국세청 심사부가2009-0192 (2010.03.03)

병원을 포괄적으로 사업양도하였음

원고가 부동산 지분을 포함하여 병원의 물적・인적 시설 및 권리・의무 등을 포괄적으로 양도하였다고 봄이 거래통념 및 경험칙상 상당하고, 사업의 일부만을 양도하고 부동산을 따로 임대하는 방식으로 부동산임대업을 영위하였다고 볼 수는 없으므로 사업의 포괄적인 승계에 해당하지 않음을 전제로 한 부과처분은 위법함

2010구합1895 부가가치세부과처분취소

김AA

○○세무서장

2011.4.7.

2011.6.23.

1. 피고가 2009. 9. 1. 원고에 대하여 한 2007년도 수시분 부가가치세 342,573,100원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다(소장 청구취지 기재 '2009. 9. 10.'은 '2009.9. 1.'의 오기로 보인다).

1. 처분의 경위

가. 원고는 ○○시 ○○면 ○○리 000 대 4,641㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다) 및 그 지상 건물(이하 '이 사건 건물'이라 하고, 이 사건 토지와 합하여 '이 사건 부동산'이라 한다)에서 ○○병원을 운영하던 중 경영상 어려움을 이유로 2006. 6. 10. ○○병원 소속 의사이던 이AA에게 병원사업을 양도하기로 하였다.

나. 원고는 2006.6. 30. ○○병원에 대한 폐업 신고를 하였고, 이AA은 2006.7. 1. 부터 이 사건 건물에서 △△병원이라는 상호로 병원 영업을 시작하였는데, 2006.6. 28. △△병원에 관한 사업자등록(개업일 2006.7. 1.)을 하면서 이 사건 부동산에 관하여 임대인을 '원고', 임차인을 '이AA'으로 하는 부동산임대차계약서를 첨부하여 제출 하였고, 2007.4. 6. 이 사건 토지 중 원고 소유 지분인 3587/4641지분(이하 '이 사건 토지 지분'이라 한다) 및 이 사건 건물 중 원고 소유 지분인 448254/579974지분(이하 '이 사건 건물 지분'이라 하고, 이 사건 토지 지분과 합하여 '이 사건 부동산 지분'이라 한다)에 관하여 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 경료 하였다.

다. 원고는 피고에게 2007년 제1기 부가가치세로 4,966,027원을 신고 ・ 납부하였으나, 피고는 원고가 병원사업을 이AA에게 양도하면서 이 사건 건물에 관한 부동산 임대업을 영위하다가 2007. 4. 6. 이AA에게 이 사건 건물 지분을 양도한 것으로 보아 2009. 9. 1. 원고에게 이 사건 건물 지분의 양도가액을 과세표준에 포함하여 2007년도 제1기분 부가가치세를 342,573,104원(이미 납부한 세액을 공제하고 가산세를 포함한 금액)으로 경정 ・ 고지하였다{이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 이에 원고는 2009. 11. 27. 국세청에 심사청구를 하였으나, 위 심사청구는 2010. 3. 3. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1. 2호증, 을 1. 2. 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2006.6. 10. 이AA에게 ○○병원 사업과 관련한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하였는데, 이AA이 이 사건 부동산의 소유권이전등기에 필요한 취득세 및 등록세를 납부할 자력이 없고, 병원 사업의 수익성을 확신하지 못하여 이 사건 부동산 지분에 관한 소유권이전등기 시점만을 약 1년 뒤로 늦추게 되었는바, 원고와 이AA은 그 기간 동안 이AA이 병원을 운영할 수 있도록 사업자등록 및 의료기관 개설 신고 당시 이 사건 부동산에 관한 부동산임대차계약서를 형식적으로 작성하여 제출하였을 뿐, 실제로는 원고가 이AA으로부터 보증금이나 차임을 지급받은 바 없고, 부동산 임대업을 영위한 사실이 없는데도 피고가 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정 사실

(1) 원고는 1999. 10. 2.부터 ○○병원 운영을 시작하였고. 2000.12. 30.부터는 이 사건 건물 옆 매점에 관한 부동산 임대업을 함께 영위하였다.

