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주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 2004. 3. 25. 설립된 법인으로 사료제조 및 판매업을 영위하고 있다.
나. 원고는 2011년 제2기 내지 2013년 제2기 부가가치세 과세기간 중 개인사업자인 A(상호: B)에게 공급가액 총 합계 9,402,276,550원의, C(상호: D)에게 공급가액 총 합계 285,374,200원의 배합사료를 공급하면서 위 각 공급거래가 구 조세특례제한법(2011년 제2기의 거래에 관하여는 2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 2012년 제1기 내지 2013년 제2기의 거래에 관하여는 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 통틀어 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제105조 제1항 제5호 마목에 따라 영세율 적용대상 거래임을 전제로 세금계산서를 발급하고, 위 기간의 부가가치세를 신고하였다.
다. 한편, 피고는 위 A 및 C이 농업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(이하 ‘농어업경영체법’이라 한다) 제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록한 자가 아니어서 이들에 대한 각 배합사료 공급거래가 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제5호 마목에 따른 영세율 적용대상 거래에 해당되지 않는다고 보아 2014. 5. 9. 원고에 대하여 2011년 제2기 귀속 부가가치세 360,690,400원(가산세 포함), 2012년 제1기 귀속 부가가치세 402,313,680원(가산세 포함), 2012년 제2기 귀속 부가가치세 222,178,490원(가산세 포함), 2013년 제1기 귀속 부가가치세 179,748,050원(가산세 포함), 2013년 제2기 귀속 부가가치세 163,743,960원(가산세 포함)의 각 부과처분을 하였다. 라.
원고는 이의신청을 거쳐 2014. 11. 21. 조세심판원장에게 심판청구를 하였고, 조세심판원장은 2015. 8. 24. 원고와 A과의 거래(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)에 관하여는 원고의 심판청구를 기각하는 한편, 원고와 C과의 거래에 관하여는...