인천지방법원 2017구단50246 (2017.08.22)

기획재정부령이 정하는 규모 등에 해당되어 양도소득세 감면대상인지 여부

이 사건 주택건설사업은 주택법 제15조에 의하여 213개 필지 177,078㎡에 대지를 조성하고 그 지상에 아파트단지를 건축하는 사업으로서, 구 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제3항에서 규정한 주택법 상 대지조성사업의 규모(10만㎡)를 넘으므로 대규모개발사업에 해당하여 이 사건 농지는 양도소득세 감면대상에 해당함

조세특례제한법 제69조

서울고등법원 2017누69184 양도소득세부과처분취소

이○○

○○○세무서장

2017.12.19.

2018.01.16.

1. 제1심 판결을 취소한다.

피고가 2016. 6. 2. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 131,233,340원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송총비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

원고의 모 망 심OO(2016. 1. 16. 사망, 이하 '망인'이라 한다)은 2001. 10. 3. 김O시 감O동 소재 임야 3,848㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 상속으로 취득한 후 그 중 719㎡(이하 '이 사건 농지'라 한다)를 자경하였다.

감O1지구도시개발조합은 2010. 3. 17.경 구 도시개발법(2016. 1. 19. 법률 제13805호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조에 의하여 이 사건 토지를 포함한 김O시 감O동 67 일원에 주거단지조성을 위한 도시개발사업 실시계획을 인가받았고, 이에 따라 이 사건 토지는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 '국토계획법'이라 한다) 상 주거지역에 편입되었다. 그리고 주식회사 사OOOOOO(이하 '소외 회사'라 한다)은 이 사건 토지가 포함된 김O시 감O동 67 외 212필지 177,078㎡ 지상의 감O1지구 2단지 아파트 신축공사사업(사업시행기간: 2012. 4.경부터 2015. 2.경까지)에 관하여 2011. 12. 21.경 주택법 제15조에 따라 주택건설사업을 승인받았다.

망인은 위 도시개발사업에 의하여 이 사건 토지가 주거지역에 편입된 후 위 주택건설 사업이 진행되자 2014. 3. 26. 소외 회사에 이 사건 토지를 2,560,800,000원에 양도하였고, 2014. 6. 2. 이 사건 농지에 대하여 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항의 자경농지 양도소득세 감면을 적용하여 이 사건 토지에 관한 2014년 귀속 양도소득세 532,598,873원을 신고.납부하였다.

이에 대하여 피고는 이 사건 토지가 위 양도 당시 주거지역 편입일로부터 3년이 경과되어 구 조세제한특례법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제4항 제1호에 따라 구 조세제한특례법 제69조 제1항의 자경농지 양도소득세 감면대상에서 제외되는 것으로 보고, 2016. 6. 2. 망인의 상속인인 원고에게 2014년 귀속 양도소득세 131,233,340원을 경정.고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

원고는 2016. 8. 25. 이 사건 처분에 불복하여 심사청구를 제기하였으나 2016. 11. 15. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1, 2, 4 내지 14호증, 을1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고

이 사건 토지는 위 도시개발사업으로 국토계획법 상 주거지역에 편입된 후 3년 이내에 소외 회사가 주택법에 의하여 시행한 '대규모개발사업'인 위 주택건설사업의 실시에 따라 사업 및 보상이 지연됨으로써 주거지역 편입 후 3년이 지나 그 양도절차가 종결되었다. 그러므로 이 사건 토지 중 이 사건 농지에 관하여는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문, 같은 법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 다목, 같은 법 시행규칙(2017. 3. 17. 기획재정부령 제614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제3항에 의하여 양도소득세 감면이 적용되어야 한다.

그렇지 않더라도 위 도시개발사업이 구 도시개발법 제17조에 의한 실시계획 인가를 받음으로써 같은 법 제19조 제1항 제16호에 의하여 주택법 제15조에 따른 대지조성사업 승인이 의제되는 이상, 위 도시개발사업은 주택법에 의한 대지조성사업으로서 구 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제3항에 의하여 '대규모개발사업'에 해당하므로, 이 사건 토지 중 이 사건 농지에 관하여 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문, 같은 법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 가목에 의한 양도소득세 감면이 적용되어야 한다.

