국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 후발적 경정청구는 그 소송 당사자에 한함

해석에 다툼의 여지가 있는 경우 그 하자가 명백하다고 할 수 없고, 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 후발적 경정청구는 그 소송 당사자에 한함

2015구단20520 양도소득세경정거부처분취소

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OOO세무서장

2016. 07. 13.

2016. 08. 19.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

주위적 청구취지 : 피고가 2012. 7. 2. 원고에 대하여 한 양도소득세 부과처분은 무효임을 확인한다. 피고가 2015. 3. 18. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정거부처분은 무효임을 확인한다.

예비적 청구취지 : 피고가 2015. 3. 18. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1978. 4. 11. 서울 동대문구 이문동 000-00 소재 주택(이하 '이 사건 종전 주택'이라 한다)을 취득하였다가 이 사건 종전주택이 있던 일대에 재개발이 진행되어 2004. 4. 12. 서울 동대문구 이문동 000 아파트 000동 0000호(이하 '이 사건 신축주택'이라 한다)를 취득하였다(이 사건 신축주택의 사용승인일은 0000. 0. 00.임).

나. 원고는 2008. 4. 23. 이 사건 신축주택을 양도하였는데, 이 사건 신축주택을 취득 한 날부터 5년 이내의 양도라는 이유로 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항에 따라 양도소득세 전액을 감면세액으로 하여 2008년 귀속 양도소득세를 예정신고하였다.

다. 피고는 이 사건 종전주택의 취득일부터 이 사건 신축주택의 취득일 전날까지 발생한 양도소득금액은 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감되는 금액이 아니라고 보아, 2012. 7. 2. 원고에게 2008년 귀속 양도소득세 00,000,000원을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다).

라. 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문 전단의 신축주택의 취득일부터 5년 이내의 양도의 경우에는 기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득과 신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득을 구분할 필요 없어 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다는 취지의 대법원 판결(2014. 12. 11. 선고 2013두12690 판결, 이하 '이 사건 대법원판결'이라 한다)이 선고되자 원고는 2015. 2. 16. 피고에게 이 사건 대법원판결의 선고내용에 따라 2008년 귀속 양도소득세 00,000,000원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

마. 피고는 2015. 3. 18. 원고에 대하여 위 경정청구는 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않으며 국세부과제척기간이 2014. 5. 31. 만료되었다는 이유로 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 거부처분'이라 한다).

바. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2015. 6. 15. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2015. 9. 14. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 3, 5, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

주위적 및 예비적 청구에 관하여 함께 본다.

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 부과처분은 다음과 같은 이유로 하자가 중대・명백하여 무효이다. 설사 그 하자가 명백하지 않다고 하더라도 이 사건 부과처분은 제3자의 보호가 특별히 문제 되지 않아 당연무효로 보더라도 법적 안정성은 크게 저해되지 않는 반면 그 하자가 중대하지만 다른 법적 구제수단이 마땅히 존재하지 않는 경우에 해당하므로 비록 하자가 명백하지 않더라도 무효라고 보아야 한다.

(가) 이 사건 부과처분은 이 사건 대법원판결에 의할 때 조세특례제한법령을 중대하게 위반하여 원고의 재산권을 부당하게 침해하였다.

(나) 원고는 이 사건 종전주택을 1978. 4. 11. 원시취득한 뒤 재건축 후 다시 2004. 4. 12. 이 사건 신축주택을 취득한 것일 뿐 법률상 양도행위라고 평가할 만한 행위를 한 적이 없음에도 불구하고 피고는 이 사건 종전주택 취득 이후 이 사건 신축주택 취득까지에 대해 양도소득세를 부과하고 있는 것으로 이는 실질과세원칙에 반한다.

(다) 조세특례제한법령 시행 후 거의 10여년 가까이 과세당국에서는 기존주택 취득 이후 신축주택 취득까지 부분에 대하여 양도소득세를 부과하지 않고 있다가 2009.경 양도소득세를 부과하기 시작하였는바, 이는 과세관청이 이전의 공적인 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과를 가져온 경우라고 할 것이어서 신의성실의 원칙에도 반한다.

(2) 다음과 같이 후발적 경정청구 사유에 해당함에도 피고는 경정거부처분을 하였으므로 이 사건 거부처분은 무효이거나 위법하다.

