피고가 2010. 6. 3. 이 사건 주권양도는 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하지 않아 비과세 양도가 아니라는 이유로 위 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 위 처분을 '이 사건 처분'이라고 한다).

2. 원고의 주장 요지

국민연금공단이 보건복지부장관으로부터 국민연금기금의 관리・운용에 관한 업무를 위탁받아 이 사건 주권양도를 하였으므로, 이는 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하여「증권거래세법」소정의 비과세 양도이다. 따라서 이 사건 주권양도가 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하지 않아 비과세 양도가 아니라는 이유로 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 판단

가.「증권거래세법」

(1) 1978. 12. 5. 제정된「증권거래세법」제6조는 △ '비과세 양도'에 관하여 규정하면서, △ 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 증권거래세를 부과하지 않는다고 규정하고, △ 제1호에서, '국가가 주권을 양도하는 경우'를 규정하였다. 위와 같은 규정이 계속 유지되다가「증권거래세법」이 2010. 12. 27. 개정되어 2011. 1. 1.부터 시행되었는데, 위 개정 법률 제6조는 △ 위와 같이 '비과세 양도'에 관하여 규정하면서, △ 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 증권거래세를 부과하지 않는다고 규정하고,△ 제1호에서, '국가가 주권을 양도하는 경우. 다만,「국가재정법」별표 2에서 규정하는 법률에 따라 설치된 기금으로서 기금관리주체가 중앙행정기관의 장인 기금에서 취득한 주권을 양도하는 경우 및「우정사업 운영에 관한 특례법」 제2조 제2호에 따른 우정사업총괄기관이 주권을 양도하는 경우는 제외한다'고 규정하였다.

(2) 위와 같이 개정된「증권거래세법」이 '국가가 주권을 양도하는 경우'를 비과세 양도로 규정하면서 그 단서에서 '기금관리주체가 중앙행정기관의 장인 기금에서 취득한 주권을 양도하는 경우'를 규정하고, 이와 같이 관리주체가 중앙행정기관의 장인 기금에서 취득한 주권을 양도하는 것은 중앙행정기관의 장이 국가의 기관으로서 양도하는 것임에 비추어 보면, '기금관리주체가 중앙행정기관의 장인 기금에서 취득한 주권을 양도하는 경우'는 본래 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당함을 전제로 하여 그 예외를 규정한 것이라고 할 것이다.

(3) 따라서, '기금관리주체가 중앙행정기관의 장인 기금에서 취득한 주권을 양도하는 경우'에 해당할 경우, 2011. 1. 1. 이전에는 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하여 비과세 양도이고, 2011. 1. 1.부터는 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하지만 예외적으로 비과세 양도가 아니라고 할 것이다.

나. 국민연금공단

(1) 1986. 12. 31. 전문개정된「국민연금법」은, △ 보건사회부장관이 국민연금기금을 설치하고 이를 관리・운용한다고 규정하면서, △ 보건사회부장관은 국민연금기금의 관리・운용에 관한 업무의 일부를 국민연금관리공단에 위탁할 수 있다고 규정하였다. 이러한 규정은「증권거래세법」이 위와 같이 2010. 12. 27. 개정되었을 당시까지 보건사회부장관이 보건복지부장관으로, 국민연금관리공단이 국민연금공단으로 변경된 것 이외에는 그대로 유지되었다. 그런데 이 사건 주권양도는 앞서 본 바와 같이 국민연금공단이 보건복지부장관으로부터 국민연금기금의 관리・운용에 관한 업무를 위탁받아 2010. 1.부터 2010. 2.까지 사이에 국민연금기금에서 취득한 주권을 증권시장에서 양도한 것이다. 그렇다면 이 사건 주권양도는 '기금관리주체가 중앙행정기관의 장인 기금에서 취득한 주권을 양도하는 경우'에 해당하므로, 앞서 본 바와 같이 2011. 1. 1. 이전에는 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하여 비과세 양도라고 할 것이다.

(2) 갑 제5호증의 기재에 의하면, 재무부장관이 1993. 5. 31. 보건사회부장관에게 회신하면서(재소비 46450-74), 국민연금관리공단이「국민연금법」에 의하여 설치된 국민연금기금을 보건사회부로부터 위탁받아 관리・운용하는 경우 동 기금 명의로 취득한 주권 등을 양도하는 것은「증권거래세법」제6조 제1호에서 규정하는 비과세 양도에 해당한다고 회신한 사실이 인정된다. 당시「국민연금법」은 앞서 본 바와 같이 보건사회부장관이 국민연금기금을 설치하여 이를 관리・운용하고, 국민연금기금의 관리・운용에 관한 업무의 일부를 국민연금관리공단에 위탁할 수 있다고 규정하였고, 또한 보건사회부장관이 기금증식을 위하여 대통령령이 정하는 사업 등으로 국민연금기금을 관리・운용하도록 규정하였으며, 위 법률의 시행령은 위와 같이 대통령령이 정하는 사업의 하나로, '증권시장에 상장된 법인 발행의 주식의 매입'을 규정하였다. 또한 피고의 주장에 의하면, 재무부장관의 위 1993. 5. 31.자 회신 이후 2001. 5. 24.까지 약 8년 동안 위 회신에 따라, 국민연금공단이 국민연금기금에서 취득한 주권을 양도하는 것에 관하여 비과세하여 왔다는 것이다. 위와 같은 재무부장관의 회신이나 피고 주장의 비과세는, 2010. 1.부터 2010. 2.까지의 이 사건 주권양도가 앞서 본 바와 같이 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하여 비과세 양도라고 보는 것에 부합한다.

