조심2013서3874 (2014.03.26)

국민연금공단이 국가로부터 국민연금기금 업무를 위탁받아 행한 주권양도는 비과세 대상임

국민연금공단이 보건복지부장관으로부터 국민연금기금의 관리・운용에 관한 업무를 위탁받아 행한 주권양도는 국가가 주권을 양도하는 경우에 해당하여 증권거래세 비과세 대상임

증권거래세법 제6조 [비과세 양도]

2014구합60856 증권거래세 등 경정거부처분 취소

□□□□□□원

△△△세무서장

2014.10.24

2014.11.11

1. 피고가 2013. 6. 5. 원고에 대하여 한 증권거래세 00,000,000,000원 및 농어촌특별세 00,000,000,000원에 대한 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 보조참가로 인한 부분을 포함하여 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고 보조참가인 국민연금공단(이하 '국민연금공단'이라고만 한다)은 보건복지부 장관으로부터 국민연금기금의 관리・운용에 관한 업무를 위탁받아 2010. 3.부터 2010. 12.까지 사이에 국민연금기금에서 취득한 주권을 증권시장에서 양도하였다(이하 '이 사건 주권양도'라고 한다).

나. 원고는 이 사건 주권양도에 관하여 증권거래세 00,000,000,000원 및 농어촌특별세 00,000,000,000원을 거래징수하여 이를 피고에게 납부하였다.

다. 국민연금공단은 이 사건 주권양도가 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하여 증권거래세법 소정의 비과세 양도라는 이유로 원고에게 위 거래징수 세액의 반환을 요청하였고, 이에 원고는 2013. 4. 8. 위와 같은 이유로 피고에게 위 거래징수 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2013. 6. 5. 이 사건 주권양도가 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하지 않아 비과세 양도가 아니라는 이유로 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 8. 29. 심판청구를 제기하였으나, 조세심

판원은 2014. 3. 26. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

국민연금공단이 보건복지부장관으로부터 국민연금기금의 관리・운용에 관한 업무를 위탁받아 한 이 사건 주권양도는 구 증권거래세법(2010. 12. 27. 법률 제10401호로 개정되기 전의 것, 이하 '증권거래세법'이라 한다) 제6조 제1호 소정의 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하여 비과세 대상에 해당함에도 불구하고, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

- 4 -

다. 인정사실

(1) 재무부장관은 1993. 5. 31. 보건사회부장관에게 '국민연금관리공단이 국민연금법에 의하여 설치된 국민연금기금을 보건사회부로부터 위탁받아 관리・운용하는 경우 동 기금명의로 취득한 주권 등을 양도하는 것은 증권거래세법 제6조 제1호에서 규정하는 비과세양도에 해당한다.'고 유권해석(재소비 46450-74) 회신을 하였다. 과세관청은 재무부장관의 위 1993. 5. 31.자 회신 이후 2001. 5. 24.까지 약 8년 동안 위 회신에 따라 국민연금공단이 국민연금기금에서 취득한 주권을 양도하는 것에 대하여 증권거래세를 비과세하였다.

(2) 조세특례제한법이 2001. 5. 24. 법률 제6480호로 개정되면서, 연기금이 매입한권을 증권시장 또는 전자증권중개거래를 통하여 양도하는 경우 증권거래세를 면제한다는 내용의 제117조 제1항 제18호가 신설되었고, 2003. 12. 31.까지 한시적으로 적용하는 것으로 규정되었다. 재정경제부는 개정 세법 해설에서 위 조문에 대하여 '종전에 국가관리 공공기금은 비과세하고 민간관리기금 및 기타기금은 과세하였는데, 2003년까지 민간관리기금 및 기타기금도 비과세하는 것으로 개정된 것'이라는 취지로 기술하였다. 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호는 일몰시한이 계속 연장되다가 2009. 12. 31. 일몰기한이 도래하여 2010. 1. 1. 이후부터는 적용되지 않게 되었다.

(3) 한편, 기획재정부장관은 2009. 12. 29. 원고에게 '국가재정법 [별표2]에 규정된 법률에 따라 설치된 기금이 2010. 1. 1. 이후 주권을 양도하는 것은 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호가 삭제되는 내용의 개정안이 공포・시행되는 경우 증권거래세 과세대상에 해당한다.'는 유권해석(환경에너지세제과-612) 회신을 하였다.