(가) 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 적용범위를 반드시 당해판결의 분쟁당사자로 한정할 이유나 근거는 전혀 없고, 한정하지 않는 것이 실질과세원칙, 신의성실의 원칙, 비과세관행의 원칙, 조세평등원칙에 반하지 않는 해석이다. 당해소송을 제기 하든 하지 않든 법정기간 내에 성실하게 납부한 자 모두를 포함하는 것이고, 당해소송을 제기한 자로 한정된다고 유추할 수 있는 문구가 없다. 원고는 이 사건 대법원판결과 동일한 쟁점에 놓인 이해관계인으로 취소판결의 효력을 받는 제3자로 보아야 하므로 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 후발적 경정청구 사유에 해당한다.

(나) 신축주택 감면제도의 도입 및 그 관련법령인 조세특례제한법령의 시행 그리고 그에 따른 과세당국의 양도소득세 전액면제라는 관행 등으로 인해, 원고는 이 사건부과처분으로 부과된 양도소득세에 대해서는 그 신고 당시 그 세액을 포함하여 계산한다는 것은 불가능한 상황이었고, 그 후 신축주택 양도가 있었던 2008.부터 4년이 지나 부과된 피고의 이 사건 부과처분이 그 세액이나 과세표준에 있어서 세법상 정확한 지에 대해 확인할 방법이 없었으므로 부득이한 사유로 인해 최초에는 명확하게 과세표준이나 세액을 계산하는 것이 불가능하였으나 사후에 그 부득이한 사유가 없어짐으로써 세법상 적법하게 그 과세표준이나 세액을 정하는 것이 가능해진 경우 혹은 그에 준하는 경우에 해당한다. 따라서 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제3호, 제4호에서 정한 후발적 경정청구 사유에 해당한다.

(다) 기존의 기본통칙이나 과세관행이 오랜 기간 존재하던 상황에서 과세관청이 돌연 기존입장을 변경한 경우 그 기존의 통칙이나 관행을 믿은 납세자는 보호받아야하므로 이를 별도의 경정청구사유로 규정함이 상당하다는 것이 대체적인 견해이고, 실제 일본의 경우에는 과세관청의 입장이나 해석이 변경된 경우를 후발적 경정청구사유의 하나로 명시하고 있는바, 우리나라의 경우에는, 일본과 달리 그와 같은 내용을 명시적으로 규정하진 않았으나, 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호에서 제2호와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유라고 규정하고 있고 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호에서 제3호를 통해 그에 준하는 사유가 있는 경우라고 규정하고 있으므로, 결국 일본의 경우처럼 과세관청의 입장이 변경된 경우 기존의 관행이나 입장을 믿은 납세자도 후발적 경정청구를 통해서 그 신뢰가 법적으로 보호되어야 하므로 후발적 경정청구 사유에 해당한다.

나. 이 사건 부과처분이 무효라는 주장에 대한 판단

(1) 첫 번째 주장에 대한 판단

하자 있는 행정처분이 당연무효가 되기 위해서는 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지 여부를 판별함에 있어서는 그 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요하는바, 행정청이 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법률의 규정을 적용하여 행정처분을한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져 그 해석에 다툼의 여지가 없음에도 불구하고 행정청이 위 규정을 적용하여 처분을 한 때에는 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 행정관청이 이를 잘못 해석하여 행정처분을 하였더라도 이는 그 처분 요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2002다68485 판결 참조).

살피건대, 구 조세제한특례법 제99조의3 제1항 본문은 "거주자가 …… 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고(이하 '전단'이라 한다), 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다(이하 '후단'이라 한다)"고 규정하고 있는바, 이 사건 부과처분 당시 신축주택의 취득일로부터 5년 이내의 양도한 경우의 구 조세특례제한법의 해석에 있어서 양도소득의 발생 기산일이 '신축주택의 취득일'로 되어 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 위 조항이 규정하고 있는 감면대상이 아니라는 견해와 구 조세제한특례법 제99조의3 제1항이 전단에서 감면대상이 되는 양도소득의 발생기산일은 특별히 명시하고 있지 않으며 후단과 달리 전단에서는 감면되는 세액을 안분하는 산식을 별도로 마련하지 아니한 점, 입법취지 등을 고려할 때 종전주택 취득일부터 신축주택을 양도한 때까지의 전 기간에 발생한 소득 전액이 감면되어야 한다는 견해 등으로 나뉘어 감면대상이 "신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득"에 한정되는 것인지 "종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득"으로 확대할 것인지 그 해석에 다툼의 여지가 있었으므로, 피고로서는 그러한 해석에 다툼의 여지가 있어 이를 잘못 해석하여 이 사건 처분을 한 것이니 그 하자가 명백하다고 할 수 없다. 또한 이 사건 부과처분의 경우 법적 구제수단이 갖추어져 있으므로 당연무효가

