조심2010중1353 (2011.04.21)

연구개발비 세액공제가 적용되는 연구개발비의 범위에 있어 '종업원'에 '임원'이 포함됨

조세특례제한법령에서의 종업원, 근로자 또는 직원은 원칙적으로 임원을 포함하는 개념임을 전제로 개별 규정에서 그 입법취지 등을 고려하여 주주인 임원을 제외하는 것이 타당한 경우에는 명시적으로 임원을 제외하도록 규정하고 있다고 봄이 상당하므로 연구개발비 세액공제가 적용되는 연구개발비의 범위에 있어 '종업원'에 '임원'이 포함됨

2011구합10134 법인세부과처분취소

AA기술개발 주식회사

동안양세무서장

2012. 1. 20.

2012. 2. 3.

1. 피고가 2010. 1. 11. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 법인세 239,902,650원 및 2007 년 귀속 법인세 486,687,360원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담하다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 조경공사 시공・설계업 등을 영위하는 내국법인인데, 원고의 최대주주 (30.1%)이자 등기이사인 최BB은 2006 및 2007 사업연도에 원고에게 '법면보호네트의 시공방법(특허번호 제190840호) 등' 자신이 가진 8개의 특허권에 대한 전용실시권을 설정하여 주고, 원고로부터 2006 사업연도에 367,807,830원, 2007 사업연도에 998,239,000원의 직무발명 보상금(이하 '이 사건 보상금'이라 한다)을 수령하였다.

나. 이에 원고는 2006, 2007 각 사업연도 법인세를 신고하면서 이 사건 보상금을 각 구 조세특례제한법(2006.12.30.법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 '제l조세특례제한법' 이라 한다) 제10조, 구 조세특례제한법(2007.12.31.법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 '제2조세특례제한법'이라 한다) 제10조에서 정한 '연구 및 인력개발비'로 보고 위 각 과세연도 이전 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 연구 및 인력개발비로 계상하여 세액공제를 신청하였 다.

다. 중부지방국세청장은 2009. 10. 1.부터 10. 31.까지 전국 인력개발비 세액공제 관련 사후관리를 통하여 이 사건 보상금은 종업원 아닌 임원에게 지급되어 세액공제 대 상이 아닌 것으로 확인하여 관련 세액을 추정하도록 2009. 12. 31. 피고에게 과세자료를 통보하였다.

라. 이에 피고는 2010. 1. 11. 이 사건 보상금은 종업원이 아닌 임원에게 지급한 것 이어서 위 각 제1,2조세특례제한법 제10조, 구 조세특례제한법 시행령(2008.10.7.대통령령 제 21064호로 개정되기 전의 것) 제9조 [별표6] 제1호 (라)목(이하 '이 사건 규정'이라 한 다) 소정의 직무발명 보상금에 해당하지 않는다는 이유로 세액공제를 부인하고 원고에 게 2006년 귀속 법인세 239,902,650원 및 2007년 귀속 법인세 486,687,360원(각 가산 세 포함)을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세섬판원에 심판청구를 하였으나 2011. 4. 21. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1・2, 갑 제3호증(을 제3호증과 같다), 을 제1호증의 1・2, 을 제2, 4호증, 을 제5호증의 1・2, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

첫째, 제1, 2조세특례제한법 제10조 및 이 사건 규정 소정의 '종업원'은 '임원'을 포함하는 개념으로 해석함이 상당하므로, 이에 반하는 이 사건 처분은 위법하다. 둘째, 원고는 국세청장의 2006. 9. 26. 원고에 대한 직접적인 공적 견해표명인 질의회신(서면1팀-1356)을 신뢰하여 그에 따라 2006 및 2007 사업연도 법인세 신고를 하면서 이 사건 보상금에 대하여 세액공제를 하였던 것이고, 원고가 이와 같이 신뢰한데 어떠한 귀책사유도 없으므로, 국세청장이 2009. 11. 10.에 이르러 한 위와 같은 공적 견해표명에 반하는 해석(법인세과-1255)에 근거한 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위배되는 것으로서 위법하다. 셋째, 원고가 법인세를 제때 납부할 수 없었던 것도 위와 같은 국세청장의 2006. 9. 26.자 질의회신 내용을 믿었기 때문으로 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 가사 이 사건 처분 중 본세의 부과처분이 정당하다고 하더라도 그 미납부 가산세의 부과처분은 위법하다.

(2) 피고의 주장

① 조세특례제한법 제96조 제2항에서 '종업원이 임원으로 취임한 경우 등'이라고, 구 조세특례제한법 시행규칙(2011. 4. 7.기획재정부령 제204호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항에서 "상시 사용하는 종업원 수1라 함은 당해 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자[주주인 임원(이하 생략)을 제외한다] 수로 한다 고, 구 발명진흥법 (2010.1. 27.법률 제9986호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2호에서 '직무발명'의 대상자를 '종업원, 법인의 임원 또는 공무원'으로 구분하여 각 규정함으로써 모두 '종업원'과 '임원'의 개념을 구별하여 사용하고 있는 점, ② 또한 이 사건 규정이 2008. 10. 7. 대통령령 21064호로 개정되면서 '종업원 외의 자'라는 문언이 추가됨으로써 바로소 세액공제를 받을 수 있는 범위에 '임원'이 포함된 점 등에 비추어 이 사건 규정의 종업원에는 임원이 포함되지 않는다고 해석하여야 한다. 따라서 이 사건 처분은 적법 하다.

나. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 1. 17. 선고 2007두11139 판결 등 참조).

(2) 구 조세특례제한법(2010.1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 '제3 특조법'이라 한다) 제2조 제l항 제l호에서 소득세법에 의한 거주자에 대하여 조세특례제한법이 적용된다고 선언하면서 제2항에서 제1항에서 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법 에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조 제l항 제1호 내지 제19호에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 의한다고 규정하고 있는데, 제l항에는 종합원의 정의 규정이 없으며, 제3조 제1항에서는 이 볍 또는 국세기본법 및 조약과 소득세법(제1호), 법인세법(제2호), 지방세법(제12호)에 의하지 아니하면 조세특례를 정할 수 없다고 규정하고 있다

(3) 우선, 조세특례제한법령에서 종업원과 임원을 대비하여 사용한 규정은, ① 제3 조세특례제한법 제94조 제1항 제1호에서 '무주택종업원(출자자인 임원을 제외한다)에게 임대하기 위한 국민주택'라는 규정, ② 구 조세특례제한법 시행령(2008.2.22.대통령령 제 20620호로 개정되기 전의 것) 제13조 제8항에서 '법 제15조 제1항 ・ 제2항 및 제4항에 따른 종업원등에는 임원을 포함하되, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 다'와 제117조의2 제11항에서 "법 제122조의2 제9항 제5호에서 '상시 사용하는 종업원 수'라 함은 당해 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자[주주인 임원(이하 생략)을 제외한다] 수로서 과세연도의 매윌 말일 현재 인원수를 합하여 해당 월수로 나눈 인원수를 기준으로 하여 계산한다 라는 규정, ③ 구 조세특례제한법 시행규칙(2011. 4. 7.기획재정부령 제204호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항에서 "영 제2조 제1항 각 호 외 의 부분 단서 및 동항 제1호에서 '상시 사용하는 종업원수'라 함은 당해 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자[주주인 임원(이하 생략)을 제외한다] 수로 한다.(후문 생략) 및 구 조세특례제한법 시행규칙(2007.3.30.부령 제548호로 개정되기 전의 것) 제6조 제2항에서 "영 제8조 제3항의 규정에 의한 [별표 5]의 1 의 (가)목 ①에서 1전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자'라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구엽무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로 서 영 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다 라는 규정을 들 수 있다. 위 각 규정의 문언내용 및 체계 등에 비추어 보면, 위 각 조세특례제한법령에서 의 종업원, 근로자 또는 직원은 원칙적으로 임원을 포함하는 개념임을 전제로, 개별 규정에서 그 입법취지 등을 고려하여 주주인 임원을 제외하는 것이 타당한 경우에는 위 각 규정과 같이 명시적으로 임원을 제외하도록 규정하고 있다고 봄이 상당하다(다만, 조세특례제한법 제96조 제2항 "제1항에도 불구하고 종업원이 임원으로 취임한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항을 적용하지 아나한다 고 규정하여 '임원'을 '종업원'과 별개의 개념으로 보고 있으나, 이는 2009. 3. 25. 법률 제9512호로 개정시 신설된 조항으로 2007. 12. 31. 이전에 과세요건이 완성된 이 사건 처분의 적법 여부 에 대한 근거로는 삼기 어렵다고 할 것이다).