(2) 원고는 2006. 6. 10. 병원의 경영 악화와 건강상의 문제로 ○○병원 소속의 사이던 이AA에게 ○○병원 운영과 관련하여 발생한 원고의 채무를 모두 인수하는 조건으로 ○○병원을 양도하기로 약정하고 2006.6. 30. ○○병원에 대한 폐업 신고를 하였으나, 이AA의 사정에 의해 이 사건 부동산 지분에 관한 소유권이전등기는 약 1년 뒤에 하기로 약정하였다.

(3) 원고와 이AA은 이 사건 부동산에 관하여 임대인을 '원고 임차인을 '이AA, 임대차보증금을 '1억, 월차임을 '1,500만 원 임대차기간을 '2006. 7. 1.부터 2008. 6. 30.까지'로 하는 부동산임대차계약서를 작성하여, 이AA이 2006. 6. 28. 이 사건 건물에서 '△△병원'이라는 상호(사업장 : 이 사건 건물, 사업개시일 : 2006. 7. 1.)로 사업자등록신청 및 의료기관 개설신고를 할 때 그 부동산임대차계약서를 첨부하여 제출 하였다.

(4) 원고는 2007년도 제1기 부가가치세 신고시부터는 기존에 영위하던 매점 임대업에 이 사건 부동산에 관한 임대업을 추가하였고(부가가치세 신고서에는 이 사건 부동산에 관한 임대차보증금을 3억 원으로 기재하였다), 매점 임대소득과 함께 이 사건 부동산의 임대소득에 관하여도 2006년도, 2007년도 종합소득세를 신고해오다가 2007. 3. 31. 위 각 임대업에 대한 폐업 신고를 하였다. 다만 원고에게 부과된 위 종합소득세 및 부가가치세는 △△병원의 비용으로 납부되었다.

(5) ○○병원에서 근무하던 직원들은 ○○병원의 폐업 이후에도 △△병원에서 계속 근무하였고, 이AA이 2006.7. 1. △△병원을 운영하기 시작한 이후 퇴직한 직원들의 퇴직금은 △△병원의 비용으로 지급되었다.

(6) 이AA은 2006. 6. 10. 이후로는 원고 명의 대출금의 이자를 대신 납부하였고, 2006. 11. 13. 경남은행으로부터 10억 5,000만 원을 대출받아 그 돈으로 원고가 외환은행, 우리은행으로부터 대출받은 10억 4,600만 원을 상환하였으며, 원고 명의의 나머지 대출금들 역시 2007.6. 21. 이AA 명의로 변경하였다.

(7) 이AA은 2007. 4. 6. 원고로부터 이 사건 부동산 지분 및 ○○시 ○○면 ○○리 000 도로 101㎡ 중 1/2지분에 판하여 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 경료하면서, 매매대금을 '35억', 매매대금 지불방식을 '2007. 4. 6 계약과 동시에 금융권 부채 채무액 35억 원 전부를 매수인(이AA)이 인수하는 조건으로 매매대금지불을 갈음 함'으로 기재한 부동산매매계약서(이하 '이 사건 매매계약서'라 한다)를 제출하였다.

(8) 원고는 2009. 6.30. 부산지방국세청 세무공무원 심BB으로부터 조사를 받는 자리에서 "저는 매각을 하고 싶었는데 이AA 원장이 일단 임대하여 운영해보고 그 이후에 매수를 고려해본다고 하여 어쩔 수 없이 임대한 것입니다", "임대차계약서는 보증금 3억에 월세 1,500만 원을 수령하는 것으로 작성하였으나, 실제로는 보증금은 없었고 제가 부담해야 하는 은행 이자 상당액, 약 1,500만 원 정도를 월세로 하여 이AA이 대납하는 것으로 하였습니다"라고 진술하였고, 이AA도 그와 같은 취지의 확인서를 작성하여 제출하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 l 내지 5호증, 을 1 내지 9호증의 각 기재, 증인 허CC의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 구 부가가치세법(2010.1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제6조 제6항 제2호, 구 부가가치세법(2008.2.29.대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 시행령 제17조 제2항에 정한 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업용 재산을 비롯한 물적 ・ 인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 뜻한다고 할 것이므로, 그 사업은 인적 ・ 물적 시설의 유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있는 것이어야 한다(대법원 2006. 4. 28. 선고 2004두8422 판결 등 참조).

