1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2012. 12. 24. 원고에 대하여 한 농지보전부담금부과처분을...

1. 처분의 경위

가. 원고와 전북개발공사(이하 ‘원고 등’이라 한다)는 공동시행자로서 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법과 택지개발촉진법에 따라 국토해양부장관으로부터 2007. 9. 4. 전주시 만성동ㆍ중동, 전북 완주군 이서면 갈산리ㆍ반교리 일원 토지 10,144,755㎡에 대한 전북 전주ㆍ완주 혁신도시 개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 관하여 개발계획을 승인받았고, 2008. 3.경 실시계획을 승인받았다.

나. 국토해양부장관은 위 실시계획을 승인함에 있어 2008. 2. 21. 농림수산식품부장관의 농지전용 협의권한을 위임받은 피고와 사이에 이 사건 사업부지 중 공부상 지목이 전ㆍ답 등 농지로 되어 있는 토지 3,681,660㎡에 관하여 농지전용 협의를 하였고, 피고는 2008. 6. 25. 원고 등에게 전용농지 3,681,646㎡에 대하여 농지보전부담금 17,783,554,680원을 부과하는 결정을 하였으며, 원고 등은 관련 법령에 따라 농지보전부담금의 수납업무를 위탁받은 피고보조참가인에게 2008. 7.경 위 농지보전부담금을 납부하였다.

다. 이후 원고 등은 2011. 3.경 내부개발계획의 변경에 따라 국토해양부장관으로부터 실시계획 변경승인을 받았고, 이와 관련하여 피고는 2011. 3. 29. 국토해양부장관과 사이에 추가로 공부상 지목이 전ㆍ답 등 농지로 되어 있는 토지 167,188㎡에 관하여 농지전용 변경협의를 거쳤으며, 위 토지 부분에 대하여 원고 등이 제출한 농지보전부담금 부과자료에 따라 피고는 원고 등에게 농지보전부담금 2,210,788,120원을 추가로 부과하였고, 원고 등은 피고보조참가인에게 위 추가 농지보전부담금을 납부하였다. 라.

또한 피고보조참가인으로부터 사실상 농지에 대한 농지보전부담금 누락통보를 받은 피고는...