2) 피고

이 사건 토지는 위 도시개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입되었으므로 여기에는 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 가목이 적용되어야 한다.

그런데 위 도시개발사업은 주택법에 의한 대지조성사업이 아니어서 구 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제3항에 의하여 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 가목의 '대규모개발사업'에 해당하지 않으므로, 이 사건 토지에는 구 조세특례제한법 제69조 제1항에 의한 양도소득세 감면이 적용될 여지가 없다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 본문은 국토계획법 상 주거지역에 편입된 후 3년이 지난 농지에 대하여 구 조세특례제한법 제69조 제1항의 자경농지 양도소득세 감면을 적용하지 아니한다고 규정하였다. 다만 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 가목에서는 '대규모개발사업'의 시행으로 인하여 국토계획법상 주거지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 3년이 지난 경우에는 위 자경농지 양도소득세 감면의 배제에서 제외하여(예외의 예외) 위 감면 규정을 적용하도록 하였고, 이에 따라 구 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제3항은 위 '대규모개발사업'의 규모를 100만㎡로 하되 주택법에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만㎡로 규정하였다.

한편 조세특례제한법 시행령이 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되면서 제66 조 제4항 제1호 단서 다목이 신설되었는데, 이는 지방자치단체 등이 도시계획을 수립하면서 대규모개발사업의 시행 전 주거지역 등으로 지정하였다가 대규모개발사업을 시행하는 경우 등에 관하여 양도소득세 감면 여부가 불분명한 문제점을 해결하기 위한 것으로서, 이에 의하면 '국토계획법 상 주거지역에 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행된 농지'에 대하여도 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 주거지역 편입 후 3년이 지난 경우에는 구 조세특례제한법 제69조 제1항의 자경농지 양도소득세 감면을 적용할 수 있게 되었다.

2) 이 사건 토지는 2010. 3. 17.경 국토계획법 상 주거지역에 편입된 후 3년이 경과한 2014. 3. 26.경 양도되었으므로, 그 중 망인이 8년 이상 재촌・자경한 이 사건 농지에 관하여 구 조세특례제한법 제69조 제1항의 자경농지 양도소득세 감면을 적용할 수 있는지 여부는 위 주거지역 편입 후 3년 이내에 시행된 위 주택건설사업을 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 가목 또는 다목, 같은 법 시행규칙 제27조 제3항의 '대규모개발사업'으로 볼 수 있는지 여부 등에 달려 있다.

위 주택건설사업은 주택법 제15조에 의하여 213개 필지 177,078㎡에 대지를 조성하고 그 지상에 아파트단지를 건축하는 사업으로서, 구 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제3항에서 규정한 주택법 상 대지조성사업의 규모(10만㎡)를 넘는다. 망인은 위 주택건설사업이 진행됨에 따라 이 사건 농지를 포함한 이 사건 토지를 소외 회사에 양도하였는바, 이 사건 토지가 국토계획법 상 주거지역에 편입된 후 3년이 지나 위 양도 절차가 종결된 것은 대규모개발사업에 해당하는 주택법 상의 대지조성 등 사업인 위 주택건설사업의 시행 및 보상의 지연으로 인한 것이라고 봄이 상당하다. 그러므로 이 사건 농지에 대하여는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문, 같은 법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 다목, 같은 법 시행규칙 제27조 제3항에 의하여 양도소득세 감면이 적용된다고 보아야 한다.

이에 대하여 피고는 이 사건 토지에 관하여 구 도시개발법 제17조에 의한 위 도시개발사업의 실시계획이 인가되었고 이에 따라 이 사건 토지가 국토계획법 상의 주거지역에 편입된 이상 위 주택개발사업을 독립성을 가진 별도의 대규모개발사업으로 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 대규모개발사업이 반드시 기존 사업계획 등과 독립적으로 시행되어야 한다고 볼 아무런 근거가 없을 뿐만 아니라, 오히려 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 다목은 기존의 개발계획에 따라 주거지역 등에 편입됨으로써 주거지역 등 편입이 대규모개발사업의 시행에 의하지 않더라도 기존 개발계획의 연장선상에서 일정한 기간 내에 대규모개발사업이 시행되는 경우에는 자경농지 감면 규정이 적용됨을 분명히 하고 있으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

3) 결국 이 사건 농지에 관하여 구 조세특례제한법 제69조 제1항의 자경농지 양도소득세 감면이 적용되어야 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 대하여 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을

달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소한다.

