토지와 건물을 함께 공급하는 경우 공급가액을 기준으로 안분계산함

'매매금액에 건물분 부가가치세는 별도'로 약정하였으므로 공급가액을 기준으로 토지와 건물을 안분계산하는 것은 적법하며, 원고가 장부에 기재한 감가상가누계액을 건물 취득가액에서 차감하는 것은 적법하다.

부가가치세법 시행령 제64조토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산

2018구합4007 양도소득세등부과처분취소

김00

○○세무서장

2018.10.31.

2018.12.14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. *. **. 원고에게 한 양도소득세 ***,***,***원(가산세 포함)의 부과처분, 2017. *. **. 원고에게 한 부가가치세 ***,***,***원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

1. 처분의 경위 및 인정 사실

가. 원고는 1964. **. **. 서울 **구 **동 *** 토지(***㎡, 이하 '이 사건 토지'라 한다)를 취득하였고, 1989. **. **. 부동산임대업으로 사업자등록을 하고, 1991. *. **. 이 사건 토지에 근린생활시설(지하2층, 지상6층, 연면적 ***㎡, 이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축한 후 부동산임대업을 영위하였다.

나. 원고는 2016. *. *. 한국**조합(이하 '소외 조합'이라 한다)과 이 사건 토지와 건물을 일괄하여 매도하는 매매계약을 체결하였다(이하 '이 사건 매매계약'이라 한다). 이 사건 매매계약서에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있는데, 매도인란, 토지분과 건물분의 각 구분매매대금, 잔금일 및 인도일, 특약사항 제4항 부분만 수기로보충되어 있고, 매수인, 매매대금 합계액 **,000,000,000원, 특약사항 제3항을 포함한 나머지 모든 내용은 인쇄되어 있다.

다. 원고는 2016. *. **. 소외 조합에 이 사건 토지와 건물의 소유권을 이전하고 이 사건 건물에 대하여 공급가액을 1,***,000,000원으로 하는 세금계산서를 발급하였다.

라. 원고는 2016. *. 25. 이 사건 건물의 공급가액을 1,***,000,000원으로 하여 2016년 제1기 부가가치세를 신고하였고, 2016. *. **. 아래와 같이 이 사건 매매계약에서 정한 이 사건 토지와 건물의 매매대금을 각 양도가액으로, 이 사건 토지의 환산가액 *,***,***,***원, 이 사건 건물의 장부가액(실지거래가액) *,***,***,***원(= 감가상각 전 금액 *,***,***,***원 - 감가상각누계액 ***,***,***원)을 각 취득가액으로 하여 이 사건 토지와 건물의 양도에 따른 양도소득세 *,***,***,***원을 신고하였다.

마. 피고는 아래와 같이 ① 이 사건 토지와 건물의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조 제2항, 소득세법 시행령 제166조 제6항, 구 부가가치세법 시행령(2016. 8. 31.대통령령 제27472호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1호에 따라 이 사건 토지와 건물의 기준시가(토지 *,***,***원, 건물 *,***,***원)로 안분하여 이 사건 토지의 양도가액을 **,***,***,***원, 이 사건 건물의 양도가액을 *,***,***,***원으로 산정하는 한편, ② 이 사건 건물 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없다고 보아 구 소득세법 제97조 제1항 1호 나목, 소득세법 시행령 제163조 제12항, 제176조의2 제2항 제2호, 제3항에 따라 환산가액을 적용하여 이 사건 토지의 취득가액을 *,***,***,***원, 이 사건 건물의 취득가액을 ***,***,***원(= 환산가액 *,***,***,***원 - 감가상각누계액 ***,***,***원)으로 산정한 후, 2017. *. **. 원고에게 이 사건 토지와 건물 양도에 따른 양도소득세 ***,***,***원(가산세 **,***,***원 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 양도소득세 부과처분'이라 한다).

