위헌인 법인세법 시행령에 근거한 소득세 처분의 당부

헌법재판소에서 위헌이라고 판단한 법인세법 시행령 조항에 근거하여 이 사건 소득세 부과처분한것은 위법임

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1. 피고가 1993. 11. 1. 원고에 대하여 한 갑종근로소득세 1991년도분 금 171,613,300원, 1992년도분 금 316,605,730원의 부과처분 중 갑종근로소득세 1991년도분 금 159,684,547원, 1992년도분 금 292,252,667원을 각 초과하는 부분은 이를 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다. 3. 소송비용은 이를 10분하여 그 1은 피고의, 나머지는 원고의 각 부담으로 한다.

1. 이 사건 부과처분의 경위

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증의 1 내지 5, 갑제2호증, 갑제3호증의 1,2, 을제12호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 각 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

가. 원고는 해상운송알선업, 해상화물운송주선업, 해운대리점업 등을 목적으로 하는 회사이다.

나. 원고는, 원고의 ① 1991. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지의 1991사업년도(이하 91년도라 한다) 법인세를 신고함에 있어 수입금액을 금 211,447,238원으로 하여 과세표준을 금 14,368,805원으로 산정한 다음 이에 따른 법인세 금 1,540,811원을 자진신고 납부하고,② 1992. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지의 1992사업년도(이하 92년도라 한다) 법인세를 신고함에 있어 수입금액을 금 238,770,587원으로 하여 과세표준을 금 11,808,086원으로 산정한 다음 이에 따른 법인세 금 969,747원을 자진신고 납부하고, ③ 91년도 제2기분 부가가치세의 과세표준을 금 6,321,629원으로, 92년도 제1기분 부가가치세의 과세표준을 금 6,279,312원으로 각 신고하였다.

다. 이에 대하여, 피고는 1993. 11. 1. 원고의 위 법인세 등을 조사・결정함에 있어, 원고가 단순히 해운중개업을 한 것이 아니라 자기 계산으로 선박들을 용선하여 사실상 해상운송업을 영위함으로써 1991. 8. 12. 미화 500,000불, 1992. 2. 21. 미화 40,000불, 1992. 2. 22. 미화 310,000불, 1992. 5. 26. 미화 500,000불의 화물운송수입을 얻고도 이를 위 수입금액에서 누락하여 신고하였다 하여 ① 91년도 법인세의 경우 위 신고한 수입금액 금 211,447,238원에 위 91년도 매출누락분의 원화 환산금 332,272,727원을 익금 산입하여 수입금액을 금 543,719,965원으로, 과세표준을 금 346,641,532원으로 각 경정한 다음 원고에게 91년도 법인세 금 144,323,330원을 부과, 고지하고, ② 92년도 법인세의 경우 위 신고한 수입금액 금 238,770,587원에 위 92년도 매출누락분의 원화 환산금 597,136,363원을 익금 산입하여 수입금액을 금 835,906,950원으로, 과세표준을 금 608,944,449원으로 각 경정한 다음 원고에게 92년도 법인세 금 247,607,010원을 부과, 고지하고, ③ 91년도 제2기분 부가가치세의 경우 당초 신고분 금 6,321,629원에 위 누락 금 332,272,727원을 가산하여 과세표준을 금 338,594,356원으로, 92년도 제1기분 부가가치세의 경우 당초 신고분 금 6,279,312원에 위 누락 금 597,136,363원을 가산하여 과세표준을 금 603,415,675원으로 각 경정한 다음 91년도 제2기분 부가가치세 금 46,518,180원 및 92년도 제1기분 부가가치세 금 80,052,270원을 각 부과, 고지하였다(이하 이 사건 법인세, 부가가치세 부과처분이라 한다).