(2) 살피건대, 갑 1 내지 5호증, 을 1 내지 9호증의 각 기재, 증인 허CC의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하변 인정되는 다음과 같은 점들, 즉 ① 이AA은 2006. 7. 부터 이 사건 부동산에서 △△병원 운영을 시작한 이후로는 병원의 인적 ・ 물적 설비 및 수입과 지출을 전반적으로 관리해왔고, 원고는 이에 전혀 관여한 바가 없는 점,② ○○병원에서 근무하던 대부분의 직원들이 △△병원에서 계속 근무하였고, 2006. 7.이후 퇴직하는 일부 직원들의 퇴직금도 △△병원의 비용으로 지급된 점, ③ 원고와 이AA은 이AA이 의료기관 개설신고 및 사업자등록을 하려면 이 사건 부동산에 관한 부동산임대차계약서가 필요할 것이라고 생각하여 형식적으로 부동산임대차계약서를 작성하여 제출하였다는 것인바, 그러한 동기에서 원고와 이AA이 이후에 세무조사를 받거나 종합소득세, 부가가치세를 납부할 때 본인들이 창출한 외관에 상응하는 진술 및 세금 납부 행위를 한 것이라고 볼 여지가 있는 점, ④ 이 사건 부동산의 임대와 관련하여 원고에게 부과된 종합소득세나 부가가치세를 실제로는 이AA이 납부한 점, ⑤ 이AA이 이 사건 부동산을 사용하는 대가로 원고에게 보증금을 지급하거나 차임 명목으로 직접 돈을 지급한 사실이 없는 점(피고는 이AA이 원고의 은행 대출금 이자를 대신 변제하는 방식으로 차임을 지급하기로 한 것이라고 주장하나, 이AA이 2006. 6.경부터 변제하기 시작한 원고의 은행 대출금 이자는 그 액수가 위 부동산임대차계약에서 정한 차임 1,500만 원을 훨씬 초과하는 금액이었고, 매월 일정한 금액을 변제한 것도 아닌 점에서 이를 차임으로 보기는 어렵고, 오히려 이AA이 사업 양수의 대가로 원고의 채무를 순차적으로 상환 또는 인수하는 과정에서 지급 기한이 도래한 이자를 변제한 것으로 봄이 상당하다), ⑥ 피고는 이 사건 매매계약서의 기재 내용과 2006. 6. 10. ○○병원을 양도하였다는 원고의 주장 사이에 서로 모순되는 점이 있다고 주장하는바, 이 사건 매매계약서는 그 내용 및 작성시점에 비추어 볼 때, 원고와 이AA이 이 사건 부동산 지분에 관한 소유권이전등기를 마치기 위한 목적으로 작성하면서, 그 동안의 사업 양도 ・ 양수 과정을 마무리하는 취지에서 매매대금 및 그 지급방법 등을 포괄적이고 형식적으로 기재한 것으로 보이는 바, 이 사건 매매계약서의 내용이 원고의 주장과 모순된다고 보기는 어려운 점, ⑦ 이AA은 병원 사업을 양수한 2006. 6.로부터 비교적 단기간인 10개월 만에 이 사건 부동산 지분에 관한 등기를 마친 점 등 원고와 이AA 사이의 사업 양도 과정, 이AA이 병원 운영을 시작한 시점, 원고와 이AA이 부동산임대차계약서를 작성한 경위 등을 종합적으로 고려해보면, 비록 사업 양도시로부터 이 사건 부동산 지분에 관한 소유권이전등기를 마치기 전까지 일정한 시간 간격이 존재한다 하더라도, 이AA이 병원을 넘겨받아 운영을 시작한 -2006. 6.에 원고가 이AA에게 이 사건 부동산 지분을 포함하여 ○○병원의 물적 ・ 인적 시설 및 권리 ・ 의무 등을 포괄적으로 양도하였다고 봄이 거래통념 및 경험칙상 상당하고, 이와 달리 원고가 이AA에게 사업의 일부만을 양도하고 이 사건 부동산을 따로 임대하는 방식으로 부동산임대업을 영위하였다고 볼 수는 없다.

(3) 따라서 이 사건 건물 지분 양도가 구 부가가치세법 시행령 제17조 제2항에서 정한 사업의 포괄적인 승계에 해당하지 않음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.