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주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고(주식회사 B에서 2017. 11. 27. 주식회사 A으로 변경되었다)는 2012. 9. 28. 의류ㆍ잡화 제조업, 의류ㆍ잡화 도ㆍ소매업 등을 영위하기 위하여 설립된 법인으로 2014. 10. 16. C기금으로부터 벤처기업 확인을 받았다.
나. 원고는 목적 사업을 영위하기 위하여 2015. 11. 30. 서울 동대문구 D 대 195㎡, E 대 337㎡, F 대 93㎡, G 대 205㎡, H 전 10㎡ 및 그 지상 8층 근린생활시설(이하 위 토지와 건물을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 취득하면서, 창업벤처중소기업이 창업일로부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여 취득세의 100분의 75를 감면하도록 하는 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세특례제한법’이라 한다) 제58조의3 제1항 제2호 등에 따라 취득세를 감면받아 취득세 115,049,500원, 지방교육세 11,504,950원, 농어촌특별세 5,752,470원 합계 132,306,920원을 납부하였다.
이후 원고는 2016. 2. 2. 이 사건 부동산 중 건물 부분을 증축하고 지방세특례제한법 이에 대하여는 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제58조의3 제1항 제2호가 적용되나 내용은 동일하다.
제58조의3 제1항 제2호에 따라 취득세의 100분의 75를 감면받아 취득세 214,600원, 지방교육세 23,410원, 농어촌특별세 9,750원 합계 247,760원을 납부하였다.
다. 피고는 2016. 3. 30.부터 2016. 4. 15.까지 원고에 대한 지방세 지도점검을 한 후 원고의 설립이 ‘창업’에 해당하지 않는다고 보아 2016. 10. 7. 이 사건 부동산의 취득과 관련한 취득세 628,055,360원, 지방교육세 94,038,270원, 농어촌특별세 15,786,400원, 취득세 가산세 90,583,960원, 지방교육세 가산세 8,886,610원, 농어촌특별세 가산세 1,491,810원 합계 838,842...