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제목
공장이전에 따른 양도소득세 면제 여부
요지
원고가 이 사건 신공장의 시공일로부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시하지 못하고 그 기한을 넘기게 되었으므로 원고에게 면제된 양도소득세의 추징사유가 발생하였음
결정내용
결정 내용은 붙임과 같습니다.
주문
1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.
이유
1. 부과처분의 경위
다음의 각 사실은 갑 제1호증, 갑 제4호증(을 제4호증과 같다)갑 제5호증의 1 내지 4(을 제5호증의 1, 2, 을 제6, 7호증과 같다), 갑 제6, 9, 12호증, 갑 제13호증의 1, 2(위 갑 제13호증의 2는 을 제3호증과 같다), 갑 제26호증의 1, 2, 갑 제27호증의 1, 2, 갑 제30호증의 1, 2, 갑 제31 내지 38호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고 반증 없다.
"가. 원고는 1975. 10. 15. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대 2,096㎡(이하 이 사건 구공장부지라 한다) 및 그 지상의 제재소 127.93㎡, 주택 68.4㎡ 및 사무실 36.36㎡(이하 이 사건 구공장건물이라 한다)를 취득하여 그때부터ㅇㅇ제재소'라는 상호로 목재제조업을 경영하다가 1989. 11. 8. 이 사건 구공장부지 및 건물을 모두 양도하고, 1990. 5. 28. 피고에게 1989년 귀속분 양도소득세 과세표준 확정신고를 함에 있어서 소득세법(1989. 12. 30. 법률 제4163호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제2항 제2호에 의하여 이 사건 구공장부지 및 건물에 대하여 공장이전에 따른 양도소득세 면제신청을 하여 피고로부터 양도소득세의 면제결정을 받고, 위 양도소득에 대한 방위세도 방위세법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제3항에 의하여 비과세되었다.",나. 그 후 원고는 공장이전을 목적으로 1990. 10. 31. ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 잡종지 4,900㎡(이하 이 사건 신공장부지라 한다)를 취득하고 그 이전인 같은 달 29. 산림훼손착공계를 제출하고 그 지상에 신공장건물을 건축하기 위한 형질변경 등 공사에 착수하였으나, 그 지상의 철골조 스레이트지붕 단층공장 900㎡와 벽돌조 슬래브지붕 단층 사무실 28㎡, 휴게실 16㎡, 화장실 8㎡ 및 샤워장 20㎡(이하 이 사건 신공장건물이라 한다)에 대한 사용검사(건축법 제18조 제4항 각 호의 규정에 의하여 사용검사로 준공검사를 받은 것으로 본다)는 1993. 7. 6.에야 받았다.
다. 이에 피고는 원고가 이 사건 신공장의 시공일인 위 1990. 10. 29.로부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시하지 아니하였다 하여 이 사건 구공장부지 및 건물의 양도가액과 취득가액을 모두 국세청 기준시가로 산정하여 양도차익을 금 133,076,085원으로 결정하고 여기에서 양도소득특별공제 금 13,605,684원, 장기보유특별공제(이 사건 구공장부지중 이 사건 구공장건물의 바닥면적의 5배 상당부분과 이 사건 구공장건물에 대한) 금 22,999,708원, 양도소득공제 금 1,500,000원을 각 공제하여 양도소득세 과세표준을 금 94,970,693원으로 계산하고 이를 토대로 1995. 4. 16.자로(같은 달 19. 도달) 원고에 대하여 소득세법 제6조 제5항 및 같은법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12877호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조 제5항을 적용하여 양도소득세 금 47,283,880원 및 방위세 금 10,316,480원을 추징, 부과하는 처분(이하 이 사건 부과처분이라고 한다)을 하였다.
