2018누66373 보조금교부결정 전부 취소처분 등 취소

A 대학교산학협력단

소송대리인 법무법인 새날로

담당변호사 이강훈

해양수산부장관

소송대리인 정부법무공단

담당변호사 서혜진

서울행정법원 2018. 9. 14. 선고 2017구합87746 판결

2019. 2. 27.

2019. 4. 17.

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 원고에게 한 2017. 9. 21.자 보조금교부결정 전부 취소처분 중 889,000,000원을 초과하는 부분 및 2017. 10. 27.자 보조금 반환명령 처분 중 889,083,512원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

2. 소송총비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한 2017. 9. 21.자 보조금교부결정 전부 취소처분 및 2017. 10, 27.자 보조금 반환명령 처분을 각 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 피고는 2014. 6. 20. 간척지를 활용한 친환경 양식기반의 구축을 위하여 'B사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다) 추진계획'을 공고하였다. 이 사건 사업의 주요 내용은 아래와 같다.

나. 원고는 2014. 7. 10. 피고에게 사업신청을 하였고, D영어조합법인(이하 '소외 법인'이라 한다)과 E영어조합법인을 참여자로 한 사업계획(이하 '이 사건 사업계획'이라 한다)을 제출하였다. 이 사건 사업계획의 주요 내용은 아래와 같다.

다. 피고는 원고를 포함한 사업신청자들의 사업계획 발표와 현장 실사 등을 거쳐 원고를 사업대상자로 선정한 다음 2014. 9. 24. 이를 원고에게 통보하였다. 그 후 원고의 요청에 따라 피고는 2015. 7. 7. 사업장소를 당초 안산시 소재 'F'에서 충남 태안군 소재 'G'으로, 사업기간을 당초 '2014. 10.부터 2017. 9.까지'에서 '2015. 7.부터 2018. 6. 까지'로 각 변경하였다.

라. 원고는 2015. 7. 27. 피고에게 국고보조금 8억 원의 지급을 청구하였고, 피고는 2015. 7. 28. 보조사업자인 원고에게 국고보조금 8억 원을 지급하기로 하는 내용의 국고보조금 교부결정(이하 '이 사건 1차 교부결정'이라 한다)을 하고, 국고보조금 8억 원을 원고에게 지급하였다. 피고는 이 사건 1차 교부결정을 하면서 보조금 교부조건(이하 '이 사건 교부조건'이라 한다)을 부가하였는데, 주요 내용은 아래와 같다.

마. 원고는 2015. 12. 9. 피고에게 국고보조금 2억 원의 지급을 청구하였고, 피고는 같은 날 보조사업자인 원고에게 국고보조금 2억 원을 지급하기로 하는 내용의 국고보조금 교부결정(이하 '이 사건 2차 교부결정'이라 한다)을 하고, 국고보조금 2억 원을 원고에게 지급하였다. 피고는 이 사건 2차 교부결정을 하면서 이 사건 교부조건을 부가하였다.

바. 원고는 피고의 요청에 따라 2017. 1. 23. 이 사건 사업 추진현황 및 검사 자료를 제출하였는데, 주요 내용은 아래와 같다.

사. 그 후 피고는 2017. 2. 13. 원고에게 '피고가 자부담금 집행 등 사업추진을 수차례 촉구하였음에도 원고가 이를 이행하지 않았다.'라는 이유로 보조금 관리에 관한 법률 제26조에 따라 이 사건 사업의 일시 정지를 통보하였다.

아. 원고는 2017. 3. 23. 피고에게 이 사건 사업의 참여자인 소외 법인과 E영어조합 법인 중 E영어조합법인을 제외하는 것으로 사업내용을 조정해 줄 것을 요청하였고, 피고는 2017. 6. 16. 이를 승인하였다.

