1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2014. 1. 19. 광명시 B C호 내지 D호(2층 전체)를 E로부터 증여받아 취득하면서 피고에게 위 부동산의 취득이 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 것이라는 이유로 지방세에 해당하는 취득세 및 이를 전제로 하는 농어촌특별세, 지방교육세의 감면 신청을 하였고, 피고는 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제50조 제1항 본문에 따라 위 부동산에 대한 취득세 및 이를 전제로 하는 농어촌특별세, 지방교육세를 면제하였다.

나. 피고는 2017년 취득세 비과세ㆍ감면 일제조사 결과에 따라, 원고가 취득세 등을 면제받은 위 부동산들 중 F어린이집(이하 ‘이 사건 어린이집’이라 한다)으로 사용되고 있는 C호 및 G호의 일부(건물 231.45㎡, 토지 250.02㎡, 이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)는 정당한 사유 없이 취득일로부터 3년이 경과하기까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우에 해당한다는 이유로 2017. 3. 27. 원고에게 이 사건 부동산에 대한 시가표준액 735,039,900원을 과세표준으로 하고 지방세법 제11조 제1항 제2호 본문의 세율(1천분의 35)을 적용한 취득세(가산세 포함, 이하 같다) 41,168,290원, 농어촌특별세 1,967,790원, 지방교육세 2,951,690원을 과세예고 하였다.

다. 원고가 위 과세예고에 불복하여 2017. 4. 12. 경기도지사에게 과세전적부심사를 청구하였고, 경기도지사는 2017. 5. 16. 추징세율을 1천분의 35로 적용한 것은 부적절하고 실제 용도에 따른 사용 면적의 조사가 필요하다는 이유로 원고의 위 청구를 일부채택하였다. 라.

이에 피고는 이 사건 부동산의 면적을 재측정한 후 2017. 5. 25. 원고에게 이 사건 부동산에 대하여 지방세법 제11조 제1항...