바. 또한 피고는 2017. *. **. 원고에게 위와 같이 안분하여 산정한 이 사건 건물 공급가액 *,***,***,***원에 대한 부가가치세액을 ***,***,***원으로 경정하고 기존 납부세액과의 차액 ***,***,***원(가산세 **,***,***원 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 부가가치세 부과처분'이라 하고 이 사건 양도소득세 부과처분과 통칭하여 '이 사건 각 처분'이라 한다).

사. 원고는 '이 사건 건물의 감가상각비 차감 전 금액인 *,***,***,***원은 건물 신축에 소요된 실질경비를 장부에 계상한 것이고 건물수리 및 임대수익 변동에 따라 감가상각비를 조정하여 이 사건 건물의 장부가액이 변동한 것이므로 이 사건 건물의 장부가액은 진정한 것이다. 또한 이를 바탕으로 매수인과 협의하여 이 사건 건물의 구분 양도가액을 기재하였으므로 이 사건 건물의 취득가액과 구분양도가액이 불분명한 경우에 해당하지 아니한다.'라고 주장하면서 2017. **. **. 조세심판원에 심판청구를 하였다.

아. 조세심판원은 2018. *. **. 국세청 전산자료를 통해 아래와 같이 원고의 재무제표에서 이 사건 건물의 연도별 가액과 감가상각비가 변동된 사실을 확인하고서, 장부가액이 이유 없이 변동하고 정액 상각되어야 할 감가상각비가 일관성 없이 계상되어 이 사건 건물의 장부가액을 실제 취득가액으로 인정하기 어렵고, 이 사건 토지의 구분 양도가액은 기준시가보다 150% 더 높은 반면 이 사건 건물의 구분양도가액은 기준시가의 70%에 불과하여 각 구분가액이 합리적으로 산정된 것으로 볼 수 없다는 이유로 원고의 심판청구를 기각하였다.

자. 한편 원고가 이 사건 토지와 건물의 양도소득세를 신고하면서 제출한 2015. 12.31. 기준 재무상태표 및 건물감가상각비명세서에는 이 사건 건물의 기초ㆍ기말가액(상각대상금액)이 ***원, 내용연수 40년, 감가상각누계액이 ***원, 미상각잔액이 ***원으로 기재되어 있다.

차. 원고는 다수의 부동산을 소유하면서 임대사업을 영위하고 있는 사업자로, 국세청 전산자료에는 복식부기의무자로서 1992년부터 종합소득세를 신고한 내역이 확인되나, 이 사건 건물 임대사업과 관련한 1991년부터 1994년까지의 대차대조표 및 손익계산서는 확인되지 아니한다.

인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1~3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고가 이 사건 토지와 건물을 양도하고 받은 금액은 매매대금 ***원과 부가가치세 ***원 합계 ***원인데, 이 사건 각 처분에 따르면 건물분 부가가치세를 포함한 총 금액이 ***원이 되어 원고가 실제 수령한 금액보다 많게 되어 부당하다. 따라서 이 사건 토지와 건물의 가액 구분이 불분명하다고 보아 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호를 적용할 경우, 당초 부가가치세 별도로 계약한 ***원을 제외한 나머지 매매대금에는 건물분 부가가치세가 포함된 것인지 불분명하다고 보고 부가가치세법 제29조 제7항에 따라 부가가치세가 포함된 것으로 볼 것인데, 이에 따라 아래 산식을 적용하여 건물분 부가가치세 과세표준(양도가액)이 ***원이 되어야 하므로, 이와 달리 본 이 사건 각 처분은 위법하다.

2) 피고는 원고의 재무상태표가 신빙성이 없다면서 원고가 당초 신고한 취득가액(재무상태표의 장부가액)을 부인하고 취득가액에서 공제할 감가상각비를 원고의 재무상태표에 기재된 감가상각누계액인 ***원으로 보아 이 사건 양도소득세를 부과하였으나, 국세청 전산망에 따르면 원고가 이 사건 건물에 관한 사업소득을 계산하면서 필요경비로 공제받은 감각상각비는 ***원이므로, 소득세법 제97조 제3항에 따라 이 사건 건물에 대한 양도소득세를 산정할 때 취득가액에서 ***원을 차감해야 한다. 따라서 이와 달리 본 이 사건 양도소득세 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

