조심2016중3686 (2017.05.12)

농어업경영체 등록을 하지 아니한 농민에게 판매한 사료는 영세율 적용대상이 아님

농어업경영체 등록을 하지 아니한 축산업자에게 판매한 동물용 사료의 경우 조세특례제한법상 영세율 적용대상이 아님

조세특례제한법 제105조부가가치세 영세율의 적용

2017구합67439 부가가치세부과처분취소

주식회사 ○○○

OO세무서장

2018. 5. 31.

2018. 6. 28.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 7. 14. 원고에 대하여 한 별지1 기재 부가가치세 합계 1,617,887,800원의 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1999. 10. 1. 설립된 법인으로 사료제조업 등을 영위하고 있다.

나. 원고는 2011년 제2기부터 2015년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 동물용 사료를 개인에게 공급하고, 구 조세특례제한법(2011년 제2기 내지 2014년 제2기의 거래에 관하여는 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 2015년 제1기 및 제2기의 거래에 관하여는 2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 통틀어 '조세특례제한법'이라 한다) 제105조 제1항 제5호 마목에 따라 영세율 적용대상 거래임을 전제로 세금계산서를 발급하고, 위 기간의 부가가치세를 신고하였다.

다. ○○지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 원고가 구 농어업경영체육성 및 지원에 관한 법률(2017. 3. 21. 법률 제14646호로 개정되기 전의 것, 이하 '농어업경영체법'이라 한다) 제4조 제1항에 따른 농어업경영정보를 등록하지 않은 농민(축산업자도 포함한다, 이하 같다)에게 공급한 동물용 사료 공급가액 11,185,266,329원은 영세율 적용대상이 아니라는 과세자료를 피고에게 통보하였다.

라. 위 과세자료를 통보받은 피고는 2016. 7. 14. 별지1 기재와 같이 2011년 제2기~2015년 제2기 부가가치세 합계 1,617,887,800원(가산세 포함)을 고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 행정심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2017. 5. 12. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 실질과세원칙 관련

다음과 같은 점들에 비추어 볼 때, 농어업경영체법 제4조 제1항에 따른 농어업경영정보등록을 하지 않았지만 실질적으로 축산업을 영위하는 농민인 개인에게 사료를공급하는 거래를 한 것이라면, 그러한 거래는 실질과세원칙상 조세특례제한법 제105조 제1항 제5호 마목에 따른 영세율 적용대상 거래로 보아야 하므로, 실제 축산업을 영위하는 농민인 개인과 원고 사이의 동물용 사료 거래(이하 '이 사건 거래'라 한다)는 영세율 적용대상 거래에 해당한다.

가)「농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정」제2조 제1항 제1호(이하 '이 사건 특례규정'이라 한다)에서 개인인 농민에 대한 사료 거래의 경우 농어업경영체법에 따른 농어업경영정보등록을 요구하는 것은 시행령상의 절차적 협력의무에 불과하고 조세특례제한법 제105조 제1항 제5호 마목에 따른 영세율 적용을 위하여 반드시 필요한 절차적 요건이라고 볼 수 없으므로, 농어업경영정보등록을 하지 않았다는 이유로 영세율 적용 자체를 배제하는 것은 타당하지 않다.

나) 일시적으로 농업에 종사하는 개인에 대한 거래에는 영세율을 적용하지 않기 위하여 개인 농민의 경우 농어업경영정보를 등록한 자에 대한 거래에 한하여 영세율을 적용하도록 한 것이 이 사건 특례규정의 개정 취지인데, 축산업의 경우 가축들에 대한 계속적인 관리가 필요한 특성상 일시적인 영위가 불가능할 뿐 아니라 개인 축산업자에게 공급되는 사료가 사료 이외의 다른 용도로 전환되는 것도 거의 불가능하므로, 개인축산업자에게 공급되는 사료에 대해서 영세율을 적용하더라도 이 사건 특례규정의 개정 취지가 훼손되지 않는다.