라. 그리고, 피고는 위 각 법인세 과세표준을 경정함에 있어 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제32조 제5항 , 법인세법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제94조의 2 제1항 제1호 에 의하여 익금에 산입된 위 매출누락분은 전부 사외유출되어 원고회사의 대표이사인 소외 이○진에게 귀속되었다고보아 위 금액을 위 이○진에 대한 상여로 인정하여 1993. 10. 원고에게 소득금액변동통지서(위 누락분 중 91년도분 금 332,272,727원, 92년도분 금 597,136,363원에 각 부가가치세를 포함한 91년도분 금 365,500,000원, 92년도분 금 656,850,000원)를 보내고, 원고가 위 소득금액변동통지서를 송달받음으로써 위 이○진에게 같은 금액의 상여를 지급한 것으로 보게 되었음에도 갑종근로소득세의 원천징수의무자인 원고가 법정기한까지 위 이○진으로부터 갑종근로소득세를 원천징수하여 국가에 납부하지 아니하였다 하여 1993. 11. 1. 원고에게, 위 이○진에 대한 91년도 귀속 원천징수갑종근로소득세 금 171,613,300원, 92년도 귀속 원천징수갑종근로소득세 금 316,605,730원을 각 부과, 고지하였다(이하 이 사건 소득세부과처분이라 한다).

2. 당사자의 주장

원고는, 이 사건 각 부과처분이 아래와 같은 사유로 위법하다고 주장한다.

첫째, 원고는 해운중개업을 하면서 중개수수료 수입을 얻었을 뿐 해상운송업을 하면서 피고가 인정한 바와 같은 운송료 수입을 얻은 바가 없는데도, 피고는 원고가 거래하는 선주회사 또는 용선회사와 화주의 거래 및 자금상황을 기재한 잡기장을 원고의 운송료 수입 등을 기재한 장부로 오인하고, 40여일간의 세무조사과정 중 강압적인 분위기에서 원고회사의 대표이사로 하여금 위와 같은 매출누락사실을 시인하는 내용의 확인서를 작성토록 하여 위 잡기장과 확인서 등을 근거로 이 사건 부과처분을 하였으니 이는 위법하다.

둘째, 피고가 위 매출누락액을 대표이사에 대한 상여로 처분한 근거 법률인 법인세법 제32조 제5항 이 헌법재판소에 의하여 위헌으로 결정됨으로써 위 조항과 이를 위임근거로 하여 규정된 법인세법 시행령 제94조의 2 의 규정이 무효로 되었으므로 무효인 위 조항들을 근거로 한 이 사건 소득세부과처분은 위법하다.

이에 대하여 피고는, 피고가 위 증빙서류 등을 근거로 위와 같은 매출누락금이 있다고 보아 원고에게 이 사건 법인세 및 부가가치세부과처분을 한 것은 적법하고, 나아가, 위 매출누락액은 실제로 전부 원고회사의 대표이사인 소외 이○진에게 귀속되었고, 이는 소득세법 제21조 제1항 제1호 가목 소정의 근로의 대가로 지급된 임시적 급여인 상여로서 갑종근로소득에 해당하므로 이 사건 소득세부과처분도 결과적으로 적법하다고 주장한다.

3. 관계법령

가. 법인세법 및 부가가치세법 관련 규정

(1) 법인세법 제9조 제1항 은 내국법인의 각 사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고, 제2항은 익금이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다고 규정하고 있다.

(2) 그리고, 같은법 제32조 제1항 은 정부는 내국법인이 제26조 의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다고 규정하고, 제2항은 정부는 제26조 의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다고 하면서, 제1호로 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때를 규정하고 있다.

그리고 제5항은 법인세법 제26조 의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입할 금액의 처분은 대통령령이 정하는 바에 의한다고 규정하고 있다.

(3) 한편, 법인세법 시행령 제94조의 2 제1항 은 법인세의 과세표준을 신고하거나 법인세법 제32조 제1항 내지 제4항 의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입할 금액의 처분은 다음 각 호의 규정에 의한다(관계없는 부분 생략, 이하 같다)고 하면서, 제1호로 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것임이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여・배당・기타소득・기타사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 하고, 나목에서 귀속자가 사용인(임원인 경우를 포함한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 한다고 규정하고 있다.

(4) 그리고, 부가가치세법(1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정되기 전의 것) 제1조 제1항 은 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다고 하면서 제1호로 재화 또는 용역의 공급, 제2호로 재화의 수입을 규정하고 있고, 제13조 제1항 은 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 공급가액이라 한다)으로 한다. 다만 부가가치세는 포함하지 아니한다고 하면서 제1호로 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가를 규정하고 있고, 제21조 제1항 은 정부는 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다고 하면서 제2호로 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때를 규정하고 있다.