원고는 피고가 이 사건 토지와 건물의 가액구분이 불분명하다고 보고 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호를 적용하는 것 자체에 대해서는 다투지 아니하고, 피고가 이 사건 토지와 건물의 총 실지거래가액 합계 ***원에 부가가치세가 포함되지 아니한 것으로 보아 각 구분거래가액을 산출한 것을 문제 삼고 있다. 그러나 원고와 소외 조합이 이 사건 토지와 건물의 매매가액을 합계 ***원으로 하고 건물분 부가가치세를 매매가액과 별도인 것으로 사전에 약정한 후 이 사건 계약 체결 시점에 토지분 매매가액을 ***원, 건물분 매매가액을 ***원으로 정한 사실은 앞서 본 바와 같고, 사업자인 소외 조합은 원고에게 위 매매가액과 별도로 지급하는 건물분 부가가치세를 매입세액에서 공제받을 수 있는 점을 고려하면, 특별한 사정이 없는 한 원고와 소외 회사는 양도차익의 기준이 되는 이 사건 토지와 건물의 매매가액을 합계 ***원으로 정한 것이고 여기에 이 사건 건물에 대한 부가가치세는 포함하지 아니하기로 한 것이라고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건 토지와 건물의 총 실지거래가액인 ***원에 부가가치세가 포함되었는지가 불분명하다고 볼 수 없으므로, 피고가 위 ***원을 이 사건 토지와 건물의 기준시가로 안분하여 이 사건 토지와 건물의 각 양도가액(이 사건 건물의 공급가액)을 산정한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

2) 두 번째 주장에 대한 판단

가) 소득세법 제97조 제1항, 제3항은 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 취득가액 등을 규정하면서, '양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액'을 공제한 금액을 취득가액으로 하도록 정하고 있다. 이는 감가상각비가 사업소득금액 계산과정에서 이미 필요경비에 산입되었기 때문에 이중계상을 방지하기 위하여 양도소득금액 계산과정에서는 그 감가상각액을 필요경비인 취득가액에 산입하지 아니하는 것이다.

나) 한편 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있지만, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는, 납세의무자가 문제로 된 해당 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 해당 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점 등을 증명하지 못하는 한, 해당 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2016. 6. 10. 선고 2015두60341 판결 등 참조).

다) 원고는 이 사건 건물의 양도차익을 신고하면서 스스로 장부에 기재된 이 사건 건물의 감가상각 전 가액 ***원에서 장부에 기재된 감가상각비누계액 ***원을 공제하여 이 사건 건물의 취득가액을 산출하였고, 조세심판단계에서도 이 사건 건물의 장부가액 ***원을 진정한 것으로 보아야 한다고 주장하며 감가상각비누계액을 공제한 것에 대해서는 별다른 이의를 제기하지 아니한 사실, 조세심판원이 국세청 전산자료에 나타난 이 사건 건물의 장부가액 변동과 감가상각비 내역을 근거로 장부가액을 신뢰할 수 없다고 보아 원고의 주장을 배척한 사실은 앞서 본 바와 같고, 위와 같이 심판청구가 기각되자 원고는 이 소송에 이르러 비로소 국세청 전산자료에서 확인되는 감가상각비만이 필요경비에 산입된 것이므로 감가상각누계액이 아닌 위 감가상각비 합계액만을 취득가액에서 공제하여야 한다고 주장하고 있다. 다수의 부동산을 소유하면서 임대사업을 영위하고 있는 원고가 100억원이 넘는 부동산을 양도하고 그 양도차익을 신고하면서 스스로 장부에 기재된 감가상각비누계액을 공제하여 취득가액을 산출하였고, 복식부기의무자가 소득을 신고하면서 필요경비로 인정되지 아니하는 감가상각비를 장부상 인식하는 경우를 상정하기 어려우므로, 위 감가상각비누계액이 각 과세기간의 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입되었다고 보는 것이 경험칙에 부합한다. 따라서 위 감가상각비누계액을 취득가액에서 공제한 이 사건 양도소득세 부과처분이 위법하다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.