자. 그 후 피고는 원고가 자부담금을 집행하지 않는 등으로 이 사건 교부조건을 위반하였다는 이유로 청문 및 사전통지 절차를 거친 후 2017. 9. 21. 원고에 대하여 이 사건 1, 2차 교부결정을 전부 취소하는 처분(이하 '이 사건 취소처분'이라 한다)을 하고, 2017. 10. 27. 보조금 관리에 관한 법률 제31조 제1항에 따라 원고에 대하여 기존에 지급된 보조금(이자 포함) 1,000,093,940원의 반환을 명하였다(이하 '이 사건 반환명 령'이라 한다). 한편 이 사건 취소처분의 처분사유는 아래와 같다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제2 내지 7, 15, 19 내지 23호증(이하 가지번호를 특정하는 경우 외에는 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 취소처분 및 반환명령의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 이 사건 취소처분 및 반환명령은 다음과 같은 이유로 처분사유가 존재하지 아니하여 위법하므로 취소되어야 한다.

가) 이 사건 사업계획에 의하면 소외 법인이 자부담금을 집행할 의무를 부담하고 원고는 국고보조금 및 자부담금의 집행을 관리·감독할 의무를 부담한다. 따라서 원고가 자부담금 집행의무를 위반하였음을 전제로 한 이 사건 제1, 3처분사유는 존재하지 않는다.

나) 원고는 소외 법인이 해삼종묘대금으로 자부담금을 집행하였는지를 확인하기 위하여 필요한 모든 조치를 다하였으므로 이 사건 교부조건을 위반한 것이라고 할 수 없다. 설령 소외 법인이 원고에게 제출한 증빙서류가 허위라고 하더라도, 허위의 증빙서류를 작성한 것은 소외 법인이고, 원고는 피고가 보조금 집행을 승인하여 이에 따라

집행하였을 뿐이므로, 원고에게 그 책임을 물을 수 없다. 따라서 이 사건 제2처분사유는 존재하지 않는다.

다) 이 사건 사업계획의 사업예산 중 '축제식 양식 생산비' 부분의 인건비 항목에 정규인력의 급여가 아닌 노무비가 포함되므로, 원고가 노무비를 자부담금(인건비)의 집행으로 인정하여 그 비율에 따라 보조금을 집행하더라도, 이 사건 교부조건을 위반한 것이라거나 이 사건 사업내용을 변경한 것이라고 할 수 없다. 따라서 이 사건 제4처분사유는 존재하지 않는다.

라) 소외 법인은 해삼과 새우의 복합양식 가능성 및 경제성 확보 여부를 시험하기 위하여 새우치어를 구입하여 입식하였고, 원고는 그 구입내역과 입식 경위를 확인하였다. 해삼과 새우의 복합양식은 축제식 해삼 양식모델을 개발하기 위한 하나의 방편이므로, 이 사건 사업계획의 사업예산 중 '일반관리비'에는 해삼 양식을 위한 새우치어 구입비가 포함된다. 그러므로 원고가 새우치어 구입비를 자부담금(일반관리비)의 집행으로 인정하여 그 비율에 따라 보조금을 집행하더라도, 이 사건 교부조건을 위반한 것이라거나 이 사건 사업내용을 변경한 것이라고 할 수 없다. 따라서 이 사건 제5처분 사유는 존재하지 않는다.

2) 이 사건 취소처분 및 반환명령은 다음과 같은 이유로 재량권을 일탈·남용하여 위법하므로 전부 또는 일부 취소되어야 한다.

가) 원고가 이 사건 사업에서 지급된 보조금을 원고를 위해 사용한 적이 전혀 없고, 보조금을 효율적이고 투명하게 집행하기 위해 가능한 모든 조치를 취하였으며, 피고가 처분사유로 삼은 이 사건 교부조건 위반은 모두 소외 법인의 행위로 인한 것이어서 원고는 이 사건 교부조건 위반에 대하여 아무런 책임이 없으므로, 원고에게 보조금 전액의 반환을 명하는 것은 지나치게 가혹하다.