나. 소득세법 관련 규정

(1) 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것) 제21조 는 근로소득은 당해 년도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다고 하면서, 제1호 갑종근로소득에 관하여 (가)목에서 근로의 제공으로 인하여 받는 봉급・급료・보수・세비・상여・수당과 이와 유사한 성질의 급여를, (나)목에서 법인의 주주총회・사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 의하여 상여로 받는 소득을, (다)목에서 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액 등을 규정하고 있고, 제5항은 근로소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다.

(2) 그리고, 소득세법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문 개정되기 전의 것) 제43조 는 법 제21조 제5항 에 규정하는 근로소득의 범위에는 다음 각 호의 금액을 포함한다고 하면서, 제1호로 기밀비(판공비를 포함한다)・교제비・직무별봉 기타 이와 유사한 명목으로 지급한 것으로서 사업을 위하여 사용된 것이 분명하지 아니한 급여를 규정하고 있다.

(3) 한편, 소득세법 제142조 제1항 은 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자는 이 절의 규정에 의하여 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다고 하면서 제4호로 갑종에 속하는 근로소득금액을 규정하고 있고, 제143조 는 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 납입하여야 한다고 규정하고 있다.

그리고, 제150조 제4항 은 법인세법에 의하여 처분되는 상여는 대통령령이 정하는 날에 지급하는 것으로 본다고 하면서 이를 받은 같은 법 시행령 제198조 제1항 은 법 제150조 제4항 에 규정하는 상여는 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장이 그 결정 또는 경정일로부터 15일 내에 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다고 하고, 제2항은 제1항의 상여는 당해 법인이 동항의 통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 본다고 규정하고 있다.

4. 이 사건 부과처분의 적법여부에 관한 판단

가. 원고의 첫째 주장에 관한 판단

(1) 인정사실

아래 사실은 갑제7호증의 1,2,3, 을제1호증, 을제2호증, 을제3호증(원고는 강박에 의하여 작성된 문서라고 항변하나 위 항변사실에 부합하는 증인 이○○의 증언은 믿기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다), 을제4호증, 을제5호증, 을제6호증의 1,2, 을제7호증, 을제8호증의 1 내지 17, 을제9호증의 1,2, 을제14호증의 1,2의 각 기재와 증인 채신원의 증언에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있고, 이에 배치되는 갑제4호증의 1 내지 6, 갑제6호증의 1 내지 6, 갑제8호증의 1,2, 갑제10호증의 각 기재와 증인 이○○의 증언, 증인 진○○의 일부증언은 뒤에서 보는 바와 같은 이유로 믿을 수 없으며(원고가 부인하고 있는 내용과 그에 부합하는 위 믿지 않는 증거에 관한 판단은 뒤에서 모두어 따로 판단하기로 한다), 갑제9호증, 갑제11호증의 1,2,3, 갑제13호증의 1,2, 갑제14호증의 각 기재는 위 인정에 방해가 되지 않고, 달리 반증이 없다.

(가) 원고는 원래, 선박으로 화물을 운송하려는 화주와 국내외의 화물선을 소유한 선주와의 사이에 선박항행에 관련된 계약, 용선 및 집하 등의 업무를 대리하여 중개, 알선, 주선함으로써 수수료를 받는 것을 목적으로 하는 회사로서, 원고가 직접 해운업법 제25조 제3호 소정의 국제간의 부정기화물운송사업을 하기 위하여는 해운업법 제27조 소정의 기준에 따라 회사 자본금이 50억원 이상, 선박보유량이 20만톤 이상, 회사의 해무사가 3인 이상이라는 면허 기준을 충족하여 해운항만청장의 면허를 받아야 하는데, 원고는 자본금이 1억5천만원에 불과하고, 선박이나 해무사도 보유하지 않아 위와 같은 면허를 득하지 못하였다.

(나) 그런데, 원고는 원고회사 명의로 1992. 1. 23. 선주회사인 ○○ Ltd로부터 ○○ 선박을 용선하여 같은 날 화주인 ○○ Ltd와 화물운송계약을 체결한 것을 비롯하여 1992. 6.경부터 같은 해 10.경까지 11회에 걸쳐 외국선주와 사이에 자신의 명의로 정기용선계약을 체결한 다음(을제8호증의 3, 12, 16), 용선한 선박을 사용하여 화주들과 사이에 자신의 명의로 화물운송계약을 체결하였다(을제8호증의 4, 6, 13, 17).