2. 이 사건 부과처분의 적법 여부
가. 당사자들의 주장
원고는, 첫째로 원고가 이 사건 구공장부지 및 건물을 양도한 날로부터 1년 이내인 1990. 10. 29. 이 사건 신공장을 시공하고 그때로부터 2년 이내인 1992. 9. 20.경 준공하여 사업을 개시하였으며, 가사 같은 날 준공한 것이 아니라고 하더라도 그 지연부분은 이 사건 구공장의 제재설비 이외에 새로운 제재설비 도입을 위한 이 사건 신공장의 증축부분이고, 원고로부터 이 사건 신공장건물의 신축공사를 도급받은 소외 ㅇㅇ종합건설 주식회사가 당시 주택 2백만호 건설로 인한 자재, 인력난으로 인하여 계약상의 준공일에 완공하지 못하였으며, 지목변경, 건축허가 등 행정절차가 지연됨으로써 위와 같이 1993. 7. 6.에야 사용검사를 받은 것이므로 원고에게는 그 지연에 대한 귀책사유가 없다 할 것이어서 이 사건 구공장부지중 공업배치법 제11조의 규정에 의한 기준면적인 1,551.27㎡ 부분과 이 사건 구공장건물의 양도에 관하여 면제 또는 비과세된 양도소득세 및 방위세의 추징사유가 발생하지 아니하였으므로 이 사건 구공장부지 및 건물 전부에 대하여 양도소득세 및 방위세를 추징, 부과한 이 사건 부과처분은 위법하고, 둘째로 이 사건 구공장부지 전부 및 건물에 대하여 장기보유특별공제를 하여야 함에도 불구하고 이 사건 구공장부지중 이 사건 구공장건물 면적의 5배인 1,163.45㎡를 초과하는 부분에 대하여 장기보유특별공제를 하지 아니하고 양도소득세 과세표준을 계산한 후 이를 기초로 양도소득세 및 방위세를 산출하였으므로 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장하고, 이에 대하여 피고는 첫째로, 원고가 이 사건 구공장부지 및 건물을 양도한 날로부터 1년 이내인 1990. 10. 29. 이 사건 신공장을 시공하기는 하였으나 그때로부터 2년이 경과한 1993. 7. 6. 사용검사를 받았으므로 같은 날 비로소 소득세법 제6조 제2항 소정의 준공이 된 것이고, 지목변경 절차의 지연은 이 사건 신공장의 준공지연에 대한 직접적인 사유가 될 수 없으므로, 이 사건 구공장부지 및 건물의 양도는 면제 또는 비과세된 양도소득세 및 방위세의 추징사유가 발생한 것이며, 둘째로 이 사건 구공장부지 소재지역의 국세청 기준시가 토지적용배율이 7.2배임에도 이 사건 구공장부지 및 건물의 양도 및 취득 당시의 기준시가 계산에 있어서 토지적용배율을 3.59배로 잘못 적용하여 오히려 양도소득세 및 방위세의 세액이 과소결정되었다는 취지로 주장한다.
나. 추징사유 해당여부에 대한 판단
(1) 관계 법령
소득세법 제6조 제2항 제2호 및 같은법시행령 제18조 제1, 2항은 2년 이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 공장부지와 건물을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하도록 되어 있고, 방위세법 제2조 제1항 제2호는 소득세법의 규정에 의한 소득세의 납세의무자는 방위세를 납부할 의무를 지되, 같은법 제3조 제3항에 의하면 위와 같이 양도소득세가 면제되는 경우에는 방위세 역시 비과세하도록 되어 있으나, 한편 소득세법시행령 제18조 제5항 제1호는 구공장을 먼저 양도하고 공장을 이전함으로써 양도소득세의 면제를 받은 자가 공장을 신설하는 경우에 구공장의 양도일로부터 1년 이내에 시공하지 아니하거나 시공일로부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시하지 아니한 때 에는 그 면제받은 소득세를 즉시 추징한다고 규정하고 있다.
(2) 인정 사실
다음의 각 사실은 앞서 본 증거들과 갑 제7호증(을 제8호증과 같다), 갑 제8, 10, 11, 14호증, 갑 제15호증의 1, 2, 갑 제16 내지 23호증, 갑 제24호증의 1 내지 4, 갑 제25호증의 1 내지 13, 갑 제28, 29호증의 각 1 내지 3의 각 기재 및 증인 유ㅇㅇ, 안ㅇㅇ의 각 증언을 종합하면 이를 인정할 수 있고 반증 없다.
