주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 주식회사 B(이하 ‘B’라 한다)는 1991. 2. 12. 본점을 서울 중구 C에서 부산 금정구 D로 이전하고, 1991. 3. 5. 서울 강남구 E에 서울지점을 설치한 후 부동산 임대업을 영위하여 왔다.
나. 1) 원고는 B의 서울지점이 영위하여 오던 부동산 임대업 부문에 관하여 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다
) 제46조 제2항에 따라 분할(이하 ‘적격분할’이라 한다
)되어 2010. 12. 2. 설립된 회사로서, B 소유의 서울 강남구 E빌딩 지하 1층 제2호 내지 제6호, 제10호, 제2층, 제5층 내지 제14층, 제15층 제1호 내지 제3호(이하 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다
)를 포괄적으로 양수하고, 2010. 12. 16. 원고 명의로 2010. 11. 29. 회사분할을 원인으로 하여 소유권이전등기를 마쳤다. 2) 원고는 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제1항 제10호 본문에 따라 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기에 대해서 등록세를 면제받았다.
다. B의 주주인 F, G, H은 원고로부터 받은 주식을 2011. 12. 28.경 B의 주주인 I에게 처분하였다.
이에 따라 원고는 구 조세특례제한법 제119조 제1항 제10호 단서, 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조의3 제3항 제2호, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조의4 제6항, 제82조의2 제5항에 따라 등록세 665,807,090원, 지방교육세 133,161,410원을 신고납부하였다.
그런데 원 고는 등록세를 신고납부함에 있어 이 사건 부동산의 취득이 유상으로 인한 소유권의 취득(세율 : 부동산 가액의 20/1000)에 해당하고, 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다)...