(4) 기획재정부장관은 2010. 8. 25. 기획재정부 공고 제2010-179호로 증권거래세법 개정 법률안을 입법예고하면서, 세법 해석의 명확화를 위해 '중앙행정기관의 장이 기금 관리주체인 기금이 주권을 양도하는 것이 국가 등의 주권양도에 해당하지 않아 증권거래세가 과세되는 것임을 명확히 하는 것'이 증권거래세법 제6조 제1호 개정의 주요내용이라고 공고하였다.

(5) 원고는 원고보조참가인이 2010. 1.부터 2010. 2.까지 양도한 주권에 대한 증권거래세 0,000,000,000원 및 농어촌특별세 0,000,000,000원을 거래징수하여 납부한 후, 위 주권양도가 구 증권거래세법 제6조 제1호에서 정한 비과세 양도에 해당한다는 이유로 피고에게 경정청구를 하였으나, 피고가 2010. 6. 3. 위 경정청구를 거부하자 서울행정법원 2011구합10775호로 증권거래세등경정거부처분 취소소송을 제기하였다. 서울행정법원은 2011. 10. 21. 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였고, 이에 원고가 서울고등법원 2011누43036호로 항소하였는데, 서울고등법원은 2013. 1. 25. '제1심 판결을 취소하고, 피고가 2010. 6. 3. 원고에 대하여 한 증권거래세 0,000,000,000원 및 농어촌특별세 0,000,000,000원에 대한 경정거부처분을 취소한다.'는 판결을 선고하였다. 이에 피고가 대법원 2013두6497호로 상고하였으나, 대법원은 2013. 7. 11. 피고의 상고를 기각하는 판결을 선고하였고, 위 항소심판결은 그대로 확정되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4, 6, 9호증, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

위 인정사실 및 이 사건 변론에 나타나는 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때, 국민연금공단의 이 사건 주권양도는 증권거래세법 제6조 제1호에서 정한 '국가가 주권을 양도한 경우'에 해당한다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

(1) (가) 1978. 12. 5. 제정된 증권거래세법 제6조는 '비과세 양도'에 관하여 규정하면서, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 증권거래세를 부과하지 않는다고 규정하고, 제1호에서 '국가가 주권을 양도하는 경우'를 규정하였다. 위와 같은 규정이 계속 유지되다가 증권거래세법이 2010. 12. 27. 개정되어 2011. 1. 1.부터 시행되었는데, 위 개정 법률 제6조는 위와 같이 '비과세 양도'에 관하여 규정하면서, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 증권거래세를 부과하지 않는다고 규정하고, 제1호에서 '국가가 주권을 양도하는 경우. 다만,「국가재정법」별표 2에서 규정하는 법률에 따라 설치된 기금으로서 기금관리주체가 중앙행정기관의 장인 기금에서 취득한 주권을 양도하는 경우 및「우정사업 운영에 관한 특례법」제2조 제2호에 따른 우정사업총괄기관이 주권을 양도하는 경우는 제외한다.'고 규정하였다.

(나) 위와 같이 개정된 증권거래세법이 '국가가 주권을 양도하는 경우'를 비과세 양도로 규정하면서 그 단서에서 '기금관리주체가 중앙행정기관의 장인 기금에서 취득한 주권을 양도하는 경우'를 규정하고, 이와 같이 관리주체가 중앙행정기관의 장인 기금에서 취득한 주권을 양도하는 것은 중앙행정기관의 장이 국가의 기관으로서 양도하는 것임에 비추어 보면, '기금관리주체가 중앙행정기관의 장인 기금에서 취득한 주권을 양도하는 경우'는 본래 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당함을 전제로 하여 그 예외를 규정한 것이라고 할 것이다.

(다) 따라서 '기금관리주체가 중앙행정기관의 장인 기금에서 취득한 주권을 양도하는 경우'에 해당할 경우, 2011. 1. 1. 이전에는 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하여 비과세 양도이고, 2011. 1. 1.부터는 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하지만 예외적으로 비과세 양도가 아니라고 할 것이다.

(2) (가) 1986. 12. 31. 전문 개정된 국민연금법은, 보건사회부장관이 국민연금기금을 설치하고 이를 관리・운용한다고 규정하면서, 보건사회부장관은 국민연금기금의 관리・운용에 관한 업무의 일부를 국민연금관리공단에 위탁할 수 있다고 규정하였다. 이러한 규정은 증권거래세법이 위와 같이 2010. 12. 27. 개정되었을 당시까지 보건사회부장관이 보건복지부장관으로, 국민연금관리공단이 국민연금공단으로 변경된 것 이외에는 그대로 유지되었다. 그런데 이 사건 주권양도는 앞서 본 바와 같이 국민연금공단이 보건복지부장관으로부터 국민연금기금의 관리・운용에 관한 업무를 위탁받아 2010. 3.부터 2010. 12.까지 사이에 국민연금기금에서 취득한 주권을 증권시장에서 양도한 것이다. 그렇다면 이 사건 주권양도는 '기금관리주체가 중앙행정기관의 장인 기금에서 취득한 주권을 양도하는 경우'에 해당하므로, 앞서 본 바와 같이 2011. 1. 1. 이전에는 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하여 비과세 양도라고 할 것이다.