"(다) 그리고, 같은 기간동안 ○○상선주식회사나 조양상선주식회사 등 국내선주들과 사이에서는 원고 자신의 명의가 아니라 ○○(을제8호증의 7, 10, 14) 또는 ○○ Ltd(을제8호증의 15)의 명의로○○6호' 등의 선박에 관한 정기용선계약을 체결하되, 원고회사가 그 계약내용에 관하여 위 정기용선회사를 보증하고, 계약서상의 용선자인 ○○ 또는 ○○ Ltd측의 서명을 원고의 대표이사인 소외 이○진이 하였으며, 이와 같이 용선한 선박을 이용하여 외국화주들과 화물운송계약을 체결함에 있어서는 원고회사가 직접 운송인으로서 화물운송계약을 체결하였다(을제8호증의 8, 9, 11).",(라) 원고는 위 각 사업년도 중 위와 같이 해상운송업을 영위함으로써 1991. 8.경 미화 500,000불, 1992. 2.경 미화 40,000불 및 미화 310,000불, 1992. 5.경 미화 500,000불의 각 운송료 수입을 얻어 왔는바, 위 법인세 등을 자진신고함에 있어서는 위 운송료 수입을 수입금액에서 누락하여 신고하였다.

(마) 그리고, 원고의 대표이사인 소외 이○진은 원고가 1991. 8. 12. ○○ Ltd로부터 수령한 위 운송료 수입 미화 500,000불을 인출하여 같은 달 20.부터 1992. 7. 20.까지 외국환 매입자금으로 운용하여 스왑, 환어음 등의 금융거래를 통해 미화 186,860.73불의 투자수익을 올린 바 있고, 그 이외에도 1992. 2. 21. 미화 40,000불을, 같은 해 2. 22. 미화 310,000불 및 같은 해 5. 26. 미화 500,000불을 각 인출하였다.

(바) 원고가 작성한 일자별 잡기장은 원고가 선박의 항행과 관련된 계약, 용선 및 집하 등의 업무를 수행하고 그 결과로 원고에게 귀속된 수익, 비용의 기록으로서 차변에 선박항행과 관련된 용선료, 항비, 수수료 등의 지급액(출금)을, 대변에 운임수입(입금)을 기록하여 잔액란에 그 날 현재의 시재액을 파악하고 있으며, 원고 대표이사가 그 확인 후 날인하여 관리하고 있는데, 위 잡기장에 의하면 1991. 8. 12. REFUND 미화 500,000불, 1992. 2. 21. FOR CASH ADVANCE 미화 40,000불, 1992. 2. 22. S.J.L. 미화 310,000불, 1992. 5. 26. CASH TRANSFERRED 미화 500,000불이라고 기재되어 있다.

(사) 원고 대표이사 이○진은 1993. 9. 20. 세무공무원에게 자신이 원고회사의 대표이사로서 선박 및 화물중개와 관련하여 1991. 8. 금 365,000,000원, 1992. 2. 금 266,700,000원, 1992. 5. 금 390,150,000원(위 미화의 원화환산금액, 부가가치세 포함 금액임)의 중개수수료를 수취하였으나 세무신고시 누락하였음을 확인한다는 취지의 확인서(을 제3호증)를 작성, 제출하였다.

(아) 원고회사는 그 대표이사인 소외 이○진이 총주식의 47.2%를 보유하고 있고, 소외 노○○, 김○○, 이○○, 이○○이 나머지 52.8%를 보유하고 있으며, 직원이 여직원 6명을 포함한 10명에 불과한 소규모의 회사로서, 대표이사인 위 이○진은 회사의 모든 영업활동 및 수익금에 관하여 확인, 관리하고 있다.

(2) 판단

(가) 원고의 부인 내용과 그에 부합하는 증거에 관한 판단

원고는, 이 사건 용선계약 또는 화물운송계약의 거래에 관하여 아래에서 보는 바와 같이 원고가 단순히 해운중개업자의 지위에서 수수료를 지급받았을 뿐이라고 다투고 있으므로 차례로 본다.