다) 부가가치세 면세 대상인 축산물의 거래구조상 이 사건 거래에 대하여 부가가치세가 부과될 경우 왜곡효과가 발생하여 축산물을 면세로 규정한 부가가치세법의 취지에 반하게 되고, 이 사건 거래에 대하여 영세율을 적용하더라도 국가 세수에 손실이 발생하거나 원고가 특혜를 누리는 것이 아니다.

2) 헌법 위반 관련

이 사건 특례규정을 이 사건 거래에 영세율이 적용되지 않는다는 취지로 해석하는 것은 다음과 같은 헌법상 원칙에 위배되어 무효이다. 따라서 이 사건 특례규정에 대한 위와 같은 해석에 근거한 이 사건 처분은 위법하다.

가) 모법의 입법취지와 위임 범위를 벗어나 조세법률주의에 위배된다.

나) 합리적인 이유 없이 개인 농민을 개인 어민 및 임업인과 차별하여 평등의 원

칙에 위배된다.

다) 과세관청에서 다른 방법(축산업 허가 또는 등록)을 통하여 충분히 확인할 수 있는 정보를 농어업경영정보로 다시 등록할 것을 요구하면서 이를 이행하지 않으면 영세율 적용을 배제함으로써 과도한 납세협력의무를 부과하여 과잉금지의 원칙에 위배된다.

3) 구 조세특례제한법 제105조 제2항 위반 관련

설령 이 사건 거래가 영세율 적용대상 거래에 해당하지 않는다고 보더라도, 이 사건 거래와 관련한 부가가치세액은 조세특례제한법 제105조 제2항(이하 '이 사건 추징조항'이라 한다)에 따라 원고가 아니라 원고로부터 사료를 '공급받은 자'들부터 추징되어야 한다. 그러나 이 사건 처분은 '공급하는 자'에 해당하는 원고를 상대로 이루어진 처분이므로, 이 사건 추징조항에 위반하여 위법하다.

나. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

다. 판단

1) 실질과세원칙 관련 주장

가) 조세특례제한법 제105조 제1항은 일정한 시기까지의 재화 또는 용역의 공급에 대하여 한시적으로 부가가치세 영세율을 인정하고 있는데, 제5호 마목은 대통령령으로 정하는 농민에게 사료관리법에 따른 사료를 공급하는 거래에 대한 부가가치세의 경우에 영의 세율이 적용되는 것으로 규정하고 있다. 이와 같은 법률의 위임에 따라 이 사건 특례규정은 '조세특례제한법 제105조 제1항 제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민이란 통계법 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류상의 농업 중 작물재배업ㆍ축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다'고 규정하면서, 위 농민 중 개인인 경우에 관하여 '농어업경영체법 제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록한 자만 해당한다'고 정하고 있다.

원고는 위와 같은 내용의 이 사건 특례규정이 단지 절차적 협력의무에 불과하다는 주장의 근거로, 대법원 2002. 4. 12. 선고 2001두731 판결을 들고 있다. 그러나 위 판결은 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제67조의8 제1항에서 규정한 증여세 면제와 관련하여, 같은 법 시행령에서 세액면제신청서를 증여자 주소지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정한 것은 수증자로 하여금 협력의무를 부과한 것에 불과하고 면제요건에 해당하는 것은 아니라는 취지의 판결로서, 영세율 적용대상 거래의 범위를 거래 상대방 측면에서 한정함으로써 영세율 적용요건을 정하는 내용의 이 사건 특례규정에 대하여는 적용될 수 없다.

나) 구「농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정」(2010. 12. 30. 대통령령 제22575호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제1호(이하 '구 특례규정'이라 한다)는 앞서 본 이 사건 특례규정과는달리 농어업경영체법 제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록한 자로 농민에 해당하는 개인의 범위를 제한하고 있지 않았다. 그 후 2010. 12. 30. '부가가치세 영세율이 적용되는 농업용 기자재 및 면세유의 공급 대상 농민의 범위를 농어업경영정보를 등록한 자로 한정하여 일시적으로 농업에 종사하는 자에게 면세유 등이 공급되는 사례를 방지하겠다'는 이유로 구 특례규정이 개정되면서 이 사건 특례규정과 같이 부가가치세 영세율이 적용되는 개인 농민의 범위가 농어업경영정보를 등록한 자로 한정되었다.