나) 이 사건 사업계획에 의하면 국고보조금은 양식장 조성비로, 자부담금은 양식 및 관리비로 사용될 것이 예정되어 있었는데, 보조금 중 8억 원은 양식장 조성에 전부 사용되어 그 교부 목적을 달성하였으므로 보조금 반환을 명할 수 없다. 또한 원고와 피고는 자부담금 비율에 따라 보조금을 집행하기로 합의하였으므로, 이미 집행된 자부담금 비율에 따른 보조금에 대하여는 보조금 교부결정의 취소 및 그 반환을 명할 수 없다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 각 처분사유 존재 여부

가) 이 사건 제1, 3처분사유 존재여부 이 사건 사업계획상 운영관리 및 조사비(모니터링비)에 관한 자부담금이 집행되지 아니한 사실은 위 1.항에서 본 바와 같다. 그리고 앞서 본 사실과 갑 제3, 4, 17호증, 을 제2, 4, 5 내지 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 사업의 보조사업자는 원고이다. 따라서 피고와의 관계에서 자부담금 집행을 포함하여 이 사건 사업과 관련한 보조사업자의 의무는 모두 원고가 부담하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 소외 법인은 이 사건 사업의 사업대상자 자격이 없고, 원고와의 관계에서 내부적으로 시험양식을 공동으로 수행하는 지위에 있다.

(2) 원고가 자신의 명의로 이 사건 사업을 신청하였고, 피고도 보조사업자를 원고로 하여 원고에게 사업대상자 선정 통보를 하였다.

(3) 이 사건 사업계획 중 사업추진조직에 관한 부분에는, 원고가 사업을 총괄하고 소외 법인이 현장관리를 책임지는 것으로 되어 있다.

(4) 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 1, 2차 교부결정의 각 처분서에는 원고가 보조사업자로 기재되어 있다. 또한 원고는 자신의 명의로 피고에게 이 사건 사업에 따른 국고보조금 10억 원의 지급을 청구하였고, 피고도 국고보조금 10억 원을 모두 원고에게 지급하였다.

나) 이 사건 제2처분사유 존재여부

앞서 본 사실과 갑 제13, 15호증, 제27호증의 13, 을 제9, 15, 24, 25, 28 내지 31,35호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고는 소외 법인이 작성한 자부담금(해삼종묘대금) 집행에 관한 허위 증빙자료를 만연히 신뢰하여, 이 사건 사업계획에 따른 자부담금 5억 원의 집행이 인정되지 않음에도 그 비율에 따른 보조금을 집행하였다고 판단된다. 따라서 원고는 보조금을 이 사건 사업계획에 따라 효율적이고 투명하게 집행하여야 한다는 이 사건 교부조건을 위반하였고, 그 위반에 정당한 사유가 있다고 보기도 어려우므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 구 수산사업자금 집행관리 기본규정(2017. 11. 3. 해양수산부 훈령 제399호로 개정되기 전의 것, 이하 '이 사건 자금관리규정'이라 한다) 제4조 제5항에 의하면, 사업자금 및 자부담금을 집행하기 위하여는 사업자등록증소지자가 자필로 서명한 영수증 또는 세금계산서, 사업자등록증소지자의 은행통장사본 등 금융기관 거래자료, 기타 사업자등록증 소지자가 직접 작성한 증빙자료에 의하여 지출이 증명되어야 한다.

(2) 원고는 2015. 12.경 소외 법인이 자부담금(해삼종묘대금) 4억 9,500만 원을 집행하였음을 인정하고 그 비율에 따른 1차 보조금을 집행하였는데, 자부담금 집행 여부는 소외 법인 종묘입식 완료 보고(갑 제13호증의 1), 세금계산서(갑 제13호증의 2), 거래명세서(갑 제13호증의 3), I 사업자등록증(갑 제13호증의 4), 충남 태안군 H 입식신고서(갑 제13호증의 5), 충남 보령시 J 입찰가격(갑 제13호증의 6), 소외 법인 입금 확인 통장 사본(갑 제13호증의 7), 세금계산서 및 통장 현장 확인 사진을 통하여 확인하였다. 또 원고는 2016.8.경 소외 법인이 자부담금(해삼종묘대금) 500만 원을 집행하였음을 인정하고 그 비율에 따른 2차 보조금을 집행하였는데, 자부담금 집행 여부는 세무회계 L의 회계검증보고서(갑 제15호증)를 통하여 확인하였다.