다.「조세특례제한법」

(1) 한편으로 2001. 5. 24. 개정된「조세특례제한법」제117조 제1항은, △ 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 증권거래세를 '면제'한다고 규정하면서, △ 제18호에서, '같은 법 제74조 제3항의 규정을 적용받는 기금이 매입한 주권을 증권시장 또는 전자증권중개거래를 통하여 양도하는 경우'를 규정하였다. 위와 같은「조세특례제한법」제74조 제3항은,「기금관리 기본법」별표 2에서 규정하는 법률에 의하여 설립된 기금을 관리・운용하는 법인 중 대통령령이 정하는 비영리법인이 당해 기금에서 취득한「증권거래법」에 의한 주권상장법인 및 협회등록법인의 주식을 2003. 12. 31. 이전에 종료하는 사업연도까지 양도함에 따라 소득이 발생한 경우「법인세법」제29조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 소득 전액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다는 규정이었다. 위「조세특례제한법」의 시행령 제70조 제4항은, 위「조세특례제한법」제74조 제3항에서 대통령령으로 정하는 비영리법인'이란「국가재정법」별표 2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금 중 해당 법률에서 주식의 취득 및 양도가 허용된 기금을 관리・운용하는 비영리법인을 말한다고 규정하였다. 위와 같이 증권거래세를 '면제'한다고 규정한「조세특례제한법」제117조 제1항 제18호는 일몰시한이 계속 연장되다가 2009. 12. 31. 일몰기한이 도래하여 2010. 1. 1. 이후부터는 시행되지 않게 되었다.

(2) 한편으로,「국민연금법」은 앞서 본 바와 같이 '중앙행정기관의 장'인 보건복지부장관이 국민연금기금을 설치하고 이를 관리・운용한다고 규정하였다. 한편으로「조세특례제한법」이 위와 같이 2001. 5. 24. 개정되었을 당시「공무원 연금법」은 공무원연금관리공단을 '법인'으로 한다고 규정하면서, 그 공단이 공무원연금기금을 관리・운용한다고 규정하였다. 또한 위 개정 당시「사립학교 교직원 연금법」은 사립학교교직원연금관리공단을 '법인'으로 한다고 규정하면서, 그 공단이 사립학교교직원연금기금을 관리・운용한다고 규정하였다. 그밖에도 개별 법률에서 '법인'이 기금을 관리・운용하도록 한 경우가 다수 있었다.

(3) 피고는 위와 같이 증권거래세를 '면제'한다고 규정한「조세특례제한법」제117조 제1항 제18호에 관하여, △ 이는 연기금의 주식거래에 대하여 증권거래세를 비과세하여 주식시장의 안정적인 수요기반을 확충하기 위한 것으로서, △ 위 규정으로써 국민연금기금에 대해 증권거래세를 면제하는 근거가 마련된 것이고, △ 앞서 본 재무부장관의 1993. 5. 31.자 회신에 따라 국민연금기금을 증권거래세가 비과세되는 국가의 범위에 포함시킨 것은 법령을 잘못 해석한 결과이므로, △ 위 「조세특례제한법」제117조 제1항 제18호의 일몰시한이 경과한 2010. 1. 1.부터는 국민연금기금에 대해서도 증권거래세가 부과되고, △ 따라서 2010. 1.부터 2010. 2.까지의 이 사건 주권양도에 관하여는 증권거래세가 부과될 수 있다고 주장한다.

(4) 살피건대,「증권거래세법」제6조는 '비과세'에 관하여 규정하면서 증권거래세를 부과하지 않는다고 규정하였는데,「조세특례제한법」제117조 제1항 제18호는 증권거래세를 '면제'한다고 규정하였다. '비과세'는 처음부터 과세대상에서 제외하는 것인 반면, 면제는 일단 과세대상에 포함되어 납세의무 자체는 성립하나 특별한 이유가 있는 경우 그 납세의무의 전부 또는 일부를 감면하는 것이다. 「조세특례제한법」제117조 제1항 제18호과 같은 법 제74조 제3항은, 기금을 관리・운용하는 '비영리법인'이 양도하는 경우에 증권거래세를 면제한다고 규정하였다. 그런데 국민연금기금은 '중앙행정기관의 장'인 보건복지부장관이 관리・운용하는 것이고, 국민연금공단은 보건복지부장관으로부터 위탁을 받은 지위에 불과한 반면, 공무원연금기금이나 사립학교교직원연금기금은 '법인'인 공단이 관리・운용하는 것이다. 그렇다면,「조세특례제한법」제117조 제1항 제18호는 기금을 관리・운용하는 주체가 '비영리법인'인 경우의 '면제'를 규정한 것이고, 기금을 관리・운용하는 주체가 중앙행정기관의 장인 경우의 '비과세'를 규정한 것은 아니어서,「증권거래세법」제6조가 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 '비과세'한다고 규정한 것이「조세특례제한법」제117조 제1항 제18호에 의하여 규정내용이나 효력이 변경되거나 제한되는 것은 아니라고 할 것이다.