(가) 원고는 이 사건 구공장을 이전할 목적으로 1990. 10. 31. 이 사건 신공장부지를 취득하기 이전인 같은 달 11. ㅇㅇ도 ㅇㅇ군수에게 공장설립신고서를 제출하고 같은 달 29. 산림훼손허가를 받아 산림훼손착공계를 제출하고 같은 달 30. ㅇㅇ건설을 경영하는 소외 정ㅇㅇ에게 이 사건 신공장부지의 토목공사를 도급주어 그 지상에 신공장건물을 건축하기 위한 형질변경 등 공사에 착수하여 위 공사를 마치고 1991. 6. 15. 산림훼손 준공검사필증을 교부받았으며, 그 후 위 ㅇㅇ군수에게 지목변경신청을 하였으나 토지등급 관계로 지연처리되어 같은 해 7. 26. 지목변경등기를 마치고 같은 해 9. 19. 이 사건 신공장건물의 건축허가를 받은 후, 이 사건 구공장의 제재설비 외에 추가로 새로운 제재설비를 설치하기로 하고 같은 해 10. 8. 제조시설면적을 당초 380㎡에서 900㎡로 늘리고 부대시설면적을 당초 600㎡에서 80㎡로 줄이는 내용의 공장설립변경신고를 하고 1992. 6. 17. 이 사건 신공장건물의 사무동 면적을 80㎡에서 72㎡로 줄이고 위치를 변경하는 내용의 증축 등 신고를 하였으며, 그 이전인 같은 해 5. 18. 소외 ㅇㅇ종합건설 주식회사에게 이 사건 신공장건물의 신축공사를 도급주어 같은 해 8. 30.까지 그 신축공사를 준공하도록 하였으나 당시 주택 2백만호 건설로 인한 극심한 자재, 인력난으로 인하여 공사진행이 원활하지 못하여 같은 해 9. 20.경 이 사건 구공장의 제재설비를 가동하기 위한 공장건물부분을 우선 일부준공하고 이 사건 구공장에서 사용하던 제재기계를 설치한 후 제품을 제조하여 같은 해 10. 20.경부터 제품을 판매하기 시작하였으며, 1992년 2기(10. 1.부터 12. 31.까지)중 제품매출액이 금 5,465,380원, 고정자산 매입가액이 금 182,245,959원이라고 부가가치세 확정신고를 하였다.
(나) 같은 해 9. 29. ㅇㅇ국 ㅇㅇ공업 주식회사와 사이에 위 공장설립변경신고한 부분에 설치할 새로운 제재설비의 도입계약을 체결하고 그때부터 나머지 건물 및 부대시설의 신축공사를 계속하고 같은 해 12. 3. 이 사건 신공장에 증설하는 새로운 기계를 위 ㅇㅇ공업 주식회사로부터 인도받아 설치하였으나 부대시설과 주위 환경정리를 하느라 1993. 6. 13.에야 이 사건 신공장건물에 대한 사용검사를 신청하고 같은 달 19. 부대시설인 톱밥저장싸이로에 대한 공작물축조신고를 하여 같은 해 7. 6. 톱밥저장싸이로에 대한 공작물축조신고필증을 교부받고 이 사건 신공장건물에 대한 사용검사를 받았다.
(3) 판단
위 인정사실에 의하면 1992. 10. 1.부터 같은 해 12. 31. 사이에 제품을 생산하여 판매한 사실은 인정되나 그 후에도 나머지 건물 및 부대시설의 신축공사를 계속한 점에 비추어 이는 이 사건 신공장건물의 완전 준공전에 일부 준공된 건물내에서 생산가능한 제품을 우선 생산한 것으로 보이므로 위 인정사실만으로는 이 사건 신공장의 시공일로부터 2년 이내인 같은 해 10. 29. 이전에 이 사건 신공장건물이 완전 준공되었다고 볼 수 없고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며, 또한 1991. 9. 19. 이미 이 사건 신공장건물의 건축허가를 받고 같은 해 10. 8. 공장설립변경신고까지 마쳤음에도 1992. 5. 18. 에야 비로소 위 ㅇㅇ종합건설 주식회사에 이 사건 신공장건물의 신축공사를 도급주었으며, 같은 해 9. 20.경 이 사건 구공장의 제재설비를 가동하기 위한 공장부분을 우선 일부준공하기는 하였으나 그 후에도 나머지 건물 및 부대시설의 신축공사를 계속하였고, 같은 해 10.부터 같은 해 12.까지 3개월 동안에만 들인 신축자금이 1억 8천여만원에 이르며 1993. 6. 13.에야 이 사건 신공장건물에 대한 사용검사를 신청한 점에 비추어 당시 주택 2백만호 건설로 인한 자재, 인력난이 있었던 사정만으로는 원고에게 그 책임을 지울 수 없는 것으로서 원고가 이 사건 신공장 시공일로부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시하지 못하고 그 기한을 넘기게 된 데에 정당한 이유가 있었다고 볼 수는 없다고 할 것이므로, 원고에게 면제 또는 비과세된 위 양도소득세 및 방위세의 추징사유가 발생하였다고 보아야 할 것이다.