(3) 피고는 원고가 위 1차 보조금을 집행한 후에 원고에게 보조금 집행의 근거자료를 요구하면서 자부담금 집행의 증빙자료로 '영수증, 세금계산서, 품의서 등의 자료나 회계법인 작성자료 중 택일하여 제출 하라는 취지로 안내(갑 제27호증의 13)하였다. 앞서 원고가 2차 보조금을 집행할 때 회계검증보고서만 검토한 것은 이러한 피고의 안내에 따른 것으로 보인다. 그런데 원고는 이 사건 자금관리규정 제4조 제5항의 내용을 알고 있었으므로, 원고와 피고 사이에서 '피고가 안내한 회계검증보고서'는 '위 규정이 명시한 자료를 검토한 뒤 작성된 회계검증보고서'라는 의미로 이해되었다고 봄이 타당하다.

(4) 피고는 2017. 7. 18.부터 원고가 제출한 자부담금 집행내역을 검토한 후, 원고가 누락한 자부담금 집행 증빙자료인 '해삼종묘 판매업체인 과 K이 해삼종묘대금을 입금 받은 통장사본 등 금융자료'의 제출을 요구하였으나, 원고가 이를 제출하지 못하였다.

(5) 1의 대표자 M는 피고에게 "이 2015. 7. 12. 소외 법인에 품목을 '해삼종묘'로, 공급가액을 '4억 9,500만 원'으로 하는 세금계산서를 발행한 사실은 있으나, 본인이 소외 법인으로부터 해삼종묘대금 4억 9,500만 원을 받은 적은 없고, 실제로 해삼종 묘를 소외 법인에 공급하였는지 여부는 동업자인 N과 관계된 일로 본인은 모른다."라는 취지로 진술하였고, 1의 현장소장인 N은 피고에게 '소외 법인의 대표자 이이 축제식 해삼양식장에 들어 있는 해삼을 2억 원에 인수하겠다고 하여 세금계산서를 발행해 준 사실이 있고, 이 소외 법인에 실제로 해삼종묘를 납품한 것은 아니며, 소외 법인으로부터 해삼종묘대금 4억 9,500만 원을 지급받은 사실이 없다.'라는 취지로 진술하였으 으며, 소외 법인은 피고에게 '해삼종묘 구입 영수증(4억 9,500만 원)은 실제 돈을 지급하고 받은 것이 아니'라고 통보하였다.

(6) 이 사건 사업의 자부담금 집행에 관한 회계검증보고서(갑 제15호증)를 작성한 세무회계 L의 대표자 P는 피고에게 '이 사건 사업의 사업계획을 본 적이 없고, 원고가 제출한 증빙자료를 토대로 장부를 작성하고 법인세신고를 대행하였을 뿐이고, 수산사업자금 집행관리 기본규정에 따른 증빙자료 검토는 하지 않았다.'라는 취지로 답 변하였다.

(7) 이 사건 사업계획에는 해삼의 종묘를 입식하는 것으로 예정되어 있음에도, 소외 법인은 위 N으로부터 인수한 해삼의 중간 육성묘를 입식하였고, 원고는 1차 보조금을 집행한 뒤인 2016. 3. 17. 피고에게 위 사실을 보고하였다. 그런데 이 사건 사업계획의 내용이 해삼의 중간 육성묘를 입식하는 것으로 변경되었음을 인정할 만한 증거가 없고, 피고는 2017. 2. 13. 원고의 보고에도 불구하고 원고에게 자부담금이 집행되지 않았음을 이유로 이 사건 사업의 일시 정지를 통보하였다. 그렇다면 원고와 피고 사이에 해삼 종묘 구입에 갈음하여 해삼의 중간 육성묘를 현물투자하기로 하는 데 대한 승인 내지 합의가 있었다고 볼 수 없다.