(나) 위 인정사실에 의하면, 재무부장관은 1993. 5. 31. 보건사회부장관에게 '국민연금관리공단이 국민연금법에 의하여 설치된 국민연금기금을 보건사회부로부터 위탁받아 관리・운용하는 경우 동 기금명의로 취득한 주권 등을 양도하는 것은 증권거래세법 제6조 제1호에서 규정하는 비과세양도에 해당한다.'고 유권해석(재소비 46450-74) 회신을 하였고, 과세관청은 위 회신에 따라 국가관리 공공기금에서 매입한 주권의 양도에 대해 증권거래세를 과세하지 아니하였는바, 위와 같은 재무부장관의 회신이나 과세관청의 비과세는, 2010. 3.부터 2010. 12.까지의 이 사건 주권양도가 앞서 본 바와 같이 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 해당하여 비과세 양도라고 보는 것에 부합한다.

(3) (가) 2001. 5. 24. 개정된 조세특례제한법 제117조 제1항은, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 증권거래세를 '면제'한다고 규정하면서, 제18호에서, '같은 법 제74조 제3항의 규정을 적용받는 기금이 매입한 주권을 증권시장 또는 전자증권중개거래를 통하여 양도하는 경우'를 규정하였다.

위와 같은 조세특례제한법 제74조 제3항은 기금관리 기본법 별표 2에서 규정하는 법률에 의하여 설립된 기금을 관리・운용하는 법인 중 대통령령이 정하는 비영리법인이 당해 기금에서 취득한 증권거래법에 의한 주권상장법인 및 협회등록법인의 주식을 2003. 12. 31. 이전에 종료하는 사업연도까지 양도함에 따라 소득이 발생한 경우 법인세법 제29조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 소득 전액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다는 규정이었다.

위 조세특례제한법 시행령 제70조 제4항은, 위 조세특례제한법 제74조 제3항에서 '대통령령으로 정하는 비영리법인'이란 국가재정법 별표 2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금 중 해당 법률에서 주식의 취득 및 양도가 허용된 기금을 관리・운용하는 비영리법인을 말한다고 규정하였다.

위와 같이 증권거래세를 '면제'한다고 규정한 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호는 일몰시한이 계속 연장되다가 2009. 12. 31. 일몰기한이 도래하여 2010. 1. 1. 이후부터는 시행되지 않게 되었다.

(나) 국민연금법은 앞서 본 바와 같이 '중앙행정기관의 장'인 보건복지부장관이 국민연금기금을 설치하고 이를 관리・운용한다고 규정하였다.

한편, 조세특례제한법이 위와 같이 2001. 5. 24. 개정되었을 당시 공무원연금법은 공무원연금관리공단을 '법인'으로 한다고 규정하면서, 그 공단이 공무원연금기금을 관리・운용한다고 규정하였다. 또한 위 개정 당시 사립학교 교직원 연금법은 사립학교교직원연금관리공단을 '법인'으로 한다고 규정하면서, 그 공단이 사립학교교직원연금기금을 관리・운용한다고 규정하였다. 그밖에도 개별 법률에서 '법인'이 기금을 관리・운용하도록 한 경우가 다수 있었다.

(다) 피고는 위와 같이 증권거래세를 '면제'한다고 규정한 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호에 관하여, 이는 국가관리기금이 매입한 주권의 양도가 증권거래세 비과세대상에 해당한다는 과세당국의 유권해석이 법규화된 것이고, 위 유권해석의 변경과 더불어 위 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호의 일몰시한이 경과한 2010. 1. 1.부터는 국민연금기금에 대해서도 증권거래세가 부과되고, 따라서 2010. 3.부터 2010. 12.까지의 이 사건 주권양도에 관하여는 증권거래세가 부과될 수 있다고 주장한다.

(라) 살피건대, 증권거래세법 제6조는 '비과세'에 관하여 규정하면서 증권거래세를 부과하지 않는다고 규정하였는데, 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호는 증권거래세를 '면제'한다고 규정하였다. '비과세'는 처음부터 과세대상에서 제외하는 것인 반면, 면제는 일단 과세대상에 포함되어 납세의무 자체는 성립하나 특별한 이유가 있는 경우 그 납세의무의 전부 또는 일부를 감면하는 것이다.