① 선주인 ○○ Ltd와 사이의 위 1992. 1. 23.자 ○○선박에 관한 정기용선계약은 실제로는 ○○ Ltd가 용선회사이고 원고는 그의 대리인이며, 또, 화주인 ○○ Ltd와 사이의 같은 날짜 화물운송계약도 용선회사인 ○○ Ltd와 실제 화주인 ○○ Ltd의 운송업무대행업체인 ○○ Ltd의 사이에 체결된 것이고 원고는 그 대리인인바, 위 각 계약서가 원고 명의로 작성되고 당사자로서 서명한 것은 단지 간편한 방법으로 계약상대방이 원고의 상호를 기재하고 원고측에서는 그 대리표시를 누락한 채 서명한 것에 불과한 것으로서 원고가 대리인이라는 사실은 거래회사 모두가 알고 있었고, 그 용선료의 결제도 용선회사인 ○○ Ltd가 1992. 1. 31. 선주회사인 ○○ Ltd에 용선료 미화 70,743.75불을 홍콩의 ○○은행 구좌로부터 일본의 ○○은행 구좌로 송금하였고, 운임 및 대행수수료 결제도 화주인 ○○ Ltd가 위 운송업무대행업체인 ○○ Ltd의 지정을 받은 ○○ Co. Ltd의 ○○ 홍콩지점에 운임 및 대행수수료 미화 321,692.50불을 홍콩 소재 Credit Lyonnais은행을 통해 송금하여 그 중 미화 296,501.06불이 용선회사에 입금되었으며, 원고는 1992. 2. 4. 그 거래알선수수료로 미화 7,802.66불을 받았을 뿐이다.

"② 또한, 위 ○○상선주식회사나 조양상선주식회사 등 국내선주들과 사이에서의 계약도 ○○ 또는 ○○ Ltd가○○6호' 등의 선박의 실제 용선회사이고, 원고는 그 대리인이며, 원고가 그 계약내용을 보증하거나 당사자로 서명한 것은 국내선주들이 위 외국회사를 신뢰하지 못하기 때문에 그 내용을 보증한 것에 불과한 것이고, 실제로 위 ○○상선주식회사 등 국내선주들이 원고로부터 용선료 등을 지급받지 않았음을 확인하고 있다.",③ 피고가 원고의 운송료 수입이라고 본 증거서류인 이 사건 잡기장은 원고의 수입을 기재한 장부가 아니라 선주회사 또는 용선회사와 화주의 거래 및 자금상황을 기재한 것이다. 즉 해운업계에서는 선적 및 하역의 성실한 이행, 적기운송, 운송비지급 등에 대한 보장 등을 위하여 거래회사 상호간의 신용이 매우 중시되고, 특히 외국간의 해운에 있어서는 운송계약을 체결한 선주회사가 운송계약금을 수령하고 도산, 잠적하거나 화물을 분실할 경우에 대비하여야 할 필요가 있으며, 이 경우 중개 또는 대리점 회사는 손해배상문제에 휘말리는 경우도 있으므로 해운대리점 또는 중개를 하는 회사는 선주회사 또는 용선회사에 대한 재정, 신용상태의 추이를 깊이 파악하여야 하고, 이로써 거래 선주회사 또는 용선회사의 도산에 따른 거래화주의 손해에 대한 사전 대비, 해운업계의 거래상황파악, 수수료 수입손실의 방지를 도모한다. 뿐만 아니라, 원고는 용선료, 운임시장의 현항파악과 예측을 가늠하고 나아가 중개업무의 고객인 선주회사, 용선회사, 화주에게 그 정보써비스를 제공하기 위하여 관련 선박별로 용선료, 운임, 기타 코스트 관계를 수시 파악하여 위 정보자료집에 기재, 원고는 본래의 중개업무에 부수하여 위 특별써비스를 제공함으로써 외국선주의 채산성을 가능케 해주고 그들을 상시 고객으로 확보할 수 있었으며, 특히 통상 해상운송알선업자가 받는 수수료가 취급금액의 1.25%가 국제관례임에도 2.5%의 고율의 수수료를 받을 수 있었다. 따라서, 원고는 해운대리점회사로서 이러한 필요에 따라 거래 선주회사 또는 용선회사의 재정상태 또는 지불능력을 파악하기 위하여 자금의 흐름을 어느 정도의 양해 아래 항시 파악, 관리하고 이를 위 잡기장에 기재하여 온 것이다.