(8) 위 사정을 종합하면 원고가 제출한 증거들만으로는 소외 법인이 해삼종묘 대금으로 자부담금 5억 원을 집행하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

(9) 또한 피고와의 관계에서 이 사건 교부조건 위반 및 자부담금 집행여부에 대하여 책임을 부담하는 자는 이 사건 사업의 보조사업자인 원고인데, 원고가 이 사건 자금관리규정 제4조 제5항에 위반하여 소외 법인이 작성한 자부담금(해삼종묘대금) 집행에 관한 허위 증빙자료를 만연히 신뢰하고 국고보조금을 집행한 이상 위와 같이 이 사건 교부조건을 준수하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다.

다) 이 사건 제4처분사유 존재여부

앞서 본 사실과 갑 제15, 17호증, 을 제5, 15, 23호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 의하면, 원고가 2016. 8.경 노무비 5,100만 원을 자부담금(인건비)의 집행으로 인정하여 그 비율에 따라 보조금을 집행한 것이, 보조금을 이 사건 사업계획에 따라 효율적이고 투명하게 집행하여야 하는 이 사건 교부조건을 위반하거나 이 사건 사업내용을 변경한 것으로 보기에 부족하고, 달리처분사유의 존재에 대하여 입증책임이 있는 피고가 이를 입증할 만한 증거를 제출하지 못하는 바, 원고의 위 주장은 이유 있다.

(1) 이 사건 사업계획의 사업예산 중 '축제식 양식 생산비' 부분의 인건비 항목에 2억 4,000만 원의 예산 산출내역이 기재되어 있고, 원고는 이 사건 사업계획에 따라 사업을 진행할 의무가 있으므로, 인건비 2억 4,000만 원은 축제식 양식 생산을 위한 관리인 급여로 집행되어야 하고 이를 다른 용도로 전용할 수 없다.

(2) 보조사업 정산보고서 작성지침(2016. 7. 25. 기획재정부공고 제2016-132호로 제정된 것) 제3조 제3, 4호, 제6조 제2항, [별표1]에 의하면, 보조사업자가 보조비목 및 보조세목을 신설하거나 보조비목 간 전용 또는 사업계획서상의 보조비목 예산의 30%를 초과하는 보조세목 간의 전용을 하는 경우에는 중앙관서의 장 등의 승인을 받아야 한다. 인건비는 보조비목에 해당하고 그 세부항목인 보조세목에 정규직원에 대한 보수와 일용으로 고용하는 임시직에 대한 보수가 포함되어 있다. 위 작성지침은 보조 금 관리에 관한 법률 상 정산보고서를 작성할 때 기재하여야 하는 보조사업비의 항목 등을 정하고 있으므로, 이 사건 교부조건 '보조사업 수행시 1의 가항'을 해석할 때 고려되어야 한다.

(3) 이 사건 사업계획에 관리인의 고용형태를 정규직으로 할 것인지, 임시직 또는 일용직으로 할 것인지에 대한 정함이 없다. 설령 인건비 항목이 정규직 관리인 급여만을 의미하는 것이라고 하더라도, 이를 일용직 근로자에 대한 노무비로 전용하는 것은 위 작성지침에 의하면 보조세목 간 전용으로서 사업계획서상의 인건비 예산 2억 4,000만 원의 30%인 7,200만 원을 초과하지 않는 5,100만 원을 전용한 것에 불과하다. 따라서 이 사건 보조금 교부조건의 '보조사업 수행 시 1의 가항'의 '보조사업에 소요되는 경비의 배분을 변경하는 경우'에 해당하지 않는다.