[별지]

관계법령

▣ 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 농업법인 이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역・상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 주거지역등 이라 한다)에 편입되거나「도시개발법」또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(환지처분) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

▣ 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것)

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

④ 법 제69조 제1항 본문에서 대통령령으로 정하는 토지 란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시・광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」제3조제4항에 따라 설치된 도농(도농) 복합형태의 시의 읍・면 지역 및「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍・면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역・상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 대규모개발사업 이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역・상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

다.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역・상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

▣ 구 조세특례제한법 시행규칙(2017. 3. 17. 기획재정부령 제614호로 개정되기 전의 것)

제27조(농지의 범위등)

③ 영 제66조 제4항 제1호 가목 및 제67조 제8항 제1호 가목에서 기획재정부령으로 정하는 규모 란 100만제곱미터로 하되,「택지개발촉진법」에 의한 택지개발사업 또는「주택법」에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다.

▣ 구 도시개발법(2016. 1. 19. 법률 제13805호로 개정되기 전의 것)

제11조(시행자 등)

① 도시개발사업의 시행자(이하 시행자 라 한다)는 다음 각 호의 자 중에서 지정권자가 지정한다. 다만, 도시개발구역의 전부를 환지 방식으로 시행하는 경우에는 제5호의 토지 소유자나 제6호의 조합을 시행자로 지정한다.

6. 도시개발구역의 토지 소유자(「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조에 따라 면허를 받은 자를 해당 공유수면을 소유한 자로 보고 그 공유수면을 토지로 본다)가 도시개발을 위하여 설립한 조합(도시개발사업의 전부를 환지 방식으로 시행하는 경우에만 해당하며, 이하 조합 이라 한다)

제17조(실시계획의 작성 및 인가 등)

① 시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 도시개발사업에 관한 실시계획(이하 실시계획 이라 한다)을 작성하여야 한다. 이 경우 실시계획에는 지구단위계획이 포함되어야 한다.

② 시행자(지정권자가 시행자인 경우는 제외한다)는 제1항에 따라 작성된 실시계획에 관하여 지정권자의 인가를 받아야 한다.

제19조(관련 인ㆍ허가등의 의제)

① 제17조에 따라 실시계획을 작성하거나 인가할 때 지정권자가 해당 실시계획에 대한 다음 각 호의 허가ㆍ승인ㆍ심사ㆍ인가ㆍ신고ㆍ면허ㆍ등록ㆍ협의ㆍ지정ㆍ해제 또는 처분 등(이하 인ㆍ허가등 이라 한다)에 관하여 제3항에 따라 관계 행정기관의 장과 협의한 사항에 대하여는 해당 인ㆍ허가등을 받은 것으로 보며, 제18조 제1항에 따라 실시계획을 고시한 경우에는 관계 법률에 따른 인ㆍ허가등의 고시나 공고를 한 것으로 본다.

16.「주택법」제15조에 따른 사업계획의 승인

③ 지정권자는 실시계획을 작성하거나 인가할 때 그 내용에 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항이 있으면 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다. 이 경우 관계 행정기관의 장은 협의 요청을 받은 날부터 대통령령으로 정하는 기간에 의견을 제출하여야 하며, 그 기간 내에 의견을 제출하지 아니하면 협의한 것으로 본다.

▣ 주택법

제15조(사업계획의 승인)

① 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하려는 자는 다음 각 호의 사업계획승인권자(이하 사업계획승인권자 라 한다. 국가 및 한국토지주택공사가 시행하는 경우와 대통령령으로 정하는 경우에는 국토교통부장관을 말하며, 이하 이 조, 제16조부터 제19조까지 및 제21조에서 같다)에게 사업계획승인을 받아야 한다. 다만, 주택 외의 시설과 주택을 동일 건축물로 건축하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만제곱미터 이상인 경우: 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ도지사 또는 특별자치도지사(이하 시ㆍ도지사 라 한다) 또는 「지방자치법」 제175조에 따라 서울특별시ㆍ광역시 및 특별자치시를 제외한 인구 50만 이상의 대도시(이하 대도시 라 한다)의 시장

2. 주택건설사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만제곱미터 미만인 경우: 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수 끝.