신영기술개발 주식회사 (소송대리인 법무법인 두레 담당변호사 정성욱)

동안양세무서장

수원지방법원 2012. 2. 3. 선고 2011구합10134 판결

2012. 10. 26.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2010. 1. 11. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 법인세 239,902,650원 및 2007년 귀속 법인세 486,687,360원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 조경공사 시공·설계업 등을 목적으로 설립된 내국법인인데, 2006. 6. 20. 원고의 등기이사인 소외 1(대법원판결의 소외인)과 사이에 사면녹화용식재(SS공법)(특허번호 1 생략)에 대하여 권리승계에 대한 대가로 소외 1에게 367,807,830원의 보상금을 지급한다는 내용의 계약을 체결하였고, 소외 1에게 2006. 12. 29.에 1,727,000,000원을 송금하였다.

원고는 또한 2007. 12. 27. 소외 1과 사이에 사실상의 권리이전의 대가로 알루미늄제 다목적휀스(실용신안등록번호 생략)에 대하여 179,254,000원의 보상금을, 가로등(디자인등록번호 생략)에 대하여 181,441,000원의 보상금을, 법면보호네트의 시공방법(특허번호 2 생략 주1) ) 에 대하여 637,544,000원의 보상금을 각 지급한다는 내용의 계약을 체결하였고, 소외 1에게 2008. 4. 14.에 300,000,000원, 2008. 4. 24.에 267,639,000원을 각 송금하였다.

나. 원고는 2006, 2007 사업연도 법인세를 신고하면서 2006. 6. 20.자 계약에 따라 소외 1에게 지급하기로 한 보상금 367,807,830원 및 2007. 12. 27.자 계약에 따라 소외 1에게 지급하기로 한 보상금 합계 998,239,000원(= 179,254,000원 + 181,441,000원 + 637,544,000원)(이하 위 각 금원을 ‘이 사건 보상금’이라 한다)을 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제10조 에서 정한 ‘연구 및 인력개발비’로 보고 위 각 과세연도 이전 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 연구 및 인력개발비로 계상하여 세액공제를 신청하였다.

다. 중부지방국세청장은 2009. 10. 1.부터 10. 31.까지 전국 인력개발비 세액공제 관련 사후관리를 통하여 이 사건 각 보상금은 종업원 아닌 임원에게 지급되어 세액공제 대상이 아닌 것으로 확인하여 관련 세액을 추징하도록 2009. 12. 31. 피고에게 과세자료를 통보하였다.

라. 피고는 2010. 1. 11. 이 사건 보상금은 종업원이 아닌 임원에게 지급한 것이어서 구 조특법 제10조 , 구 조세특례제한법 시행령(2008. 10. 7. 대통령령 제21064호로 개정되기 전의 것) 제9조 [별표 6] 제1호 라목(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다) 소정의 직무발명보상금에 해당하지 않는다는 이유로 세액공제를 부인하고 원고에게 2006년 귀속 법인세 239,902,650원 및 2007년 귀속 법인세 486,687,360원(각 가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2011. 4. 21. 위 심판청구가 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제3, 17호증, 갑 제19호증의 1 내지 3, 갑 제14호증의 2 내지 4, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2 내지 4호증, 을 제5호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분에는 아래와 같은 위법한 사유가 있으므로 취소되어야 한다.

1) 이 사건 규정에서 정하고 있는 ‘종업원’에는 소외 1과 같은 ‘법인의 임원’이 포함된다고 해석하여야 할 것임에도 피고는 소외 1과 같은 ‘법인의 임원’은 이 사건 규정에서 정하는 ‘종업원’에 포함되지 않는 것으로 축소하여 해석하였다.

2) 원고는 국세청장의 2006. 9. 26. 원고에 대한 직접적인 공적 견해표명인 질의회신(서면1팀-1356)을 신뢰하여 그에 따라 2006 및 2007 사업연도 법인세 신고를 하면서 이 사건 보상금에 대하여 세액공제를 하였던 것이고, 원고가 이와 같이 신뢰한 데 어떠한 귀책사유도 없으므로, 국세청장이 2009. 11. 10.에 이르러 한 위와 같은 공적 견해표명에 반하는 해석(법인세과-1255)에 근거한 이 사건 처분은 신의성실의 원칙과 소급과세 금지의 원칙에 위배된다.