(4) 피고는 노무비 5,100만 원이 양식장 시설공사에 투입된 일용직 근로자의 노무비이므로 인건비 2억 4,000만 원에 포함될 수 없다고 주장하나, 피고의 주장 사실을 인정할 만한 증거가 없다.

라) 이 사건 제5처분사유 존재여부

앞서 본 사실과 갑 제3, 17 내지 19호증, 을 제5, 15, 23호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 의하면, 원고가 새우치어 구입비를 자부담금(일반관리비)의 집행으로 인정하여 그 비율에 따라 보조금을 집행한 것은, 보조금을 이 사건 사업계획에 따라 효율적이고 투명하게 집행하여야 하는 이 사건 교부조건을 위반한 것이고, 이 사건 사업내용을 변경한 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 이 사건 사업계획의 사업예산 중 '축제식 양식 생산비' 부분의 직접 재료비(종묘구입비) 항목에 5억 원의 예산이 배정되어 있는 사실을 인정할 수 있다. 이 사건 사업의 목적은 축제식 해삼 양식모델을 개발하는 것이므로, 위 종묘구입비가 해삼종묘 구입비를 의미함에는 의문의 여지가 없다. 그렇다면 이 사건 사업예산 중 '축제식 양식 생산비' 부분의 간접비(관리운영, 공공요금, 일반관리, 소모성자재비) 항목에 배정된 예산 역시 해삼 생산을 위한 용도로만 사용되어야 한다.

(2) 이 사건 사업계획에는 해삼과 새우의 복합양식을 통한 경제성 확보에 관한 내용이 전혀 없는데, 소외 법인이 새우를 판매하여 수익을 확보할 목적으로 새우치어 구입비용으로 1,040만 원을 집행하였고, 원고는 이를 알고도 소외 법인이 축제식 양식 생산을 위한 일반관리비로 자부담금 1,000만 원을 집행한 것으로 인정하여 그 비율에 따른 국고보조금을 집행하였다. 결국 원고는 이 사건 사업 목적과 전혀 무관한 새우 양식에 관하여 자부담금 집행을 인정하였다.

(3) 피고가 공고한 이 사건 사업 추진계획과 원고가 피고에게 제출한 이 사건 사업계획에 해삼과 새우의 복합양식에 관한 내용이 전혀 없고, 사업예산 항목에도 새우치어 구입에 관한 내용이 전혀 없다. 그렇다면 해삼과 새우의 복합양식에 관한 비용을 예산에 포함시키는 것은 이 사건 사업계획의 내용을 변경하는 것이 된다.

마) 소결론

이 사건 제4처분사유는 존재하지 않으므로 이를 이유로 한 이 사건 취소처분 및 반환명령은 위법하다. 그러나 나머지 각 처분사유가 인정되며 원고가 그와 같이 이 사건 교부조건을 위반한 이상 이는 보조금 관리에 관한 법률 제30조 제1항 제2호의 보조금 교부결정 취소사유 및 제31조 제1항의 반환명령 사유에 해당한다고 할 것이므로, 이 사건 취소처분 및 반환명령은 적법하다.

2) 이 사건 취소처분 및 반환명령이 재량권 일탈·남용으로 위법한지 여부 가) 관련 법리

보조사업자가 허위의 신청이나 기타 부정한 방법으로 보조금의 교부를 받았음을 이유로 보조금 관리에 관한 법률 제30조 제1항 제3호에 따라 보조금의 교부결정을 취소함에 있어서 전부를 취소할 것인지 일부를 취소할 것인지 여부와 일부를 취소하는 경우 그 범위는 보조사업의 목적과 내용, 보조금을 교부받음에 있어서 부정한 방법을 취하게 된 동기, 보조금의 전체액수 중 부정한 방법으로 교부받은 보조금의 비율과 교부받은 보조금을 그 조건과 내용에 따라 사용한 비율 등을 종합하여 개별적으로 결정하여야 한다(대법원 2005. 1. 28. 선고 2002두11165 판결 참조).