조세특례제한법 제117조 제1항 제18호와 같은 법 제74조 제3항은, 기금을 관리・운용하는 '비영리법인'이 양도하는 경우에 증권거래세를 면제한다고 규정하였다.

그런데 국민연금기금은 '중앙행정기관의 장'인 보건복지부장관이 관리・운용하는 것이 고, 국민연금공단은 보건복지부장관으로부터 위탁을 받은 지위에 불과한 반면, 공무원연금기금이나 사립학교교직원연금기금은 '법인'인 공단이 관리・운용하는 것이다.

그렇다면 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호는 기금을 관리・운용하는 주체가 '비영리법인'인 경우의 '면제'를 규정한 것이고, 기금을 관리・운용하는 주체가 중앙행정기관의 장인 경우의 '비과세'를 규정한 것은 아니어서, 증권거래세법 제6조가 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 '비과세'한다고 규정한 것이 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호에 의하여 규정내용이나 효력이 변경되거나 제한되는 것은 아니라고 할 것이다.

(마) 위 인정사실에 의하면, 재정경제부가 2002년에 발간한 '2001 간추린 개정 세법'은 2001. 5. 24. 개정된 위 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호에 관하여, 종전에는 기금관리 기본법상의 국가관리 공공기금에 대하여 비과세하고 민간관리 기금에 대하여 과세하였으나, 위 개정으로써 민간관리기금에 대하여 한시적으로 비과세하는 것이라고 해설하였다.

위 개정 당시 시행되던 기금관리 기본법은 법률에 의하여 기금을 관리・운용하는 자를 '기금관리주체'라고 규정하면서 '기금의 관리 또는 운용 업무를 위탁받은 자'는 기금관리주체에서 제외하였다.

위와 같은 사정에 비추어 보면, 위 해설의 취지는, 중앙행정기관의 장이관리・운용하는 기금은 종전과 같이 비과세 대상으로 하면서, 비영리법인이 관리・운영하는 기금은 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호에 의하여 새로이 비과세 대상으로 한다는 것이고, 이는 앞서 본 바와 같이 재무부장관이 1993. 5. 31. 보건사회부장관에게 회신하면서(재소비 46450-74) 국민연금공단이 국민연금법에 의하여 설치된 국민연금기금을 보건사회부로부터 위탁받아 관리・운용하는 경우 동 기금 명의로 취득한 주권 등을 양도하는 것은 증권거래세법 제6조 제1호에서 규정하는 비과세 양도에 해당한다고 회신한 것에 부합한다고 할 것이다. 위 해설은 또한, 앞서 본 바와 같이 증권거래세법 제6조가 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 '비과세'한다고 규정한 것이 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호에 의하여 규정내용이나 효력이 변경되거나 제한되는 것은 아니라고 할 것임에 부합한다고 할 것이다.

(바) 한편, 위 인정사실에 의하면, 기획재정부장관이 2009. 12. 29. 원고에게 회신하면서 위 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호가 2009. 12. 31.까지만 시행되어 2010. 1. 1.부터는 국민연금기금의 주권양도도 증권거래세 과세대상이 된다고 회신하였다.

그러나 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호는 앞서 본 바와 같이 증권거래세법 제6조가 '국가가 주권을 양도하는 경우'에 '비과세'한다고 규정한 것에 대하여 그 규정 내용을 변경하거나 효력을 제한하는 것이라고 볼 수 없다고 할 것이고, 위 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호가 일몰시한에 따라 2009. 12. 31.까지만 효력이유지되면 증권거래세법 제6조만이 시행되는 상태가 되는데, 그러한 상태에서 국민연금기금의 주권양도가 증권거래세 과세대상이 된다고 하면, 이는 재무부장관이 1993. 5. 31. 보건사회부장관에게 회신한 것과 배치되면서, 피고가 2001. 5. 24.까지 약 8년간 위 회신에 따라 국민연금공단의 주권양도에 대하여 비과세하였던 것에도 배치되며, 나아가 증권거래세법이 2010. 12. 27. 개정되어 비과세 양도로서 국가가 주권을 양도하는 경우를 규정하면서 그 예외로서 기금관리주체가 중앙행정기관의 장인 기금에서 취득한 주권을 양도하는 경우를 규정한 것과도 부합하지 않는다.

그렇다면 기획재정부장관의 위 2009. 12. 29.자 회신을 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호 및 증권거래세법 제6조의 해석에 관하여 그대로 수용하기는 어렵다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.