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조). 또한, 부가가치세제에서 영세율 적용은 이중과세를 방지하기 위하여 원칙적으로 수출의 경우에만 인정되고, 국내의 공급소비에 대하여는 부가가치세의 징수질서를 해하지 않는 범위 내에서 국가정책상의 목적에 부합되는 경우에만 법령이 정하는 바에 따라 예외적ㆍ제한적으로 인정되므로, 영세율을 적용하는 관계 법령은 엄격히 해석하여야 한다(대법원 2011. 5. 26. 선고 2011두2774 판결 등 참조).

원고와 이 사건 거래를 한 상대방이 이 사건 특례규정에서 영세율 적용요건으로

규정된 농어업경영정보를 등록한 사실이 없음은 당사자 사이에 다툼이 없는데, 위에서 본 법리와 이 사건 특례규정을 비롯한 관계 법령의 내용 및 취지 등에 비추어 보면, 설령 원고의 주장과 같이 이 사건 거래의 상대방이 일시적으로 농업에 종사하는 자에 해당하지 않는다고 하더라도, 농어업경영체법 제4조 제1항에 따른 농어업경영정보를 등록한 사실이 없는 상대방과의 이 사건 거래를 조세특례제한법 제105조 제1항 제5호 마목이 정하는 영세율 적용대상 거래로 확장 내지 유추하여 해석할 경우, 부가가치세제에서 예외적ㆍ제한적으로 이루어져야 하는 영세율 적용과 관련하여 영세율 적용대상 거래의 범위를 농어업경영정보 등록이라는 명확한 기준에 의하여 설정함으로써 조세감면요건을 제한하고자 하는 이 사건 특례규정의 개정 취지가 형해화하여 조세공평의 원칙을 해할 우려가 있다. 따라서 그와 같은 해석은 허용될 수 없고, 이 사건 특례규정의 문언에 따라 농어업경영정보를 등록한 개인 농민에 대한 거래에 한하여 영세율 적용대상이 된다고 보아야 한다.

다) 면세업자의 경우 자신이 공급한 재화 또는 용역에 대한 부가가치세를 납부할 의무가 면제되어 매출세액이 발생하지 않는 반면(부가가치세법 제26조 제1항), 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급받는 경우에는 거래상대방으로부터 부가가치세를 거래징수 당하고 이는 매입세액으로 환급받지 못하게 된다(부가가치세법 제39조 제1항 제1호). 따라서 위와 같이 농어업경영정보를 등록하지 않은 개인 농민에 대한 거래에 영세율이 적용되지 않는다고 보는 이상, 그 개인이 자신이 공급받은 재화에 대하여 부가가치세를 거래징수 당하고 이를 환급받지 못하는 것은 부가가치세법의 면세 제도 취지에 부합하는 결과이다.

한편 영세업자에 해당하는 경우 매출세액 산출시 영의 세율이 적용되어 매출세액역시 영이 됨으로써 재화 또는 용역을 구입할 때 부담한 매입세액을 전액 환급받게 되므로, 영세업자에 해당하지 않는 원고에 대하여 영세율이 적용될 경우에는 당초 정당하게 부과ㆍ징수되었어야 할 매출세액만큼 국가의 세수가 감소하는 결과가 초래되고, 원고로서는 사실상 위 매출세액만큼 인하된 가격으로 농민과 거래할 수 있어 영세율이 적용되지 않는 경우에 비하여 가격경쟁력 측면에서 이익을 누리게 된다.

2) 헌법 위반 관련 주장

가) 이 사건 특례규정은 조세특례제한법 제105조 제1항 제5호의 위임에 따라, 농민의 농업경영정보 등에 관하여 객관적이고도 명확하게 확인할 수 있는 '농어업경영체법 제4조 제1항에 따른 농어업경영정보 등록'을 영세율 적용대상 요건에 해당하는 개인 농민의 기준으로 정하고 있으므로, 이를 모법의 위임범위에서 벗어난 것이라 할 수 없어 헌법상 조세법률주의에 위배되지 않는다.