되기 위해서는 하자가 중대하여야 할 뿐만 아니라 명백하여야 한다고 보더라도 원고의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 볼 수 없으니 하자가 명백하지 않아도 예외적으로 당연히 무효라고 보아야 하는 사안에 해당한다고 볼 수도 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 대한 판단

피고는 이 사건 신축주택의 양도에 대하여 양도소득세를 부과하면서 그 차액을 계산함에 있어 이 사건 종전주택의 취득일부터 이 사건 신축주택 양도일까지의 양도소득 중 이 사건 신축주택 취득일부터 양도일까지의 양도소득은 제외하고 이 사건 종전 주택의 취득일부터 이 사건 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여 양도소득세를 부과한 것으로 이 사건 신축주택을 취득한 것을 이 사건 종전주택의 양도라 평가하고 양도소득세를 부과한 것은 아니다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

(3) 세 번째 주장에 대한 판단

조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는데(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두12144 판결 등 참조), 이 사건에서 과세관청이 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였다고 볼 자료가 없을 뿐만 아니라 설사 과세관청이 그러한 공적인 견해표명을 하였고 원고가 그 견해표명을 신뢰하여 행위를 하고 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 원고의 이익이 침해되는 결과가 초래되어 신의성실의 원칙에 반한다고 하더라도 그 하자가 중대・명백하다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다. 이 사건 거부처분이 무효 또는 위법하다는 주장에 대한 판단

(1) 관련 법령

구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항은 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다"고 규정하면서, '최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때'(제1호), '제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때'(제5호) 등을 후발적 경정청구가 가능한 사유로 들고 있고, 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호의 위임에 의하여 '대통령령이 정하는 사유'를 규정하고 있는 국세기본법 시행령 제25조의2는 그 각 호에서 '최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우'(제1호), '최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우'(제2호), '최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우'(제3호), '그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우'(제4호)를 그러한 사유로 규정하고 있다.

(2) 첫 번째 주장에 대한 판단

과세관청이 세법을 해석・적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 하고(국세기본법 제18조 제1항), 이러한 세법 해석의 기준을 적용함에 있어 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 조세법률주의 원칙에 따른 한계를 따라야 할 것이다.

"원고가 주장하는 이 사건 대법원판결은 비록 이 사건 부과처분의 위법성과 관련된 쟁점, 즉 신축주택의 취득일부터 5년 이내의 양도의 경우에는 기존 주택의 취득일 부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득과 신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도 소득을 구분할 필요 없어 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 하는지 여부를 포함하고 있고 이 사건 대법원판결은 이 사건 부과처분의 결론과 다른 내용으로 확정되었으나, 쟁점이 같은 이 사건 대법원판결이 이 사건 부과처분과 다른 내용으로 확정된 것만으로는 이 사건 대법원판결의 소송당사자가 아닌 원고의 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 이 사건 신축주택의 양도가 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때에 해당한다고 볼 수 없고(대법원 2013. 5. 9. 선고 2012두28001 판결 등 참조),최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그와 동일한 쟁점의 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때'로 확장해석하거나 유추해석하는 것도 허용된다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.",(3) 두 번째 주장에 대한 판단

이 사건 부과처분 당시 견해의 대립 등으로 이 사건 부과처분의 적법성을 확인할 수 없었다가 이 사건 대법원판결로 인해 그 적법성 여부를 확인할 수 있게 되었다는 것이 '장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우에 준하는 사유가 있는 경우'에 해당한다고 볼 수 없다.

후발적 경정청구는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유를 이유로 하는 것이므로 법령에 대한 해석이 최초의 신고・결정 또는 경정 당시와 달라졌다는 사유는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호가 정한 후발적 사유에 포함되지 않는다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두28254 판결 등 참조)고 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(4) 세 번째 주장에 대한 판단

앞서 본 바와 같이 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 조세법률주의 원칙에 따른 한계를 따라야 할 것인데, 원고는 국세기본법과 그 시행령에서 후발적 경정청구사유로 규정하지 않은 것을 후발적 경정청구사유로 보아야 한다는 취지로 주장하고 있는바, 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 모두 이유 없어 이를 기각한다.

판사이승윤