1. 피고가 2014. 8. 20. 원고에 대하여 한 취득세 1,450,606,530원, 농어촌특별세 36,926,750원,...

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 5. 8. 골프시뮬레이터 제조, 판매 등을 주된 사업목적으로 설립된 회사로서, 2011. 5. 20. 한국거래소 코스닥시장에 상장되었다.

현재 원고는 대전 유성구 테크노11로 13(탑립동)에 본사를 두고 있으며, 골프시뮬레이터 등을 제조판매하는 스크린 골프사업과 골프시뮬레이터 설치 및 AS를 진행하는 유지보수 사업, 골프장 운영 및 골프용품 판매사업 등을 영위하고 있고, 사업자단위과세 적용사업자이다.

나. 원고는 2012. 6. 25. 서울 강남구 청담동 68 대지 1203.7㎡ 및 그 지상 건물(면적 6188.48㎡, 이하 ‘이 사건 연구동’이라 한다)과 같은 동 68-22 대지 794.4㎡ 및 그 지상 건물(면적 8962.12㎡, 이하 ‘이 사건 지점동’이라 한다)을 취득하여 소유권 이전등기를 마쳤고, 같은 날 서울 강남구 영동대로 735(청담동)(이 사건 지점동 소재지의 도로명 주소)를 사업장 소재지로 하여 종된사업장(임대사업장) 등록을 하였다.

다. 원고는 이 사건 연구동을 취득하면서 이를 구 지방세특례제한법(이하 ‘지특법’이라 한다) 제46조 제1항이 정한 기업부설연구소 용도로 취득하였다는 이유로 취득세 등을 면제받는 것으로 신고하였고, 이 사건 지점동을 취득하면서 그 중 임대용도로 취득한 부분에 대해서는 일반세율을 적용한 취득세 533,701,970원, 농어촌특별세 26,685,090원, 지방교육세 53,370,190원을 신고납부 하였으며, 지점용도로 취득한 부분에 대해서는 구 지방세법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법’이라 한다) 제13조 제2항의 중과세율을 적용한 취득세 2,304,493,950원, 농어촌특별세 57,612,340원, 지방교육세 345,674,090원을 신고납부하였다. 라.

한편 원고는 2013. 3. 19. 산업기술진흥협회 이하 ‘산기협’이라...