이와 같은 법리는 보조금 관리에 관한 법률 제30조 제1항 제2호의 사유 '법령, 보조금 교부 결정의 내용 또는 법령에 따른 중앙관서의 장의 처분(이하 '법령 등'이라 한다)을 위반한 경우' 보조금 교부결정의 취소 범위를 정함에 있어서도 마찬가지로 적용된다고 할 것이다(다만, 아래 3)의 가)항에서 보는 바와 같이 일부 판단요소를 달리 하게 된다).

나) 구체적 판단

앞서 본 사실과 갑 제5, 11, 12호증, 제14호증의 1, 제16호증, 제27호증의 13,을 제9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 의하면, 이 사건 취소처분이 보조금 교부결정을 전부 취소하고 기존에 지급된 보조금 전액 및 그 이자의 반환을 명한 것은 재량권을 일탈·남용하여 위법하다.

(1) 앞서 본 바와 같이 ① 원고가 해삼종묘대금 5억 원을 자부담금 집행으로 인정하게 된 경위에 다소 참작할 바가 있는 점, ② 운영관리 및 조사비 1억 2,500만 원은 원고가 수차례 독촉하였음에도 불구하고 소외 법인이 전혀 지급하지 않았는데, 원고로서는 그 지급을 강제할 수단이 없다는 점, ③ 간접비(관리운영, 공공요금, 일반관리, 소모성 자재비)에 대하여는 피고가 새우치어비 1,000만 원 외에는 특별히 문제삼지 않고 있고, 일반관리비 3,100만 원은 이 사건 사업계획에 의하더라도 예산 범위 내에 포함된다는 점, ④) 노무비 5,100만 원을 자부담금 집행으로 인정한 것은 처분사유가 될 수 없다는 점, ⑤ 원고가 적극적인 부정행위를 저지른 것으로는 보이지 않으며, 피고에게 보조금을 집행하기 전과 후에 사업 진행 상황이나 자부담금 집행 여부 등을 나름대로 조사하여 보고하였다는 점, ⑥ 피고 역시 원고에게 보조금 집행 관리를 일임한 채 그 감독을 소홀히 하였으므로 보조금 부당집행에 대하여 어느 정도의 책임이 있다는 점 등을 고려하면, 원고에게 교부된 보조금 전액을 반환하라는 취지의 이 사건 취소처분 및 반환명령은 가혹하다고 판단된다.

(2) 이 사건 자금관리규정 제4조 제2항 제1호에 의하면 연간 사업비에 대한 자부담 비율이 20/100 이상이고 연간 자부담 금액이 2억 원 이상인 사업은 연간 자부담금의 50/100에 해당하는 금액을 사업에 착수할 때부터 우선 집행해야 하고 나머지 자부담금은 분할 집행해야 하는데, 이 사건 사업계획에 의하면 1차 년도 예산 17억 5,500만 원 중 자부담금이 10억 원으로 연간 사업비에 대한 자부담 비율이 20/100 이상이고 그 자부담금 중 5억 원은 1차 년도에 집행하기로 되어 있어 자부담금 중 50/100에 해당하는 금액이 사업에 착수할 때부터 집행될 것이 예정되어 있었고, 원고는 이 사건 사업을 진행하면서 소외 법인에게 보조금을 지급할 때 피고로부터 받은 보조금 전액을 일시에 지급하지 않고 소외 법인이 집행하였다고 주장하는 자기부담금 비율에 상응하는 액수의 국고보조금만 지급하였으며, 소외 법인이 실제로 집행하였다고 인정되는 자부담금이 존재하는바, 그에 상응하는 보조금의 집행까지 법령 등의 위반이라고 보기는 어렵다.