3) 원고가 법인세를 제때 납부할 수 없었던 것은 위와 같은 국세청장의 2006. 9. 26.자 질의회신 내용을 믿었기 때문이므로 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 것이어서, 설령 이 사건 처분 중 본세의 부과처분이 정당하다고 하더라도 그 미납부 가산세의 부과처분은 위법하다.

나. 피고의 주장

1) 이 사건 규정에서 정하고 있는 ‘종업원’의 개념에 ‘임원(출자임원 포함)’이 포함된다고 해석하는 것은 명백한 유추해석 내지 확장해석에 해당하므로 조세법률주의에 반하여 허용될 수 없다.

2) 이 사건 세액공제의 당연한 전제로서 이 사건 보상금이 구 발명진흥법(2010. 1. 27. 법률 제9986호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따른 정당한 직무발명보상금에 해당한다는 사실을 원고가 입증하지 못하는 이상 원고 주장의 세액공제는 허용될 수 없다.

3) 설령 이 사건 보상금에 대한 세액공제가 허용된다고 하더라도 2007년 세액공제 신청은 구 조특법상의 연구 및 인력개발비의 발생주의를 위반한 것으로서 세액공제가 허용될 수 없다.

다. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 처분사유 추가의 허용 여부

행정처분의 취소를 구하는 항고소송에 있어 처분청은 당초 처분의 근거로 삼은 사유와 기본적 사실관계가 동일성이 있다고 인정되는 한도 내에서는 다른 사유를 추가하거나 변경할 수 있는데, 기본적 사실관계가 동일하다는 것은 처분사유를 법률적으로 평가하기 이전의 구체적인 사실에 착안하여 그 기초적인 사회적 사실관계가 기본적인 점에서 동일한 것을 말하며, 처분청이 처분 당시에 적시한 구체적 사실을 변경하지 아니하는 범위 내에서 단지 그 처분의 근거 법령만을 추가·변경하거나 당초의 처분사유를 구체적으로 표시하는 것에 불과한 경우에는 새로운 처분사유를 추가하거나 변경하는 것이라고 볼 수 없다( 대법원 2007. 2. 8. 선고 2006두4899 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 피고가 당초 이 사건 처분의 사유로 삼은 것은 이 사건 보상금이 종업원이 아닌 임원에게 지급한 것이어서 이 사건 규정 소정의 직무발명보상금에 해당하지 않는다는 사유이고 피고가 이 법원에서 처분사유로 추가한 것은 이 사건 보상금이 구 발명진흥법에 따른 정당한 직무발명보상금에 해당하지 않아 이 사건 규정 소정의 직무발명보상금에 해당하지 않는다는 사유인바, 위 각 처분사유는 원고가 소외 1에게 이 사건 보상금을 지급한 행위 하나를 서로 다른 측면에서 법률적으로 평가한 것에 불과할 뿐 그 기본적 사실관계는 동일하다고 봄이 상당하므로, 피고가 이 법원에서 한 위 처분사유의 추가는 허용된다고 할 것이다.

2) 정당한 직무발명보상금에 해당하는지 여부

먼저 이 사건 보상금이 이 사건 규정에서 정하고 있는 정당한 ‘직무발명보상금’에 해당하는지 여부에 관하여 보건대, 앞에서 본 사실관계 및 증거들에다가 갑 제11, 12, 15, 16, 18, 21 내지 28호증, 을 제6, 7호증의 각 기재(각 가지번호 포함) 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 보상금은 이 사건 규정에서 정하고 있는 정당한 ‘직무발명보상금’에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거도 없다. 따라서 이 사건 보상금이 이 사건 규정에서 정하고 있는 정당한 ‘직무발명보상금’에 해당함을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이 사건 규정에서 정하고 있는 ‘종업원’에 ‘임원’이 포함되는지 여부에 관하여 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

가) 이 사건 규정에서 정하고 있는 ‘당해 기업이 종업원에게 그 종업원에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액’을 연구 및 인력개발비로 보아 세액공제를 해 주는 취지는 조세지원을 통해 종업원의 연구개발을 촉진하고자 하는데 있다. 그런데 원고의 주주는 2005. 12. 31. 현재 소외 1(55.33%), 소외 1의 어머니인 소외 2(13.33%), 소외 2의 배우자인 소외 3(31.31%) 3인 뿐이고, 2006. 12. 31. 및 2007. 12. 31. 현재 소외 1(30.02%), 소외 2(7.23%), 소외 3(17.00%), 원고가 사실상 100%를 출자하여 2006. 9. 25. 설립한 두한종합건설 주식회사(45.75%, 소외 2는 대표이사이고 소외 1은 등기이사이다) 4인 뿐인바, 소외 1은 2006. 12. 29.자 계약 및 2007. 12. 27.자 계약을 체결할 당시 자신과 특수관계자를 통하여 사실상 원고를 100% 지배하고 있는 사람이었다. 따라서 사실상 사용자에 해당하는 소외 1을 이 사건 규정에서 말하는 ‘종업원’의 개념에 포함시키는 것은 이 사건 규정에서 정하고 있는 ‘직무발명보상금’에 대하여 세액공제를 해 주는 입법취지에도 반하는 것으로 보인다.

