지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제81조 제2항 의 이전공공기관은 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법에 의한 이전 대상 공공기관으로 선정된 공공기관을 의미하므로 공공기관이 이전을 완료하였다고 하더라도 위 조항의 이전공공기관에 해당하고, 문언 상 등록면허세가 면제되는 법인등기의 범위에 제한이 없으며, 이전공공기관에 대하여 광범위한 세제지원을 하고자 하는 입법목적, 지방공사의 법인등기에 관하여 등록면허세를 면제하고 있는 지방세특례제한법 제85조의2 와의 균형 등을 고려하면, 법인등기 역시 면세대상이다.

한국주택금융공사 (소송대리인 변호사 윤진성)

부산광역시 남구청장

2016. 12. 9.

1. 피고가 2015. 10. 12. 원고에 대하여 한 2015. 6. 5.자 법인등기에 관한 등록면허세 800,000,000원, 지방교육세 160,000,000원에 대한 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 이전 공공기관으로서 2014. 12. 19. 서울 중구 세종대로 17에서 부산 남구 문현금융로 40으로 주사무소를 이전한 뒤, 2014. 12. 31. 이전등기를 하였다.

나. 원고는 2015. 6. 3. 2천억 원의 출자(증자)로 인한 법인등기(이하 ‘이 사건 법인등기’라 한다)에 관하여 등록면허세 및 지방교육세 신고를 하고, 2015. 6. 5. 등록면허세 8억 원, 지방교육세 1억 6천만 원을 납부하였다.

다. 원고는 2015. 8. 17. 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제81조 제2항 (이하 ‘이 사건 면세조항’이라 한다)에 의하여 이 사건 법인등기에 대하여 등록면허세가 면제된다고 주장하면서 위 납부한 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2015. 10. 12. 원고의 주사무소 이전이 2014. 12.경 완료되었고, 그 이후의 자본금 증자분에 대하여는 이 사건 면세조항의 적용대상이 아니라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 2015. 12. 23. 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2016. 6. 17. 기각결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2, 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 면세조항의 이전공공기관은 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법에 의한 이전 대상 공공기관으로 선정된 공공기관을 의미하므로 공공기관이 이전을 완료하였다고 하더라도 위 조항의 이전공공기관에 해당하고, 문언 상 등록면허세가 면제되는 법인등기의 범위에 제한이 없으며, 이전공공기관에 대하여 광범위한 세제지원을 하고자 하는 입법목적, 지방공사의 법인등기에 관하여 등록면허세를 면제하고 있는 지방세특례제한법 제85조의2 와의 균형 등을 고려하면, 이 사건 법인등기 역시 면세대상이다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것인바( 대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 , 2002. 4. 12. 선고 2001두731 판결 등 참조), 이 사건 면세조항은 “이전공공기관의 법인등기에 대하여는 2015년 12월 31일까지 등록면허세를 면제한다.”고 규정하고 있어 문언 상 이전공공기관이 하는 법인등기 중 등록면허세가 면제되는 법인등기를 제한하고 있지 아니하고, 이전공공기관의 이전완료 여부를 따지지 아니한 점, 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제274조의 2 는 “ 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」 제2조 제2호 의 규정에 따른 이전 공공기관이 같은 법 제4조 의 규정에 따라 국토해양부장관의 지방이전계획승인을 얻어 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 이전에 따른 법인등기에 대한 등록세를 면제한다”고 규정하다가, 지방세특례제한법 제정으로 제81조 제2항 에 법인등기의 등록면허세가 규정되면서 위 지방세법 조항의 “이전에 따른”이라는 수식어가 삭제된 점, 지방세특례제한법 제85조의2 는 지방공사의 법인등기에 관하여 조세감면조항을 두고 있는데, 감면되는 법인등기의 원인을 구별하고 있지 아니한 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 법인등기 역시 면세대상이라고 할 것이므로, 결국 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 있으므로 이 사건 처분을 취소한다.

[별지 생략]

판사 한영표(재판장) 신수빈 신동웅