나) 또한, 부가가치세제에서 영세율 적용은 예외적ㆍ제한적으로 허용되는 것인 점, 이 사건 특례규정은 스스로 농업경영에 관한 정보를 제공하고 지원사업의 혜택을받고자 하는 농민에 대하여만 영세율 적용 등 지원 내지 혜택을 제공하겠다는 정책적인 취지를 가지고 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 특례규정이 농어업경영정보를 등록한 농민과 등록하지 않은 농민 또는 개인 농민과 개인 어민 및 임업인을 구별하여 영세율의 적용 여부를 정한 것이 합리적인 이유가 없는 차별이라고 볼 수 없으므로, 헌법상 평등의 원칙에도 위배되지 않는다.

다) 축산업 허가 또는 등록제도의 목적이 가축질병의 예방과 축산물의 위생관리강화인 것에 반하여, 농어업경영정보등록제도의 목적은 농어업경영정보를 기초로 한효율적인 농어업정책의 추진과 맞춤형 지원을 통한 농어업 경쟁력의 확보로서, 경제적 측면에서의 지원을 통하여 농어촌 발전을 도모한다는 점에서 농어촌에 대한 세제상 지원을 목적으로 하는 부가가치세 영세율 제도와 그 목적이유사하다. 또한, 이미 축산업허가 또는 등록을 받은 개인이 부가가치세 영세율 적용대상 농민에 해당하기 위하여 구 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령(2017. 9. 19 대통령령 제28309호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제1호, [별표 1]에 규정된 농업경영 관련 정보를 등록하여야 하는 의무를 부담하게 되는 불이익 또는 농어업경영정보를 등록하지 않아 부가가치세 영세율 적용을 받지 못하는 불이익이 부가가치세 영세율 적용요건을 명확히 하여 조세공평의 이념을 실현하는 공익에 비하여 현저하게 크다고 볼 수 없다. 따라서 부가가치세 영세율 적용요건으로 개인 농민에 대하여 농어업경영정보등록을 요구하는 이 사건 특례규정은 헌법상 과잉금지의 원칙에도 위배되지 않는다.

3) 이 사건 추징조항 위반 관련 주장

이 사건 추징조항은 '관할 세무서장은 조세특례제한법 제105조 제1항 제5호 각목 외의 부분에 따른 농민에 해당하지 아니하는 자가 같은 호 라목 및 마목에 따른 축산업용 기자재 및 사료를 부정하게 부가가치세 영의 세율을 적용하여 공급받은 경우에는 그 축산업용 기자재 등을 공급받은 자로부터 그 축산업용 기자재 등의 공급가액의 100분의 10에 해당하는 부가가치세액과 그 세액의 100분의 10에 해당하는 금액의 가산세를 추징한다'고 규정하고 있다.

위 규정의 취지는 조세특례제한법 제105조 제1항 제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민에 해당하지 않는 자가 부정한 방법을 사용하여 영세율을 적용받은 경우 곧바로 공급받은 자에게 부가가치세를 부과함으로써 부가가치세의 탈루를 방지하는 데에 있다. 따라서 '부정하게 영세율을 적용하여 공급받은 경우'에 해당하려면, 공급받은 자가 영세율을 적용받을 수 없음에도 영세율을 적용한 세금계산서를 발급받는다는 인식 외에 이러한 행위를 통해 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 인식을 가지고, 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 영세율을 적용받는 것을 의미한다고 해석함이 타당하다(대법원 2013.11. 28. 선고 2013두12362 판결, 대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결 등 참조). 그런데 원고로부터 사료를 공급받은 이 사건 거래의 상대방이 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 인식을 가지고 허위의 사실을 작출하는 등 적극적인 부정행위를 하여 영세율을 적용받았다는 사실을 인정할 만한 증거가 없다.

4) 소결론

따라서 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 위 각 주장은 모두 받아들이지 않는다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.