나) 한편, 직무발명이라 함은 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 ‘종업원등‘이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 ’사용자등‘이라 한다)의 업무범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말하는데( 구 발명진흥법 제2조 제2호 ), 소외 1이 받은 앞서 본 특허, 실용신안 및 의장 등의 권리에 관한 발명이 직무에 관한 것으로서 사용자등인 원고 회사의 업무범위에 속하는 것이었다는 점을 인정할 아무런 객관적인 증거가 없다.

다) 직무발명에 대하여 종업원이 특허, 실용신안등록, 디자인등록을 받은 경우에 사용자는 그 특허권, 실용신안권, 디자인권에 대하여 통상실시권을 가진다( 구 발명진흥법 제10조 제1항 ). 그럼에도 소외 1은 법면보호네트의 시공방법(특허번호 2 생략)에 대하여 1999. 1. 21. 자신의 명의로 특허등록을 한 후 1999. 9. 9. 극동엔지니어링 주식회사에 통상실시권(사용기간 1999. 8. 19. ~ 2009. 8. 18.)을 설정하여 주고 2007. 9. 13. 위 특허권의 일부를 주식회사 삼보기술단에 이전하여 주는 등의 행위를 하였는데, 이는 직무발명에 대하여 가지는 사용자의 권리를 침해하는 행위로 보인다. 이러한 점에 비추어 보아도 소외 1이 원고의 종업원으로서 구 발명진흥법상의 직무발명을 하였다고 보기는 어렵다.

라) 종업원은 직무발명에 대하여 특허권, 실용신안권, 디자인권을 계약이나 근무규정에 따라 사용자에게 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다( 구 발명진흥법 제10조 제1항 ). 그런데 이 사건 보상금이 구 발명진흥법에 따른 정당한 ‘직무발명보상금’에 해당한다고 볼 만한 객관적인 자료가 없을 뿐만 아니라(오히려 이 사건 특허권 등에 대하여 극동엔지니어링 주식회사에게 통상실시권이 설정되어 있었고 주식회사 삼보기술단에게 그 권리의 일부가 이전되어 있었던 사정 등에 비추어 이 사건 보상금의 액수가 지나치게 과대하게 산정된 것으로 보여 이를 그대로 믿을 수 없다), 원고가 소외 1에게 송금한 일시, 금액 등이 원고가 소외 1과 사이에 체결한 계약의 일시, 보상금 액수 등과 불일치하는 점 등에 비추어 원고가 실제로 소외 1에게 이 사건 보상금을 지급하였는지도 의문이 든다.

3) 신뢰보호원칙이 반하는지 여부

일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 마지막으로 위 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다( 대법원 2006. 2. 24. 선고 2004두13592 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 피고가 이 사건 보상금이 이 사건 규정에서 정하고 있는 정당한 ‘직무발명보상금’에 해당하는지 여부에 대하여 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하였다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 나머지 점에 관하여 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

4) 정당한 사유가 있는지 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다( 대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 보건대, 원고가 이 사건 보상금이 이 사건 규정에서 정하고 있는 정당한 ‘직무발명보상금’에 해당하다고 잘못 판단하여 이 사건 법인세 신고·납부의무를 불이행한 것이므로 이를 가지고 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없고, 설령 원고가 법인세액을 잘못 산정한 것이 피고의 회신내용을 오해한 데서 비롯된 것이었다고 하더라도 이와 달리 볼 것은 아니다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인데, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하다. 피고의 항소를 받아들여 제심 판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각한다.

[별지 관계 법령 생략]

주1) 암녹토 보호용 철선 고정캡(실용신안등록번호 2 생략), 법면보호네트의 누름장치(실용신안등록번호 3 생략), 암녹토 보호망의 철선 고정캡(디자인등록번호 2 생략)은 법면보호네트의 시공방법(특허번호 2 생략)에 복합적으로 적용되는 공법으로 그 특허권의 범위에 포함된다.