"④ 특히, 잡기장에 기재된1991. 8. 12. REFUND 미화 500,000불'은 원고의 거래선회사가 대금을 과도하게 지급한 상태에서 50만불을 반환청구하였다는 취지이고,1992. 2. 21. FOR CASH ADVANCE 미화 40,000불'은 일반적으로 선박운항시 선박이 항구에 들어가있을 경우 선장이 여러 목적을 위하여 전도금을 요청하는 경우가 있는데 이는 선장이 현금으로 전도금을 요청하였다는 내용이며,1992. 2. 22. S.J.L. 미화 310,000불'은 원고의 중개거래선인 회사가 상대방에게 31만불의 거래대금을 청구하였다는 내용인데 원고 직원이 거래 내용을 파악하지 못하여 후일 사장에게 확인한다는 뜻으로 원고 대표이사 이○진의 영문이름의 머리글자를 따서 표기해 놓은 것이고,1992. 5. 26. CASH TRANSFFRRED 미화 500,000불'의 기재는 원고의 중개거래선인 회사가 상대방에 대하여 현금이체(결제에 시간을 소요하는 당좌수표나 타행간 자기앞 수표의 이체를 제외한 것)에 의한 50만불을 거래대금으로 청구하였다는 내용으로서, 이상 어느 것이나 원고의 수입을 나타내거나 은행계좌로부터의 예금인출을 뜻하는 것이 아니다. 그리고, 원고 대표이사가 위 1991. 8. 12.자 미화 50만불을 운용하였다는 증거서류인 을제2호증은 원고의 어느 거래선이 원고 사무실에 왔다 남기고 간 출처불명의 낱장 프린트 용지에 불과하다.",⑤ 원고가 중개수수료 수입누락확인서(을제3호증)를 작성하게 된 것은, 조사관서인 서울지방국세청 특별조사반에서 1993. 8. 24.부터 40여일간 20여명의 대인원을 동원하여 원고의 모든 서류를 영치하고 강압적인 조사를 함으로써 원고 대표이사로서는 몹시 지친 상태였고, 회사의 업무를 정상화할 절실한 필요가 있었으며, 원고 대표이사를 외환관리법 위반 등으로 조사하겠다고 하여 강압적인 분위기 아래 특별조사반이 제시하는 대로 작성하여 준 것이다.

그러므로 우선, 위 ①,②의 점에 관하여 살피건대, 이에 부합하는 갑제4호증의 1 내지 6, 갑제6호증의 1 내지 6, 갑제8호증의 1,2, 갑제10호증의 각 기재와 증인 이○○의 증언, 증인 진○○의 일부증언은, 용선계약이나 화물운송계약의 당사자는 단순한 대리인과는 달리 운송물의 손상, 손실 및 각종 해난사고와 관련하여 운송인으로서 모든 법적 책임을 부담하게 되는 점에 비추어 단순히 원고의 직원이 안이하게 일을 처리해서 또는 별일 없으리라 생각하고 또는 외국 계약당사자가 착각을 해서 실제 용선회사나 운송회사라고 주장하는 회사 대신 원고가 당사자로서 서명하고 대리 표시를 누락하였다거나 원고가 불과 2.5%의 수수료를 받기 위해 위와 같이 법적 책임을 부담하는 운송인으로서의 서명을 하였다는 점을 쉽게 믿기 어렵다.

다음, 위 ③,④의 점에 관하여 살피건대, 이에 부합하는 증거로는 증인 이○○의 증언이 있으나, 위 잡기장의 기재 내용에 의하더라도 원고는 일자별 또는 선박별로 용선료와 입항료 등의 비용, 운임 등의 수입을 기재하고 잔액란에 입,출금액이 가감되어 현재의 시재액을 표시하고 있으므로 위 잡기장은 어느 한 운송회사의 입장에서 본 장부라고 보여지고(예를 들어 위 잡기장을 보면 ○○선박과 관련하여 ○○ Ltd로 받은 운임수입 미화 296,501.06불이 잔액에 더해져 잔액이 미화 764,081.51불이 되고, 그 다음의 Orion으로부터의 청구액 미화 41,530불이 공제되어 잔액이 미화 722,551.51불로 기재되고 있는 바, 단순히 거래회사의 신용정보를 파악하기 위한 것이라면 여러회사의 입,출금현황을 혼합 기재하여 이를 가감한 잔액을 기재해 나갈 필요가 없다), 원고 대표이사가 매 거래사항마다 시재액을 확인하여 날인을 하여 온 사정에 비추어 이를 믿을 수 없다.

