1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 의료기기, 정밀기계장치 제조 및 도소매업 등을 영위하는 법인으로 2011. 5. 25. 산업단지인 B 내에 있는 분할 전 청주시 흥덕구 C 공장용지 12,107㎡(위 토지에서 2014. 4. 28. D과 E가 분할되었다. 이하 통칭하여 ‘이 사건 토지’라 하고, 분할 후의 개별 토지를 지칭할 때는 지번으로 특정한다)를 취득하였는데, 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 규정한 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제120조 제3항에 따라 취득세 등을 면제받았다.

나. 원고는 분할된 C 토지, D 토지 지상에 각 건축면적 326.4㎡인 공장건물 1동씩을 신축하여 2013. 10. 7. 사용승인을 받았고, C 토지 지상의 공장건물을 건축면적 236.8㎡만큼 증축하여 2013. 11. 13. 증축 부분의 사용승인을 받았는데(이하 위와 같이 신축 및 증축된 각 공장건물을 통틀어 ‘이 사건 건물’이라 한다), 2013. 11. 25. 중소기업인 F의 G에게 이 사건 건물 중 533.2㎡(이하 ‘이 사건 건물임대부분’이라 한다)를 임대하였다.

한편 원고는 이 사건 건물의 취득과 관련하여 산업단지 등에서 취득한 부동산에 대한 지방세 감면을 규정한 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제4항(이하 ‘지방세특례제한법 감면규정’이라 한다)에 따라 취득세를 면제받고, 지방세특례제한법에 따라 취득세를 감면받는 경우 그 감면세액의 100분의 20을 농어촌특별세액으로 하는 농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호에 따라 2013. 11. 13. 농어촌특별세액 3,144,140원만을 신고납부하였다가, 2015. 8. 4. 피고에게 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제120조 제3항 이하 가.

항 기재 조세특례제한법 규정과 통칭하여...