나. 양도 및 취득 당시의 기준시가에 대한 판단
(1) 관계 법령
소득세법 제23조 제4항은 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다고 규정하고, 같은법 제45조 제1항 제1호는 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비의 하나로 당해 자산의 취득 당시의 기준시가에 의한 금액을 들고 있으며, 같은법 제60조는 위 각 조항에 규정하는 기준시가의 결정은 대통령령이 정하는 바에 의한다고 규정하고, 같은법시행령 제115조 제1항 제1호 가목, 제2항, 제3항의 각 규정에 의하면, 같은법 제60조에서 규정하는 기준시가의 결정은 국세청장이 정하는 특정지역에 있는 토지・건물로서 취득 당시 특정지역에 해당하지 아니하여 배율이 없는 것에 대하여는 양도 당시의 기준시가는 지방세법상의 과세시가표준액에 국세청장이 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이른바 배율방법에 의하여 평가한 가액에 의하고, 취득 당시의 기준시가는 (양도 당시의 기준시가 x 취득 당시의 과세시가표준액/양도 당시의 과세시가표준액)의 산식에 의하여 환산한 가액에 의하도록 규정되어 있었다.
그런데 헌법재판소가 1995. 11. 30. 91헌바1・2・3・4, 92헌바17・37, 94헌바34・44・45・48, 95헌바12・17(병합) 사건에서, 소득세법 제60조는 조세법률주의 및 위임입법의 한계를 규정한 헌법에 위반된다는 이유로 헌법에 합치하지 아니한다는 결정을 하였으나, 위 헌법불합치결정은 당해 조항의 위헌성이 제거된 개정법률이 시행되기 이전까지는 종전 소득세법 제60조를 그대로 잠정 적용하는 것을 허용하는 취지의 결정이라고 이해할 수밖에 없으므로(대법원 1997. 3. 28. 선고 96누15602 판결 등 참조), 이 사건 토지의 양도 당시 시행되던 소득세법 제60조 및 같은법시행령 제115조를 적용하여 그 취득 및 양도 당시의 기준시가를 산정하여야 할 것이다.
(2) 판단
을 제9호증의 1, 2의 각 기재에 의하면 이 사건 구공장부지 및 건물은 1989. 6. 24. 소득세법시행령 제115조 제1항 제1호 가목 소정의 국세청장이 정하는 특정지역으로 토지의 배율이 7.2배로 고시된 사실을 인정할 수 있고 반증 없으므로, 같은조 제2항, 제3항의 각 규정에 의하여 이 사건 구공장부지의 양도 당시의 기준시가는 지방세법상 과세시가표준액에 국세청장이 정하는 배율인 7.2배를 곱하여 계산한 금액 이른바 배율방법에 의하여 평가한 가액에 의하고, 취득 당시의 기준시가는 (양도 당시의 기준시가 x 취득 당시의 과세시가표준액/양도 당시의 과세시가표준액)의 산식에 의하여 환산한 가액이 되고, 이 사건 구공장건물의 기준시가는 지방세법상의 과세시가표준액과 같게 될 것인바, 위 을 제1호증의 1, 2, 을제2호증의 각 기재를 종합하면 이 사건 구공장부지의 양도 당시의 과세시가표준액은 금 39,195,200원(= 2,096㎡ x 18,700원), 취득 당시의 과세시가표준액은 금 3,804,030원(= 2,096㎡ x 1,814원 90전. 원 미만은 버림. 이하 같다)이고, 이 사건 구공장건물의 양도 당시의 과세시가표준액은 금 10,881,560원(= 4,788,000원 + 4,093,760원 + 1,999,800원)이고, 취득 당시의 과세시가표준액은 금 4,292,985원(= 2,050,478원 + 1,753,056원 + 489,451원)인 사실을 인정할 수 있고 반증 없다.