다음, 위 ⑤의 점에 관하여 살피건대, 납세자가 실지세무조사 과정에서 매출누락사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성하였다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었다거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특단의 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 것이라 할 것인바, 원고회사의 대표이사인 위 이○진이 위 매출누락사실을 자인하는 내용의 위 확인서가 위와 같이 강제로 작성되었다고 인정할 증거가 없고, 그 기재 내용도 앞서 본 사실관계에 비추어 보면 사실에 부합한다고 할 것이므로 이는 위 매출누락사실을 인정하는 증거로 함이 상당하다 할 것이다.

따라서, 원고가 위와 같이 다투고 있는 점은 모두 받아들이지 아니한다.

(나) 소결론

앞서 본 사실관계에 의하면, 원고는 자기 계산으로 선박들을 용선하여 해상운송업을 영위함으로써 1991. 8.경 미화 500,000불의, 1992. 2.경 미화 40,000불 및 미화 310,000불의, 1992. 5.경 미화 500,000불의 각 운송료 수입을 얻은 바 있고, 원고의 대표이사인 소외 이○진이 1991. 8. 12. 미화 500,000불을, 1992. 2. 21. 미화 40,000불을, 같은 해 2. 22. 미화 310,000불을, 같은 해 5. 26. 미화 500,000불을 각 인출하였다고 인정함이 상당하므로 피고가 법인세법 제32조 제2항 및 부가가치세법 제21조 제1항 의 각 규정에 의하여 위 각 사업년도의 법인세 및 부가가치세 과세표준과 세액을 경정함에 있어서 원고의 위 각 매출누락액을 가산하여 이 사건 법인세 및 부가가치세 부과처분을 한 것은 적법하다고 할 것이고 원고의 첫째 주장은 이유 없다.

나. 원고의 둘째 주장에 관한 판단

(1) 법인세법 시행령 제94조의 2 의 효력

헌법재판소는 1995. 11. 30. 선고 94헌바32 결정 으로써 위 법인세법 제32조 제5항 은 국민의 권리의무에 관한 기본적인 사항에 해당하는 소득처분에 관련된 과세요건을 정함에 있어서 아무런 기준을 제시함이 없이 하위법규인 대통령령에 전적으로 일임함으로써 포괄적으로 위임하여 조세법률주의와 위임입법의 한계에 관한 헌법규정을 위반하였으므로 위헌이라고 선고하였고, 한편 위 법인세법 시행령 제94조의 2 제1항 은 과세대상인 소득의 종류와 납세의무자를 의제하는 규정으로서 법률의 구체적・개별적 수권을 필요로 하는 위임명령에 해당하고, 위 법인세법 제32조 제5항 이외에 소득세법 등 다른 법령에서 위 시행령 규정에 대한 위임근거를 찾아 볼 수도 없으므로, 위 위헌결정으로 인하여 위 법인세법 규정의 효력이 상실되었음은 물론이고 그 규정의 위임에 따라 마련된 법인세법 시행령 제94조의 2 규정 또한 그 근거법률의 효력이 상실됨에 따라서 그 효력을 상실하였다고 할 것이며, 위 위헌결정의 효력은 당해 법률의 조항이 재판의 전제가 되어 이 법원에 계속중인 이 사건에도 미친다고 할 것이다( 대법원 1997. 5. 16. 선고 96누8796 판결 , 1997. 10 .28. 선고 96누9140 판결 등 참조).

따라서, 위 법인세법 시행령 조항은 이 사건 소득세 부과처분의 근거 법령이 될 수 없다고 할 것이니 이 사건 소득세 부과처분은 그 점에서 위법하다 할 것이다.

(2) 소득세법에 근거한 이 사건 소득세 부과처분의 적법 여부

(가) 처분사유의 변경

이 사건에 있어서 피고는, 가사 위 법인세법 시행령 조항이 이 사건 소득세부과처분의 근거 법령이 되지 않는다 하더라도 실제로 위 각 사업년도의 매출누락액은 사외유출되어 원고회사의 대표이사인 위 이○진에게 귀속되었고, 이는 소득세법 제21조 제1항 제1호 가목 소정의 근로의 대가로 지급된 임시적 금여인 상여로서 갑종근로소득에 해당하므로 관세관청으로서는 위 법인세법 시행령 조항에 근거하여 소득금액을 지급한 것으로 의제하는 소득처분과는 별도로 소득세법에 따라 원고회사로부터 이 사건 원천징수소득세를 징수할 수 있으니 이 사건 소득세 부과처분은 결과적으로 적법하다고 주장한다.