3) 이 사건 취소처분 및 반환명령의 각 취소 범위

가) 일부 취소 범위의 판단 요소보조사업자가 법령 등을 위반하였음을 이유로 보조금 관리에 관한 법률 제30조 제1항 제2호에 따라 보조금의 교부결정을 일부 취소하는 경우 그 범위는 보조사업의 목적과 내용, 법령 등을 위반하게 된 동기, 보조금의 전체액수 중 법령 등을 위반하여 교부받거나 집행한 비율 등을 종합하여 개별적으로 결정하여야 할 것이다.

나) 원고의 주장에 관한 판단

(1) 원고는 양식장 조성비로 사용된 8억 원의 보조금은 교부 목적을 달성하였으므로 반환을 명할 수 없다고 주장한다. 그러나 이 사건 사업의 목적은 축제식(간척지) 해삼 양식장의 조성이 아니라, 해삼 대량생산을 위한 양식모델을 개발하는 것으로, 그 목적을 달성하기 위해서는 원고가 양식장 환경에 따른 해삼의 성장 과정을 그 종묘 단계에서부터 모니터링하는 것이 필수적이었다. 그럼에도 소외 법인이 자부담금인 운영관리 및 조사비를 전혀 지급하지 않음에 따라 모니터링이 전혀 이루어지지 못하였고, 이로 인하여 이 사건 사업의 목적을 달성할 수 없게 되었으므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

(2) 원고는 다시, 원고와 피고는 자부담금 비율에 따라 보조금을 집행하기로 합의하였으므로, 이미 집행된 자부담금 비율에 따른 보조금에 대하여는 보조금 교부결정의 취소 및 그 반환을 명할 수 없다고 주장한다. 살피건대, 비록 이 사건 사업이 소기의 목적을 달성하지는 못하였으나, 소외 법인이 실제로 집행한 것으로 인정되는 자부담금이 존재함은 앞에서 본 바와 같은바, 원고가 그에 상응하는 보조금을 집행한 것은 정당하고 여기에 법령 등의 위반이 있다고 볼 수 없으므로, 피고는 이 부분 보조금을 제외한 나머지 부분에 한하여 보조금 결정을 취소하고 그 반환을 명할 수 있다고 봄이 타당하다.

다) 일부 취소 및 일부 반환명령의 범위

앞서 본 바에 따르면, 소외 법인이 자부담금을 집행하였다고 인정되는 금액은 1억 1,100만 원(= 인건비 8,000만 원 + 관리운영 · 공공요금 · 일반관리 · 소모성자재비 3,100만 원))이므로, 자부담금 집행률은 11.1%(= 1억 1,100만 원 : 10억 × 100)이다.

앞서 본 바와 같이 자부담금의 집행률에 따라 보조금을 집행한 것은 정당하다고 보아야 할 것이므로, 피고는 지급된 보조금 중 자부담금 집행액에 상응하는 1억 1,100만 원(= 보조금 10억 원 X 자부담금 집행률 0.111)을 공제한 나머지인 889,000,000원에 한하여 보조금교부결정을 취소할 수 있다고 봄이 타당하다.

이에 따라, 피고가 반환을 명할 수 있는 보조금의 범위도 위 교부결정 취소범위에 해당하는 보조금 889,000,000원 및 이에 대한 이자 83,512원[= 이 사건 반환명령상 이자 93,940원 × (1 - 자부담금 집행률 0.111), 원 미만 버림]합계 889,083,512원으로 제한된다고 보아야 한다.

라) 소결론

그러므로 이 사건 취소처분 중 889,000,000원을 초과하는 부분 및 이 사건 반환명령 중 889,083,512원을 초과하는 부분은 재량권을 일탈·남용한 것으로서 위법하여 취소되어야 하되, 위 각 처분 중 나머지 부분은 적법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지는 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 주문과 같이 변경한다.

재판장판사박형남

판사정재오.

판사이숙연

1) 원고가 2017. 1. 23. 피고에게 제출한 이 사건 사업 추진현황 및 검사 자료 중 2차 자기부담 인정액 중 인건비 및 일반관리비(위 1.의 바.항 표의 하단 기재)에 따른다.