(4) 다음으로 제3조세특례제한법 제2조 제2항에 따라 제3조 제1항 제1・2호의 소득세법령과 법인세법령에서 종업원과 임원을 대비하여 사용한 규정은 ① 구 소득세법 시행령 (2007.2.28.대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것), 구 소득세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것) 각 제38조 제1항 제6호에서 "주택을 제 공받음으로써 얻는 이익. 다만, 주주 또는 출자자가 아닌 임원(괄호 생략)과 임원이 아 닌 종업원(괄호 생략) 및 국가・지방자치단체로부터 근로소득을 지급 받는 자가 재정경 제부령이 정하는 사택을 제공받는 경우를 제외한다 와 같은 항 제17호에서 "법인의 임원 또는 종업원이 당해 법인 또는 당해 법인과 「법인세법 시행령」 제87조의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 '당해 법인등'이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 당해 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(괄호 생략) 이라는 규정, ② 구 소득세법 시행규칙(2008.4.29.부령 제15호로 개정되기 전의 것) 제15조의2 제1항에서 "영 제38조 제1항 제6호 단서에서 '재정경제부령이 정하는 사택'이라 함은 사용자가 소유하고 있는 주택을 동조 통항 동호 단서의 규정에 의한 종업원 및 임원(이하 이 조에서 '종업원등'이라 한다)에게 무상 또는 저가로 제공하거 나, 사용자가 직접 임차하여 종업원등에게 무상으로 제공하는 주택을 말한다 와 구 소 득세법 시행규칙(2007.4.17.부령 제554호로 개정되기 전의 것), 구 소득세법 시행규칙(2010.4.30.부령 제154호로 개정되기 전의 것) 각 제17조 제1호에서 '종업원이 임원으로 취임한 경우'라는 규정 등이고, 법인세법령에서는 종업원과 임원을 대비하여 사용한 규정은 없는 것으로 보인다. 위 각 소득세법령의 규정내용 및 체계 등에 비추어 보면, 소득세법령은 종업원과 임원을 엄격하게 구분하여 사용하고 있지는 않으나('임원 아닌 종업원', '임원 또는 종업원', '종업원 및 임원', '종업원이 임원으로 취임한 경우'), 임원을 종업원에서 배제 하는 규정은 없을 뿐 아니라 오히려 종업원과 임원을 사용자에 대비한 피사용자 개념 에 함께 포함하고 있어 위 각 법령의 문언만으로는 이 사건 규정의 '종업원'에 '임원'이 포함되지 않는다고 단정하가 어렵다. 한편, 구 소득세법(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제12조 제 5호 (라)목은 '종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여 사용자로부터 받는 보상금'을 소득세를 과세하지 아니하는 기타소득으로 규정하고 있고 위 규정의 '종업원'은 법인세법 시행령 제43조 제6항에 규정된 '임원'을 포함하는 것으로 해석되는바(과세관청의 행정해석례도 마찬가지이다, 서면1팀-396, 2004. 3. 16 등 참조), 같은 맥락에서 볼 때 '당해 기업이 그 종업원에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액'을 연구・인력개발비로 보아 해당 과세연도의 법인세에서 공제토록 하는 취지의 이 사건 규정의 '종업원'에도 '임원'이 포함되는 것으로 해석함이 타당하다[따라서 피고가 구 발명진흥법 제2조 제2호에서 '종업원'과 '임원'의 개념을 구별하여 사용하고 있다는 점을 그 주장의 근거로 틀고 있으나, 이와 같이 구 발명진흥법 제2조 제2호가 원용되는 소득세법상 비과세 기타소득에서 '종업원'의 개념에 '임원'을 포함시키고 있는 것과는 모순된다는 점에서 그대로 받아들일 수 없는 것이다].

(5) 나아가 제3조세특례제한법 제2조 제2항에 따라 제3조 제1항 제12호의 지방세법령에서 종업원과 임원을 대비하여 사용한 규정은, 구 지방세법(2010.1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제243조 제6항에서 "'종업원'이라 함은 사업소에 근무하거나 사업소로부터 급여를 지급받은 임원・직원 기타 종사자로서 대통령령으로 정하는 자를 말한 다 라고 규정하고 있고, 구 지방세법 시행령(2008.2.29.대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제204조 제1항에서 "법 제243조 제6호에서 '임원・직원 기타 종사자로서 대통령령으로 정하는 자'라 함은 제203조의 규정에 의한 급여의 지급여부에 불구하고 사엽주 또는 그 위임을 받은 자와의 계약에 의하여 당해 사업에 종사하는 자를 말한다.(단서 생략) 라고 규정하고 있는데, 위 지방세법령에 의하면 '종업원'의 개념에 '임 원'이 포함된다고 할 수 있다.

(6) 한편, 이 사건 규정이 2008. 10. 7. 법률 제21064호로 개정되면서 '당해 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액'으로 개정되어

1종업원'과 '종업원 외의 자'를 구별하여 사용하고 있으나, 그 개정취지는 세액공제의 범위를 합리적으로 조정하면서, 국제경쟁력 강화를 위해 직무발명을 활성화하고 적극 장려하기 위한 것인 점, 이와 같은 연구개발에 대한 투자촉진 및 활성화의 일환으로 이마 소득세법 제12조 제5호 (라)목이 2007. 12. 31. 개정되면서 '대학의 교원'이 지급 받는 연구관련 보상금도 비과세하도록 수혜자의 범위가 확대되었고, 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 (나)목이 2008. 12. 26. 개정되면서 중소기업 세액공제의 범위가 15%에서 25%로 확대되었던 점, 결국 위 개정규정은 '임원'보다는 '종업원 외의 외부자' 에게 지급한 직무관련 보상금도 연구 및 인력개발비 세액공제가 가능하도록 규정하는 데 주된 취지가 있다고 봄이 상당한 점 등을 종합하면, 위 개정규정에 의하여 비로소 '임원'에 대하여 지급한 직무발명 보상금이 세액공제 대상이 되는 것으로는 볼 수 없고, 이는 연구개발비 세액공제가 적용되는 연구개발비의 범위에 있어 '종업원'에 '임원' 이 포함되어 있음을 확인한 규정으로 봄이 타당하다.

(7) 따라서 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 원고의 나머지 주장에 대한 판단을 생략한 채 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.