(5) 재정경제부가 2002년에 발간한 '2001 간추린 개정세법'은 2001. 5. 24. 개정된위「조세특례제한법」제117조 제1항 제18호에 관하여, 종전에는「기금관리 기본법」상의 국가관리 공공기금에 대하여 비과세하고 민간관리 기금에 대하여 과세하였으나, 위 개정으로써 민간관리기금에 대하여 한시적으로 비과세하는 것이라고 해설하였다. 위 개정 당시 시행되던「기금관리 기본법」은 법률에 의하여 기금을 관리・운용하는 자를 '기금관리주체'라고 규정하면서 '기금의 관리 또는 운용 업무를 위탁받은 자'는 기금관리주체에서 제외하였다. 위와 같은 사정에 비추어 보면, 위 해설의 취지는, 중앙행정기관의 장이 관리・운용하는 기금은 종전과 같이 비과세 대상으로 하면서, 비영리법인이 관리・운영하는 기금은「조세특례제한법」제117조 제1항 제18호에 의하여 새로이 비과세 대상으로 한다는 것이고, 이는 앞서 본 바와 같이 재무부장관이 1993. 5. 31. 보건사회부장관에게 회신하면서(재소비 46450-74) 국민연금공단이「국민연금법」에 의하여 설치된 국민연금기금을 보건사회부로부터 위탁받아 관리・운용하는 경우 동 기금 명의로 취득한 주권 등을 양도하는 것은「증권거래세법」제6조 제1호에서 규정하는 비과세 양도에 해당한다고 회신한 것에 부합한다고 할 것이다. 위 해설은 또한, 앞서 본 바와 같이「증권거래세법」제6조가 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 '비과세'한다고 규정한 것이「조세특례제한법」제117조 제1항 제18호에 의하여 규정내용이나 효력이 변경되거나 제한되는 것은 아니라고 할 것임에 부합한다고 할 것이다.

(6) 한편으로 갑 제4호증의 기재에 의하면, 기획재정부장관이 2009. 12. 29. 원고에게 회신하면서 위「조세특례제한법」제117조 제1항 제18호가 2009. 12. 31.까지만 시행되어 2010. 1. 1.부터는 국민연금기금의 주권양도도 증권거래세 과세대상이 된다고 회신한 사실이 인정된다. 그러나, △「조세특례제한법」제117조 제1항 제18호는 앞서 본 바와 같이「증권거래세법」제6조가 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 '비과세'한다고 규정한 것에 대하여 그 규정 내용을 변경하거나 효력을 제한하는 것이라고 볼 수 없다고 할 것이고, △ 위「조세특례제한법」제117조 제1항 제18호가 일몰시한에 따라 2009. 12. 31.까지만 효력이유지되면「증권거래세법」제6조만이 시행되는 상태가 되는데, 그러한 상태에서 국민연금기금의 주권양도가 증권거래세 과세대상이 된다고 하면, 이는 재무부장관이 1993. 5. 31. 보건사회부장관에게 회신한 것과 배치되면서, 앞서 본 피고 주장과 같이 2001. 5. 24.까지 약 8년간 위 회신에 따라 국민연금공단의 주권양도에 대하여 비과세하였던 것에도 배치되며, △ 나아가「증권거래세법」이 2010. 12. 27. 개정되어 비과세 양도로서 국가가 주권을 양도하는 경우를 규정하면서 그 예외로서 기금관리주체가 중앙행정기관의 장인 기금에서 취득한 주권을 양도하는 경우를 규정한 것과도 부합하지 않는다. 그렇다면, 기획재정부장관의 위 2009. 12. 29.자 회신을「조세특례제한법」제117조 제1항 제18호 및「증권거래세법」제6조의 해석에 관하여 그대로 수용하기는 어렵다고 할 것이다.

4. 결론

그렇다면, 2010. 1.과 2010. 2.의 이 사건 주권양도는 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하여 2010. 12. 27. 개정 이전의「증권거래세법」제6조 제1호에 의하여 비과세 양도라고 할 것이므로, 이 사건 주권양도에 대하여는 증권거래세를 부과할 수 없다고 할 것이고, 따라서 이 사건 주권양도에 대하여 증권거래세를 부과할 수 있음을 이유로 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다. 따라서 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.