따라서 이 사건 구공장부지의 양도 당시의 기준시가는 금 282,205,440원(= 39,195,200원 x 7.2), 취득 당시의 기준시가는 금 27,389,016원(= 282,205,440원 x 3,804,030원/39,195,200원)이 된다.
다. 장기보유특별공제 대상범위에 대한 판단
(1) 관계 법령
소득세법 제23조 제2항 제2호 나목의 규정에 의하면 양도소득금액을 산정함에 있어 대통령령이 정하는 토지를 제외한 토지 또는 건물로서 그 보유기간이 10년 이상인 것은 양도차익의 100분의 30을 장기보유특별공제액으로 공제하도록 규정하고 있고, 같은법시행령 제46조의3은 법 제23조 제2항 제2호에서 대통령령이 정하는 토지 라 함은 지적법상의 지목이 대지로서 건축물(재무부령이 정하는 무허가건축물을 제외한다)이 없는 토지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말하며, 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 토지는 그러하지 아니하다고 규정하고, 그 제2호에서 토지소유자의 책임 없는 사유로 인하여 사용할 수 없는 재무부령이 정하는 토지를 들고 있고, 이에 따라 같은법시행규칙(1990. 1. 4. 재무부령 제1802호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제18조의3 제1항은 다음 각 호의 1에 해당하는 토지로서 양도일전 2년 이상의 기간 동안 계속하여 당해 용도에 사용하는 토지는 영 제46조의3의 규정에 의한 나대지에 포함되지 아니하는 것으로 한다고 규정하고 그 제6호에서 제1호 내지 제5호 외에 행정기관의 허가・인가・면허・승인・지정・결정 등을 받거나 행정기관에 등록・신고 등을 하고 사업을 영위하는 자가 당해 사업에 계속하여 사용하는 사업용 토지로서 1년간의 수입금액이 토지가액의 100분의 7 이상인 토지를 들고, 같은 조 제2항은 제1항의 규정에 의한 1년간의 수입금액은 양도일이 속하는 해의 직전과세연도의 수입금액으로 하고, 토지가액은 양도일이 속하는 해의 직전과세연도말의 토지의 기준시가로 한다고 규정하고 있다.
(2) 판단
이 사건 구공장부지의 양도 당시의 기준시가가 금 282,205,440원이고 그동안 기준시가가 상승추세에 있었던 사실은 앞서 본 바와 같으므로 이 사건 구공장부지의 양도일이 속하는 해의 직전과세연도인 1988년 말의 기준시가는 위 금 282,205,440원 이하로 보여지고, 위 갑 제4호증 및 갑 제40호증의 1, 2의 각 기재를 종합하면 이 사건 구공장부지는 ㅇㅇ세무서에 사업자등록을 하고 일반제재업을 영위하는 원고가 위 제재업에 양도일전 2년 이상 계속하여 사용하는 토지로서 그 양도일이 속하는 해의 직전과세연도인 1988년의 1년간 수입금액이 금 121,735,636원인 사실을 인정할 수 있고 반증 없으므로, 이 사건 구공장부지의 1년간 수입금액이 토지가액의 100분의 7 이상(121,735,636원÷282,205,440원 x 100 = 43% 이상)이라고 할 것이어서 이 사건 구공장부지 및 건물은 전부 위 각 법령의 규정에 의하여 장기보유특별공제의 대상이 된다고 할 것이다.
라. 정당한 양도소득세 과세표준의 계산
나아가 이 사건 구공장부지의 양도 및 취득 당시의 기준시가의 계산에 있어서 국세청 기준시가 배율을 7.2배로 적용하고 이 사건 구공장부지 및 건물의 전부에 대하여 장기보유특별공제를 하여 정당한 양도소득세 과세표준을 산출하면 별지 정당한 양도소득세 과세표준계산서 기재와 같이 금 157,071,791원이 되어, 오히려 이 사건 부과처분상의 양도소득세 과세표준 금 94,970,693원보다 많고, 따라서 이를 기초로 산정하는 양도소득세 및 방위세의 세액도 많아지게 된다고 할 것이므로, 결과적으로 이를 이유로 원고가 이 사건 부과처분의 취소를 구할 위법이 있다고 볼 수 없다.
3. 결론
그렇다면 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유없어 이를 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.
1997. 11. 18.