살피건대, 과세처분취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환・변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니라 할 것인바, 위 소득세법 제142조 제1항 , 제143조 에 의하면, 국내에서 거주자나 비거주자에게 갑종근로소득금액 등을 지급하는 자는 그 자에 대한 소득세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 납부하여야 하므로 위 법인세법 시행령 제94조의 2 에 근거하여 위와 같이 소득금액을 지급한 것으로 의제하는 소득처분과는 별도로 과세관청으로서는 대표이사에 대한 소득의 현실적 귀속 및 소득의 종류를 주장・입증하여 소득세법에 따라 그 법인으로부터 원천징수할 수 있고, 과세표준과 세액이 동일한 원천징수 갑종근로소득세의 세목 아래에서 현실 귀속된 소득에 대한 과세근거 규정만을 달리 주장하는 것은 동일한 소송물의 범위 내에서의 처분사유의 변경에 해당하므로 이를 허용하여야 할 것이다( 대법원 1997. 10. 24. 선고 97누447판결 및 같은 날 선고 97누2429 판결 등 참조).

(나) 매출누락액의 귀속 및 그 법적 성격

① 앞서 본 사실관계에 의하면, 원고회사의 대표이사인 소외 이○진이 총주식의 47.2%를 보유하고 있으면서, 직원이 여직원 6명을 포함한 10명에 불과한 소규모의 회사인 원고회사의 모든 영업활동 및 입,출금을 관리하여 왔으며, 한편, 위와 같은 원고의 매출누락액이 발생할 무렵 위 이○진이 이를 모두 인출하여 금융자산으로 운용하는 등 소득을 얻은 바가 있다고 인정되므로 위 매출누락금은 각 해당 년도에 위 이○진에게 귀속되었다고 보는 것이 상당하다.

② 그리고, 사실상 대표이사 1인이 회사의 모든 영업활동 및 입,출금을 관리하고 있는 회사에 있어서 지배주주이자 대표이사인 자가 자신에게 귀속시킨 법인의 금원 가운데 법인의 사업을 위하여 사용된 것이 분명하지 아니한 금원은 대표이사로서 제공한 근로의 대가로 지급된 것으로 보아야 하고, 그것은 소득세법 제21조 제5항 및 위 시행령 제43조 제1호 에 규정한 근로소득에 해당한다 할 것인바, 이 사건의 경우, 이 사건 매출누락금이 원고의 대표이사인 위 이○진에게 귀속되었다고 인정되는 점은 앞서 본 바와 같으므로 위 금원은 위 이○진에게 그 근로의 대가로 지급된 것으로서 위 이○진의 근로소득이라고 보는 것이 타당하다.

따라서, 이 사건 소득세 부과처분은 결과적으로 위 소득세법을 근거 법령으로 한 점에서 적법하다.

③ 다만, 앞서 본 사실관계만으로는 피고가 위 매출누락액과 더불어 위 이○진의 근로소득에 포함한 부가가치세액은 원고가 반드시 이를 징수하였다거나 위 이○진에게 귀속되었다고 단정하기 어렵고, 그 밖에 이를 인정할 증거도 없으므로 결국, 이 사건 소득세 부과처분 중 위 부가가치세액이 근로소득임을 전제로 한 부분은 위법하다 할 것이다.

(다) 정당한 소득세액

앞서 본 사실관계를 기초로 원고가 부담하여야 할 이 사건 원천징수 소득세의 정당한 세액을 계산하면 별지 원천징수갑종근로소득세 세액계산표 기재와 같이 91년도 귀속 원천징수갑종근로소득세는 금 159,684,547원, 92년도 귀속 원천징수갑종근로소득세는 금 292,252,667원이 된다.

따라서, 이 사건 소득세 부과처분 중 위 정당한 세액을 넘는 부분은 위법하다 할 것이다.

5. 결론

그렇다면, 이 사건 법인세 및 부가가치세 부과처분은 적법하고, 이 사건 소득세 부과처분 중 위 91년도 귀속 원천징수갑종근로소득세 금 159,684,547원, 92년도 귀속 원천징수갑종근로소득세 금 292,252,667원을 초과하는 부분은 위법하므로, 원고의 이 사건 청구 중 소득세부과처분의 취소를 구하는 부분은 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하며, 법인세 및 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1998. 1. 23.